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簇毛麦HMW-GS基因的位点特异PCR(AS-PCR)标记及其多态性
1
作者 刘守斌 梁荣奇 +2 位作者 尤明山 李保云 刘广田 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期1-5,共5页
簇毛麦含有丰富的HMW-GS基因变异。本研究旨在建立簇毛麦HMW-GS基因的位点特异PCR(AS-PCR)标记,并对18个居群簇毛麦HMW-GS基因遗传多样性进行系统评价,为开发和利用簇毛麦HMW-GS改良普通小麦品质奠定基础。根据先前克隆的3个簇毛麦HMW-G... 簇毛麦含有丰富的HMW-GS基因变异。本研究旨在建立簇毛麦HMW-GS基因的位点特异PCR(AS-PCR)标记,并对18个居群簇毛麦HMW-GS基因遗传多样性进行系统评价,为开发和利用簇毛麦HMW-GS改良普通小麦品质奠定基础。根据先前克隆的3个簇毛麦HMW-GS基因序列(1Va、1Vb和1Vc)和已发表的普通小麦HMW-GS基因序列,经过同源性比较后设计了簇毛麦HMW-GS基因的位点特异性引物P6+P7。对中国春及其簇毛麦附加系、6个不同来源簇毛麦的扩增结果表明,该对引物能在普通小麦背景下特异扩增簇毛麦HMW-GS基因,可以鉴别簇毛麦之间的HMW-GS等位基因变异,且其长度变异主要存在于中部重复结构区。利用该标记对来自美国国家种质库的18份材料的108个单株进行了研究,结果发现,每个单株均能扩增出1条或2条片段,共检测出7种等位基因变异的类型。不同等位基因类型的频率也不一样,等位基因b存在于除W6 7288外的所有簇毛麦居群中,占检测单株总数的59.55%,其次为等位基因d,占25.19%,等位基因a和等位基因f频率最低,仅出现在1个单株中。说明由于簇毛麦为异花受粉植物,同一居群不同单株间出现了不同的等位基因。 展开更多
关键词 簇毛麦 高分子量谷蛋白亚基(HMW-GS) 位点特异pcr(as-pcr)标记 多态性
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基于高通量测序的青花菜KASP标记开发与应用
2
作者 张振超 陶美奇 +4 位作者 潘永飞 孙国胜 王传友 安林海 戴忠良 《核农学报》 北大核心 2025年第3期513-521,I0003-I0005,共12页
为提高青花菜分子标记辅助育种水平,本研究基于高通量测序数据开发了70组KASP标记,并采用KASP检测平台对43份青花菜试验材料进行分型,根据分型结果筛选出分型效果好、多态性高的标记,用于指纹图谱构建、遗传关系确定和纯度鉴定。结果表... 为提高青花菜分子标记辅助育种水平,本研究基于高通量测序数据开发了70组KASP标记,并采用KASP检测平台对43份青花菜试验材料进行分型,根据分型结果筛选出分型效果好、多态性高的标记,用于指纹图谱构建、遗传关系确定和纯度鉴定。结果表明,70组KASP标记中,未分型成功有3个,未分型材料>5份有13个,多态性差的有6个,分型成功48个(成功率68.6%)。48个标记中,多态性信息含量(PIC)值≥0.30的标记有37个(占比77.08%),其中PIC值为0.37的标记数量最多,为11个,0.38的标记有3个。将48个标记的分型结果转化为二元编码数据,获得了43份青花菜育种材料的SNP-DNA指纹图谱。聚类分析结果发现,Br05与其他材料的遗传关系较远;Br12和Br19、Br33和Br34之间遗传系数均为100,Br14和Br32的遗传系数为99,表明两两间为同一株系的可能性大,这与在田间的表型观察结果基本一致。10组标记对30株Br19的一致性进行鉴定,发现纯度值区间为83.3%~96.7%,说明Br19株系间存在差异;采用10组标记对亲本Br19、Br35和杂交种F1(Br19×Br35)进行基因分型,结果有5个标记(SNP07、SNP09、SNP10、SNP11和SNP19)在三者间的分型结果不同,可用于杂交制种田F1(Br19×Br35)种子纯度鉴定。本研究结果对青花菜种质资源鉴定、分子标记辅助育种与新品种保护具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 高通量测序 竞争性等位基因特异性pcr 指纹图谱 纯度鉴定 分子标记
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水稻抽穗期调控基因Hd6功能标记的开发及应用
3
作者 陈智慧 陶亚军 +8 位作者 范方军 许扬 王芳权 李文奇 古丽娜尔·巴合提别克 蒋彦婕 朱建平 李霞 杨杰 《中国水稻科学》 北大核心 2025年第1期47-54,共8页
【目的】探究Hd6等位基因型在江苏粳稻和籼稻中的分布,提高Hd6等位基因型在水稻抽穗期遗传改良中的应用价值和选择效率。【方法】根据籼稻品种Kasalath中有功能的等位基因Hd6与粳稻品种日本晴中无功能的等位基因hd6在功能区域存在的单... 【目的】探究Hd6等位基因型在江苏粳稻和籼稻中的分布,提高Hd6等位基因型在水稻抽穗期遗传改良中的应用价值和选择效率。【方法】根据籼稻品种Kasalath中有功能的等位基因Hd6与粳稻品种日本晴中无功能的等位基因hd6在功能区域存在的单核苷酸差异,设计和筛选出Hd6基因功能标记K-Hd6-21F/Hd6-1R和N-Hd6-22F/Hd6-1R,并测序分析验证;利用K-Hd6-21F/Hd6-1R和N-Hd6-22F/Hd6-1R对江苏省不同生态类型的粳稻品种和不同来源的籼稻品种的Hd6基因型进行检测。【结果】该功能标记可准确鉴定出Hd6的不同基因型;48份中熟中粳水稻品种中,携带Hd6的水稻品种占42%;30份迟熟中粳水稻品种中携带Hd6的占50%;48份早熟晚粳水稻品种中,携带Hd6的占77.5%。Hd6的2种等位基因型在江苏省3个不同生态区域粳稻品种中均有分布,但有功能的Hd6等位基因型在3个区域粳稻品种中的分布随着抽穗期变长,基因型频率增加;而Hd6基因在籼稻中表现出高度保守性,检测的62个籼稻品种均携带有功能的Hd6等位基因型。【结论】本研究为Hd6基因的育种利用和分子标记辅助选择奠定了基础,也为籼稻早熟品种的选育提供新依据和有效途径。 展开更多
关键词 水稻 抽穗期 Hd6 功能标记 等位基因特异性pcr
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等位基因特异PCR技术的研究与应用 被引量：20
4
作者 陈吉宝 景蕊莲 +1 位作者 员海燕 卫波 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 2005年第4期469-473,共5页
生物的单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)具有数量多、分布广、易于分型、稳定性强等优点,很适合于用做分子标记。等位基因特异PCR(Allele-specific PCR,AS-PCR)是根据SNP位点设计3′末端与SNP位点碱基互补或错配的特... 生物的单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)具有数量多、分布广、易于分型、稳定性强等优点,很适合于用做分子标记。等位基因特异PCR(Allele-specific PCR,AS-PCR)是根据SNP位点设计3′末端与SNP位点碱基互补或错配的特异PCR引物,通过凝胶电泳等方法检测PCR扩增产物的有或无,从而检测基因型中SNP的一种技术。经过不断地改进与完善,基于SNP的等位基因特异PCR标记已逐渐成为一种快速、简便、低成本、可靠、高通量的检测基因型SNP的方法。本文应用等位基因特异PCR技术,根据小麦TaDREB1基因在旱选10和鲁麦14的120(C→A)SNP成功地开发了一个SNP分子标记,证明了该方法的有效性和可行性。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 等位基因特异pcr技术 SNP标记
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稻瘟病广谱抗性基因Pigm特异性分子标记的开发和应用 被引量：20
5
作者 陈涛 孙旭超 +9 位作者 张善磊 梁文化 周丽慧 赵庆勇 姚姝 赵凌 赵春芳 朱镇 张亚东 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期28-36,共9页
【目的】来自籼稻品种谷梅4号的Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱和持久抗性的重要基因。为有效提高Pigm基因的选择效率,有必要开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助育种。【方法】本研究根据谷梅4号Pigm位点存在的特异性核苷酸变异,利... 【目的】来自籼稻品种谷梅4号的Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱和持久抗性的重要基因。为有效提高Pigm基因的选择效率,有必要开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助育种。【方法】本研究根据谷梅4号Pigm位点存在的特异性核苷酸变异,利用Tetra-primerARMS-PCR和KASP两种不同的基因分型技术开发出分子标记T-Pigm和K-Pigm,对不同品种(品系)以及淮稻9号/谷梅4号的F2分离群体进行基因型检测,并结合穗颈瘟人工接种鉴定,对标记的准确性进行评价。【结果】序列比对分析表明,谷梅4号Pigm位点中Pigm-Nbs2基因起始密码子上游515 bp处存在一个特殊的单核苷酸变异。利用已开发的两种类型的分子标记能够有效区分3种不同的基因型,且基因型与穗颈瘟人工接种鉴定结果完全一致。【结论】利用分子标记T-Pigm和K-Pigm可以实现对Pigm基因型快速、准确的检测,加快抗稻瘟病水稻新品种的选育进程。 展开更多
关键词 稻瘟病 Pigm 特异性标记 四引物扩增受阻突变体系pcr 竞争性等位基因特异性pcr
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水稻稻瘟病抗性基因Bsr-d1功能标记的开发和利用 被引量：17
6
作者 王军 赵婕宇 +7 位作者 许扬 范方军 朱金燕 李文奇 王芳权 费云燕 仲维功 杨杰 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1612-1620,共9页
稻瘟病是危害水稻最严重的病害之一,选育抗病品种是防治该病害最有效的方法。Bsr-d1是对稻瘟病菌具有广谱抗性的一个重要基因。为提高Bsr-d1基因在育种中的选择效率,根据Bsr-d1与其感病等位基因bsr-d1在功能区域存在的单核苷酸差异,设... 稻瘟病是危害水稻最严重的病害之一,选育抗病品种是防治该病害最有效的方法。Bsr-d1是对稻瘟病菌具有广谱抗性的一个重要基因。为提高Bsr-d1基因在育种中的选择效率,根据Bsr-d1与其感病等位基因bsr-d1在功能区域存在的单核苷酸差异,设计和筛选出Bsr-d1基因不同类型的基因功能标记CAPs5-1和3Bsr-d1/3bsr-d1,结合测序分析验证,可准确鉴定出Bsr-d1的不同基因型。利用3Bsr-d1/3bsr-d1对34份籼稻品种、江苏历年来主要推广的110份粳稻品种、其他省份的13份粳稻品种、148份太湖流域地方粳稻资源和19份太湖流域地方籼稻资源进行了Bsr-d1基因型检测,筛选到携带Bsr-d1基因的籼型资源11份,271份粳型资源中均不携带Bsr-d1基因,这也说明Bsr-d1主要分布在籼型水稻资源中,在粳型资源中几乎不存在。本研究为Bsr-d1基因的育种利用和分子标记辅助选择奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 稻瘟病 Bsr-d1 功能标记 CAPS 等位基因特异pcr
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基于表型性状和KASP标记的玉米DUS测试品种的聚类分析 被引量：5
7
作者 王艳平 潘红 +5 位作者 吴燕 王显生 汪鸿星 李华勇 于堃 沈奇 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期1171-1178,共8页
为探讨竞争性等位基因特异性PCR(KASP)标记在玉米DUS(特异性、一致性和稳定性)测试过程中近似品种筛选方面的应用,采用表型和KASP标记对玉米测试品种进行聚类分析。表型的二阶聚类结果显示,315份玉米品种可划分为普通型、甜质型以及糯... 为探讨竞争性等位基因特异性PCR(KASP)标记在玉米DUS(特异性、一致性和稳定性)测试过程中近似品种筛选方面的应用,采用表型和KASP标记对玉米测试品种进行聚类分析。表型的二阶聚类结果显示,315份玉米品种可划分为普通型、甜质型以及糯质型和甜糯混合型3类,“籽粒:类型”性状对聚类结果的影响最大;系统聚类结果显示,单交种和自交系间的分离比较明显,普通型玉米与甜质型、糯质型、甜糯混合型玉米间的分离也较明显,甜质型、糯质型、甜糯混合型玉米三者之间的分离不明显。KASP标记聚类结果显示,自交系与单交种交织在一起,普通型玉米与甜质型、糯质型、甜糯混合型玉米间明显分离,甜质型玉米与糯质型、甜糯混合型玉米间的分离也较明显,糯质型玉米和甜糯混合型玉米相互交织。综上分析可知,在繁殖类型上单交种和自交系表型聚类结果与KASP标记聚类结果不同,而在籽粒类型上2种聚类结果基本吻合。 展开更多
关键词 表型 竞争性等位基因特异性pcr(KASP)标记 玉米DUS(特异性、一致性和稳定性)测试 遗传多样性
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KASP分子标记辅助选育甜椒核雄性不育两用系 被引量：6
8
作者 范妍芹 严立斌 +1 位作者 孟雅宁 张红肖 《中国蔬菜》 北大核心 2022年第12期38-44,共7页
为了进一步提高甜椒核雄性不育两用系育种效率,利用AB91核雄性不育候选基因Capana05g000747的突变位点设计KASP分子标记,以转育甜椒核雄性不育两用系的F_(2)群体及育成的两用系为试验材料,对植株的育性进行基因型检测,并检验该标记的准... 为了进一步提高甜椒核雄性不育两用系育种效率,利用AB91核雄性不育候选基因Capana05g000747的突变位点设计KASP分子标记,以转育甜椒核雄性不育两用系的F_(2)群体及育成的两用系为试验材料,对植株的育性进行基因型检测,并检验该标记的准确性。结果表明,该分子标记与甜椒核雄性不育的育性呈现共分离,在苗期对F_(2)植株的基因型进行早期鉴别,分型准确率分别为98.91%和99.04%,可有效淘汰基因型为MSMS的可育株,筛选出基因型为MSms的可育株直接用于不育系的转育,转育出了黄色和红色甜椒核雄性不育两用系AB91-HTJ412和AB91-HLD163。在苗期对两用系群体的育性基因型进行早期鉴别,可有效淘汰基因型为MSms的可育株,选留基因型为msms的不育株直接用于杂交组合选配及杂交制种。 展开更多
关键词 甜椒 核雄性不育 杂交育种 竞争性等位基因特异性pcr 分子标记辅助选择
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75份贵州小麦品种(系)抗病基因的KASP标记检测 被引量：3
9
作者 隋建枢 陈天青 +4 位作者 罗永露 吴文强 程斌 王伟 何庆才 《山地农业生物学报》 2023年第3期80-85,共6页
贵州气候温暖湿润,容易发生小麦病害。因此选育推广抗病小麦品种,对贵州小麦安全生产至关重要。为明确75份贵州小麦品种(系)中所含抗病基因,本研究运用KASP标记技术对供试材料中所含叶锈病抗病基因(Lr14a、Lr46、Lr68、Lr34)、白粉病抗... 贵州气候温暖湿润,容易发生小麦病害。因此选育推广抗病小麦品种,对贵州小麦安全生产至关重要。为明确75份贵州小麦品种(系)中所含抗病基因,本研究运用KASP标记技术对供试材料中所含叶锈病抗病基因(Lr14a、Lr46、Lr68、Lr34)、白粉病抗病基因(Pm21)、赤霉病抗病基因(Fhb1)进行检测。结果表明:含有Lr14a的品种(系)共24份,占32.0%;含有Lr46的品种(系)共14份,占18.7%;含有Lr68的品种(系)共3份,占4.0%;含有Lr34的品种(系)共5份,占6.7%;含有Pm21的品种(系)共65份,占86.7%;未检测到含有Fhb1的品种(系);同时含有叶锈病、白粉病抗病基因的小麦品种(系)共计26份材料,占34.7%。本研究结果可为贵州小麦抗病育种亲本材料的应用提供参考。 展开更多
关键词 小麦 抗病基因 KASP 标记检测
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