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克氏原螯虾源弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定及ERIC-PCR指纹分析
1
作者 卢冰霞 陈婷婷 +10 位作者 许艺兰 周英宁 梁家幸 黄广杰 江新华 李斌 秦毅斌 赵硕 曾家家 陈忠伟 何颖 《水产学杂志》 2025年第3期14-23,71,共11页
为了解广西壮族自治区淡水养殖克氏原螯虾体内弗氏柠檬酸杆菌的感染情况,从广西各地养殖场采集克氏原螯虾,取肝胰腺进行细菌分离,利用形态学观察、生理生化试验、细菌16S rRNA和gyrB基因序列分析对分离到的菌株进行鉴定,并进行耐药性试... 为了解广西壮族自治区淡水养殖克氏原螯虾体内弗氏柠檬酸杆菌的感染情况,从广西各地养殖场采集克氏原螯虾,取肝胰腺进行细菌分离,利用形态学观察、生理生化试验、细菌16S rRNA和gyrB基因序列分析对分离到的菌株进行鉴定,并进行耐药性试验和ERIC-PCR指纹分析。分离获得40株弗氏柠檬酸杆菌。耐药性试验结果表明:40株弗氏柠檬酸杆菌对β-内酰胺类的抗菌药物青霉素、阿莫西林和头孢拉定等具有较强的耐药性,对四环素类抗菌药物已呈现不同程度的耐药性,而对氟喹诺酮类的氧氟沙星(禁用兽药)、环丙沙星,磺胺类的复方新诺明,林可霉素类的林可霉素、多磷类的磷霉素和氯霉素类的氟苯尼考均具有较高的敏感性。ERIC-PCR指纹分析结果表明,这40株弗氏柠檬酸杆菌共分为16个基因型,不同基因型空间分布存在一定差异,同一地区克氏原螯虾源弗氏柠檬酸杆菌也具有显著的遗传多样性。本研究结果可为克氏原螯虾弗氏柠檬酸杆菌病的有效防控提供理论依据。 展开更多
关键词 克氏原螯虾 弗氏柠檬酸杆菌 分离鉴定 耐药性分析 eric-pcr
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易错PCR技术改造黑曲霉β-甘露聚糖酶的耐温性
2
作者 陈晓飞 李珊珊 +3 位作者 周伏忠 刘德海 王佰涛 刁文涛 《中国饲料》 北大核心 2025年第17期53-60,共8页
为改造黑曲霉来源的β-甘露聚糖酶基因Man26A,获得耐温性重组β-甘露聚糖酶,本试验通过易错PCR技术(在PCR体系中加入不同水平的MnCl_(2)),将目的基因Man26A克隆至载体pGAPZαA上,构建重组质粒pGAPZαA-Man26A,将重组质粒电转化至毕赤酵... 为改造黑曲霉来源的β-甘露聚糖酶基因Man26A,获得耐温性重组β-甘露聚糖酶,本试验通过易错PCR技术(在PCR体系中加入不同水平的MnCl_(2)),将目的基因Man26A克隆至载体pGAPZαA上,构建重组质粒pGAPZαA-Man26A,将重组质粒电转化至毕赤酵母GS115中,在含有100μg/mL博来霉素的YPDS平板上筛选耐温性突变体,并测定重组酶的酶学性质。本试验筛选出2株产耐温性β-甘露聚糖酶的重组突变体3-228和4-59,两重组酶的最适pH和温度分别为5.0和45℃,均与野生型酶相同,但与野生型相比,两重组酶的工作温度范围更加宽泛,且温度稳定性显著提高;金属离子Fe^(2+)、Mg^(2+)、Mn^(2+)、K+、Ca^(2+)、Co^(2+)对β-甘露聚糖酶活力有不同程度的激活作用,SDS、EDTA、Cd^(2+)、Cu^(2+)、Ni^(2+)、Ag^(2+)、Fe^(3+)、Pb^(2+)等对酶活力有不同的抑制作用。2个耐温性重组β-甘露聚糖酶均具有工作温度范围广、耐温性强等特点,提高了其在饲料工业上的应用潜力,证明了易错PCR技术是提高酶温度稳定性的有效方法。 展开更多
关键词 Β-甘露聚糖酶 易错pcr 耐温性 酶学性质
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利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性 被引量：31
3
作者 潘康成 陈正礼 +3 位作者 崔恒敏 冯兴 盛琴 赵爽 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期985-991,共7页
本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGG... 本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序。结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主。结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 肉鸡 肠道菌群 多样性 eric-pcr pcr-DGGE
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基于rDNA ITS序列和ERIC-PCR研究虫草真菌无性分离物的遗传多样性 被引量：11
4
作者 唐传红 唐庆九 +3 位作者 张劲松 杨焱 刘艳芳 周帅 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期146-152,共7页
以24株虫草无性分离物和1个蛹虫草子实体为材料,利用ITS序列分析和ERIC-PCR方法对这些材料进行了遗传多样性分析。结果表明:ITS序列分析表明蝉花的无性分离物4645(菌生轮枝菌Lecanicillium fungicola)与蝉花的无性分离物4644和4646及蛹... 以24株虫草无性分离物和1个蛹虫草子实体为材料,利用ITS序列分析和ERIC-PCR方法对这些材料进行了遗传多样性分析。结果表明:ITS序列分析表明蝉花的无性分离物4645(菌生轮枝菌Lecanicillium fungicola)与蝉花的无性分离物4644和4646及蛹虫草的无性分离物亲缘关系较近,而冬虫夏草无性分离物4634及4636则为膨大弯颈霉Tolypocladium inflatum;蛹虫草Cordyceps militaris无性型与蝉花Cordyceps cicadae无性型(4644、4646)及无性分离物4645聚成一族,而冬虫夏草分离物4634及4636与冬虫夏草的关系较近,聚成另一族。ERIC-PCR分析结果表明,在相似性系数为0.76时,上述分离物分成4组,即1)L.fungicola;2)T.inflatum;3)C.cicadae;4)C.militaris。上述结果表明虫草无性分离物具有丰富的遗传多样性。同时,本研究检测了上述无性分离物胞外液中虫草素的含量,发现所有蛹虫草无性分离物(除1811之外)的胞外液中均含有虫草素,但蝉花和冬虫夏草的无性分离物(4634、4636、4644、4645和4646)胞外液中的虫草素产量极低,甚至无法检测出。 展开更多
关键词 虫草 无性分离物 rDNA ITS序列 eric—pcr 虫草素 亲缘关系
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18株铜绿假单胞菌的耐药谱和ERIC-PCR分型 被引量：16
5
作者 伍晓锋 黎毅敏 +3 位作者 卓超 袁锦屏 杨灵 任筱兰 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期560-563,共4页
目的研究产金属β-内酰胺酶(MBL)的铜绿假单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。方法用纸片协同法筛选出产MBL铜绿假单胞菌株;琼脂扩散法检测MBL阳性株对10种抗菌药物的药敏结果;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应(ERIC-PCR... 目的研究产金属β-内酰胺酶(MBL)的铜绿假单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。方法用纸片协同法筛选出产MBL铜绿假单胞菌株;琼脂扩散法检测MBL阳性株对10种抗菌药物的药敏结果;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应(ERIC-PCR)方法确定菌株之间的同源性。结果纸片协同法试验检测到18株MBL阳性菌株,它们对头孢噻肟、头孢曲松、替卡西林/克拉维酸、头孢哌酮/舒巴坦和头孢他啶完全耐药,对10种抗菌药物呈现7种耐药模式;ERIC-PCR结果显示,18株MBL阳性株呈现4种基因型,15株为同一基因型。结论该院ICU内产MBL铜绿假单胞菌在2005年第二季度出现暴发流行。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 聚合酶链反应 基因间重复-致序列引物 金属Β-内酰胺酶 耐药谱
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山东地区屠宰场猪肉污染沙门氏菌菌株毒力基因筛查与ERIC-PCR分型 被引量：15
6
作者 黄秀梅 张倩 +9 位作者 盖文燕 曲志娜 李晨阳 赵思俊 赵建梅 赵格 李月华 王玉东 王君玮 王娟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期697-702,共6页
目的了解生猪屠宰加工过程中沙门氏菌的污染状况、分离菌株的毒力基因携带情况及其溯源性追踪。方法应用液相芯片法对分离沙门氏菌进行血清分型,并对分离菌株进行毒力基因筛查,通过基因间重复序列为引物的聚合酶链式反应(ERIC—PCR)分... 目的了解生猪屠宰加工过程中沙门氏菌的污染状况、分离菌株的毒力基因携带情况及其溯源性追踪。方法应用液相芯片法对分离沙门氏菌进行血清分型,并对分离菌株进行毒力基因筛查,通过基因间重复序列为引物的聚合酶链式反应(ERIC—PCR)分型技术对代表性沙门氏菌分离株进行基因分型,并用NTSYS-pc2.10软件进行聚类分析。结果 1 480份样品共得到298株沙门氏菌菌株,分离率为20.14%;98.32%的分离菌株携带肠毒素stn基因;96%以上的分离菌株携带毒力岛SPI1、SPI5核心蛋白基因mogA、araB以及菌毛基因;选择实验的沙门氏菌遗传相似性在70%~100%之间,共分为9个基因型。结论山东地区屠宰环节猪肉中分离沙门氏菌携带多种耐药基因和毒力基因,德尔卑、鼠伤寒沙门氏菌占试验菌株的45.97%。 展开更多
关键词 猪肉 屠宰 毒力基因 eric-pcr分型
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代表活性污泥中苯酚降解菌群的ERIC-PCR产物片段的多态性 被引量：12
7
作者 高平平 王健 +1 位作者 席玉英 赵立平 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期1095-1100,共6页
对可能代表活性污泥中两个时期的主要苯酚降解菌群的 ERIC- PCR指纹图谱中的两条 2 .1 kb的条带 ( P1和 P8)中的 DNA片段进行克隆、转化 ,得到 1 93个转化子。 H inf I物理图谱分析得到 35种酶切类型 ,将两端各进行 1次测序后 ,同源性大... 对可能代表活性污泥中两个时期的主要苯酚降解菌群的 ERIC- PCR指纹图谱中的两条 2 .1 kb的条带 ( P1和 P8)中的 DNA片段进行克隆、转化 ,得到 1 93个转化子。 H inf I物理图谱分析得到 35种酶切类型 ,将两端各进行 1次测序后 ,同源性大于 90 %的克隆归为一类 ,共得到 1 0种序列类型。对各类型的代表克隆进行了全长测序 ,5种类型为 P1条带所有 ,3种类型为 P8所有 ,二者共享的类型为 2种 ,丰度最高的片段为 S3,P1条带中 76.3%的转化子和 P8条带中 66.7%转化子属该类型。对所得序列进行检索分析 ,它们与 Gen Bank中已知基因序列均无显著同源性。用 S3特异性引物对活性污泥样品及其它在 LB、d CGY、MP和 FWM培养基上的回收菌进行扩增 ,除 LB上的回收菌没有显示目的条带外 ,活性污泥和其回收菌中均检测到带有该基因组片段的菌种的存在。 展开更多
关键词 群落结构 eric-pcr指纹图 特征性条带 基因组片段测序 活性污泥 苯酚降解菌群
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ERIC-PCR技术对单增李斯特菌的溯源分析 被引量：8
8
作者 刘海泉 朱颖 +4 位作者 姜文洁 孙晓红 吴启华 潘迎捷 赵勇 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期49-51,60,共4页
以质控菌株ATCC 19115为对照,采用ERIC-PCR方法对从三个市场猪肉样品分离到的17株单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)进行了基因分型,探讨了单增李斯特菌基因型与区域分布及流行性的关联性。结果表明,17株单增李斯特菌菌株可分为六... 以质控菌株ATCC 19115为对照,采用ERIC-PCR方法对从三个市场猪肉样品分离到的17株单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)进行了基因分型,探讨了单增李斯特菌基因型与区域分布及流行性的关联性。结果表明,17株单增李斯特菌菌株可分为六个主要基因类群,其中Ⅳ型菌株最多,为主要污染类群,而这些菌株来自于市场三;市场一和市场二分离到的菌株主要分别为Ⅰ型和Ⅳ型。因此,ERIC-PCR方法适用于对单增李斯特菌的溯源分析和流行病学调查,具有简单、方便、快捷、准确的特点。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 eric—pcr 基因分型 溯源
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大肠杆菌ERIC-PCR分子分型方法的建立及其初步应用 被引量：13
9
作者 张辉 杨振泉 +2 位作者 赵隽 魏瑞成 王冉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第5期1098-1103,共6页
为建立高效、敏感的肠杆菌科基因间重复一致序列PCR（ERIC-PCR）的分子分型方法,该研究提取大肠杆菌基因组DNA,以此为模板建立和优化ERIC-PCR分型体系,并采用ERIC-PCR方法对62株大肠杆菌进行分子分型和遗传相似性统计分析。结果显示从... 为建立高效、敏感的肠杆菌科基因间重复一致序列PCR（ERIC-PCR）的分子分型方法,该研究提取大肠杆菌基因组DNA,以此为模板建立和优化ERIC-PCR分型体系,并采用ERIC-PCR方法对62株大肠杆菌进行分子分型和遗传相似性统计分析。结果显示从提取的大肠杆菌基因组中能够扩增到2~8条DNA片段,且大部分片段在100 bp至2 000 bp之间。通过4因素3水平正交试验,建立了较为稳定的ERIC-PCR分型方法。利用ERIC-PCR方法可将62株菌分为20型,其中以A型为优势菌群。遗传相似性结果表明,各菌株之间遗传相似性有较大的变化,但部分菌株高度同源。聚类分析表明,ERIC-PCR的分辨率系数为0.937,具有较高的分辨能力。表明应用ERIC-PCR分型技术在分子水平上对大肠杆菌进行鉴别和分型,具有简便和分辨力高等优点,能够对病原进行溯源分析,在大肠杆菌的分子流行病学研究中具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 大肠杆菌 eric-pcr 分子分型
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采用AFLP和ERIC-PCR技术研究规模化鸡场健康鸡群中产气荚膜梭菌的遗传多样性 被引量：8
10
作者 倪学勤 郑晓丽 +2 位作者 曾东 Joshua Gong 宋振银 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期717-724,共8页
为了调查产气荚膜梭菌在健康鸡群中的流行现状,掌握我国部分地区规模化鸡场产气荚膜梭菌的遗传多样性,分析其流行特点与地区差异的关系,利用AFLP(amplified fragment length polymorphism)和ERIC-PCR(en-terobacterial repetitive inter... 为了调查产气荚膜梭菌在健康鸡群中的流行现状,掌握我国部分地区规模化鸡场产气荚膜梭菌的遗传多样性,分析其流行特点与地区差异的关系,利用AFLP(amplified fragment length polymorphism)和ERIC-PCR(en-terobacterial repetitive intergenic consensus PCR)方法对从四川省8个市10个规模化鸡场分离得到的34株A型产气荚膜梭菌进行基因型分析。结果表明,用AFLP技术将34株菌分为12个亚型,用ERIC-PCR方法分为8个亚型。分析亚型分布情况发现:不同鸡场产气荚膜梭菌的亚型差异明显;而同一鸡场的亚型较简单,以一种亚型为主,交叉有少数其他亚型;优势基因型分别为AFLP基因Ⅷ型或ERIC-PCR基因1型。该研究结果说明:四川省规模化鸡场健康鸡群中产气荚膜梭菌的遗传多样性较低,其流行特点与地区差异相关。 展开更多
关键词 产气荚膜梭菌 健康鸡群 遗传多样性 AFLP eric-pcr
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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析 被引量：10
11
作者 马月姣 孙晓红 +3 位作者 赵勇 卢瑛 吴启华 潘迎捷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期263-267,共5页
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软... 目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5～9条分布在609～4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5～11条分布在400～7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 TDH 肠内细菌基因组间重复序列分析 细菌基因外重复回文序列扩增 分型
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原料奶中微生物区系ERIC-PCR DNA指纹图谱的建立 被引量：4
12
作者 陈庆森 高文茹 +3 位作者 朱晨晨 阎亚丽 庞广昌 胡志和 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第11期261-269,共9页
为了研究原料奶中微生物区系的结构,该研究采用肠杆菌基因间保守重复序列ERIC-PCR技术,建立了华北和中南地区原料奶中微生物区系的ERIC-PCR DNA指纹图谱。为获得清晰且高质量的图谱,对ERIC-PCR的反应条件进行了优化,确定最佳条件为:退... 为了研究原料奶中微生物区系的结构,该研究采用肠杆菌基因间保守重复序列ERIC-PCR技术,建立了华北和中南地区原料奶中微生物区系的ERIC-PCR DNA指纹图谱。为获得清晰且高质量的图谱,对ERIC-PCR的反应条件进行了优化,确定最佳条件为:退火温度52℃、MgCl21μL、引物0.6μL、Taq酶0.5μL。对2个地区指纹图谱进行综合分析鉴定。结果显示,地理位置距离较近即相近地域原料奶样品其微生物群落的构成相似性较高,存在一定特征性优势菌群;距离较远则相似性较低。研究结果提示,建立中国不同地区原料奶微生物区系DNA的特征图谱,将为原料奶质量与安全的监测提供参考。 展开更多
关键词 微生物 优化 农产品 原料奶 eric-pcr DNA指纹图谱
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荣昌、长白、杜洛克猪肠道微生物ERIC-PCR-DGGE指纹图谱比较分析 被引量：14
13
作者 杨柳 张邑帆 +5 位作者 郑华 翟少钦 李大军 杨金龙 林保忠 付利芝 《家畜生态学报》 2011年第5期21-25,共5页
为了解荣昌猪与外种猪肠道微生物间的差异,通过提取荣昌、长白、杜洛克猪不同生长阶段粪样总DNA,进行ERIC-PCR扩增及其DGGE指纹图谱的比较分析。结果表明:ERIC-PCR-DGGE技术是一种有效的分子微生态分析技术,它能较好地反映猪肠道微生物... 为了解荣昌猪与外种猪肠道微生物间的差异,通过提取荣昌、长白、杜洛克猪不同生长阶段粪样总DNA,进行ERIC-PCR扩增及其DGGE指纹图谱的比较分析。结果表明:ERIC-PCR-DGGE技术是一种有效的分子微生态分析技术,它能较好地反映猪肠道微生物群落构成。在哺乳、断奶和经产三个阶段的指纹图谱中,不同品种猪粪样微生物种/属相似性较高,但分布和数量存在较大的差异,表明猪肠道微生物群落多样性与品种不同密切相关。哺乳仔猪由于受母猪的影响,谱带差别明显;而断奶和经产阶段的图谱中,荣昌猪粪样包含的可见条带数量最多,提示其肠道中定植的微生物类群可能更高,由于肠道菌群在营养、免疫和生物拮抗等方面影响机体健康,以上结果为解释荣昌猪具有适应性好、抗逆性强、耐粗饲和抗病力强等特点提供一些佐证。 展开更多
关键词 荣昌猪 肠道微生物 eric-pcr-DGGE 指纹图谱 比较分析
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ERIC-PCR对山东省东平湖4种常见淡水鱼肠道菌群多样性的分析 被引量：6
14
作者 周玉法 刘敬博 +2 位作者 苗增民 蔡玉梅 李代军 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2010年第S1期139-142,共4页
分析山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群多样性的差异。采用ERIC-PCR(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)技术,得到鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,并用NT-SYS-pc(Version 2.10)软件进行分析。成功建立了山... 分析山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群多样性的差异。采用ERIC-PCR(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)技术,得到鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,并用NT-SYS-pc(Version 2.10)软件进行分析。成功建立了山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,了解肠道菌群的差异。草鱼和鲢鱼肠道菌群较为相似,与鲫鱼、鲤鱼肠道菌群差异较大。表明4种淡水鱼类的肠道菌群的组成有明显的差别,食性差异大的鱼类之间肠道菌群差异更明显。 展开更多
关键词 淡水鱼 肠道菌群 多样性 eric-pcr
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副溶血性弧菌ERIC-PCR分型及毒力基因检测研究 被引量：12
15
作者 丁久法 潘迎捷 +4 位作者 陈洪友 唐明未 秦红友 赵勇 陈敏 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期137-141,共5页
目的:建立副溶血性弧菌ERIC-PCR分子分型技术,分析副溶血性弧菌标准菌株及分离株基因组DNAERIC-PCR指纹图谱,并对副溶血性弧菌毒力基因进行检测,以了解不同来源副溶血性弧菌毒力基因携带情况。方法:提取副溶血性弧菌基因组DNA,以肠杆菌... 目的:建立副溶血性弧菌ERIC-PCR分子分型技术,分析副溶血性弧菌标准菌株及分离株基因组DNAERIC-PCR指纹图谱,并对副溶血性弧菌毒力基因进行检测,以了解不同来源副溶血性弧菌毒力基因携带情况。方法:提取副溶血性弧菌基因组DNA,以肠杆菌基因间共有重复序列(ERIC)为引物进行PCR扩增,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后用凝胶成像分析仪对图谱进行观察分析,并以相似性系数构建聚类图;通过PCR方法对直接耐热溶血素(TDH)和耐热直接相关溶血素(TRH)进行检测。结果:26株副溶血性弧菌均可扩增产生可重复的DNA指纹图谱,ERIC-PCR可将26株菌分为12个型,分辨力指数为0.926;只在临床分离株中检测到TDH基因,而除一株标准菌株外,所有菌株都未检测到TRH基因。结论:研究显示ERIC-PCR可从分子水平对副溶血性弧菌基因组DNA进行快速指纹图谱分析,同时结合毒力基因检测,能够为副溶血性弧菌食物中毒疾病的预防和流行病学调查提供科学依据。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 肠杆菌基因间共有重复序列-pcr 基因分型 流行病学
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ERIC-PCR与PFGE检测铜绿假单胞菌同源性的方法学比较 被引量：13
16
作者 孙晶 常军霞 刘巍 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期297-302,共6页
目的比较肠杆菌基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)与限制性内切酶联合脉冲场凝胶电泳(PFGE)检测铜绿假单胞菌同源性的方法学一致性。方法分别用ERIC-PCR和PFGE对北京某医院48株铜绿假单胞菌株进行分型,明确其是否有克隆传播。结果 ERIC-... 目的比较肠杆菌基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)与限制性内切酶联合脉冲场凝胶电泳(PFGE)检测铜绿假单胞菌同源性的方法学一致性。方法分别用ERIC-PCR和PFGE对北京某医院48株铜绿假单胞菌株进行分型,明确其是否有克隆传播。结果 ERIC-PCR方法鉴定有34株为同一克隆来源,其余14株被分为9种基因型。PFGE方法分型鉴定有38株为同一克隆来源,其余10株表现为7种基因型,均提示脑外科内的铜绿假单胞菌在2010年存在一个克隆株传播。两种方法学结果的符合率为89.5%,PFGE重复3次结果相似度达96.6%,ERIC-PCR重复5次结果相似度达75.4%。结论 ERIC-PC操作简便快速,重复性较好,与PFGE结果一致性高,适合在基层医院进行细菌流行病学分析。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 脉冲场凝胶电泳 肠杆菌基因间重复一致序列pcr
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鲫源嗜水气单胞菌毒力基因多重PCR检测及ERIC-PCR分子分型 被引量：9
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作者 符贵红 肖丹 +1 位作者 胡鲲 杨先乐 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2014年第6期549-556,共8页
为快速了解鲫源嗜水气单胞菌株毒力基因携带情况及与菌株基因型的相关性,建立多重PCR法和ERIC-PCR分子分型,为临床快速检测、菌株分型和菌株致病性分析提供依据。通过单重PCR法检测出标准菌株ATCC7966内5个毒力基因气溶素(aerolysin,aer... 为快速了解鲫源嗜水气单胞菌株毒力基因携带情况及与菌株基因型的相关性,建立多重PCR法和ERIC-PCR分子分型,为临床快速检测、菌株分型和菌株致病性分析提供依据。通过单重PCR法检测出标准菌株ATCC7966内5个毒力基因气溶素(aerolysin,aer)、溶血素(hemolysin,hly)、细胞毒性肠毒素(cytotoxic enterotoxin,alt)、胞外蛋白酶(extracellular protease,ahp)和细胞肠兴奋性肠毒素(intestinal cells of excitatory enterotoxin,act),其扩增产物长度依次为300 bp、592 bp、442 bp、856 bp和500 bp。在此基础上,优化并建立特异性高,敏感度达7.2×102cfu·m L-1多重PCR法,用于检测从江苏射阳地区患病水产动物体内分离的17株嗜水气单胞菌5个毒力基因携带率。结果显示,毒力基因act的携带率为100%,而80%的菌株5个毒力基因均有检出。采用ERIC-PCR分子分型技术,以标准菌株ATCC7966为对照,对17株鲫源致病性嗜水气单胞菌进行基因分型,获得两种基因型,分别描述为A型和B型,其中B型菌株14株,带型与ATCC7966一致,认为是当地的主要流行株。探究菌株基因型与毒力基因分布相关性,携带5个毒力基因的均为B型菌株,而所有A型菌株存在一或多个毒力基因缺失,有可能是此类菌株更易发生毒力基因漂变,但还需进一步研究。 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌 毒力基因 eric-pcr 分子分型
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ERIC-PCR技术在平菇菌株鉴定中的应用 被引量：5
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作者 何培新 刘伟 +2 位作者 程雁 郭恒 申进文 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期659-663,共5页
研究了ER IC-PCR技术在平菇栽培菌株鉴定中的应用.结果表明,在22个供试平菇菌株和对照香菇菌株中,ER IC-PCR扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高.聚类分析表明,在聚类重新标定距离为15的水平上,23个菌株聚类成8大类群:糙皮侧耳栽培菌株... 研究了ER IC-PCR技术在平菇栽培菌株鉴定中的应用.结果表明,在22个供试平菇菌株和对照香菇菌株中,ER IC-PCR扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高.聚类分析表明,在聚类重新标定距离为15的水平上,23个菌株聚类成8大类群:糙皮侧耳栽培菌株分别归属第1和第2大类群;秀珍菇5号、4011、白灵菇2号、杏鲍菇、鲍鱼菇和香菇分别独立地聚类为不同的大类群.在聚类重新标定距离为20时,鲍鱼菇和香菇聚类在一起,其他平菇菌株聚类在一起.这表明ER IC-PCR技术可以应用于平菇栽培菌株的鉴定,但也说明该技术在食用菌分类鉴定应用上的局限性,同时也说明食用菌需要多相分类鉴定. 展开更多
关键词 eric-pcr技术 平菇 菌株鉴定 聚类分析
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副猪嗜血杆菌野外分离株的ERIC-PCR及其外膜蛋白图谱分析 被引量：4
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作者 彭凌 朱必凤 +2 位作者 杨旭夫 刘博婷 韦昭玉 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期423-426,共4页
为了解副猪嗜血杆菌(HPS)现地分离株的流行情况及其进化来源,本研究采用肠杆菌科基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)分型和外膜蛋白(OMP)分型技术对采集自3个猪场的24株HPS分离株进行分型。结果表明,以ERIC-PCR法分析24个分离株共产生10种... 为了解副猪嗜血杆菌(HPS)现地分离株的流行情况及其进化来源,本研究采用肠杆菌科基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)分型和外膜蛋白(OMP)分型技术对采集自3个猪场的24株HPS分离株进行分型。结果表明,以ERIC-PCR法分析24个分离株共产生10种DNA指纹图谱,依次分别包含5株、3株、1株、7株、1株、2株、1株、1株、2株和1株分离株。其中一个猪场的分离株仅为图谱Ⅰ和Ⅱ,另外两个猪场分别为图谱Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅹ。试检测结果表明同一猪场存在的菌株有两种或两种以上基因型,并且不同猪场流行的基因型不同。采用OMP分型也表现出与ERIC-PCR分型一致的结果。因此,ERIC-PCR和OMP分型均可以用于HPS的流行病学调查。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 eric-pcr 外膜蛋白
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米醋沉淀中Bacillus subtilis DNA提取及ERIC-PCR体系条件优化 被引量：3
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作者 廖永红 任文雅 +3 位作者 孙宝国 徐瑾 沈晗 金志刚 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期212-215,219,共5页
利用稀释平板法从米醋沉淀中分离获得细菌,通过对其进行16S rDNA分子鉴定,表明该细菌为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。以该菌为实验材料,研究了细菌基因组DNA的提取方法,并将ERIC-PCR法首次应用于醋液菌种,对此反应体系的主要因素... 利用稀释平板法从米醋沉淀中分离获得细菌,通过对其进行16S rDNA分子鉴定,表明该细菌为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。以该菌为实验材料,研究了细菌基因组DNA的提取方法,并将ERIC-PCR法首次应用于醋液菌种,对此反应体系的主要因素进行了优化,最终建立了适合于本实验室的ERIC-PCR体系。结果表明,采用改良的传统细菌基因组DNA提取方法,所提取的DNA质量较高,能够满足ERIC-PCR反应的需要;建立的反应体系为:25μL反应体积10×扩增缓冲液(含Mg2+)2.5μL,20pmol/μLERIC-PCR引物E11.0μL,20pmol/μLERIC-PCR引物E21.0μL,DNA模板2μL,2.5mmol/LdNTPs混合液1.6μL,taq聚合酶0.9μL,双蒸水补齐;PCR反应程序为:94℃变性4min,1个循环;94℃变性30s,58℃退火40s,72℃延伸1min,30个循环;72℃延伸4min。 展开更多
关键词 细菌 分离 DNA提取 eric-pcr 优化
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