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DGGE法检测稻田蓝细菌及硅藻的遗传多态性 被引量：4
1
作者 宋铁英 包晓东 +1 位作者 郑伟文 Rasmussen Ulla 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期669-673,共5页
运用对蓝细菌和硅藻 16SrRNA特异的引物对 ,将稻田土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后 ,通过DGGE技术对PCR产物进行分析 .结果表明 ,在水稻生长的不同时期 ,稻田蓝细菌及硅藻种群也在变化 ,田间不同位置蓝细菌及硅藻种类也有所不同 。
关键词 dgge 蓝细菌 硅藻 遗传多态性 dgge技术 稻田微生物群落 PCR扩增
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PCR-DGGE技术用于湖泊沉积物中微生物群落结构多样性研究 被引量：79
2
作者 赵兴青 杨柳燕 +6 位作者 陈灿 肖琳 蒋丽娟 马喆 朱昊巍 于振洋 尹大强 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期3610-3616,共7页
采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、奠愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构，研究结果表明，三湖泊沉积物微生物的16SrDNA的PCR扩增结果约为626bp，为16S rDNA V3～V5区特异性片段。玄武湖和莫愁湖表层沉积物中... 采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、奠愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构，研究结果表明，三湖泊沉积物微生物的16SrDNA的PCR扩增结果约为626bp，为16S rDNA V3～V5区特异性片段。玄武湖和莫愁湖表层沉积物中大约有20种优势菌群，且同一湖泊不同采样点DGGE图谱的差异性不大，细菌群落结构具有较高的相似性，而太湖样品DGGE条带的数目和位置表现出明显差异，且不同采样点图谱的差异性较大。三湖泊除具有特征性的微生物种属外，还分布约5个相同的细菌种群，可能与沉积物的理化性质和水生植被的影响相关。对DGGE图谱中7条主带进行回收、扩增和测序，结果显示其优势菌群具有不同的序列组成，其中5个序列与Genebank中已登录的细菌种群的同源性≥99％，2个序列的同源性为96％和93％，其中2个相似的细菌类群目前尚未获得纯培养。 展开更多
关键词 沉积物 微生物多样性 变性梯度凝胶电泳(dgge) 16S RDNA 序列测定
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PCR-DGGE技术在农田土壤微生物多样性研究中的应用 被引量：84
3
作者 罗海峰 齐鸿雁 +1 位作者 薛凯 张洪勋 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第8期1570-1575,共6页
变性梯度凝胶电泳技术 ( DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用。研究采用化学裂解法直接提取出不同农田土壤微生物基因组 DNA,并以此基因组 DNA为模板 ,选择特异性引物 F357GC和 R518对 1 6Sr RNA基因的 V3区进行扩增 ,长约 2 30 bp... 变性梯度凝胶电泳技术 ( DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用。研究采用化学裂解法直接提取出不同农田土壤微生物基因组 DNA,并以此基因组 DNA为模板 ,选择特异性引物 F357GC和 R518对 1 6Sr RNA基因的 V3区进行扩增 ,长约 2 30 bp的 PCR产物经变性梯度凝胶电泳 ( DGGE)进行分离后 ,得到不同数目且分离效果较好的电泳条带。结果说明 ,DGGE能够对土壤样品中的不同微生物的 1 6Sr RNA基因的 V3区的 DNA扩增片断进行分离 ,为这些 DNA片断的定性和鉴定提供了条件。与传统的平板培养方法相比 ,变性梯度凝胶电泳 ( DGGE)技术能够更精确的反映出土壤微生物多样性 ,它是一种有效的微生物多样性研究技术。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 dgge 基因组DNA 16S RRNA 微生物多样性 农田土壤
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PCR-DGGE方法分析原油储层微生物群落结构及种群多样性 被引量：51
4
作者 佘跃惠 张凡 +4 位作者 向廷生 刘彬彬 赵立平 周玲革 舒肤昌 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期237-242,共6页
使用基于 16 S r DNA的 PCR- DGGE(变性梯度凝胶电泳 )图谱分析结合条带割胶回收 DNA进行序列分析 ,对新疆克拉玛依油田一中区注水井 (12 # 9- 11)和与该注水井相应的两个采油井 (12 # 9- 9S、13# 11- 8)井口样品微生物群落的多样性进... 使用基于 16 S r DNA的 PCR- DGGE(变性梯度凝胶电泳 )图谱分析结合条带割胶回收 DNA进行序列分析 ,对新疆克拉玛依油田一中区注水井 (12 # 9- 11)和与该注水井相应的两个采油井 (12 # 9- 9S、13# 11- 8)井口样品微生物群落的多样性进行了比较并鉴定了部分群落成员。 DGGE图谱聚类分析表明注水井与两油井微生物群落的相似性分别为 30 %和 2 0 % ,而两油井间微生物群落结构的相似性为 5 4 %。DGGE图谱中优势条带序列分析表明注水井样品和油井样品中的优势菌群为未培养的环境微生物 ,它们与数据库中 α、γ、δ、ε变形杆菌 (Proteobacteria)和拟杆菌 (Bacteroidetes)有很近的亲缘关系。 DGGE与分子克隆相结合的分子生物学方法在研究微生物提高原油采收率 (MEOR)机理 ,以及指导 展开更多
关键词 注水井 油井 变性梯度凝胶电泳(dgge) 多样性 微生物提高原油采收率(MEOR)
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不同施肥制度土壤微生物量碳氮变化及细菌群落16S rDNA V3片段PCR产物的DGGE分析 被引量：88
5
作者 刘恩科 赵秉强 +2 位作者 李秀英 姜瑞波 Hwat Bing So 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期1079-1085,共7页
应用化学分析和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分离PCR扩增的16S rDNA的方法,研究了不同施肥制度对土壤微生物量碳、氮变化及微生物多样性的影响。结果表明,连续15a长期试验下,土壤微生物量碳(SMB-C)和微生物量氮(SMB-N)的含量大小均为长... 应用化学分析和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分离PCR扩增的16S rDNA的方法,研究了不同施肥制度对土壤微生物量碳、氮变化及微生物多样性的影响。结果表明,连续15a长期试验下,土壤微生物量碳(SMB-C)和微生物量氮(SMB-N)的含量大小均为长期撂荒(CK0)土壤高于农田土壤,而在农田土壤中,长期施肥的处理(NPK、NPKM、NPKSt和NPKF)高于长期不施肥处理(CK),不同的种植制度中,长期复种轮作(NPKF)高于长期复种连作(NPK);各处理的SMB-C/SOC(土壤有机碳)和SMB-N/TN(全氮)的比值的变化趋势与SMB-C和SMB-N变化一致;从PCR-DGGE分析,长期氮磷钾化肥配施有机肥(NPKM)处理的微生物量碳、氮的含量最高,微生物丰度最高,细菌物种最多,其次为长期撂荒(CK0),CK处理细菌物种最少。UPGMC聚类分析表明NPK和NPKF处理细菌的群落结构相似,CK和CK0处理细菌的群落结构相似,而NPKM和NPKSt处理细菌的群落结构相似。 展开更多
关键词 dgge 微生物多样性 不同施肥制度 微生物量
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天目山毛竹入侵阔叶林后土壤细菌群落16S rDNA V3区片段PCR的DGGE分析 被引量：46
6
作者 王奇赞 徐秋芳 +1 位作者 姜培坤 秦华 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期662-669,共8页
天目山国家级自然保护区是公认的基因库。毛竹入侵天然林并替代原天然林,导致地上植物多样性下降。为了解毛竹入侵天然林后地下土壤微生物多样性的变化,分别采集了毛竹纯林、竹阔混交林和原始天然阔叶林下的土壤样品,应用建立于16S rDNA... 天目山国家级自然保护区是公认的基因库。毛竹入侵天然林并替代原天然林,导致地上植物多样性下降。为了解毛竹入侵天然林后地下土壤微生物多样性的变化,分别采集了毛竹纯林、竹阔混交林和原始天然阔叶林下的土壤样品,应用建立于16S rDNA V3区片段的变性梯度凝胶电泳(DGGE)和克隆测序比对来研究土壤细菌结构的变化。结果表明,3块林地土壤16S rDNA V3区片段高达30条以上,不同林分下土壤16SrDNAV3区片段的DGGE带谱差异不大,但各有特征条带。毛竹林与阔叶林土壤的细菌结构相似度高于其与竹阔混交林的相似度。通过DGGE条带的克隆测序比对发现,调查区土壤细菌主要属于变形菌门(Proteobacterium)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线细菌属(Actinobacterium)和一些未命名的菌种,并且多数属无法纯培养的物种。本试验结论为:天目山自然保护区内土壤细菌多样性丰富,不同林分下的土壤细菌有各自的特征种,但非优势种;毛竹入侵未导致土壤细菌结构以及多样性发生显著变化。 展开更多
关键词 天目山 毛竹入侵 土壤 细菌 16S RDNA dgge
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PCR-DGGE法用于活性污泥系统中微生物群落结构变化的解析 被引量：77
7
作者 刘新春 吴成强 +2 位作者 张昱 杨敏 李红岩 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期842-847,共6页
应用PCR- DGGE方法,对在相同的操作条件下分别用低温菌和常温菌接种的两套活性污泥系统中的微生物群落结构的动态变化进行了追踪。研究结果表明:由于工艺和操作条件相同,两系统的微生物群落结构的相似性随着运行时间的增加而增加。PCR-
关键词 PCR—dgge方法 活性污泥系统 微生物群落分析
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基于PCR-DGGE指纹图谱川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁优势菌群结构比较分析 被引量：29
8
作者 周志刚 石鹏君 +3 位作者 姚斌 何夙旭 苏永全 丁兆坤 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期682-688,共7页
本文采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术(DGGE)对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷Lutjanus sebae及圆白鲳Ephippus orbis消化道壁优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁存在着大量细菌群落,对DGGE指纹图谱... 本文采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术(DGGE)对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷Lutjanus sebae及圆白鲳Ephippus orbis消化道壁优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁存在着大量细菌群落,对DGGE指纹图谱聚类分析表明两种鱼肠道壁及胃壁菌群组成相似度高于50%,其中二者肠道壁细菌组成相似性最高(67%),这些可能与两种鱼养殖在同一水域、摄食相同饵料相关,另外通过软件对DGGE指纹带谱相对丰度分析表明同种鱼肠道壁及胃壁具有相同最大优势菌群。同时,两种鱼消化道壁之间在细菌多样性及相对丰度上亦存在明显区别,圆白鲳消化道壁细菌多样性要高于川纹笛鲷,这可能归因于川纹笛鲷与圆白鲳在天然环境中栖息地的差异性。本研究通过首次建立不同海水鱼消化道壁16S rDNA-DGGE指纹图谱及比较分析,为澄清海水鱼消化道壁微生物区系奠定基础。 展开更多
关键词 川纹笛鲷 圆白鲳 16S RDNA dgge指纹图谱
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DG-DGGE分析产氢发酵系统微生物群落动态及种群多样性 被引量：32
9
作者 邢德峰 任南琪 +3 位作者 宋业颖 李秋波 赵立华 徐香玲 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期1818-1823,共6页
应用双梯度-变性梯度凝胶电泳(DG-DGGE)对生物制氢反应器微生物种群的动态变化及多样性进行监测。间隔7d从反应器取厌氧活性污泥,以细菌16SrDNA通用引物进行V2～V3区域PCR扩增,长约450bp的PCR产物经DGGE分离后,获得污泥微生物群落的16Sr... 应用双梯度-变性梯度凝胶电泳(DG-DGGE)对生物制氢反应器微生物种群的动态变化及多样性进行监测。间隔7d从反应器取厌氧活性污泥,以细菌16SrDNA通用引物进行V2～V3区域PCR扩增,长约450bp的PCR产物经DGGE分离后,获得污泥微生物群落的16SrDNA指纹图谱。污泥接种到反应器后微生物群落中既有原始种群的消亡和增长,也有次级种群的强化和演变。反应器在运行初期群落演替迅速,15d时微生物群落结构变化最大。群落结构的相似性随着演替时间的增加而逐渐升高,种群动态变化后形成稳定的群落结构。29d时微生物多样性基本保持不变,微生物优势种属达到19个OTU。在细菌竞争和协同作用制约下,种群多样性降低后趋于稳定,形成顶级群落。有些种群在群落结构中一直存在,是群落建成的原始种群,原始种群与次级种群在代谢过程中具有协同作用,表现出群落的综合生态特征。 展开更多
关键词 群落动态 群落多样性 变性梯度凝胶电泳(dgge) 16S rDNA 生物制氢
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基于PCR-DGGE技术的剑湖湿地湖滨带土壤微生物群落结构多样性分析 被引量：34
10
作者 刘绍雄 王明月 +5 位作者 王娟 杨宇明 缪福俊 王金华 张敬宜 熊智 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期1405-1412,共8页
为了解剑湖湿地湖滨带植物根际土壤中细菌的群落结构特征多样性,应用PCR-DGGE技术对剑湖湿地湖滨带4种植物根际土壤细菌的群落结构进行了研究,根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同植物群落根际和非根际土壤... 为了解剑湖湿地湖滨带植物根际土壤中细菌的群落结构特征多样性,应用PCR-DGGE技术对剑湖湿地湖滨带4种植物根际土壤细菌的群落结构进行了研究,根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同植物群落根际和非根际土壤细菌多样性指数(H′)、丰度(S)和均匀度(J)均有所不同,根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均高于非根际,其中茭草根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均最高,说明植物群落类型与土壤微生物多样性的关系十分密切;不同植物群落根际土壤细菌群落结构相似性较高,非根际土壤细菌群落结构相似性较低,在82%的相似水平上聚为4大类群,根际土壤细菌和茭草非根际土壤细菌聚为一类,其余非根际土壤细菌各聚为一类,说明植物群落对微生物群落结构具有一定的影响。对DGGE的优势条带序列分析,同源性最高的微生物分别属于变形菌门(Proteobacteria)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、紫色杆菌属(Janthinobacte rium)、杜擀氏菌属(Duganella)、埃希氏菌属(Escherichia)和链球菌属(Streptococcus),它们均为未培养微生物。不同植物群落根际土壤氮磷含量均有所差异,其中茭草根际土壤氮磷含量最高,湿地土壤细菌多样性与土壤有机质、总N、总P的含量呈正相关关系,土壤细菌多样性与土壤pH值呈负相关关系。 展开更多
关键词 PCR—dgge 剑湖湿地 根际微生物 多样性
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在PCR-DGGE研究土壤微生物多样性中应用GC发卡结构的效应 被引量：42
11
作者 罗海峰 齐鸿雁 +3 位作者 薛凯 王晓谊 王川 张洪勋 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第10期2170-2175,共6页
应用普通细胞裂解法提取 3株实验菌株 (Escherichia coli DH5α,Staphylococcus aureus SA- 1和 A-grobacterium tumerfaciens 1 31 2 9)的基因组 DNA和应用基于高盐和长时高热的细胞裂解法提取 7种不同土壤样品中的微生物的基因组 DNA... 应用普通细胞裂解法提取 3株实验菌株 (Escherichia coli DH5α,Staphylococcus aureus SA- 1和 A-grobacterium tumerfaciens 1 31 2 9)的基因组 DNA和应用基于高盐和长时高热的细胞裂解法提取 7种不同土壤样品中的微生物的基因组 DNA,两组不同结构的引物 F3 57GC,R51 8(在正向引物的 5′端有 GC发卡结构 )和 F3 57,R51 8,分别对实验菌株和土壤样品中微生物的 1 6Sr RNA基因 V3区进行扩增 ,均得到了目的片段。比较了不同引物扩增的 1 6S r DNA片段在 DGGE中的不同电泳行为 ,结果表明 ,含 GC发卡结构的PCR扩增产物在 DGGE中能够得到很好的分离 ,而无 GC发卡结构的 PCR产物则不能在 DGGE中获得满意分离。引入 GC发卡结构 。 展开更多
关键词 PCR—dgge 微生物多样性 GC发卡结构
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内蒙古典型草原细菌群落结构的PCR-DGGE检测 被引量：24
12
作者 周小奇 王艳芬 +4 位作者 蔡莹 黄祥忠 郝彦宾 田建卿 柴团耀 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期1684-1689,共6页
用液氮冻融法和蛋白珠法对内蒙古典型草原土壤基因组DNA进行提取,用PCR-DGGE对细菌群落结构进行分析,并对主要的条带进行测序。发现蛋白珠法比液氮冻融法更能反应出实际的微生物群落结构和组成。内蒙古典型草原土壤细菌主要有5个分支:... 用液氮冻融法和蛋白珠法对内蒙古典型草原土壤基因组DNA进行提取,用PCR-DGGE对细菌群落结构进行分析,并对主要的条带进行测序。发现蛋白珠法比液氮冻融法更能反应出实际的微生物群落结构和组成。内蒙古典型草原土壤细菌主要有5个分支:放线菌门(Actinobacteria),变形菌门(Proteobacteria)的α、β及γ类群,拟杆纲门(Bacteriodetes),芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和酸杆菌门(Acidobacteria)。与基因库中进行比较后发现有4个序列和已知的细菌种类相似达到了99%以上。 展开更多
关键词 16S RDNA PCR—dgge 液氮冻融法 蛋白珠法 内蒙古典型草原
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DGGE污泥堆肥工艺微生物种群结构分析 被引量：19
13
作者 傅以钢 王峰 +2 位作者 何培松 夏四清 赵建夫 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第B06期98-101,共4页
用DGGE指纹图谱技术对污泥堆肥工艺中的细菌种群动态变化及多样性进行了研究.结果表明,生物法污泥堆肥周期小于8d.对污泥堆肥各工艺环节样品进行DGGE指纹图谱和相似性系数Cs值分析,发现随着反应的持续进行,微生态结构的Cs值越来越高,说... 用DGGE指纹图谱技术对污泥堆肥工艺中的细菌种群动态变化及多样性进行了研究.结果表明,生物法污泥堆肥周期小于8d.对污泥堆肥各工艺环节样品进行DGGE指纹图谱和相似性系数Cs值分析,发现随着反应的持续进行,微生态结构的Cs值越来越高,说明微生物种群结构愈趋稳定.证实污泥微生态能迅速进行优胜劣汰的筛选,调整内部细菌种群结构,从而达到适应环境的目的.在发酵过程中形成的优势细菌种群能长时间保持稳定. 展开更多
关键词 活性污泥 微生物种群结构 16S RDNA dgge 堆肥处理
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应用PCR-DGGE技术分析泡菜中乳酸菌的多样性 被引量：42
14
作者 付琳琳 曹郁生 +1 位作者 李海星 陈燕 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2005年第12期103-105,共3页
从泡菜液中抽提总DNA,扩增16S rDNA的V7-V8区,变性梯度凝胶电泳分离PCR片段,发现不同样品间的菌种差异显著。对片段直接测序和克隆测序,进行Blast分析,绘制进化树。结果表明,DGGE和克隆技术相结合是研究泡菜中乳酸菌多样性的可行方法。
关键词 泡菜 多样性 PCR—dgge 乳酸菌
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应用DGGE法对青海相邻两盐湖中细菌多样性的快速检测 被引量：16
15
作者 柴丽红 王涛 +4 位作者 李沁元 崔晓龙 彭谦 徐丽华 姜成林 《生物学杂志》 CAS CSCD 2003年第1期13-14,19,共3页
分别对青海相邻两盐湖柯柯盐湖、茶卡盐湖土样、泥样进行富集培养后 ,从中提取的DNA用两套不同的细菌通用引物进行扩增 ,分别得到包含V8和V9高变区的 16SrDNA片断。经变性梯度凝胶电泳 (DGGE)分析 ,结果显示这两个盐湖富集样品中细菌多... 分别对青海相邻两盐湖柯柯盐湖、茶卡盐湖土样、泥样进行富集培养后 ,从中提取的DNA用两套不同的细菌通用引物进行扩增 ,分别得到包含V8和V9高变区的 16SrDNA片断。经变性梯度凝胶电泳 (DGGE)分析 ,结果显示这两个盐湖富集样品中细菌多样性具有较大的差异 ,而且同一盐湖不同性质样品中的细菌多样性差异也较大 ,两湖的泥样富集样品中均表现出了稍丰富的多样性。 展开更多
关键词 dgge法 青海 盐湖 细菌多样性 快速检测 土样
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采用PCR-DGGE技术分析蛋鸡肠道细菌种群结构及多样性 被引量：56
16
作者 倪学勤 Joshua Gong +3 位作者 Hai Yu 曾东 Shayan Sharif 周小秋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期955-961,共7页
利用基于16S rDNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)图谱技术结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2、4、6和8周龄蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物细菌群落的结构和多样性进行了比较,并鉴定了8周龄蛋鸡部分特异性... 利用基于16S rDNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)图谱技术结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2、4、6和8周龄蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物细菌群落的结构和多样性进行了比较,并鉴定了8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员,分析蛋鸡年龄和肠段部位对微生物群落结构和多样性的影响。肠道菌群DGGE图谱显示肠道部位对细菌种群结构影响很大,盲肠内微生物的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的微生物多样性比较低。十二指肠内细菌与其它肠段相比差异最大,其次是盲肠与其它肠段细菌组成的差异。随着蛋鸡周龄的增加,消化道微生物经历了由简单(2周)到复杂(4周),再回复简单(6周)到复杂(8周)的变化过程。DGGE图谱中共性条带序列分析表明8周龄蛋鸡消化道前段的优势细菌是三得利乳杆菌(Lactobacillus suntoryeus)、索氏梭菌(Clostridium sordellii)和大肠杆菌,盲肠中的特异性条带主要是各种不可培养的细菌以及超巨巨单胞菌(Megamonas hypermegale)和梭菌属细菌(Clostridiumspp)。该研究结果表明蛋鸡肠道部位决定细菌群落的结构和多样性,蛋鸡的周龄影响肠道细菌多样性。 展开更多
关键词 蛋鸡 肠道菌群 变性梯度凝胶电泳(dgge) 多样性
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应用PCR-DGGE指纹技术研究真空包装火腿切片贮藏过程中的微生物动态变化 被引量：17
17
作者 胡萍 周光宏 +3 位作者 徐幸莲 韩衍青 徐宝财 刘军昌 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期137-140,共4页
应用16S rDNA变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱和系统发育分析方法,揭示了火腿切片在真空包装、4℃贮藏条件下主要微生物的动态变化。直接从火腿中提取总的细菌DNA,用巢式PCR和降落PCR扩增16S rDNA V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化... 应用16S rDNA变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱和系统发育分析方法,揭示了火腿切片在真空包装、4℃贮藏条件下主要微生物的动态变化。直接从火腿中提取总的细菌DNA,用巢式PCR和降落PCR扩增16S rDNA V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化指纹图谱。DGGE图谱表明,产品在贮藏初期具有丰富的微生物群落,说明污染微生物的多样性,但经过一段时间后,只有少数种类细菌存活并最终成为主导菌群。DGGE优势条带经DNA序列分析表明,代表最相似菌为清酒乳杆菌(Lactobacillus sakei)和弯曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus),其次是长膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides)和非培养的明串珠菌(uncultured Leuconostoc)。 展开更多
关键词 PCR—dgge 火腿切片 微生物 动态变化
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利用DGGE法研究不同种植体系中根际微生物群落结构 被引量：13
18
作者 宋亚娜 包兴国 +2 位作者 李隆 张福锁 郑伟文 《生物学杂志》 CAS CSCD 2006年第5期12-15,4,共5页
利用DGGE技术研究不同间作和轮作种植体系对作物根际细菌和真菌群落结构的影响。运用16SrDNA和18SrDNA特异引物对,将土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后,通过DGGE技术对PCR产物进行分析,结果表明:玉米-蚕豆轮作对蚕豆根际细菌和真菌群落结... 利用DGGE技术研究不同间作和轮作种植体系对作物根际细菌和真菌群落结构的影响。运用16SrDNA和18SrDNA特异引物对,将土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后,通过DGGE技术对PCR产物进行分析,结果表明:玉米-蚕豆轮作对蚕豆根际细菌和真菌群落结构影响明显,二者都与单作蚕豆有较大差异;小麦/蚕豆间作明显改变两种作物根际细菌群落结构和蚕豆根际真菌群落结构;玉米/蚕豆间作明显改变玉米根际细菌、真菌群落结构和蚕豆根际真菌群落结构。 展开更多
关键词 dgge 细菌群落结构 真菌群落结构 间作 轮作
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水井坊窖底泥微生物群落结构的DGGE分析 被引量：22
19
作者 王海英 张文学 +2 位作者 施思 范鏊 邓宇 《中国酿造》 CAS 2012年第2期38-41,共4页
为了补充和验证研究浓香型白酒不同窖泥的微生物群落特征分析,该研究采用DGGE技术对水井坊酒厂窖龄分别为50及150年相同窖池不同部位窖底泥(三点取样法)进行细菌、古菌和真菌微生物群落特征分析。研究结果显示:50年和150年窖龄窖泥的微... 为了补充和验证研究浓香型白酒不同窖泥的微生物群落特征分析,该研究采用DGGE技术对水井坊酒厂窖龄分别为50及150年相同窖池不同部位窖底泥(三点取样法)进行细菌、古菌和真菌微生物群落特征分析。研究结果显示:50年和150年窖龄窖泥的微生物群落的演替特征和分布特征具有一定相似性,进一步验证了50年可能是窖池微生态发生较大变化的一个分界线这一推测的准确性;不同部位的窖底泥的微生物群落结构具有一定的差异性,因此在今后对窖底泥的实验研究中,采用多点取样法进行分析。 展开更多
关键词 窖泥 细菌 古菌 真菌 dgge
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PLFA法和DGGE法分析堆肥细菌群落变化 被引量：12
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作者 喻曼 肖华 +2 位作者 张棋 曲云欢 许育新 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期1242-1247,共6页
同时采用PLFA(Phospholipid fatty acid)谱图分析法和DGGE(Denaturing gradient gel electrophoresis)法分析农业废物堆肥化过程中细菌群落的变化。结果表明:(1)单体PLFA数据显示样品之间的群落结构有明显差异,随着堆肥进程的进行,群落... 同时采用PLFA(Phospholipid fatty acid)谱图分析法和DGGE(Denaturing gradient gel electrophoresis)法分析农业废物堆肥化过程中细菌群落的变化。结果表明:(1)单体PLFA数据显示样品之间的群落结构有明显差异,随着堆肥进程的进行,群落在不断演替,PLFA数据可以较为明确地表征微生物生物量的变化,但不能给出具体的物种变化信息;(2)DGGE分析显示堆肥过程中的样点和DGGE条带数据都存在3大主要类别,堆肥过程中细菌群落结构至少经历了3个阶段的演替,即嗜温细菌群落、高温细菌群落和腐熟期细菌群落。堆肥过程是微生物群落结构与堆肥温度相互制约的过程;(3)虽然两类方法显示的信息并不完全一致,但也因此说明了不同方法显示的信息并不是绝对的,采用各类方法组合研究堆肥微生物的信息变化是很有必要的。 展开更多
关键词 PLFA法 dgge法 堆肥 细菌群落
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