铂类抗肿瘤药物ZD0473与双链及单链DNA作用差异的理论研究 被引量：11

1

作者 贾木欣 曲雯雯 +1 位作者 陈光巨 刘若庄 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第8期1481-1484,M005,共5页

用分子力学与量子化学相结合的 MM/uff//HF/lanl2 dz方法及单独的密度泛函方法探讨了新型铂类抗肿瘤药物 ( ZD0 473 )与碱基序列相同的双链及单链 DNA片段几何结构、相互作用及电子结构方面的异同 .结果表明 ,虽然药物分子都能与单、双... 用分子力学与量子化学相结合的 MM/uff//HF/lanl2 dz方法及单独的密度泛函方法探讨了新型铂类抗肿瘤药物 ( ZD0 473 )与碱基序列相同的双链及单链 DNA片段几何结构、相互作用及电子结构方面的异同 .结果表明 ,虽然药物分子都能与单、双链 DNA形成稳定的复合物 ,但双链复合物与 DNA形成的配位键比单链复合物稍强 ,氨中的氢与 O6G8间形成的氢键更强 ,甲基吡啶所造成的位阻效应更高 。 展开更多

关键词 ZD0473 MM/uff//HF/lanl2dz dna片段

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簇毛麦基因组特异DNA序列标记的建立和应用 被引量：3

2

作者 迟世华 杨足君 +3 位作者 冯娟 周建平 刘成 任正隆 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期1-5,共5页

为建立簇毛麦基因组特异DNA序列的分子标记,以普通小麦中国春、绵阳11、川农17和R111以及多年生簇毛麦、硬粒小麦-多年生簇毛麦双二倍体TDB-3为材料,用120条随机引物进行RAPD分析,筛选出一个多年生簇毛麦的特异性RAPD片段,克隆测序表明... 为建立簇毛麦基因组特异DNA序列的分子标记,以普通小麦中国春、绵阳11、川农17和R111以及多年生簇毛麦、硬粒小麦-多年生簇毛麦双二倍体TDB-3为材料,用120条随机引物进行RAPD分析,筛选出一个多年生簇毛麦的特异性RAPD片段,克隆测序表明该片段全长为937 bp(记为OPM2937)。以OPM2937的DNA序列为基础设计了一对特异引物,并用该特异引物对多年生簇毛麦、二倍体簇毛麦以及中国春-二倍体簇毛麦附加系CSDA1V^CSDA7V与小麦-多年生簇毛麦衍生后代进行了扩增,结果表明,凡具有簇毛麦染色体的材料均可扩增出目标DNA片段,而不具簇毛麦染色体的材料均未能得到扩增。将OPM2937在NCBI中进行序列比对,发现它是一个新的序列,说明OPM2937为簇毛麦基因组的一个特异序列,该DNA序列标记可用于快速跟踪检测小麦背景中的簇毛麦染色体。 展开更多

关键词 簇毛麦属 RAPD 基因组特异性dna片段

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基于最新参考序列UM_NZW_1.0绘制家兔基因组NUMTs图谱

3

作者 周鑫 杨铖 +5 位作者 朱桂名 何黔蓉 李岩 樊新忠 宁超 王丹 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第4期1660-1670,共11页

【目的】核内线粒体DNA序列(nuclear mitochondrial DNA segments, NUMTs)是线粒体DNA插入并整合到核基因组形成的。本研究基于家兔最新参考基因组序列UM_NZW_1.0绘制家兔基因组NUMTs图谱,分析NUMTs的分布特征、基因组环境偏好性并预测... 【目的】核内线粒体DNA序列(nuclear mitochondrial DNA segments, NUMTs)是线粒体DNA插入并整合到核基因组形成的。本研究基于家兔最新参考基因组序列UM_NZW_1.0绘制家兔基因组NUMTs图谱,分析NUMTs的分布特征、基因组环境偏好性并预测其生物学功能,从而解析家兔基因组中的NUMTs信息。【方法】将家兔最新版参考基因组UM_NZW_1.0的染色体DNA序列与线粒体DNA序列进行比对,获得NUMTs信息,并统计NUMTs序列长度及在染色体上的分布情况。将NUMTs片段整合为NUMTs区域分析插入事件,分析NUMTs插入核基因组位置的GC含量、重复序列比例,以及NUMTs插入基因组的环境偏好性;统计NUMTs同源序列在线粒体基因组的分布情况,对NUMTs覆盖的基因进行功能注释,并推测NUMTs生物功能。【结果】在兔基因组中共检测到237条NUMTs序列,其中3、5、6、8、10号染色体上不存在NUMTs,总长度311 549 bp,占参考基因组总大小的0.015512%,这些NUMTs可能由87个NUMTs插入事件形成。NUMTs在兔基因组中GC含量较低、重复序列较多的区域更易形成,表明家兔基因组NUMTs的形成不是随机性的。整个线粒体基因组序列都形成过NUMTs,其中COX1、COX2、ND2、tRNA-C、tRNA-A、tRNA-W、tRNA-V等基因覆盖次数≥20。通过功能注释NUMTs及其上、下游1 000 bp区域覆盖的基因,推测NUMTs可能与生殖和神经系统等功能有关。【结论】在家兔进化过程中,线粒体基因组序列都曾插入整合到染色体形成NUMTs,但并不是所有染色体都存在NUMTs, NUMTs倾向在基因组中GC含量较低、重复序列较多的区域形成,NUMTs可能与家兔生殖和神经系统等功能有关。本研究结果为家兔分子育种提供了遗传信息。 展开更多

关键词 核内线粒体dna序列(NUMTs) 家兔 核基因组

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DNA序列中基于后继数组索引的SATR查找算法 被引量：2

4

作者 王镝 赵毅 +1 位作者 陈白尘 王国仁 《东北大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第2期184-188,共5页

研究了基因序列分析中的DNA序列相似性重复片段的查找问题.在对重复片段的相似性衡量进行分析之后,基于海明距离提出了新的相似度衡量标准模式相似度和片段相似度,并在此基础上提出了一个新的相似性重复片段的定义SATR(segment-similari... 研究了基因序列分析中的DNA序列相似性重复片段的查找问题.在对重复片段的相似性衡量进行分析之后,基于海明距离提出了新的相似度衡量标准模式相似度和片段相似度,并在此基础上提出了一个新的相似性重复片段的定义SATR(segment-similarity based approximate tandem repeats).在进行SATR的查找时,采用了一个轻量级的索引后继数组,并设计出在后继数组上进行SATR查找的算法.实验评估和性能分析表明,基于后继数组的SATR查找算法在查找结果和查找时间上都要优于其他同类方法. 展开更多

关键词 dna序列 相似性重复片段 片段相似度 SATR 后继数组

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双链DNA与急性ST段抬高型心肌梗死的相关性分析 被引量：1

5

作者 王西强 杨丹丹 +3 位作者 刘静 范修德 马爱群 刘平 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期990-994,998,共6页

目的探讨急性ST段抬高型心肌梗死(STEMI)的发生与双链DNA (dsDNA)含量的相关性。方法随机入选发病12 h内入住西安交通大学第一附属医院心内科重症监护室行急诊冠状动脉支架植入术的STEMI患者145例,抽取外周动脉血、梗死相关冠状动脉血,... 目的探讨急性ST段抬高型心肌梗死(STEMI)的发生与双链DNA (dsDNA)含量的相关性。方法随机入选发病12 h内入住西安交通大学第一附属医院心内科重症监护室行急诊冠状动脉支架植入术的STEMI患者145例,抽取外周动脉血、梗死相关冠状动脉血,另抽取3例正常人外周动脉血作为对照。应用免疫荧光染色及免疫酶标法检测中性粒细胞外诱捕网(NETs)骨架结构及dsDNA含量,并同时检测心肌酶、肌钙蛋白、白细胞等提示心肌梗死的相关指标。分析dsDNA与心肌梗死相关指标的相关性。结果 STEMI患者梗死相关冠状动脉血中dsDNA含量和NETs骨架结构明显高于STEMI患者外周动脉血,差异有统计学意义(P=0.037,P=0.027);dsDNA含量与肌酸激酶、肌酸激酶同工酶、肌钙蛋白T及白细胞水平呈正相关(r=0.185,P=0.030;r=0.168,P=0.049;r=0.337, P=0.003;r=0.181,P=0.033)。结论 dsDNA可能与STEMI的发生相关。 展开更多

关键词 中性粒细胞胞外诱捕网 双链dna 急性ST段抬高型心肌梗死

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数据挖掘技术在DNA序列分割中的应用

6

作者 邱洪君 毛国君 罗春雨 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2006年第6期23-25,共3页

DNA序列分割作为DNA序列分析中的一部分正受到越来越多人的关注,引入数据挖掘技术是提高DNA序列分割有效性的一个重要途径。全面综述了目前数据挖掘技术在DNA序列分割中的应用,最后指出了尚待解决的问题。

关键词 数据挖掘 序列分割 dna序列

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云南保山猪线粒体DNA D-loop区序列初步分析 被引量：23

7

作者 开兴 连林生 +2 位作者 聂龙 史宪伟 张亚平 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期526-528,共3页

为了解云南保山猪(Baoshanpig)的遗传多样性及其遗传背景,我们测定了19个个体线粒体DNAD loop高变区I15363～15801片段序列438bp。检测到10种单倍型,包括8个多态位点,其中5次T/C转换、1次G/A转换、1次G/C颠换和1次A/T颠换,其A、T、G、C... 为了解云南保山猪(Baoshanpig)的遗传多样性及其遗传背景,我们测定了19个个体线粒体DNAD loop高变区I15363～15801片段序列438bp。检测到10种单倍型,包括8个多态位点,其中5次T/C转换、1次G/A转换、1次G/C颠换和1次A/T颠换,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为35.4%、26.9%、13.2%和24.5%,A+T含量(62.3%)明显高于G+C含量(37.7%)。对于保山猪的保种及其持续利用有着重要的理论指导意义。 展开更多

关键词 保山猪 线粒体dna D-LOOP 高变区I 遗传多样性 序列分析

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大片段DNA提取和纯化的优化方案 被引量：4

8

作者 陈琰 艾云灿 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第9期5096-5097,5100,共3页

[目的]研究大片段DNA提取和纯化的优化方案研究。[方法]在传统SDS提取法的基础上,对大片段DNA的提取和纯化过程进行了改进。[结果]建立了一种优化的DNA提取和纯化的方案,通过该方案能够得到片段大、纯度高的DNA。[结论]为今后大片段DNA... [目的]研究大片段DNA提取和纯化的优化方案研究。[方法]在传统SDS提取法的基础上,对大片段DNA的提取和纯化过程进行了改进。[结果]建立了一种优化的DNA提取和纯化的方案,通过该方案能够得到片段大、纯度高的DNA。[结论]为今后大片段DNA的提取和纯化提供了参考。 展开更多

关键词 大片段dna 提取 纯化 优化方案

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阶乘矩识别DNA分子编码区

9

作者 杨会杰 赵芳翠 《广西师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2002年第1期67-70,共4页

探讨阶乘矩识别不同规律控制下的过程的可行性 ,为

关键词 阶乘距 dna分子 动力学涨落 编码区识别 序列分析 统计性质

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基于统计分析与分段码书的DNA序列压缩新方法

10

作者 熊文萍 孙季丰 《科学技术与工程》 北大核心 2012年第29期7505-7509,7514,共6页

将DNA序列分成64个碱基一组的短序列。根据每个小段落不同的碱基排列特点,通过对每段中重复频率最高的三碱基组合片段采用特定码书编码,提出了基于统计分析与分段码书的DNA序列压缩方法,以达到对DNA数据压缩的目的。实验表明,本算法在... 将DNA序列分成64个碱基一组的短序列。根据每个小段落不同的碱基排列特点,通过对每段中重复频率最高的三碱基组合片段采用特定码书编码,提出了基于统计分析与分段码书的DNA序列压缩方法,以达到对DNA数据压缩的目的。实验表明,本算法在大部分常用基准测试序列中达到了比较好的压缩性能。 展开更多

关键词 dna序列 统计分析 码书 分段编码

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极端干旱区防护林地土壤微生物多样性 被引量：14

11

作者 靳正忠 雷加强 +2 位作者 徐新文 李生宇 赵思峰 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期4548-4559,共12页

土壤微生物在森林土壤中有重要功能。采用传统培养、脂肪酸鉴定和PCR-DGGE 3种方法分别研究了塔里木沙漠公路防护林地土壤微生物数量、脂肪酸种类和细菌DNA片段的多样性,从微生物学角度为塔里木沙漠公路防护林的管理提供理论依据。结果... 土壤微生物在森林土壤中有重要功能。采用传统培养、脂肪酸鉴定和PCR-DGGE 3种方法分别研究了塔里木沙漠公路防护林地土壤微生物数量、脂肪酸种类和细菌DNA片段的多样性,从微生物学角度为塔里木沙漠公路防护林的管理提供理论依据。结果表明,塔里木沙漠公路防护林的建设促进了风沙土土壤微生物的发育,随着防护林定植年限的增加,土壤微生物数量、脂肪酸和细菌DNA片段的多样性指数明显增大;土壤微生物区系组成中,细菌是优势类群,占微生物总数80%以上,而真菌很少,不到微生物总数1%,但在不同土层间有所差异;传统培养法与现代生物标记和分子生物学方法对塔里木沙漠公路防护林地土壤微生物多样性的研究结果基本一致,说明塔里木沙漠公路防护林的建设使林地土壤生物活性有所增强,有利于林地土壤养分循环与利用。 展开更多

关键词 塔里木沙漠公路防护林 土壤微生物 微生物数量 脂肪酸 dna片段

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基于生化反应速率的图像阈值分割算法 被引量：1

12

作者 李积英 党建武 +1 位作者 王小鹏 朱然 《光电工程》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期44-50,共7页

提出了一种改进的DNA遗传算法,以解决遗传算法用于图像分割时收敛速度慢、易早熟的缺点。利用碱基互补的DNA编码方式增加种群多样性,防止陷入局部极值;设计了基于DNA分子操作的置换自适应交叉算子和密码子变异算子,从而提高遗传算法的... 提出了一种改进的DNA遗传算法,以解决遗传算法用于图像分割时收敛速度慢、易早熟的缺点。利用碱基互补的DNA编码方式增加种群多样性,防止陷入局部极值;设计了基于DNA分子操作的置换自适应交叉算子和密码子变异算子,从而提高遗传算法的搜索能力,有效加快了算法的收敛速度和效率,并将此算法用于寻找二维Arimoto熵的最佳阈值,最后对图像进行分割。普通图像和医学图像的分割结果验证了改进DNA遗传算法用于图像分割的有效性。 展开更多

关键词 遗传算法 dna Arimoto熵 图像分割

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弗兰克氏菌基因文库的构建

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作者 秦敏 王焰玲 +1 位作者 崔玉海 马庆生 《西南农业学报》 CSCD 1990年第4期56-60,共5页

本文采用Cosmid质粒P^(LAFRI)为载体,成功地构建了弗兰克氏菌菌株FSCcol〔分离自细技木麻黄（Casuarina Cunninghaminana Miq.）根瘤〕的基因文库。所得克隆数为3648个,超过了建库要求的理论值。

关键词 弗兰克氏菌 共生固氮菌 基因文库

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中国穗状狐尾藻遗传多样性的初步分析 被引量：2

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作者 吕天锋 蒿飞 +1 位作者 熊争 刘星 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期109-116,共8页

利用叶绿体DNA三个片段(trnK-matK、trnL-trnF、rpl32-trnL)对中国大陆广布的水生植物穗状狐尾藻(Myriophyllum spicatum L.)的遗传多样性进行了初步分析,以探讨其自然居群的遗传结构及具有广泛分布格局的可能机制。AMOVA分析显示,穗状... 利用叶绿体DNA三个片段(trnK-matK、trnL-trnF、rpl32-trnL)对中国大陆广布的水生植物穗状狐尾藻(Myriophyllum spicatum L.)的遗传多样性进行了初步分析,以探讨其自然居群的遗传结构及具有广泛分布格局的可能机制。AMOVA分析显示,穗状狐尾藻8个居群间的遗传变异为84.97%,而居群内的遗传变异为15.03%,居群遗传分化系数(Fst)为0.85,表明穗状狐尾藻具有较高的遗传多样性(Hd=0.83)且主要存在于居群间,奠基者效应可能导致了最初的遗传差异,而隔离障碍(Nm=0.09)又进一步导致了居群间的遗传分化。基于17个单倍型构建的系统发育树和网络关系图均显示,单倍型H5和H6在居群中的分布范围最广且出现频率最高,表明H5和H6可能为最古老的祖先单倍型。Mantel检验表明居群间的遗传距离与地理距离之间不存在显著的相关性,失配分布检测结果显示穗状狐尾藻在历史上曾发生过扩张事件,而Tajima’s、Fu&Li’s D*和F*检测发现,该物种不存在明显的谱系地理格局,这可能与穗状狐尾藻种子的长距离扩散有关。 展开更多

关键词 穗状狐尾藻 叶绿体dna片段 遗传多样性

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