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长江水系草鱼遗传多样性的微卫星DNA分析 被引量：66
1
作者 廖小林 俞小牧 +1 位作者 谭德清 童金苟 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期113-119,共7页
利用已发表的鲤微卫星引物在草鱼中进行PCR扩增 ,结果有 5对引物 (6个座位 )能成功扩增并且有较高多态性 ,等位基因数在 3— 7个之间。这些异种扩增的草鱼微卫星符合孟德尔遗传规律。测序证明草鱼中的微卫星核心重复序列部分与鲤中的原... 利用已发表的鲤微卫星引物在草鱼中进行PCR扩增 ,结果有 5对引物 (6个座位 )能成功扩增并且有较高多态性 ,等位基因数在 3— 7个之间。这些异种扩增的草鱼微卫星符合孟德尔遗传规律。测序证明草鱼中的微卫星核心重复序列部分与鲤中的原始核心序列相似 ,也有一些变化。随后用这 6个多态微卫星座位研究了来自长江水系的四个草鱼群体的遗传结构 ,结果显示每个群体的平均等位基因数在 3 8与 4 8之间 ,平均观测杂合度 (Ho)在0 4 0 0 0与 0 5 74 1之间 ,平均期望杂合度 (HE)在 0 4 773与 0 6 4 89之间 ,有多个座位在不同的群体中偏离哈代 -温伯格平衡。遗传距离分析表明四川群体与洞庭湖群体遗传距离最远 ,而嘉鱼群体与鄱阳湖群体遗传距离较近。分子变异分析 (AMOVA)表明 ,群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的 95 6 0 %与 4 4 0 % ,固定系数 (FST)为 0 0 4 4 ,这表明长江水系草鱼目前的群体分化很微弱。 展开更多
关键词 草鱼 杂合度 群体遗传 微卫星座位 遗传多样性 引物 鱼群 等位基因 扩增 体内
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我国水稻主栽品种SSR多样性的比较分析 被引量：76
2
作者 华蕾 袁筱萍 +4 位作者 余汉勇 王一平 徐群 汤圣祥 魏兴华 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期150-154,共5页
采用40个SSR标记,比较分析了151份20世纪50年代(78份)和近10年(73份)我国常规稻主栽品种的遗传差异,发现有39个标记具有多态性,多态性位点共检测到213个等位基因,每个位点2～11个,平均5.5个;平均Nei基因多样性指数(He)为0.649,范围在0.3... 采用40个SSR标记,比较分析了151份20世纪50年代(78份)和近10年(73份)我国常规稻主栽品种的遗传差异,发现有39个标记具有多态性,多态性位点共检测到213个等位基因,每个位点2～11个,平均5.5个;平均Nei基因多样性指数(He)为0.649,范围在0.309(RM174)～0.869(RM418)。籼粳亚种间SSR多样性差异明显,籼稻平均等位基因数(Na)和Nei基因多样性指数(Na=4.4,He=0.458)均高于粳稻品种(Na=4.0,He=0.395)。比较了78份20世纪50年代与73份近10年水稻主栽品种的遗传多样性,籼、粳亚种表现出相近的变化趋势,即Nei多样性指数和等位基因数20世纪50年代主栽品种高于近10年的。虽然Nei基因多样性指数的变化并不显著(籼稻:z=1.471,P=0.141;粳稻:z=1.932,P=0.053),但等位基因数目的变化达到显著水平(籼稻:z=2.677,P=0.007;粳稻:z=3.441,P=0.001)。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异绝大部分存在于两时期内,尽管时期间平均贡献的遗传变异仅占1.9%,但仍然达到5%的显著水平;籼、粳亚种两时期间平均贡献的遗传变异高于整个分析样本,分别为5.0%和8.2%;籼、粳亚种不同位点的遗传分化程度也各不相同,籼稻和粳稻品种分别有13个(占33.3%)和11个(占28.2%)SSR位点的等位基因在两时期间差异显著,而其余位点的遗传变异则是因时期内品种间的差异引起的。研究表明近10年我国常规稻主栽品种丢失了一部分等位基因,水稻育种仍应加强更广泛的种质亲本的选择。 展开更多
关键词 水稻 主栽品种 微卫星标记 遗传多样性 分子方差分析
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不同地理来源旱稻种质资源的遗传多样性分析 被引量：29
3
作者 王一平 魏兴华 +4 位作者 华蕾 袁筱萍 余汉勇 徐群 汤圣祥 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期2034-2040,共7页
用38对SSR引物对144份不同地理来源的早稻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，共检测到137个等位变异，平均每对引物检测到3．6个，等位变异范围2～9。Nei基因多样性指数（He）在0．440（RMl62）～0．854（RM335）之间，平均O．598... 用38对SSR引物对144份不同地理来源的早稻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，共检测到137个等位变异，平均每对引物检测到3．6个，等位变异范围2～9。Nei基因多样性指数（He）在0．440（RMl62）～0．854（RM335）之间，平均O．598。早稻种质资源亚种问SSR多样性差异明显，籼稻的等位基因数目和Nei基因多样性指数（Na=3．5，胁：0．558）明显高于粳稻（Na=3．2，He=0．415）。Nei基因多样性指数以亚洲最高，非洲最低，亚洲其他国家（He=O．594）〉中国（He=0、593）〉南美（He=0．545）〉非洲（He=0．512）。AMOVA分析表明，早稻种质资源的遗传变异主要来自亚种内（占总变异的76．3％），亚种间遗传分化极显著。系统聚类能较好地区分籼粳亚种，但不能区分地理组。早稻种质资源丰富的遗传多样性为水稻节水抗旱品种的选育提供了条件。 展开更多
关键词 早稻种质资源 SSR 遗传多样性 分了方差分析
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利用荧光SSR标记分析中国油橄榄品种遗传多样性 被引量：17
4
作者 李金花 俞宁 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期47-55,共9页
为研究我国53个油橄榄品种(13个引种驯化选育品种和40个引种品种)的遗传变异,利用SSR荧光标记技术对从甘肃的陇南、四川的西昌、广元和云南的永仁5个地点收集的107份材料进行遗传多样性分析。20对引物共检测出294个等位变异,每对引物的... 为研究我国53个油橄榄品种(13个引种驯化选育品种和40个引种品种)的遗传变异,利用SSR荧光标记技术对从甘肃的陇南、四川的西昌、广元和云南的永仁5个地点收集的107份材料进行遗传多样性分析。20对引物共检测出294个等位变异,每对引物的等位基因数在9～26之间,平均为14.7个;多态性信息量PIC值平均为0.73(0.33～0.89)。基于Jaccard系数的NJ法聚类分析结果表明,参试材料分为2大组,选育品种与引种品种未被分开,但大多数具有相同品种名称的材料被分在同一组中,无论是选育品种还是引种品种均具有高水平遗传多样性。对来自5个国家的油橄榄品种群体进行分子方差分析(AMOVA)结果表明,品种内遗传变异(86.61%)远远超过了群体间和群体内不同品种间的遗传变异(13.39%),大规模引种过程中对品种的起源和来源地等信息并不完全,以及在长期引种栽培和苗木繁育过程中品种混淆和同名异种等,都是造成品种内遗传变异水平高的原因。 展开更多
关键词 油橄榄 荧光SSR标记 遗传多样性 分子方差分析(amova)
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海南普通野生稻自然居群间遗传多样性的微卫星分析 被引量：10
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作者 王一平 魏兴华 +3 位作者 袁筱萍 余汉勇 徐群 汤圣祥 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期573-578,共6页
采用48个SSR标记分析了海南11个普通野生稻自然居群的遗传多样性。结果显示海南普通野生稻自然居群具有较丰富的遗传变异(Na=8.3,He=0.716)。居群内多数等位基因(77.6%)频率较低,其中,70个等位基因仅出现在1个居群中。62.9%的等位基因... 采用48个SSR标记分析了海南11个普通野生稻自然居群的遗传多样性。结果显示海南普通野生稻自然居群具有较丰富的遗传变异(Na=8.3,He=0.716)。居群内多数等位基因(77.6%)频率较低,其中,70个等位基因仅出现在1个居群中。62.9%的等位基因显著偏离哈迪-温伯格平衡,多数居群及等位基因实际杂合度大于期望杂合度,表明居群内自交率低、杂合体过剩。居群间遗传变异差异明显,在11个自然居群中,崖城居群遗传多样性最低(Na=1.7,He=0.348),和庆、椰林B两居群遗传变异最为丰富(和庆:Na=4.0,He=0.577;椰林B:Na=4.0,He=0.531)。Mantel测验表明,居群间Nei遗传距离与地理距离呈极显著相关(r=0.386,P=0.004)。东、西海岸居群间遗传分化显著但较小(Fst=0.048,P=0.024),而居群间遗传分化则较大(Fst=0.335,P<0.001)。11个自然居群间基因流非常有限(Nm=0.404),表明居群间隔离程度较大。基于居群等位基因数目、基因多样性指数以及基因频率特点,认为海南11个自然居群中和庆和椰林B居群应是优先保护对象。 展开更多
关键词 普通野生稻 微卫星标记 遗传多样性 分子方差分析
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太湖流域粳稻地方品种的微卫星分析 被引量：18
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作者 于萍 李丽 +5 位作者 吕建珍 袁筱萍 徐群 王一平 余汉勇 魏兴华 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期148-152,共5页
采用45对SSR引物对224份太湖流域粳稻地方品种进行遗传多样性分析,共检测到162个等位变异,每个位点等位基因数的变幅为2～7,平均为3.6。各位点Nei基因多样性指数变异较大,为0.009(RM169)～0.663(RM444),平均为0.197。青稻、黄稻、红稻... 采用45对SSR引物对224份太湖流域粳稻地方品种进行遗传多样性分析,共检测到162个等位变异,每个位点等位基因数的变幅为2～7,平均为3.6。各位点Nei基因多样性指数变异较大,为0.009(RM169)～0.663(RM444),平均为0.197。青稻、黄稻、红稻和白稻各传统生态型均具较低的遗传多样性。分子方差分析表明,SSR遗传变异绝大部分存在于传统生态型内。青稻与红稻间、青稻与白稻、红稻与白稻、红稻与黄稻间遗传分化显著。太湖流域粳稻地方品种SSR多样性较低,稀有类型等位基因较多。这对科学制定太湖粳稻地方资源的保护和利用策略具有指导意义。 展开更多
关键词 太湖地区 粳稻 地方品种 微卫星标记 遗传多样性 分子方差分析
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中国普通野生稻与栽培稻种SSR多样性的比较分析 被引量：48
7
作者 张晓丽 郭辉 +4 位作者 王海岗 吕建珍 袁筱萍 彭锁堂 魏兴华 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期591-597,共7页
采用48对SSR引物对288份我国普通野生稻和栽培稻的遗传多样性进行比较分析。结果显示,共检测到505个等位基因,每个位点的等位基因数变幅为5～20,平均10.5个;平均Nei基因多样性指数(He)为0.731,变幅为0.384(RM409)～0.905(RM206)。普通... 采用48对SSR引物对288份我国普通野生稻和栽培稻的遗传多样性进行比较分析。结果显示,共检测到505个等位基因,每个位点的等位基因数变幅为5～20,平均10.5个;平均Nei基因多样性指数(He)为0.731,变幅为0.384(RM409)～0.905(RM206)。普通野生稻遗传多样性高于栽培稻种,栽培稻等位基因数和平均Nei基因多样性指数分别为普通野生稻的70.2%和88.2%,其中,栽培稻地方品种和选育品种等位基因数分别为普通野生稻的65.4%和53.0%,选育品种等位基因数仅为地方品种的81.1%。AMOVA分析表明,总变异的10.3%是由于种间SSR遗传差异所引起的,不同SSR位点种间的分化程度不同,在0.7%～46.3%之间,有43个位点种间遗传分化达到显著水平,其中以RM427分化最为明显,达46.3%。聚类分析表明,中国普通野生稻总体偏粳,极少数广东、海南材料偏籼。 展开更多
关键词 普通野生稻 栽培稻 地方品种 选育品种 遗传多样性 分子方差分析
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咸阳地区猪瘟病毒E2基因扩增与序列分析 被引量：2
8
作者 吴旭锦 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2014年第12期49-53,共5页
为了解陕西咸阳地区猪瘟流行毒株 E2基因变异情况，采用套式 PCR 方法，扩增了17个流行毒株和2个市售疫苗毒株 E2基因主要抗原区，并进行了序列比对分析。结果表明，17个流行毒株和兔化弱毒株（HCLV）株相比，E2基因主要抗原区核苷酸同... 为了解陕西咸阳地区猪瘟流行毒株 E2基因变异情况，采用套式 PCR 方法，扩增了17个流行毒株和2个市售疫苗毒株 E2基因主要抗原区，并进行了序列比对分析。结果表明，17个流行毒株和兔化弱毒株（HCLV）株相比，E2基因主要抗原区核苷酸同源性在79．0％～80．9％，氨基酸同源性在80．0％～84．4％。市售疫苗和 HCLV 株核苷酸同源性为93．4％，氨基酸同源性为90．0％。系统发育树分析发现17个流行毒株同属基因Ⅱ群。流行毒株与 HCLV 相应氨基酸位点相比，总体变异氨基酸位点占26．4％，呈现出典型的变异特征。17个流行毒株在2个氨基酸关键位点出现了705（T→I）、729（L→A）变异现象，可能导致抗原性发生改变。发现 E2蛋白高保守序列 RYLASLH（713～719）变异现象，即 XYSY01株719位发生了 H→R 变异。结果提示，近年陕西咸阳地区猪瘟病毒流行毒株变异较为一致，E2基因核苷酸与编码氨基酸有较明显的变异。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 E2 基因 分子流行病学 变异分析
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云南水稻地方品种月亮谷的群体多样性分析 被引量：14
9
作者 翟婉婉 李雪萍 +6 位作者 徐返 王扬 刘胜 刘永胜 李成云 王云月 谢勇 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期423-432,共10页
月亮谷是云南元阳梯田种植历史悠久、种植面积最大的优良水稻地方品种之一,当地少数民族具有引种或换种的稻作习惯。为揭示这种稻作习惯对月亮谷群体遗传多样性的影响,本研究对该品种群体内和群体间进行了遗传多样性的比较和分析,目的... 月亮谷是云南元阳梯田种植历史悠久、种植面积最大的优良水稻地方品种之一,当地少数民族具有引种或换种的稻作习惯。为揭示这种稻作习惯对月亮谷群体遗传多样性的影响,本研究对该品种群体内和群体间进行了遗传多样性的比较和分析,目的是为更好地了解月亮谷的群体遗传结构,为持久利用地方品种提供理论依据。首先采用分层随机取样的策略从元阳梯田不同海拔获得24个原位栽培群体,采用形态指数分类法和抗病性测定对24个群体共720个单株样品的月亮谷进行形态学分类和稻瘟病抗性鉴定,并分析了这些单株材料在48个SSR位点的遗传多样性。研究结果表明,形态上月亮谷属于栽培稻的籼稻类型,其群体对稻瘟病具中抗水平,但无论是在群体内还是群体间,均普遍表现出明显差异,说明不同来源的月亮谷存在抗病功能表型上的变异;遗传多样性分析显示,48对SSR引物共检测出91个多态位点,多态性位点百分率为77.08%,Nei多样性指数平均值为0.064,变幅为0~0.4302。24个群体之间的遗传相似系数在0.9753~0.9866之间,群体内个体之间的遗传相似系数在0.86~1.00之间;AMOVA分析显示,以地理村寨作为自然居群单位,居群间的变异为3.36%,居群内群体间的变异为33.15%,居群内的变异为63.49%;聚类分析显示,村寨群体间的遗传多样性与村寨间的地理空间距离有一定相关性。 展开更多
关键词 水稻 地方品种 遗传异质性 微卫星 表型 分子方差分析
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