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基于线粒体COI基因的江西省柑橘木虱种群遗传结构分析
1
作者 黄爱军 马家钰 +1 位作者 周俊 易龙 《环境昆虫学报》 北大核心 2025年第5期1605-1612,共8页
柑橘木虱Diaphorina citri Kuwayama是柑橘新梢期的重要害虫,也是柑橘黄龙病田间传播的最主要媒介昆虫,严重威胁着柑橘产业的健康发展。掌握害虫的种群遗传结构,对于制定有效的防控策略具有重要的参考价值。本研究以柑橘木虱的线粒体CO... 柑橘木虱Diaphorina citri Kuwayama是柑橘新梢期的重要害虫,也是柑橘黄龙病田间传播的最主要媒介昆虫,严重威胁着柑橘产业的健康发展。掌握害虫的种群遗传结构,对于制定有效的防控策略具有重要的参考价值。本研究以柑橘木虱的线粒体COI基因为分子标记,开展江西省柑橘木虱的种群遗传结构和多样性研究。在16个种群316头柑橘木虱供试样本COI基因序列中,共检测到8种单倍型(Hap_1~Hap_8),其中Hap_1占总群体的92.7%,是所有种群中的优势单倍型,单倍型网络图呈现典型的星型结构,且Hap_1处于中心位置,推测Hap_1为所有供试群体的祖先单倍型。总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.139,核苷酸多样性指数(Pi)为0.00022,表现出较低的遗传多样性。XYYS种群与多数种群间分化指数(Fst)大于0.15,呈现出相对较高的分化程度,而其他种群间分化程度低。中性检验及碱基错配分布分析结果表明,江西省柑橘木虱种群经历过快速的种群扩张。本研究结果为系统了解江西省柑橘木虱种群遗传结构提供了基础数据。 展开更多
关键词 柑橘木虱 柑橘黄龙病 coi基因 种群遗传结构
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基于线粒体COI基因序列的中国蚬属遗传多样性和结构分析 被引量：1
2
作者 胡锦硕 邓亚菲 +4 位作者 周春花 王维开 刘雄军 欧阳珊 吴小平 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第4期256-265,共10页
分析中国蚬属不同地理种群的遗传多样性,为蚬属资源保护和可持续开发利用提供参考,也为蚬属分类及地理分布研究提供理论依据。利用线粒体COI基因为分子标记,对2019年采自我国4大流域的13个蚬属地理种群(共计362个样本)进行遗传多样性和... 分析中国蚬属不同地理种群的遗传多样性,为蚬属资源保护和可持续开发利用提供参考,也为蚬属分类及地理分布研究提供理论依据。利用线粒体COI基因为分子标记,对2019年采自我国4大流域的13个蚬属地理种群(共计362个样本)进行遗传多样性和遗传结构研究,构建单倍型系统发育树,并进行种群历史动态分析。结果显示:线粒体COI片段长度为550bp,碱基AT含量明显大于GC含量,碱基组成具有偏好性;362个蚬属样本共检测到40个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.812和0.02908,军山湖(JS)具有低Hd和低π,13个种群中9个种群具有高的遗传多样性水平;系统发育树和网络图均支持中国蚬属分为淡水支和河口支,淡水支包括谱系Ⅰ和谱系Ⅱ,河口支为谱系Ⅲ;长江流域和珠江流域的种群全归于淡水支,淮河流域的种群在2支中均有分布,而东南沿海诸河流域的种群多分布在河口支,蚬属的3个谱系在不同流域中的分布呈现出明显的区域性;13个岘属种群间遗传分化系数FST为0.003~0.089,其中甬江(YJ)种群与其他种群之间的FST最大(0.063~0.089)。遗传分化和基因流分析表明蚬属种群基因交流普遍。种群动态分析除巢湖种群在末次间冰期经历种群扩张外,其他种群均稳定。 展开更多
关键词 蚬属 coi基因 谱系组成 遗传多样性
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基于COI基因的黄河河南-山东段鲤群体遗传结构分析
3
作者 薛向平 孙朝徽 +4 位作者 刘霞 惠筠 李学军 李秀启 司飞 《淡水渔业》 北大核心 2025年第2期43-52,共10页
为了解黄河河南-山东段黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus)野生和养殖群体的种质资源现状,本研究基于线粒体COI基因序列,对黄河河南-山东段的6个野生和2个养殖群体,共计204尾黄河鲤样本进行了遗传多样性分析。研究结果表明,204条长... 为了解黄河河南-山东段黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus)野生和养殖群体的种质资源现状,本研究基于线粒体COI基因序列,对黄河河南-山东段的6个野生和2个养殖群体,共计204尾黄河鲤样本进行了遗传多样性分析。研究结果表明,204条长度为628 bp的COI基因序列中,碱基A、T、C和G的平均含量分别为26.74%、27.41%、28.01%和17.84%,A+T的含量(54.15%)高于C+G的含量(45.85%),表现出明显的AT偏倚性。8个黄河鲤群体共检测到18个多态位点,定义了17个单倍型,Hap2、Hap4和Hap5出现频次最高,其中Hap4和Hap5为8个黄河鲤群体共有单倍型,分布于133个样本中,占总样本数的65.20%。核苷酸多样性(Pi)为0.00097~0.00254,单倍型多样性(Hd)为0.451~0.837,遗传多样性水平总体偏低,表现出高Hd低Pi。山东东阿(DE)群体的遗传多样性最高,其次为河南三门峡(SMX)群体、河南恼里(NL)群体,最低为河南养殖群体(HNYZ)群体。群体间Fst及遗传距离结果显示,黄河口(HHK)群体与其他群体间存在一定程度遗传分化,但不显著,HHK和DE群体的遗传距离最大,河南段柳园口(LYK)群体和河南养殖(HNYZ)群体的遗传距离最小;8个群体的分子方差分析(AMOVA)显示,变异主要来源于群体内,占总变异86.04%;中性检验和碱基错配分布结果分析表明,黄河鲤群体历史上可能经历过扩张或持续增长,当在环境、捕捞等外部压力减小的情况下种群可能实现快速补充,这为当前种群资源量匮乏形势下黄河鲤的种群资源恢复提供了良好信号。 展开更多
关键词 黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus) 线粒体coi基因 遗传多样性 群体遗传进化
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基于COI基因和H3基因分析福建平潭和浙江舟山厚壳贻贝群体的遗传多样性
4
作者 郑泽文 赵文博 +2 位作者 姚海燕 陈志 林岗 《福建农业科技》 2025年第7期7-13,共7页
为探究跨区域引种对厚壳贻贝群体遗传多样性的影响及区域间遗传分化程度,进而为其种质资源保护提供科学依据。采集了福建平潭和浙江舟山岛礁上附着的厚壳贻贝样本,利用线粒体COI基因和细胞核H3基因进行遗传进化分析。结果表明:厚壳贻贝H... 为探究跨区域引种对厚壳贻贝群体遗传多样性的影响及区域间遗传分化程度,进而为其种质资源保护提供科学依据。采集了福建平潭和浙江舟山岛礁上附着的厚壳贻贝样本,利用线粒体COI基因和细胞核H3基因进行遗传进化分析。结果表明:厚壳贻贝H3基因在福建平潭和浙江舟山两群体中无差异,因此不适用于遗传结构研究;两群体厚壳贻贝COI基因序列长度661 bp,序列中A+T含量为60.0%,具备可用于分析的遗传变异、符合线粒体分子标记的特性,且序列稳定可靠。因此,选择COI基因进行后续的厚壳贻贝群体遗传多样性分析。两个群体厚壳贻贝COI基因序列共检测到32个多态位点、19种单倍型,总体单倍型多样性(H_(d))为0.9373,核苷酸多样性(Pi)为0.00682,其中福建平潭群体遗传多样性(H_(d)=0.9579,P_(i)=0.00848)高于浙江舟山群体(H_(d)=0.8421,Pi=0.00404)。两个厚壳贻贝群体间的遗传分化系数Fst=0.00196(P<0.01),AMOVA分析表明两个厚壳贻贝群体中92.07%的遗传变异来自群体内;单倍型网络图和UPGMA树显示,19个单倍型中仅2个为共享单倍型,且呈现明显地理分支结构。研究结果为厚壳贻贝种质资源保护及可持续利用提供了基础。 展开更多
关键词 厚壳贻贝 coi基因 H3基因 遗传结构 种质资源
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基于COI基因的长春鳊与6种鲤科鱼类系统发育分析
5
作者 李玲雪 柳鹏 +3 位作者 郑伟 闫春梅 彭思博 刘宇婷 《水产养殖》 2025年第10期1-5,32,共6页
对长春鳊及6种鲤科鱼类的35个个体COI基因进行测序,并结合GenBank下载18条同源序列共7种53个个体进行系统发育分析。结果表明,53个个体COI基因序列的A、T、C、G的平均含量分别为26.33%、28.59%、28.12%和16.96%,有保守位点490个,变异位... 对长春鳊及6种鲤科鱼类的35个个体COI基因进行测序,并结合GenBank下载18条同源序列共7种53个个体进行系统发育分析。结果表明,53个个体COI基因序列的A、T、C、G的平均含量分别为26.33%、28.59%、28.12%和16.96%,有保守位点490个,变异位点128个,简约信息位点126个,序列中转换大于颠换。种间遗传距离显示,长春鳊与鳙的遗传距离最大(0.0742),与团头鲂的遗传距离最小(0.0377)。分子系统进化树显示,7种鱼大致形成2个分支,一支为翘嘴鲌、团头鲂、长春鳊,另一支为鲢、鳙、青鱼、草鱼。指出,种间遗传距离、系统发育树的结构特征分析与传统的分类学观点相符。 展开更多
关键词 coi基因 长春鳊 系统进化
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基于COI基因的倒刺鲃属鱼类系统分类研究
6
作者 赖洁 叶树政 +5 位作者 黄文炜 李斯迅 邓彬华 韩崇 桂林 李强 《湖南农业科学》 2025年第4期100-104,共5页
为开展倒刺鲃属鱼类下属各种的分类研究,基于线粒体COI基因对倒刺鲃属5种鱼类进行分子鉴定和系统发育分析。结果表明:倒刺鲃属各物种种间遗传距离均大于0.02,而各物种种内遗传距离均小于0.02;系统发育树结果显示,刺鲃与光倒刺鲃聚为支系... 为开展倒刺鲃属鱼类下属各种的分类研究,基于线粒体COI基因对倒刺鲃属5种鱼类进行分子鉴定和系统发育分析。结果表明:倒刺鲃属各物种种间遗传距离均大于0.02,而各物种种内遗传距离均小于0.02;系统发育树结果显示,刺鲃与光倒刺鲃聚为支系Ⅰ,云南倒刺鲃与倒刺鲃先构成一小支,再与中华倒刺鲃聚为一支构成支系Ⅱ;支系Ⅱ与支系Ⅰ共同构成倒刺鲃属;刺鲃与光倒刺鲃各处于2个独立的分支,且二者间遗传距离比各自与同分支上的物种间遗传距离大。该研究结果表明,线粒体COI基因序列能有效地对倒刺鲃属鱼类进行物种鉴定,可用于探讨倒刺鲃属的系统发育研究。 展开更多
关键词 倒刺鲃属 物种分类 DNA条形码 coi基因 系统发育
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基于线粒体COI和18S rRNA基因构建舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库
7
作者 冼华琳 汤昌盛 +5 位作者 张杨阳 张晓林 廖智 周钰琴 谢舒烨 严小军 《南方水产科学》 北大核心 2025年第4期85-97,共13页
为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank... 为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank参考数据库获取相关数据,共收集浮游动物线粒体COI基因序列195条和核糖体18S rRNA基因序列134条,初步建立了舟山海域浮游动物条形码数据库。对最优势类群桡足类进行了种间和种内遗传距离的计算分析。结果显示:桡足类COI基因序列种间平均遗传距离为0.3136,是种内平均遗传距离的34.09倍;18S rRNA基因序列的种间平均遗传距离为0.2628,是种内平均遗传距离的26.82倍。COI基因序列的种间和种内遗传距离存在明显的条形码间隔,而18S rRNA基因序列的种间和种内遗传距离存在重叠,没有明显的条形码间隔。基于COI和18S rRNA基因序列构建的系统发育树表明,2种条形码基因在目和科水平上均能有效区分不同的浮游动物类群。舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库的建立,有利于浮游动物种类鉴定及多样性评估,并为该海域海洋生态环境状况评价提供科学依据。 展开更多
关键词 浮游动物 coi基因 18S rRNA基因 DNA条形码数据库 舟山海域
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基于线粒体D-loop区和COI基因序列的毕节地区2种裂腹鱼遗传多样性分析
8
作者 刘伟 王霞 +3 位作者 向燕 吕振宇 曾圣 詹会祥 《贵州农业科学》 2025年第7期81-89,共9页
【目的】探明贵州毕节地区昆明裂腹鱼(Schizothorax grahami)和四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)的遗传多样性,为其种质资源保护及增殖放流提供参考。【方法】以线粒体D-loop区和COI基因为分子标记,分析2种裂腹鱼的遗传多样性。【结果... 【目的】探明贵州毕节地区昆明裂腹鱼(Schizothorax grahami)和四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)的遗传多样性,为其种质资源保护及增殖放流提供参考。【方法】以线粒体D-loop区和COI基因为分子标记,分析2种裂腹鱼的遗传多样性。【结果】基于线粒体D-loop区和COI基因序列,38尾昆明裂腹鱼分别定义10种和9种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.781、0.630和0.00644、0.00373;34尾四川裂腹鱼分别定义5种和4种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.524、0.485和0.00262、0.00121。中性检测及核苷酸错配分布表明,2种裂腹鱼近期可能未经历大规模种群扩张事件。【结论】毕节地区昆明裂腹鱼的遗传多样性处于中等水平,而四川裂腹鱼的遗传多样性较低。 展开更多
关键词 昆明裂腹鱼 四川裂腹鱼 D-LOOP区 coi基因 遗传多样性
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三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究 被引量：57
9
作者 郭天慧 孔晓瑜 +1 位作者 陈四清 喻子牛 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期22-28,共7页
本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小... 本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 16S RRNA基因 coi基因 PCR 片段序列
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3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究 被引量：33
10
作者 陈丽梅 孔晓瑜 +2 位作者 喻子牛 于珊珊 徐晖 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期27-32,共6页
对3种蛏类大竹蛏(Solen grandis),长竹蛏(Solen strictus)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究.得到的序列总长度分别为472～481bp(16S)和658bp(COI).3种蛏序列的碱... 对3种蛏类大竹蛏(Solen grandis),长竹蛏(Solen strictus)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究.得到的序列总长度分别为472～481bp(16S)和658bp(COI).3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例(16S rRNA基因62.1%;COI基因62.8%).对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,3种类间存在128个碱基变异位点(其中包括127个简约信息位点)和5个插入/缺失位点,总共12个碱基长;COI片段有200个碱基存在变异,其中包括191个简约信息位点,不存在任何插入/缺失位点.数据分析结果表明16S rRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0.0856和0.1712,两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0.3054,0 2798和0.2662,0.2933.作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平,结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点.3种蛏类线粒体16S rRNA和COI基因在种间明显的多态性,证实了16S rRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析. 展开更多
关键词 竹蛏科 线粒体 16S RRNA基因 coi基因
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中国东南沿海青蟹属不同种类的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育 被引量：26
11
作者 林琪 李少菁 +1 位作者 黎中宝 王桂忠 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期268-273,共6页
对采自中国东南沿海青蟹属的4种青蟹锯缘青蟹Scylla serrata(Forskal,1775),紫螯青蟹S.tranquebarica(Fab-ricius,1798),榄绿青蟹S.olivacea(Herbst,1796),拟穴青蟹S.paramamosain(Estampador,1949)的线粒体COI基因片段进行了测定,分析... 对采自中国东南沿海青蟹属的4种青蟹锯缘青蟹Scylla serrata(Forskal,1775),紫螯青蟹S.tranquebarica(Fab-ricius,1798),榄绿青蟹S.olivacea(Herbst,1796),拟穴青蟹S.paramamosain(Estampador,1949)的线粒体COI基因片段进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系.研究结果显示:4种青蟹在COI基因片段上存在差异,种间序列差异远大于种内差异.青蟹属在我国的优势种与GenBank上的S.paramamosain的遗传距离为0.001 3,与S.ser-rata的遗传距离为0.121 3.序列特征、遗传距离和系统进化等分析结果表明中国青蟹属的优势种为拟穴青蟹S.para-mamosain. 展开更多
关键词 青蟹属 MTDNA coi 基因序列 系统发育
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中华哲水蚤线粒体DNA COI基因序列分析 被引量：17
12
作者 林元烧 方旅平 +1 位作者 曹文清 李少菁 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期90-93,共4页
采用苯酚 氯仿 异戊醇(25∶24∶1)提取、异丙醇沉淀、酒精洗涤、TE缓冲液保存方法提取了采自胶州湾青岛海域的中华哲水蚤基因组DNA;以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNA细胞色素氧化酶 I亚基基因(mtCOI)片段;PCR产物采用化学法进行质粒重... 采用苯酚 氯仿 异戊醇(25∶24∶1)提取、异丙醇沉淀、酒精洗涤、TE缓冲液保存方法提取了采自胶州湾青岛海域的中华哲水蚤基因组DNA;以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNA细胞色素氧化酶 I亚基基因(mtCOI)片段;PCR产物采用化学法进行质粒重组(载体pGEM T Easy Vector)、热休克转化重组质粒至大肠杆菌感受态细胞(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养;测序.结果表明,中华哲水蚤线粒体COI碱基大小为710 bp(国际基因库索引号AY665663),其碱基组成A、C、G、T含量分别为24.23%、19.15%、22.54%和34.08%;G+C含量为41.69%,A+T为58.31%. 展开更多
关键词 中华哲水蚤 碱基 G+C 线粒体DNA 感受态细胞 PCR产物 基因序列分析 含量 醇沉 重组质粒
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中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体COI基因片段的序列比较研究 被引量：56
13
作者 孔晓瑜 喻子牛 +2 位作者 刘亚军 高天翔 武云飞 《青岛海洋大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2001年第6期861-866,共6页
以相应引物 PCR扩增了黄河口中华绒螯蟹线粒体细胞色素氧化酶 I亚基基因 (COI)片段 ,PCR产物经 T载体连接之后进行克隆、测序 ,得到 70 9bp的碱基序列 ,其 A,T,G,C含量分别为 34.4 1% ,2 7.93% ,2 0 .0 3%和 17.6 3%。并比较它与珠江流... 以相应引物 PCR扩增了黄河口中华绒螯蟹线粒体细胞色素氧化酶 I亚基基因 (COI)片段 ,PCR产物经 T载体连接之后进行克隆、测序 ,得到 70 9bp的碱基序列 ,其 A,T,G,C含量分别为 34.4 1% ,2 7.93% ,2 0 .0 3%和 17.6 3%。并比较它与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列和日本绒螯蟹 COI序列的差异 ,发现黄河口中华绒螯蟹与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列完全相同 ,而与日本绒螯蟹差异非常明显 ,70 9或 6 5 8(不计引物 )位点中核苷酸差异数为 32 ,核苷酸差异率为 4 .5 1%或 4 .86 % (不计引物 ) ,其中 2 5个位点为转换 ,7个位点为颠换。作者倾向于支持存在中华绒螯蟹和日本绒螯蟹 。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 日本绒螯蟹 细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因 序列测定 碱基序列
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北京地区7种常见嗜尸性蝇类的COI基因序列分析及DNA条形码的建立 被引量：28
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作者 陈庆 白洁 +7 位作者 刘力 林红斌 唐晖 赵伟 周红章 严江伟 刘雅诚 胡松年 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期202-209,共8页
嗜尸性蝇类在命案死亡时间和现场推断方面有着十分重要的应用,而DNA条形编码技术能摆脱对虫卵和幼虫的饲养以及后续物种鉴定方面专业知识的依赖,有助于实现现场采集蝇类样本的快速鉴定。本研究采集了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种共77个... 嗜尸性蝇类在命案死亡时间和现场推断方面有着十分重要的应用,而DNA条形编码技术能摆脱对虫卵和幼虫的饲养以及后续物种鉴定方面专业知识的依赖,有助于实现现场采集蝇类样本的快速鉴定。本研究采集了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种共77个个体的样本,测定了所有个体线粒体DNA上细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因1 120bp的序列。基于序列的系统发生分析显示,同一物种不同个体的序列均以高达99%的支持值聚集在一起。序列间的分歧统计表明这些蝇类在物种内的个体分歧不超过1%,而不同物种间的净分歧均超过7.74%,最高可达14.85%。滑动窗口分析表明,在整个序列区段种间差异位点存在较平均的分布。通过测定COI基因的序列,建立了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种的DNA条形码,据此实现了对这些物种准确、快速、简单的区分和鉴定,同时也为后续应用于物种鉴定的种属特异性位点之筛选提供了基础数据。 展开更多
关键词 法医昆虫学 嗜尸性蝇类 物种鉴定 线粒体coi基因 DNA条形码 北京
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基于线粒体COI基因序列探讨广西钦州湾牡蛎的遗传分化 被引量：18
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作者 李咏梅 陈秀荔 +6 位作者 彭敏 马宁 黎铭 杨春玲 蒋伟明 曾地刚 陈晓汉 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2009年第3期60-65,共6页
【目的】初步了解我国广西钦州湾牡蛎的遗传多样性及其分类和系统进化情况。【方法】以采自广西钦州湾的37个白肉牡蛎和29个红肉牡蛎个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,检测牡蛎的遗传多样... 【目的】初步了解我国广西钦州湾牡蛎的遗传多样性及其分类和系统进化情况。【方法】以采自广西钦州湾的37个白肉牡蛎和29个红肉牡蛎个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,检测牡蛎的遗传多样性;计算牡蛎不同单倍型及GenBank中已登载的4种牡蛎间的遗传距离,采用聚类分析方法,构建其NJ和UPGMA系统进化树。【结果】66个白肉牡蛎和红肉牡蛎线粒体COI基因片段的PCR产物大小约为600 bp,扩增产物纯化并去除引物序列后获得约535 bp的核苷酸序列;碱基组成平均为:T 37.5%,C18.2%,A 23.8%,G 20.5%,A+T 60.5%,C+G 39.5%,A+T含量高于G+C含量。运用DNAStar软件对66个钦州湾牡蛎序列进行比对,白肉牡蛎中共检测到4个多态位点,包括3个转换位点和1个颠换位点,有4种单倍型;红肉牡蛎中共检测到26个多态位点,转换位点和颠换位点各13个,有3种单倍型。GenBank中香港牡蛎COI序列与白肉牡蛎的遗传距离为0.000,有明巨牡蛎COI序列与红肉牡蛎的遗传距离为0.011,白肉牡蛎与红肉牡蛎的遗传距离为0.146;NJ和UPGMA系统进化树表明,白肉牡蛎与红肉牡蛎亲缘关系较远,白肉牡蛎与香港牡蛎聚为一支,红肉牡蛎与有明巨牡蛎聚为一支。【结论】序列特征、遗传距离和系统进化树分析结果表明,COI基因可用于牡蛎的种类鉴定和系统发育分析。 展开更多
关键词 牡蛎 coi基因 线粒体 广西
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COI基因DNA条形码技术在福建省蜱类鉴定中的应用 被引量：10
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作者 周淑姮 肖方震 +3 位作者 刘维俊 刘菁 韩腾伟 邓艳琴 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期25-31,共7页
目的探讨基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因的DNA条形码技术应用于福建省蜱类鉴定的可行性。方法蜱标本经形态学鉴定后提取基因组DNA,PCR扩增COI基因片段,并进行测序和比对,用Kimura-2-parameter模型计算种内及种间遗传距离,以... 目的探讨基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因的DNA条形码技术应用于福建省蜱类鉴定的可行性。方法蜱标本经形态学鉴定后提取基因组DNA,PCR扩增COI基因片段,并进行测序和比对,用Kimura-2-parameter模型计算种内及种间遗传距离,以邻接法构建系统发育树。结果经形态学鉴定,97只蜱隶属于5属12种,遗传距离计算结果显示,种间遗传距离(14.65%~26.79%)显著大于种内遗传距离(0~7.14%);BLAST同源性比对发现GenBank数据库中尚无越原血蜱(Haemophysalis Yeni)与基刺硬蜱(Ixodes spinicoxalis)的COI基因序列,褐黄血蜱(H.flava)、台岛血蜱(H.formosensis)、豪猪血蜱(H.hystricis)、粒形硬蜱(I.granulatus)、微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus)与血红扇头蜱(R.sanguineus)的形态学鉴定与DNA条形码鉴定结果一致,但是,龟形花蜱(Amblyomma testudinarium)、台湾革蜱(Dermacentor taiwanensis)、中华硬蜱(I.sinensis)的形态学鉴定与COI基因DNA条形码鉴定结果不一致;系统发育树显示,同一物种的不同个体均形成高支持率的单系,种间分支很明显。结论COI基因DNA条形码测定是一种快速准确的蜱类鉴定新兴技术,但现阶段,COI基因DNA条形码技术尚不能完全脱离传统的形态学鉴定而独立进行,两者应有机结合。 展开更多
关键词 coi基因 蜱类 DNA条形码技术 分子鉴定 系统发育 福建
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中国沿海长蛸(Octopus variabilis)自然群体线粒体COI基因遗传多样性研究 被引量：16
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作者 孙宝超 杨建敏 +4 位作者 孙国华 刘相全 刘丽娟 王卫军 郑小东 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期259-265,共7页
对我国沿海5个自然群体长蛸的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得658bp核苷酸片段,其中碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.02%、18.46%、30.15%和14.35%,AT的含量明显高于GC的含量。5个自然群体的长蛸... 对我国沿海5个自然群体长蛸的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得658bp核苷酸片段,其中碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.02%、18.46%、30.15%和14.35%,AT的含量明显高于GC的含量。5个自然群体的长蛸中共发现18个变异位点,得到15个单倍型,包括4个共享单倍型,其中青岛群体的核苷酸差异数K以及平均核苷酸多样性指数Pi最高,烟台群体最低;群体间,青岛群体在群体间核苷酸差异数K、群体间平均每位点核苷酸替代数Dxy和群体间每位点净核苷酸替代数Da三个指标上都表现出比其它群体之间较高的水平,说明青岛群体具有最为丰富的遗传多样性。MEGA3.1软件计算5个群体间的Kimura2-paramter遗传距离,大连群体和青岛群体之间的遗传距离最远为0.0077,而大连群体与烟台群体之间的遗传距离最低,为0.0029。AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.17410(P<0.05),群体间遗传分化远小于群体内。NJ法和UPGMA法构建的分子进化树,5个地理群体的长蛸聚为两个族群,大连、烟台群体聚为一族群,青岛、连云港和舟山群体聚为另一族群。 展开更多
关键词 长蛸 coi基因 PCR 遗传多样性
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基于线粒体基因Cytb和COI的蝗科中五亚科分子系统发育关系分析(直翅目:蝗总科)(英文) 被引量：12
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作者 王乃馨 封霞 +2 位作者 蒋国芳 方宁 轩文娟 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1187-1195,共9页
本研究基于Cytb基因和COI基因的部分序列来推断17种蝗虫之间的系统发育关系。这17种蝗虫均采自国内,代表了蝗科(Acrididae)5个亚科:黑蝗亚科(Melanoplinae)、斑腿蝗亚科(Catantopinae)、刺胸蝗亚科(Cyrtacanthacridinae)、斑翅蝗亚科(Oe... 本研究基于Cytb基因和COI基因的部分序列来推断17种蝗虫之间的系统发育关系。这17种蝗虫均采自国内,代表了蝗科(Acrididae)5个亚科:黑蝗亚科(Melanoplinae)、斑腿蝗亚科(Catantopinae)、刺胸蝗亚科(Cyrtacanthacridinae)、斑翅蝗亚科(Oedipodinae)和大足蝗亚科(Gomphocerinae)。采用联合序列方法进行分析,结果显示:Cytb和COI联合序列长度为1998bp,其中A和T总含量为72.13%,G和C总含量为27.87%。联合序列共包含了889个保守位点,1109个变异位点,在这些变异位点中有838个简约信息位点。系统发生树采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)进行构建。使用蜢总科的变色乌蜢Erianthus versicolor和Erianthus sp.两个种作为外群。结果表明:大足蝗亚科和斑腿蝗亚科的单系性没有得到支持。斑翅蝗亚科内部各种聚成一个大支,在本研究中该亚科的单系性得到支持,与前人的研究结论相同。大足蝗亚科、斑腿蝗亚科、刺胸蝗亚科和黑蝗亚科这4科关系非常近,可以考虑将其合并为一个亚科。同时,我们发现基于Cytb和COI基因联合序列推断蝗科内各亚科间的系统发生关系并不十分可靠。 展开更多
关键词 直翅目 蝗科 线粒体DNA CYTB基因 coi基因 系统发育
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4种鳕鱼线粒体16SrRNA、COI和Cytb基因片段序列的比较研究 被引量：51
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作者 毕潇潇 高天翔 +1 位作者 肖永双 李永振 《南方水产》 2009年第3期46-52,共7页
对狭鳕(Theragra chalcogramma)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、蓝鳕(Micromesistius poutassou)和远东宽突鳕(Eleginus gracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16S rRNA、Cytochrome oxidase subunit I(COI)和细胞色素b(Cytb)基因片段序列... 对狭鳕(Theragra chalcogramma)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、蓝鳕(Micromesistius poutassou)和远东宽突鳕(Eleginus gracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16S rRNA、Cytochrome oxidase subunit I(COI)和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行了测定,分析比较了不同鳕鱼种间的序列差异。通过PCR扩增和序列测定,得到4种鳕鱼线粒体3个基因片段的总长度分别为539bp(16S rRNA)、601bp(COI)和385bp(Cytb),其基因片段的A+T含量都较高。4种鳕鱼种内个体间序列变异较小,3个基因片段的核苷酸替代速率依次为Cytb>COI>16S rRNA。Cytb基因片段序列的分析结果显示太平洋鳕和狭鳕间分歧时间约为219万年,发生于中新世(Mio-cene);宽突鳕与蓝鳕间分歧时间约为653万年,发生在上新世(Pliocene)。根据遗传距离构建的NJ系统树表明,狭鳕与太平洋鳕的亲缘关系较近,与蓝鳕的亲缘关系较远。 展开更多
关键词 鳕鱼 16S rRNA基因 coi基因 CYT b基因 序列分析
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基于mtDNA COI基因的离腹寡毛实蝇属常见种DNA条形码识别和系统发育分析 被引量：25
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作者 刘慎思 张桂芬 万方浩 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期343-355,共13页
【目的】离腹寡毛实蝇属Bactrocera昆虫是最具经济重要性的实蝇类害虫，本研究依据mtDNA COI基因碱基序列对离腹寡毛实蝇属常见实蝇种类进行识别鉴定与系统发育分析。【方法】以口岸经常截获的离腹寡毛实蝇属8个亚属21种实蝇为对象，采... 【目的】离腹寡毛实蝇属Bactrocera昆虫是最具经济重要性的实蝇类害虫，本研究依据mtDNA COI基因碱基序列对离腹寡毛实蝇属常见实蝇种类进行识别鉴定与系统发育分析。【方法】以口岸经常截获的离腹寡毛实蝇属8个亚属21种实蝇为对象，采用DNA条形码技术，通过对mtDNA COI基因片段 （约650 bp）的测序和比对，以MEGA软件的K2-P双参数模型计算种内及种间遗传距离，以邻接法（NJ） 构建系统发育树。【结果】聚类分析与形态学鉴定结果一致，除11种单一序列实蝇外，其他10种实蝇均各自形成一个单系，节点支持率为99%以上。种内（10种）遗传距离为0.0003～0.0068，平均为0.0043；种间（21种）遗传距离为0.0154～0.2395，平均为0.1540；种间遗传距离为种内遗传距离的35.8倍，而且种内、种间遗传距离没有重叠区域。【结论】基于mtDNA COI基因的DNA条形码技术可以用于离腹寡毛实蝇属昆虫的快速鉴定识别，该技术体系的建立对实蝇类害虫的检测监测具有重要意义。 展开更多
关键词 离腹寡毛实蝇属 DNA条形码 MTDNA coi基因 物种鉴定 分子系统发育
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