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分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式
1
作者
王恒越
张志勇
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期1-6,I0007,共7页
分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直...
分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直到2014年,PDB文件格式一直是蛋白质结构的标准格式。然而,PDB格式存在一些内在缺陷,例如以固定宽度存储结构信息,这对于超大型蛋白质复合物来说存在问题。因此,CIF文件格式被提出来替代PDB格式,前者的特点是具有出色的扩展性。据我们所知,目前主流的MD软件包只支持PDB格式,而不直接支持CIF格式。在本研究中,我们修改了一个MD软件包GROMACS的源代码,使其能够支持输入CIF格式的蛋白质结构文件,并生成拓扑文件。这项工作将简化大型蛋白质复合物MD模拟中的预处理过程。
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关键词
蛋白质数据库
PDB格式
cif
格式
分子动力学模拟
GROMACS
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职称材料
一种由CIF到PAL制的视频编码器
2
作者
罗煜
李靖华
余松煜
《数据采集与处理》
CSCD
1997年第1期61-64,共4页
提出了一种从CIF恢复到全电视信号的方法，这种方法使用了乒乓结构和查表形式，在这种结构的基础上可以扩展出画中画和汉字叠加等功能。同时还可以在信道发生误码时对错误帧进行掩盖．本文还对其中—些可以采用多种方法实现的部分作了...
提出了一种从CIF恢复到全电视信号的方法，这种方法使用了乒乓结构和查表形式，在这种结构的基础上可以扩展出画中画和汉字叠加等功能。同时还可以在信道发生误码时对错误帧进行掩盖．本文还对其中—些可以采用多种方法实现的部分作了实验和比较．对于QCIF，MPEG-1的SIF以及MPEG－2中的多种格式只需作很少的改动就能适用．因此可以广泛地应用于数字电视会议、数字监视和数字视盘等系统中．本文所描述的方法已用于实际的多个系统，具有很强的稳定住和可靠性。
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关键词
视频编码器
cif
PAL制
电视信号
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职称材料
对称相位函数掩模化的研究
3
作者
白临波
杜春雷
李展
《光子学报》
EI
CAS
CSCD
2000年第3期255-259,共5页
本文对各种连续对称相位函数及其特性进行了分析 ,讨论了相位函数的 2 π调制、2 N 和 N - 1法量化等问题及数据处理过程 ,提出二元衍射元件 CIF( Caltech IntermediateForm)格式掩模数据的生成方法 ,并建立了实用软件 。
关键词
相位函数
掩模化
激光直写
衍射光学元件
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职称材料
题名
分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式
1
作者
王恒越
张志勇
机构
中国科学技术大学物理系
出处
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期1-6,I0007,共7页
基金
supported by the National Key Research and Development Program of China (2021YFA1301504)
the National Natural Science Foundation of China (91953101)
the Chinese Academy of Sciences Strategic Priority Research Program (XDB37040202)。
文摘
分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直到2014年,PDB文件格式一直是蛋白质结构的标准格式。然而,PDB格式存在一些内在缺陷,例如以固定宽度存储结构信息,这对于超大型蛋白质复合物来说存在问题。因此,CIF文件格式被提出来替代PDB格式,前者的特点是具有出色的扩展性。据我们所知,目前主流的MD软件包只支持PDB格式,而不直接支持CIF格式。在本研究中,我们修改了一个MD软件包GROMACS的源代码,使其能够支持输入CIF格式的蛋白质结构文件,并生成拓扑文件。这项工作将简化大型蛋白质复合物MD模拟中的预处理过程。
关键词
蛋白质数据库
PDB格式
cif
格式
分子动力学模拟
GROMACS
Keywords
Protein Data Bank
PDB
format
cif format
molecular dynamics simulation
GROMACS
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
一种由CIF到PAL制的视频编码器
2
作者
罗煜
李靖华
余松煜
机构
上海交通大学图象处理与模式识别研究所
出处
《数据采集与处理》
CSCD
1997年第1期61-64,共4页
文摘
提出了一种从CIF恢复到全电视信号的方法，这种方法使用了乒乓结构和查表形式，在这种结构的基础上可以扩展出画中画和汉字叠加等功能。同时还可以在信道发生误码时对错误帧进行掩盖．本文还对其中—些可以采用多种方法实现的部分作了实验和比较．对于QCIF，MPEG-1的SIF以及MPEG－2中的多种格式只需作很少的改动就能适用．因此可以广泛地应用于数字电视会议、数字监视和数字视盘等系统中．本文所描述的方法已用于实际的多个系统，具有很强的稳定住和可靠性。
关键词
视频编码器
cif
PAL制
电视信号
Keywords
video systems
digital to analog converters
PAL colour television system
cif format
分类号
TN941.1 [电子电信—信号与信息处理]
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职称材料
题名
对称相位函数掩模化的研究
3
作者
白临波
杜春雷
李展
机构
中国科学院光电技术研究所
出处
《光子学报》
EI
CAS
CSCD
2000年第3期255-259,共5页
文摘
本文对各种连续对称相位函数及其特性进行了分析 ,讨论了相位函数的 2 π调制、2 N 和 N - 1法量化等问题及数据处理过程 ,提出二元衍射元件 CIF( Caltech IntermediateForm)格式掩模数据的生成方法 ,并建立了实用软件 。
关键词
相位函数
掩模化
激光直写
衍射光学元件
Keywords
Phase function
Masking
Direct laser writing
cif format
分类号
O436.1 [机械工程—光学工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式
王恒越
张志勇
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
一种由CIF到PAL制的视频编码器
罗煜
李靖华
余松煜
《数据采集与处理》
CSCD
1997
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
对称相位函数掩模化的研究
白临波
杜春雷
李展
《光子学报》
EI
CAS
CSCD
2000
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
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