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大白菜抗/感干烧心材料CNGCs编码基因的差异解析
被引量：
2
1
作者
刘栓桃
张志刚
+7 位作者
李巧云
王晓
王立华
赵智中
王淑芬
徐文玲
刘贤娴
刘辰
《山东农业科学》
2017年第3期10-15,共6页
在植物中,环腺苷酸门通道(CNGCs)蛋白由一个大的基因家族编码,其参与K+、Na+和Ca2+等阳离子的非选择性吸收和转运,其中钙离子(Ca2+)是植物生长发育必需的营养元素和信号调节因子。在大白菜中,Ca2+缺乏易造成干烧心的发生,不同大白菜品...
在植物中,环腺苷酸门通道(CNGCs)蛋白由一个大的基因家族编码,其参与K+、Na+和Ca2+等阳离子的非选择性吸收和转运,其中钙离子(Ca2+)是植物生长发育必需的营养元素和信号调节因子。在大白菜中,Ca2+缺乏易造成干烧心的发生,不同大白菜品种对干烧心的易感程度存在显著差异。本研究以极端抗/感干烧心大白菜自交系He102与06-247为试材,采用全基因组重测序的方法筛选到了6个编码CNGCs的结构变异基因,分别是Bra003081、Bra022702、Bra032132、Bra024067、Bra021265、Bra031529,其分别与拟南芥CNGCs成员1、4、6、9、19、20同源。对6个大白菜CNGCs的潜在跨膜区进行了预测,发现这些CNGCs包含5~8个跨膜区域,C-端均位于胞质一侧。对编码蛋白氨基酸序列进行了比较,结果表明,来自06-247的Bra003081和Bra031529的C-端分别缺失389个氨基酸残基和多出43个氨基酸残基;Bra032132和Bra024067的变异也发生在06-247中,它们的C-端发生了2~3个氨基酸残基的插入或缺失;Bra021265和Bra022702的变异发生在He102中,前者是可变剪切,后者在N-端第31和第49氨基酸残基处分别缺失和插入一个氨基酸残基。易感干烧心材料06-247中四个突变CNGCs的突变位点都在编码蛋白的C-端,这有可能影响CNGCs的功能。该试验结果为下一步研究CNGCs基因功能、开发特异性标记、鉴定大白菜干烧心与CNGCs突变的关系奠定了基础。
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关键词
大白菜
干烧心
环腺苷酸门通道
基因突变
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职称材料
大白菜BrCNGC全基因组鉴定及其表达分析
被引量：
5
2
作者
汪影
张昌伟
+1 位作者
吕善武
侯喜林
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期994-1002,共9页
[目的]本文旨在研究大白菜环核苷酸门控离子通道基因(BrCNGC)的进化关系、结构特征、染色体定位及其表达模式。[方法]通过生物信息技术对大白菜BrCNGC进行分子进化分析、功能结构分析、染色体定位分析、保守结构域分析,并且通过荧光定量...
[目的]本文旨在研究大白菜环核苷酸门控离子通道基因(BrCNGC)的进化关系、结构特征、染色体定位及其表达模式。[方法]通过生物信息技术对大白菜BrCNGC进行分子进化分析、功能结构分析、染色体定位分析、保守结构域分析,并且通过荧光定量PCR分析该基因家族在脱落酸(ABA)+芜菁花叶病毒(TuMV)、水杨酸(SA)+TuMV、茉莉酸甲酯(MeJA)+TuMV和抗坏血酸(AsA)+TuMV处理下的表达差异。[结果]大白菜BrCNGC家族有26个成员,可分为4个组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ),其中第Ⅳ组又可以分为2个亚组(Ⅳa和Ⅳb)。它们分布在9条染色体上,1号染色体上BrCNGC数量最多(有5个),5号染色体上只有1个BrCNGC基因,而8号染色体上没有BrCNGC基因分布。基因结构分析表明:该家族基因中共鉴定出10种motif,其中有14个BrCNGC蛋白都包含这10种motif,同组成员之间的motif组成相似。荧光定量PCR结果表明:在植物生长调节剂与TuMV相互作用下,大部分BrCNGC的表达量上调,少数BrCNGC的表达量下调。[结论]大白菜BrCNGC结构高度保守,其在大白菜抵御TuMV侵染过程中发挥一定的作用,该发现为以后进一步研究BrCNGC的功能奠定了基础。
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关键词
大白菜
环核苷酸门控离子通道基因(
cngc
)
全基因组分析
芜菁花叶病毒(TuMV)
荧光定量PCR
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职称材料
题名
大白菜抗/感干烧心材料CNGCs编码基因的差异解析
被引量：
2
1
作者
刘栓桃
张志刚
李巧云
王晓
王立华
赵智中
王淑芬
徐文玲
刘贤娴
刘辰
机构
山东省农业科学院蔬菜花卉研究所/山东省设施蔬菜生物学重点实验室/国家蔬菜改良中心山东分中心
出处
《山东农业科学》
2017年第3期10-15,共6页
基金
山东省自然科学基金项目(ZR2014CM021
ZR2015YL073)
+2 种基金
山东省农业良种工程2014项目"十字花科名产蔬菜新品种选育"(2014LNK-96-PZTP-10)
山东省农业科学院青年基金项目(2014QNM11)
山东省农业科学院创新工程项目(CXGC2016A11)
文摘
在植物中,环腺苷酸门通道(CNGCs)蛋白由一个大的基因家族编码,其参与K+、Na+和Ca2+等阳离子的非选择性吸收和转运,其中钙离子(Ca2+)是植物生长发育必需的营养元素和信号调节因子。在大白菜中,Ca2+缺乏易造成干烧心的发生,不同大白菜品种对干烧心的易感程度存在显著差异。本研究以极端抗/感干烧心大白菜自交系He102与06-247为试材,采用全基因组重测序的方法筛选到了6个编码CNGCs的结构变异基因,分别是Bra003081、Bra022702、Bra032132、Bra024067、Bra021265、Bra031529,其分别与拟南芥CNGCs成员1、4、6、9、19、20同源。对6个大白菜CNGCs的潜在跨膜区进行了预测,发现这些CNGCs包含5~8个跨膜区域,C-端均位于胞质一侧。对编码蛋白氨基酸序列进行了比较,结果表明,来自06-247的Bra003081和Bra031529的C-端分别缺失389个氨基酸残基和多出43个氨基酸残基;Bra032132和Bra024067的变异也发生在06-247中,它们的C-端发生了2~3个氨基酸残基的插入或缺失;Bra021265和Bra022702的变异发生在He102中,前者是可变剪切,后者在N-端第31和第49氨基酸残基处分别缺失和插入一个氨基酸残基。易感干烧心材料06-247中四个突变CNGCs的突变位点都在编码蛋白的C-端,这有可能影响CNGCs的功能。该试验结果为下一步研究CNGCs基因功能、开发特异性标记、鉴定大白菜干烧心与CNGCs突变的关系奠定了基础。
关键词
大白菜
干烧心
环腺苷酸门通道
基因突变
Keywords
Chinese cabbage
Tip-burn
cyclic-nucleotide gated channels（cngcs）
Gene mutation
分类号
S634.101 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
大白菜BrCNGC全基因组鉴定及其表达分析
被引量：
5
2
作者
汪影
张昌伟
吕善武
侯喜林
机构
南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/农业农村部华东地区园艺作物生物学与种质创新重点实验室
出处
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期994-1002,共9页
基金
国家自然科学基金重点项目(31330067)
中央高校基础研究基金项目(KYTZ201401)
+1 种基金
江苏省蔬菜产业技术体系项目[SXGC(2017)273]
国家大宗蔬菜产业技术体系项目(CARS-23-A-06)
文摘
[目的]本文旨在研究大白菜环核苷酸门控离子通道基因(BrCNGC)的进化关系、结构特征、染色体定位及其表达模式。[方法]通过生物信息技术对大白菜BrCNGC进行分子进化分析、功能结构分析、染色体定位分析、保守结构域分析,并且通过荧光定量PCR分析该基因家族在脱落酸(ABA)+芜菁花叶病毒(TuMV)、水杨酸(SA)+TuMV、茉莉酸甲酯(MeJA)+TuMV和抗坏血酸(AsA)+TuMV处理下的表达差异。[结果]大白菜BrCNGC家族有26个成员,可分为4个组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ),其中第Ⅳ组又可以分为2个亚组(Ⅳa和Ⅳb)。它们分布在9条染色体上,1号染色体上BrCNGC数量最多(有5个),5号染色体上只有1个BrCNGC基因,而8号染色体上没有BrCNGC基因分布。基因结构分析表明:该家族基因中共鉴定出10种motif,其中有14个BrCNGC蛋白都包含这10种motif,同组成员之间的motif组成相似。荧光定量PCR结果表明:在植物生长调节剂与TuMV相互作用下,大部分BrCNGC的表达量上调,少数BrCNGC的表达量下调。[结论]大白菜BrCNGC结构高度保守,其在大白菜抵御TuMV侵染过程中发挥一定的作用,该发现为以后进一步研究BrCNGC的功能奠定了基础。
关键词
大白菜
环核苷酸门控离子通道基因(
cngc
)
全基因组分析
芜菁花叶病毒(TuMV)
荧光定量PCR
Keywords
Chinese cabbage
cyclic nucleotide
gated
ion
channel
gene(
cngc
)
genome-wide analysis
Turnip mosaic virus(TuMV)
quantitative real-time PCR
分类号
S634.1 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大白菜抗/感干烧心材料CNGCs编码基因的差异解析
刘栓桃
张志刚
李巧云
王晓
王立华
赵智中
王淑芬
徐文玲
刘贤娴
刘辰
《山东农业科学》
2017
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
大白菜BrCNGC全基因组鉴定及其表达分析
汪影
张昌伟
吕善武
侯喜林
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
5
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职称材料
已选择
0
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