By means of PCR,the gene encoding gD of bovine herpesvirus-1 (BHV-1) strain Luojing was amplified,cloned and sequenced.The nucleotide sequence of this gD gene was (1 251 bp,)encoding 417 amino acids.Comparied with the...By means of PCR,the gene encoding gD of bovine herpesvirus-1 (BHV-1) strain Luojing was amplified,cloned and sequenced.The nucleotide sequence of this gD gene was (1 251 bp,)encoding 417 amino acids.Comparied with the published P8-2 strain,the homology of the necleotide sequence is 99.92%,and that of the deduced amino acid sequence is 100%.The results indicated that gD of BHV-1 was highly conservative.展开更多
文摘By means of PCR,the gene encoding gD of bovine herpesvirus-1 (BHV-1) strain Luojing was amplified,cloned and sequenced.The nucleotide sequence of this gD gene was (1 251 bp,)encoding 417 amino acids.Comparied with the published P8-2 strain,the homology of the necleotide sequence is 99.92%,and that of the deduced amino acid sequence is 100%.The results indicated that gD of BHV-1 was highly conservative.
文摘【目的】系统调查枣长线病毒1(Jujube closterovirus 1,JCV1)在内蒙古自治区鄂尔多斯市达拉特旗的流行情况,分析不同地区JCV1分离物之间的遗传进化关系,为JCV1的检测方法开发和科学防控策略提供理论依据。【方法】以疑似感染病毒的枣树叶片为试验材料,通过NGS测序技术对枣树叶片样品进行高通量测序,采用RT-PCR检测JCV1的发生情况;RT-PCR结合cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)获得JCV1全基因组序列,利用VectorNTI、MEGA11、SDTV1.2、RDP4、Geneious Pro 4.8.4等生物信息学分析软件,对JCV1分离物全基因组序列进行系统发育分析、序列一致性分析、重组分析及二级结构预测。【结果】通过NGS测序,在表现花叶症状的枣树样品中仅发现JCV1一种病毒,表明该病毒与采样地枣树的花叶症状密切相关;RT-PCR检测结果显示,JCV1在鄂尔多斯达拉特旗枣园中的检出率为52%;获得的JCV1内蒙古地区分离物23IM_ZiJu1的全长基因组序列为14209 nt,编码6个开放阅读框。序列一致性分析表明,23IM_ZiJu1与来自新疆地区JCV1分离物(AKS15-20)的全基因组核苷酸序列一致性及其RdRp、HSP70和CP基因的氨基酸序列一致性均最高,分别为98.7%、99.1%、99.8%和99.7%。基于RdRp、HSP70和CP基因构建的系统发育树将23IM_ZiJu1与新疆地区2个分离物AKS15-20和AKS15-17聚集于同一分支,且23IM_ZiJu1与AKS15-20的亲缘关系最近。重组分析表明,基因组中存在1个显著的重组事件。来自不同地区JCV1分离物的蛋白质二级结构差异主要体现在β-转角、β-折叠和α-螺旋的有无及其长度上。【结论】本研究是继新疆地区后,首次在内蒙古地区检测到JCV1分离物(23IM_ZiJu1),并获得其基因组序列以及与同属其他已知病毒间的进化关系。获得的基因组序列为JCV1的遗传变异研究和防控策略的制定提供重要的参考依据。
文摘目的从轮状病毒阳性的牛粪便标本中,分离出一株G6P[1]型牛轮状病毒(Bovine Rotavirus,BRV),对其进行培养和鉴定。方法用PBS溶液重悬粪便标本并离心,将其上清过滤除菌和胰酶处理后,利用MA104细胞进行分离培养;通过逆转录-聚合酶链式反应(Reverse Transcription-polymerase Chain Reaction,RT-PCR)对样本VP4和VP7基因进行扩增和测序,与GenBank上的参考序列进行同源性分析,构建进化树,分析确定其G/P基因分型。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳法(Polyacrylamine Gel Electrophoresis,PAGE)、噬斑实验和电镜(Transmission Electron Microscope,TEM)等技术对分离到的病毒进行鉴定和纯化。绘制病毒生长动力学曲线。结果分离培养了1株BRV毒株,将其命名BLL。VP7和VP4基因测序结果显示此毒株为G6P[1]型轮状病毒。PAGE胶结果显示分离株电泳型为长型,条带呈现A组轮状病毒排列电泳图谱;通过噬斑实验将毒株进行了纯化。电镜检测到典型的轮状病毒颗粒。病毒生长动力学曲线可发现病毒在感染后6 h已经开始复制。结论本研究成功分离到G6P[1]型牛型轮状病毒,为研究G6P[1]型轮状病毒的病原学特征提供实验基础和技术参考。
