【目的】鉴定青海茄参(Mandragora chinghaiensis Kuang et A.M.Jl)CML基因家族成员,探究其对冷胁迫的响应。【方法】基于课题组的全长转录组数据,利用生物信息学技术对青海茄参CML基因家族的成员及其蛋白理化性质、系统发育过程、基因...【目的】鉴定青海茄参(Mandragora chinghaiensis Kuang et A.M.Jl)CML基因家族成员,探究其对冷胁迫的响应。【方法】基于课题组的全长转录组数据,利用生物信息学技术对青海茄参CML基因家族的成员及其蛋白理化性质、系统发育过程、基因结构等进行分析。【结果】在青海茄参中共鉴定出19个CML基因家族成员,亚细胞定位主要在细胞核,含有1~4个EF-hand结构域,二三级结构主要由α-螺旋组成;基序分析发现,McCMLs蛋白含有4个典型的EF手部基序;系统进化树分析显示,McCMLs蛋白被分为3个亚族。冷胁迫表达模式分析表明,McCML基因家族在冷胁迫下差异表达,其中McCML3、McCML7表达量显著上调。【结论】通过对McCML基因家族进行鉴定和分析,筛选出McCML3、McCML7作为青海茄参抗寒候选基因,为后期研究其抗寒分子机制提供理论基础。展开更多
文摘【目的】鉴定青海茄参(Mandragora chinghaiensis Kuang et A.M.Jl)CML基因家族成员,探究其对冷胁迫的响应。【方法】基于课题组的全长转录组数据,利用生物信息学技术对青海茄参CML基因家族的成员及其蛋白理化性质、系统发育过程、基因结构等进行分析。【结果】在青海茄参中共鉴定出19个CML基因家族成员,亚细胞定位主要在细胞核,含有1~4个EF-hand结构域,二三级结构主要由α-螺旋组成;基序分析发现,McCMLs蛋白含有4个典型的EF手部基序;系统进化树分析显示,McCMLs蛋白被分为3个亚族。冷胁迫表达模式分析表明,McCML基因家族在冷胁迫下差异表达,其中McCML3、McCML7表达量显著上调。【结论】通过对McCML基因家族进行鉴定和分析,筛选出McCML3、McCML7作为青海茄参抗寒候选基因,为后期研究其抗寒分子机制提供理论基础。
