绵羊Fsp27基因5'-UTR区碱基突变与尾脂沉积能力的关联性 被引量：1

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作者 张伟 王世银 +3 位作者 高莉 徐梦思 王新华 甘尚权 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1511-1519,共9页

【目的】明确绵羊脂肪特异蛋白27基因(Fsp27)5'端非编码区(5'-UTR)g.16767527位点和g.16767779-16767780位点突变与其尾脂沉积能力的关联性,为低脂肪绵羊品种选育提供理想的分子标记,提高低脂肪绵羊品种改良选育效率。【方法】... 【目的】明确绵羊脂肪特异蛋白27基因(Fsp27)5'端非编码区(5'-UTR)g.16767527位点和g.16767779-16767780位点突变与其尾脂沉积能力的关联性,为低脂肪绵羊品种选育提供理想的分子标记,提高低脂肪绵羊品种改良选育效率。【方法】以5个不同尾脂沉积能力的绵羊品种为研究对象,包括脂尾型绵羊品种阿勒泰羊,短脂尾型绵羊品种小尾寒羊和湖羊,长瘦尾型绵羊品种中国美利奴细毛羊和萨福克羊,采用PCR-SSCP结合基因测序对绵羊Fsp27基因5'-UTR区碱基突变情况进行检测,并分析相关突变与绵羊尾脂沉积能力的关联性。【结果】绵羊Fsp27基因5'-UTR区g.16767527位点为C/A突变,在所检测的绵羊群体中均存在3种基因型(CC、CA和AA),但在不同尾脂沉积能力绵羊品种群体中的基因型频率存在明显差异:阿勒泰羊群体中以CC基因型为主,基因型频率为0.869;小尾寒羊和湖羊群体中以CA基因型为主,基因型频率分别为0.698和0.628;中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体则以AA基因型为主,基因型频率分别为0.616和0.833。g.16767527位点的基因型分布在阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.01),在萨福克羊群体中显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.05)。g.16767779-16767780位点为双碱基突变,对应为GG/GG、GG/TC和TC/TC基因型;在尾脂沉积能力强的阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中,g.16767779-16767780位点以TC为优势等位基因,对应的等位基因频率分别为0.862、0.954和0.927;在尾脂沉积能力差的中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体中则以GG等位基因为主,其等位基因频率分别为0.980和0.983。这2个位点的突变均对绵羊Fsp27基因5'-UTR区二级结构产生明显影响。【结论】绵羊Fsp27基因5'-UTR区g.16767527位点的C/A突变和g.16767779-16767780位点的GG/TC突变与其尾脂沉积能力密切相关,可作为分子标记应用于低脂肪绵羊品种的辅助选育。 展开更多

关键词 绵羊 Fsp27基因 5'-utr区 碱基突变 尾脂沉积能力 关联性

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稀有的黑檀体基因(ebony)5′UTR自发突变导致黑腹果蝇的黑条体突变 被引量：1

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作者 金珊 曾庆韬 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期125-130,共6页

由于果蝇Drosophila群体中有很多自发突变其中包括多种体色突变,因此它是一个研究自发突变的优秀的模式体系。本研究证实我们实验室发现的一个可以引起果蝇体色突变的自发突变(bsr)是一个黑檀体(e)的等位基因,将其命名为ebsr。序列分析... 由于果蝇Drosophila群体中有很多自发突变其中包括多种体色突变,因此它是一个研究自发突变的优秀的模式体系。本研究证实我们实验室发现的一个可以引起果蝇体色突变的自发突变(bsr)是一个黑檀体(e)的等位基因,将其命名为ebsr。序列分析显示ebsr的5′端缺失了953个碱基,其中包括外显子1后端的206个碱基及相连的内含子1的747个碱基。逆转录PCR结果显示5′端的缺失导致内含子1不能从mRNA中剪接掉,由此导致该mRNA的翻译起始密码子AUG前端增加了一个3.2kb的序列。该序列导致ebsr的mRNA的5′UTR(5′-untranslated region)区较野生型基因增加近3kb的长度。通过mRNA二级结构分析发现这个增加的3kb的片段可以形成复杂的颈环结构(stem-loop)。免疫印迹结果显示该突变基因没有基因产物产生。本研究进一步证实了由于mRNA的5′UTR序列结构的改变可以影响到蛋白质的翻译。 展开更多

关键词 黑腹果蝇 黑条体突变 黑檀体 缺失突变 5′未翻译区

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鸡局部黏着斑激酶基因5′UTR及启动子的克隆鉴定

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作者 李淑锋 王利祥 +1 位作者 张大鹏 华子春 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期102-107,共6页

为了研究鸡局部黏着斑激酶(FAK)基因表达调控的分子机制,运用cDNA末端快速扩增技术确定了鸡胚成纤维细胞FAK基因的转录起始位点,并发现FAK基因mRNA的5′非翻译区(5′UTR)存在4种剪切形式。分析这4种剪切形式的5′端序列,发现它们都不影... 为了研究鸡局部黏着斑激酶(FAK)基因表达调控的分子机制,运用cDNA末端快速扩增技术确定了鸡胚成纤维细胞FAK基因的转录起始位点,并发现FAK基因mRNA的5′非翻译区(5′UTR)存在4种剪切形式。分析这4种剪切形式的5′端序列,发现它们都不影响蛋白的编码,但可能影响mRNA的翻译效率。另外,将启动子序列935 bp片段克隆构建到荧光素酶报告基因表达载体pGL3-Basic中,转染鸡胚成纤维细胞,测定启动子的转录活性。通过启动子序列系列缩短的克隆,将核心启动子区定位在转录起始位点上游-662至+7的669 bp片段内,该启动子的典型特征是:没有TATA盒,而富含"GC"碱基。以上结果为FAK基因的表达调控研究提供了分子基础。 展开更多

关键词 局部黏着斑激酶基因(FAK) 5′非翻译区(5′utr) 可变剪切 CDNA末端快速扩增技术

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西尼罗病毒Chin-01株5′非编码区(UTR)中复制相关元件的功能研究

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作者 李晓峰 姜涛 +5 位作者 陈水平 韩剑峰 邓永强 秦成峰 于曼 秦鄂德 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期816-822,共7页

目的研究西尼罗病毒Chin-01株5′非编码区(UTR)中复制相关元件的功能,为探讨该病毒基因组复制的分子机制提供理论依据。方法通过生物信息学分析,初步筛选出Chin-01株5′UTR中可能的复制相关位点,并构建相应的重组亚基因组突变体,然后以... 目的研究西尼罗病毒Chin-01株5′非编码区(UTR)中复制相关元件的功能,为探讨该病毒基因组复制的分子机制提供理论依据。方法通过生物信息学分析,初步筛选出Chin-01株5′UTR中可能的复制相关位点,并构建相应的重组亚基因组突变体,然后以上此为模板,经体外RdRp活性分析及凝胶阻滞试验,观察NS5的RdRp活性及与突变体的结合能力,再将突变位点引入该病毒感染性全长cDNA克隆,初步观察突变体恢复病毒的生物学特性。结果5′UTR中第45-60位核苷酸缺失的突变体无法合成子链,与NS5的结合能力也显著降低。第8和9位核苷酸改变的突变体则丧失了合成子代RNA及与NS5的结合能力,第8、9、69和70位核苷酸突变后形成的结构恢复突变体则可以合成子链RNA,并可与NS5特异性结合。同时,第45-60位核苷酸缺失及第8和9位核苷酸突变的恢复病毒的增殖能力也显著降低。结论Chin-01株5′UTR中的第45-60位及第8、9、69和70位核苷酸维持的结构可能是该病毒基因组复制的关键位点。 展开更多

关键词 西尼罗病毒 5′非翻译区 病毒非结构蛋白质类

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Laptm5 3'UTR对小鼠B细胞淋巴瘤38B9细胞增殖与凋亡的影响 被引量：2

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作者 张艳青 李艳 +4 位作者 朱明明 丁懿 庞磊 王继军 郁多男 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期237-241,共5页

目的:通过建立稳定过表达溶酶体相关穿膜蛋白5(lysosomal associated protein transmembrane 5,Laptm5)3'不翻译区(3'UTR)的B细胞淋巴瘤38B9细胞株,探讨Laptm5 3'UTR对小鼠B细胞淋巴瘤38B9细胞株增殖、凋亡的影响。方法:荧... 目的:通过建立稳定过表达溶酶体相关穿膜蛋白5(lysosomal associated protein transmembrane 5,Laptm5)3'不翻译区(3'UTR)的B细胞淋巴瘤38B9细胞株,探讨Laptm5 3'UTR对小鼠B细胞淋巴瘤38B9细胞株增殖、凋亡的影响。方法:荧光定量PCR及Western blotting检测小鼠B细胞及38B9细胞中Laptm5 miRNA及其蛋白质的表达水平;将小鼠Laptm5 3'UTR及其含有的microRNA结合位点突变的突变型基因片段构建入逆转录病毒表达载体p MSCV-PIG,包装成逆转录病毒,感染小鼠B细胞淋巴瘤细胞38B9,流式细胞术检测逆转录病毒感染率,细胞计数法及流式细胞术观察Laptm5 3'UTR或其突变型过表达后389B9细胞的增殖、凋亡情况。结果:相比小鼠B细胞,B细胞淋巴瘤细胞中Laptm5的miRNA及蛋白均显著降低(P<0.01)。成功获得稳定过表达Laptm5 3'UTR(突变型)的38B9细胞株。Laptm5 3'UTR细胞株比Laptm5 3'UTR突变型过表达细胞株的增殖能力显著减慢,凋亡率显著增加[(7.87±1.08)%vs(0.45±0.07)%,P<0.01]。结论:小鼠Laptm53'UTR具有抑制B细胞淋巴瘤增殖、促进其凋亡的作用,该作用可能与其影响相关microRNA的调控有关。 展开更多

关键词 溶酶体相关跨膜蛋白5 3'不翻译区 B细胞淋巴瘤细胞 3889株细胞

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GJC2基因5’UTR区变异致两兄妹同患佩梅样病

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作者 田杨 侯池 +5 位作者 栗金亮 廖寅婷 朱海霞 李小晶 陈文雄 康婷 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期206-208,共3页

目的鉴定一家系两兄妹同患遗传性脑白质病的致病性变异。方法收集患儿及家系的临床资料。提取患儿两兄妹及其父母的外周血DNA,先后采用医学外显子、全外显子、全基因组测序进行遗传学分析及Sanger测序验证。结果两兄妹临床表现符合佩梅... 目的鉴定一家系两兄妹同患遗传性脑白质病的致病性变异。方法收集患儿及家系的临床资料。提取患儿两兄妹及其父母的外周血DNA,先后采用医学外显子、全外显子、全基因组测序进行遗传学分析及Sanger测序验证。结果两兄妹临床表现符合佩梅样病。医学外显子测序及全外显子测序均未发现患儿携带致病性变异,全基因组测序发现两兄妹存在GJC 2基因(NM-020435.3)c.-167A>T(5’UTR)exon1/2同一纯合变异,常染色体隐性遗传,分别来源于其父母。结论GJC 2基因c.-167A>T为本家系两兄妹同患佩梅样病的致病性变异,全基因组测序能发现5’UTR区这一位点的异常。 展开更多

关键词 全基因组测序 GJC2基因 5’utr区 佩梅样病

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小麦抗逆相关基因TaSAP1的5′非翻译区内含子功能分析 被引量：4

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作者 常建忠 董春林 +7 位作者 张正 乔麟轶 杨睿 蒋丹 张彦琴 杨丽莉 吴佳洁 景蕊莲 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1311-1318,共8页

逆境相关蛋白(stress associated protein,SAP)是植物中一类具有A20/AN1锌指结构域的蛋白,而A20/AN1锌指蛋白主要参与植物逆境响应。小麦中TaSAP1基因参与植株对各种逆境的响应,其5′非翻译区含有2个内含子(5'untranslated region i... 逆境相关蛋白(stress associated protein,SAP)是植物中一类具有A20/AN1锌指结构域的蛋白,而A20/AN1锌指蛋白主要参与植物逆境响应。小麦中TaSAP1基因参与植株对各种逆境的响应,其5′非翻译区含有2个内含子(5'untranslated region intron,5UI)。本研究利用重叠PCR,构建了TaSAP1的2个5UI缺失突变的表达载体,并转化二穗短柄草(Brachypodium distachyon),通过分析GUS活性,研究TaSAP1启动子及其5UI的生物学功能。结果表明TaSAP1启动子P1可受干旱、低温和外源ABA胁迫上调表达,表达活性分别是对照的10、6和4倍。TaSAP1基因2个5UI对启动子活性至关重要,2个5UI同时突变可致P1失活;Intron-1缺失突变导致P1活性降低约2.7倍(P<0.05),但不影响P1对逆境胁迫的响应;Intron-2缺失突变导致P1失去对干旱、低温和外源ABA的响应能力。本研究结果为深入研究TaSAP1 5UI的生物学功能奠定了基础,也为改善作物抗逆性提供了重要元件。 展开更多

关键词 小麦 5′非翻译区内含子 启动子 GUS定量分析

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5′-非转录区序列改建提高毕赤酵母表达抗菌肽LL-37 被引量：2

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作者 陆建荣 王惠民 +4 位作者 吴萍 黄松平 常秋月 凌勇武 倪晓蓉 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1329-1334,共6页

目的:探讨5′-非转录区(5′-UTR)序列改建对毕赤酵母表达外源蛋白LL-37的影响。方法:去除毕赤酵母分泌表达质粒pPIC9 5′-UTR内GGATCCAA序列,转化E.coli DH5α,构建改良的毕赤酵母分泌表达载体pPIC9-EDIT;PCR鉴定及测序确认后与酵母偏... 目的:探讨5′-非转录区(5′-UTR)序列改建对毕赤酵母表达外源蛋白LL-37的影响。方法:去除毕赤酵母分泌表达质粒pPIC9 5′-UTR内GGATCCAA序列,转化E.coli DH5α,构建改良的毕赤酵母分泌表达载体pPIC9-EDIT;PCR鉴定及测序确认后与酵母偏爱密码子编码的LL-37基因片段连接,构建改良的重组表达载体pPIC9-EDIT-LL-37;原生质球法转化毕赤酵母GS115,PCR扩增鉴定后诱导LL-37表达,筛选最佳表达条件,对表达产物进行凝胶电泳和Western印迹分析;比较转入pPIC9-EDIT-LL-37及pPIC9-LL-37后毕赤酵母表达产物的抑菌活性,间接测定改建前后LL-37蛋白表达量的变化。结果:PCR鉴定及测序证实pPIC9-EDIT改建成功,成功构建重组载体pPIC9-EDIT-LL-37;转化毕赤酵母后表达产物PCR鉴定出LL-37基因,最佳诱导甲醇浓度为0.5%,最佳诱导表达时间为72h,电泳及Western印迹分析证实表达产物为LL-37;改建后LL-37蛋白表达量提高了约35倍。结论:pPIC9 5′-UTR序列的改建能明显提高毕赤酵母表达LL-37蛋白,值得进一步研究以应用于其他外源蛋白表达。 展开更多

关键词 抗菌肽LL-37 毕赤酵母 5'-非转录区

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茶尺蠖小RNA病毒5′端非编码区的克隆和测序及与哺乳动物小RNA病毒的比较分析 被引量：1

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作者 王小纯 张珈敏 +3 位作者 蒋洪 俞海洋 谭莉 胡远扬 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期573-578,共6页

用Trizol从纯化的茶尺蠖Ectropisoblique小RNA病毒 (EoPV)中提取病毒基因组RNA ,逆转录后加poly(dT) ,然后进行两步PCR扩增基因组 5′端。克隆测序后 ,对其 5′端非编码区的核苷酸序列进行分析 ,发现具有哺乳动物小RNA病毒的 5′端非编... 用Trizol从纯化的茶尺蠖Ectropisoblique小RNA病毒 (EoPV)中提取病毒基因组RNA ,逆转录后加poly(dT) ,然后进行两步PCR扩增基因组 5′端。克隆测序后 ,对其 5′端非编码区的核苷酸序列进行分析 ,发现具有哺乳动物小RNA病毒的 5′端非编码区的一些特征 :A T含量丰富、起始密码子上游AUG和小顺反子多。利用mfold预测了EoPV 5′端非编码区的二级结构 ,存在4个茎环结构 ,有哺乳动物内部核糖体进入位点 (IRES)的保守区域 ,即含保守基序GNRA的茎环A和A C丰富的环B及多聚嘧啶区域。据此推测EoPV基因组翻译采用IRES起始机制。 展开更多

关键词 茶尺蠖小RNA病毒 哺乳动物小RNA病毒 5’端非编码区 结构分析

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猪繁殖与呼吸综合征病毒5'非翻译区一顶端茎环结构是病毒复制转录必需的顺式作用元件 被引量：1

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作者 高飞 郑浩 +5 位作者 姜一峰 李丽薇 郑海红 周艳君 韦祖樟 童光志 《中国动物传染病学报》 CAS 2014年第4期7-16,共10页

猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)基因组5'非翻译区(untranslated region,UTR)对病毒复制转录等生物合成过程至关重要,但其作用机制尚不清楚。本实验室分别在北美型(pAPRRS)与... 猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)基因组5'非翻译区(untranslated region,UTR)对病毒复制转录等生物合成过程至关重要,但其作用机制尚不清楚。本实验室分别在北美型(pAPRRS)与欧洲型PRRSV(pSHE)感染性克隆骨架的5'UTR与ORF1之间插入碱基"at"形成Nde I位点,构建了两个突变体pTLNd4和pSHEnde。结果显示插入后的碱基未影响病毒感染性。以两株突变体为骨架将两株感染性克隆的5'UTR互换,构建了突变体克隆pTLV8和pSHSP5。结果表明pTLV8仍具有感染性,而pSHSP5株拯救出病毒。对pSHSP5和pTLV8的RNA二级结构预测结果显示,虽然嵌合突变体pTLV8的5'端与亲本pAPRRS的二级结构差异较大,但转录调控序(transcription-regulating sequence,TRS)仍位于顶端茎环结构最突出的位置,并保证了TRS与ORF1之间的起始密码子AUG位于该茎环结构的顶端,而pSHSP5的顶端茎环结构则遭到了破坏。本研究结果表明TRS所在的顶端茎环结构在调控病毒复制转录过程中是关键的顺式作用元件之一,对其结构破坏的突变体将不能拯救出病毒。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 5’非翻译区 嵌合突变体 转录调控序列 二级结构预测

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猪繁殖与呼吸综合征病毒5′非翻译区一茎环结构的功能解析 被引量：1

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作者 陆嘉琦 高飞 +1 位作者 刘萍 袁世山 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1428-1434,共7页

以猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北美株感染性克隆为平台进行反向遗传操作,利用突变PCR将5′非翻译区(5′UTR)中部分一级序列进行系列突变,以改变5′UTR二级结构中的一保守茎部结构,从而解析PRRSV5′UTR中结构与功能的关系。通过DNA转... 以猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北美株感染性克隆为平台进行反向遗传操作,利用突变PCR将5′非翻译区(5′UTR)中部分一级序列进行系列突变,以改变5′UTR二级结构中的一保守茎部结构,从而解析PRRSV5′UTR中结构与功能的关系。通过DNA转染MARC-145细胞观察突变体克隆的感染性,并通过免疫荧光及Northern blot来研究拯救后突变病毒的复制、转录特性,以及通过空斑形态学分析突变病毒的生长特性。结果表明,PRRSV5′UTR中保守茎部结构的二级结构与病毒的拯救无直接关系,但其一级核苷酸序列却是PRRSV病毒复制所必需的,作者还找到直接调控病毒复制的核心位点。由此证实了5′UTR中调控PRRSV复制过程的必需序列,为进一步解析PRRSV复制过程的调控元件奠定了基础。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 5′utr 高级结构与功能 病毒复制 基因表达调控

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丙型肝炎病毒5'端非编码区结构域Ⅰ、Ⅱ在其翻译启动活性中的作用具有细胞特异性

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作者 黄小晔 刘丽莎 +4 位作者 崔光晶 刘西霞 刘美佟 马琼山 刘水平 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1826-1829,共4页

目的分析在不同宿主细胞的翻译体系下,缺失不同片段的HCV 5'UTR翻译启动活性的差异。方法以脂质体介导基因转染技术,将截短型HCV 5'UTR调控Fluc的真核表达质粒与Rluc真核表达质粒p RL-TK共转染至不同的细胞中,转染后36 h:6提取... 目的分析在不同宿主细胞的翻译体系下,缺失不同片段的HCV 5'UTR翻译启动活性的差异。方法以脂质体介导基因转染技术,将截短型HCV 5'UTR调控Fluc的真核表达质粒与Rluc真核表达质粒p RL-TK共转染至不同的细胞中,转染后36 h:6提取细胞RNA,半定量RT-PCR检测目的质粒的转录水平;6用双荧光素酶报告基因检测系统检测Fluc基因相对表达活性,分析HCV 5'UTR缺失不同结构域后在不同翻译体系中翻译启动活性的差异。结果 6缺失5'端44个碱基的HCV 5'UTR的翻译启动活性分别与缺失前相比:在He La细胞和C6细胞中无明显影响,在L-02细胞中活性下降为46%,而在293T细胞则为缺失前的146%;6缺失5'端118个碱基后,HCV 5'UTR的活性分别与缺失前相比:在He La细胞中,缺失后活性仅为缺失前的49%,而在L-02细胞、C6细胞和293T细胞中,活性分别为缺失前的140%、160%和235%。在本研究使用的四种细胞中,p CNl的翻译启动活性的差异无统计学意义,p CNl-d2在293T细胞中活性最高,在L-02细胞中活性最低。p CNl-d3在293T、C6和L-2细胞中活性相近,但在He La细胞中的活性明显比其他细胞低。结论 HCV 5'UTR的DomainⅠ和DomainⅡ对其翻译启动活性的影响与宿主细胞种类相关,具细胞特异性。 展开更多

关键词 丙型肝炎病毒 5'端非编码区 翻译启动活性 细胞特异性

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雌激素受体2(ESR2) mRNA 5'非翻译区内部核糖体进入位点活性的鉴定与分析 被引量：2

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作者 孙柳柳 黄方婷 +2 位作者 张旭燕 朱瑞宇 金坚 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期622-631,共10页

真核生物除了传统的帽依赖型翻译机制外,还存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES)介导的翻译机制。雌激素受体2(estrogen receptor 2,ESR2)是雌激素受体家族成员之一,其编码的蛋白质在许多肿瘤中发挥重要的作用。E... 真核生物除了传统的帽依赖型翻译机制外,还存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES)介导的翻译机制。雌激素受体2(estrogen receptor 2,ESR2)是雌激素受体家族成员之一,其编码的蛋白质在许多肿瘤中发挥重要的作用。ESR2蛋白的异常表达会导致众多肿瘤的发生,但其蛋白质翻译水平的调控机制至今仍不清楚。研究发现,在药物刺激的条件下,乳腺癌细胞MCF7/WT中ESR2蛋白的表达提高,但是其转录水平基本未见发生改变。猜测ESR2 mRNA5'非翻译区(5'untranslated region,5'UTR)具有IRES活性。为了验证ESR2 mRNA 5'UTR是否具有IRES元件,将ESR2 mRNA 5'UTR插入到双顺反子报告基因载体(pRF)中,构建pRL-ESR2-FL重组质粒载体,将其瞬时转染到HEK293细胞。结果发现,ESR2 mRNA 5'UTR有假定的IRES活性。并且通过3个排除实验验证了ESR2 IRES活性与其5'UTR中的内部潜在启动子(P<0.0001)、内部剪切位点以及核糖体通读无关。进一步对其序列进行截短研究发现,ESR2 IRES活性发挥的关键区域是3'端的439~468 nt,且ESR2 IRES最大活性的发挥依赖于5'UTR序列的完整性。并且发现,ESR2 IRES活性的发挥不但需要特定的一级核酸序列,还要有稳定的二级茎环结构。此研究有望为ESR2蛋白调控的相关疾病提供新的药物治疗靶点。 展开更多

关键词 雌激素受体2 5'非翻译区 内部核糖体进入位点

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转录因子FOSB mRNA 5′非翻译区内部核糖体进入位点的活性 被引量：1

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作者 马晶 孙柳柳 +4 位作者 马文囡 陶义芬 陈蕴 朱瑞宇 金坚 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期41-48,共8页

研究FOSB基因侧翼序列是否含有内部核糖体进入位点(internal ribosme entry site,IRES),进而探究其生理功能。作者利用双顺反子报告载体(pRL-FL),构建检测质粒(pRL-FOSB-FL),并将其转染到人胚肾细胞HEK293和4种癌细胞中,检测FOSB mRNA ... 研究FOSB基因侧翼序列是否含有内部核糖体进入位点(internal ribosme entry site,IRES),进而探究其生理功能。作者利用双顺反子报告载体(pRL-FL),构建检测质粒(pRL-FOSB-FL),并将其转染到人胚肾细胞HEK293和4种癌细胞中,检测FOSB mRNA 5′非翻译区(5′untranslated region,5′UTR)IRES活性并通过逐步截断探索其活性中心,最后对肝癌细胞Bel-7402进行药物(紫杉醇和顺铂)刺激。报告载体的结果显示,FOSB mRNA 5′UTR具有IRES活性,且在不同细胞中FOSB IRES活性存在显著性差异,在卵巢癌细胞A2780/WT细胞中FOSB IRES活性较高。序列截断发现,FOSB mRNA 5′UTR中的160nt(-376到-217)对其IRES的功能至关重要.在肝癌细胞中,随着加药浓度的增加,其IRES活性逐渐增加,尤其在紫杉醇刺激下活性增加更为明显。本研究发现的FOSB基因的这些特性为研究FOSB在肿瘤的预防与治疗提供了一种新的思路。 展开更多

关键词 小鼠骨肉瘤病毒致癌基因同族体B 内部核糖体进入位点 5′非翻译区 荧光素酶

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奶牛乳脂性状候选基因EEF1D突变位点功能分析 被引量：3

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作者 蒋秋斐 蔡正云 +3 位作者 黄增文 冯小芳 张娟 顾亚玲 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第7期1155-1159,共5页

提高乳脂含量、提升奶质已成为当前奶牛业研究的重点方向之一。前期经GWAS方法研究发现,EEF1D基因5′非翻译区(5′-UTR)的G/A突变与乳脂率极显著相关,为了进一步对候选基因EEF1D的突变位点进行功能分析,首先通过人工合成获得了EEF1D基... 提高乳脂含量、提升奶质已成为当前奶牛业研究的重点方向之一。前期经GWAS方法研究发现,EEF1D基因5′非翻译区(5′-UTR)的G/A突变与乳脂率极显著相关,为了进一步对候选基因EEF1D的突变位点进行功能分析,首先通过人工合成获得了EEF1D基因突变型与野生型片段,并在细胞水平上对其开展了功能验证实验。研究发现,EEF1D基因5′-UTR的G/A突变引起Sp3转录起始位点后移33 bp,并且突变型的活性大约是野生型的3倍。研究结果表明,该突变可改变转录因子的转录起始位点,从而使EEF1D的表达上调。 展开更多

关键词 乳脂含量 EEF1D基因 5′非翻译区(5′-utr) SP3 突变型

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基因多态性的交互作用与食管癌患者血浆凝血酶活性及病理分期的关系 被引量：1

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作者 张超贤 郭李柯 +1 位作者 张利利 韩宇 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期437-444,共8页

目的探讨凝血酶原基因3′非翻译区G20210A与组织因子途径抑制物(TFPI)基因5′非翻译区C399T多态性的交互作用与食管癌患者血浆凝血酶活性及病理分期的关系。方法依据TNM分期,选择新乡医学院第一附属医院2011年5月至2015年8月收治的食管... 目的探讨凝血酶原基因3′非翻译区G20210A与组织因子途径抑制物(TFPI)基因5′非翻译区C399T多态性的交互作用与食管癌患者血浆凝血酶活性及病理分期的关系。方法依据TNM分期,选择新乡医学院第一附属医院2011年5月至2015年8月收治的食管癌TNMⅠ期~Ⅳ期及TNM 0期患者各198例,发色底物法测定血浆凝血酶活性,并应用PCR-RFLP技术检测各组患者的外周血白细胞的凝血酶原基因3′非翻译区G20210A和TFPI基因5′非翻译区C399T多态性,采用非条件Logistic回归分析估算凝血酶原基因3′非翻译区G20210A和TFPI基因5′非翻译区C399T与食管癌浸润与转移风险的调整比值比(OR)及95%可信区间(95%CI),并分析二者多态性的交互作用对血浆凝血酶活性和食管癌浸润与转移的影响。结果Ⅰ期组G20210A(GA)、G20210A(AA)、C399T(CT)和C399T(TT)基因型频率分别为24.24%、26.77%、24.24%和25.76%,Ⅱ期组分别为34.34%、37.37%、34.85%和36.36%,Ⅲ期组分别为39.90%、42.93%、40.41%和41.92%,Ⅳ期组分别为45.45%、46.97%、45.35%和46.46,对照组分别为13.64%、14.14%、13.13%和13.64%,各分期组与0期对照组之间差异均有统计学意义(P均<0.01)。G20210A(GA)和G20210A(AA)基因型患者的食管癌浸润与转移的风险均显著增加,C399T(CT)和C399T(TT)基因型者食管癌浸润的风险也显著增加。基因突变的协同分析发现,G20210A(AA)/C399T(TT)基因型者各分期组和0期组的分布频率分别为7.07%、14.14%、18.18%、21.71%和1.52%,各组之间差异均有统计学意义(P均<0.01)。G20210A(AA)/C399T(TT)基因型者食管癌浸润与转移的风险显著增加,且两基因型在食管癌浸润与转移中存在正向的交互作用(γ均>1),此外,G20210A(GA)和C399T(TT)之间、G20210A(GA)和C399T(CT)之间及G20210A(AA)和C399T(CT)之间均存在正向交互作用(γ均>1)。各分期患者血浆凝血酶活性明显高于0期组,且各分期组患者之间也有明显差异(P<0.01)。突变基因型携带者的血浆凝血酶活性明显高于在同一TNM分期野生型携带者的血浆凝血酶活性(P<0.01)。结论 G20210A和C399T的基因突变均是食管癌浸润与转移的易患因素,基因突变的交互作用增加了食管癌浸润与转移的风险,这可能与其提高血浆凝血酶活性密切相关。 展开更多

关键词 食管癌 凝血酶原基因3′非翻译区G20210A 组织因子途径抑制物基因5′非翻译区C399T 凝血酶活性 多态现象

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细胞信号肽酶复合体亚基1与牛病毒性腹泻病毒复制的相关性分析 被引量：1

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作者 史慧君 董文丽 +5 位作者 郭妍婷 袁圆圆 陈俊贞 杨莉 冉多良 付强 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1870-1876,共7页

旨在探明信号肽酶复合体亚基1(signal peptidase complex subunit 1,SPCS1)影响牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)复制的作用。使用Benchling和CHOPCHOP等平台设计靶向SPCS1基因的sgRNA,克隆至慢病毒载体lentiCRISPR ... 旨在探明信号肽酶复合体亚基1(signal peptidase complex subunit 1,SPCS1)影响牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)复制的作用。使用Benchling和CHOPCHOP等平台设计靶向SPCS1基因的sgRNA,克隆至慢病毒载体lentiCRISPR v2,连同包装质粒pSPAX2和pMD2.G转染至人胚肾细胞HEK-293T中,包装慢病毒并感染MDBK细胞,用嘌呤霉素筛选5代后获得敲低SPCS1蛋白后稳定表达的细胞,用Western blot检测SPCS1蛋白表达的情况;使用荧光定量PCR和免疫荧光分析检测BVDV感染SPCS1蛋白敲低细胞不同时间后5′非翻译区(untranslated region,UTR)mRNA的水平和双链RNA(double-stranded,dsRNA)积累,利用倒置显微镜观察BVDV致细胞病变(cytopathic effect,CPE)情况,根据Reed-Muench方法测定病毒滴度变化情况。结果:Western blot检测SPCS1蛋白表达量明显下降,成功构建SPCS1敲低(knockdown,KD)细胞;BVDV感染SPCS1 KD细胞后与对照Scramble相比,BVDV 5′UTR mRNA水平和dsRNA量均显著性降低(P<0.01),CPE现象推迟并减弱,子代病毒滴度显著性下降(P<0.01),最高降低95.8%。SPCS1敲低后显著性影响BVDV复制,为BVDV防控新技术的建立提供理论依据。 展开更多

关键词 信号肽酶复合体亚基1 牛病毒性腹泻病毒 5′非翻译区 双链RNA 复制

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人类珠蛋白相关基因上游开放阅读框的变异分析 被引量：3

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作者 叶宇华 张倩倩 +4 位作者 钟建美 黎倚红 张立 喻秋霞 徐湘民 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期232-240,共9页

β-地中海贫血症是一种珠蛋白生成障碍的常染色体隐性遗传病。而γ珠蛋白基因的开放表达和胎儿血红蛋白的合成,是缓解β地中海贫血病人临床表型的一个重要因素。本研究针对202个血红蛋白相关调控基因或mi RNA,对1802个β-地中海贫血症... β-地中海贫血症是一种珠蛋白生成障碍的常染色体隐性遗传病。而γ珠蛋白基因的开放表达和胎儿血红蛋白的合成,是缓解β地中海贫血病人临床表型的一个重要因素。本研究针对202个血红蛋白相关调控基因或mi RNA,对1802个β-地中海贫血症患者进行了目标区域捕获测序。通过生物信息学的分析,检测出了所有捕获区域内的突变。进一步对位于5′端非编码区(5′untranslated region,5′UTR)的突变进行系统扫描,共计寻找到41个影响u ORF(upstream open reading frame,u ORF)有或无的功能性突变。从中选取了CHTOP基因(chr1:153606541 C>T)和TGFB1基因(chr19:41859418 G>A)的两个突变,通过定点诱变和双荧光素酶报告实验,在体外证实这两个突变均可显著地改变下游基因的表达。该研究结果为β-地中海贫血症临床表型的精确诊断提供了潜在的筛查靶点。 展开更多

关键词 Β-地中海贫血 突变 5′端非编码区 上游开放阅读框

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转录激活因子1(ATF1)内部核糖体进入位点的鉴定及活性分析 被引量：2

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作者 李琪 高文青 +1 位作者 朱瑞宇 金坚 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期937-943,共7页

蛋白质翻译起始通常有两种机制,一是依赖帽结构的翻译,另一种是依赖5'非翻译区的内部核糖体进入位点(IRES).在后一种方式中,在某些IRES反式作用因子,如La蛋白、多聚嘧啶串结合蛋白1等的参与下,直接招募核糖体小亚基到mRNA的翻译起... 蛋白质翻译起始通常有两种机制,一是依赖帽结构的翻译,另一种是依赖5'非翻译区的内部核糖体进入位点(IRES).在后一种方式中,在某些IRES反式作用因子,如La蛋白、多聚嘧啶串结合蛋白1等的参与下,直接招募核糖体小亚基到mRNA的翻译起始位点,启始翻译.研究发现,参与细胞生长、分化、细胞周期进程、凋亡和压力调控的相关蛋白中通常含有IRES元件.基于功能,我们提出假说:转录激活因子1(ATF1)的5'-UTR可能具有IRES活性.为验证假说,首先构建了含全长ATF1 5'-UTR的双荧光素酶报告质粒;质粒转染结合报告酶活性分析显示,ATF1 5'-UTR在Bel7402、HCT-8和HEK293细胞中表现出不同的IRES活性;而此IRES活性与5'-UTR中的隐藏启动子无关.同时还发现,ATF1 5'-UTR在NIH3T3细胞中却没有IRES活性.与此结果相一致,Western印迹检测ATF1在这几种细胞系中的表达.结果显示,Bel7402、HCT-8和HEK293中ATF1蛋白质表达水平较高,而在NIH3T3中却极低.ATF1 5'-UTR的系列5'-删除突变及报告酶分析证明,ATF1 5'-UTR的完整性对其IRES活性大小发挥重要作用;其中5'端的204 bp序列对其IRES活性贡献较大.RNA-蛋白免疫共沉淀实验揭示,ATF1 5'-UTR可与La和PTBP1蛋白结合;抑制La和PTBP1蛋白质的表达,并可减低HEK293细胞中ATF1蛋白质表达水平.这些结果提示,La和PTBP1蛋白(两种ITAFs)为ATF1 5'-UTR发挥IRES活性所必需.总之,上述结果证明,ATF1 5'-UTR具有IRES活性,其活性发挥依赖与La和PTBP1蛋白的结合.上述发现为进一步研究La和PTBP1表达及亚细胞定位对ATF1 IRES调控机制的影响奠定了基础. 展开更多

关键词 转录激活因子1(ATF1) 5'-非编码区(5'-utr) 内部核糖体进入位点(IRES) IRES反式作用因子(ITAFs)

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内部核糖体进入位点(IRES)调控多种癌细胞系中尾型同源盒转录因子2的翻译 被引量：1

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作者 高文青 李琪 +2 位作者 陈蕴 朱瑞宇 金坚 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期260-268,共9页

尾型同源盒转录因子2(caudal type homeobox transcription factor 2,CDX2)促进肠癌细胞增殖,并具有致瘤的潜能。然而,对于CDX2翻译水平的调控机制研究甚少。本研究基于转染及报告酶活性分析结果,首次证明CDX2 5'非翻译区(5'unt... 尾型同源盒转录因子2(caudal type homeobox transcription factor 2,CDX2)促进肠癌细胞增殖,并具有致瘤的潜能。然而,对于CDX2翻译水平的调控机制研究甚少。本研究基于转染及报告酶活性分析结果,首次证明CDX2 5'非翻译区(5'untranslated region,5'-UTR)存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES),并通过IRES在HEK293细胞以及肝癌、肠癌和卵巢癌等肿瘤细胞株中介导翻译起始。IRES介导的翻译机制与经典的帽依赖翻译途径(cap-dependent translation)不同,在一些IRES反式作用因子(IRES trans-acting factors,ITAFs)的作用下,不需要帽状结构,IRES可以直接招募核糖体小亚基,起始翻译。同时,肿瘤细胞内IRES介导的翻译方式可能是引起蛋白质异常表达的原因之一。通过Western印迹检测CDX2在4种肿瘤细胞系中的表达,发现CDX2的IRES活性与其在肿瘤细胞中蛋白质表达量正相关,其活性在耐药型卵巢肿瘤细胞株中最高。此外,CDX2 IRES元件的5'端截短及报告酶活性分析证明,CDX2 5'-UTR的活性中心位于68~147碱基之间,而位于5'末端的67个碱基形成一个远端茎环,抑制全长IRES的活性。定点突变68~147活性区域的实验结果揭示,3个茎环结构域(68GCCGGC73,88GCCAG92和114CUCUG118)是IRES元件中不可或缺的部分。上述结果证明,CDX2 5'-UTR具有IRES活性,其活性依赖于二级茎环结构。因此,可以针对特殊的茎环结构域进行研究,使之成为肿瘤药物作用靶点。 展开更多

关键词 尾型同源盒转录因子2 5'非编码区 内部核糖体进入位点

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