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lncRNA GAS5基因多态性与多囊卵巢综合征发病风险的相关性研究
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作者 陆玉兰 庞晓霞 +2 位作者 陈兴鸿 韦玉霞 刘纯宏 《中国病理生理杂志》 北大核心 2025年第2期348-353,共6页
目的:研究长链非编码RNA(lncRNA)生长阻滞特异性转录物5(GAS5)基因多态性与多囊卵巢综合征(PCOS)发病的关联性。方法:选取2018年5月~2019年5月在广西右江民族医学院附属医院生殖医学中心确诊的236例PCOS患者作为病例组,同时选取同期性... 目的:研究长链非编码RNA(lncRNA)生长阻滞特异性转录物5(GAS5)基因多态性与多囊卵巢综合征(PCOS)发病的关联性。方法:选取2018年5月~2019年5月在广西右江民族医学院附属医院生殖医学中心确诊的236例PCOS患者作为病例组,同时选取同期性别、年龄相匹配的277例健康女性作为对照组,采用iMLDR单核苷酸多态性(SNP)分型方法检测GAS5基因rs145204276 I/D、rs55829688 C/T和rs6790 G/A位点基因型。采用logistic回归分析GAS5基因多态性与PCOS的相关性。结果:GAS5基因rs145204276 I/D位点多态性在对照组和PCOS组之间差异有统计学意义,logistic回归分析结果显示,与I/I基因型相比,I/D和D/D基因型以及显性模型I/D+D/D具有较低的PCOS发病风险[I/D vs I/I:OR(95%CI)=0.61(0.42,0.88),P=0.009;D/D vs I/I:OR(95%CI)=0.44(0.23,0.84),P=0.013;I/D+D/D vs I/I:OR(95%CI)=0.57(0.40,0.81),P=0.002];与I等位基因相比,D等位基因显著降低PCOS的发病风险[D vs I:OR(95%CI)=0.62(0.47,0.82),P=0.001]。rs55829688 C/T和rs6790 G/A位点多态性在对照组和PCOS组之间比较差异均无统计学意义(P>0.05)。单倍型联合分析显示D-T-A单倍型在对照组和PCOS组间的分布差异有统计学意义[OR(95%CI)=0.61(0.45,0.84),P=0.002]。结论:GAS5基因rs145204276 I/D位点多态性可能与PCOS遗传易感性相关,即携带D等位基因的个体可能具有较低的PCOS发病风险。 展开更多
关键词 多囊卵巢综合征 单核苷酸多态性 长链非编码RNA 生长阻滞特异性转录物5
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区域性灌注化疗时5-FU的血液和肝脏组织药物浓度分布特征 被引量:11
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作者 郑惊雷 梁力建 +1 位作者 胡文杰 沈顺利 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期823-827,共5页
目的研究经肝动脉和门静脉等不同途径区域灌注化疗时5-FU在大鼠血液和肝脏组织中的浓度分布和消除过程,为临床肝脏肿瘤化疗提供参考。方法经颈静脉注射5-FU或分别经肝动脉及门静脉插管区域灌注,剂量为20mg/kg体重。采用高效液相色谱法... 目的研究经肝动脉和门静脉等不同途径区域灌注化疗时5-FU在大鼠血液和肝脏组织中的浓度分布和消除过程,为临床肝脏肿瘤化疗提供参考。方法经颈静脉注射5-FU或分别经肝动脉及门静脉插管区域灌注,剂量为20mg/kg体重。采用高效液相色谱法测定血浆及肝脏组织中5-FU的含量。进一步计算5-FU在肝脏和血浆中的药动学数据和穿透比率及治疗优势度。结果外周静脉注射时,肝脏组织的药物峰浓度(Cmax)和药物时量曲线下面积(AUC)分别为13.79±4.56μg/g,342.20±108.20μg·min/g;血浆Cmax和AUC分别为36.85±5.96μg/ml,842.00±158.00μg·min/ml。肝动脉灌注5-FU时,肝脏组织药物Cmax和AUC分别为29.58±4.30μg/g,794.60±115.40μg·min/g;血浆Cmax和AUC分别为24.39±4.63μg/ml,639.70±133.80μg·min/ml。门静脉灌注时,肝脏组织药物Cmax和AUC分别为28.21±4.46μg/g,733.60±180.3μg·min/g;血浆Cmax和AUC分别为21.02±4.06μg/ml,529.80±111.50μg·min/ml。结论与外周静脉注射全身化疗比较,区域性肝动脉或门静脉灌注化疗可显著提高肝脏组织中的药物浓度,同时减少化疗药物在外周血中的分布,可作为临床肝癌化疗的较好治疗措施。 展开更多
关键词 5-氟尿嘧啶 肝脏肿瘤 区域化疗 浓度分布
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鳜鱼(Siniperca chuatsi)β-肌动蛋白基因cDNA全序列与5′侧翼区的克隆与分析 被引量:16
3
作者 刘秀霞 梁旭方 +3 位作者 王琳 端金霞 李光照 廖婉琴 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期102-108,共7页
采用RT-PCR及RACE法,分离、克隆鳜鱼β-肌动蛋白基因cDNA全序列,再用基因组步行法(Genome Walker)克隆鳜鱼β-肌动蛋白基因5′调控区。序列分析结果表明,鳜鱼β-肌动蛋白基因全长1897bp,其中5′-UTR长94bp,3′-UTR长675bp,编码区长1128... 采用RT-PCR及RACE法,分离、克隆鳜鱼β-肌动蛋白基因cDNA全序列,再用基因组步行法(Genome Walker)克隆鳜鱼β-肌动蛋白基因5′调控区。序列分析结果表明,鳜鱼β-肌动蛋白基因全长1897bp,其中5′-UTR长94bp,3′-UTR长675bp,编码区长1128bp,编码375个氨基酸。将所得序列与其它动物类群的β-肌动蛋白基因序列进行比较分析显示,鱼类、两栖类、鸟类、哺乳类等不同类群脊椎动物β-肌动蛋白氨基酸序列同源性均在96%以上,说明该基因在生物进化过程中高度保守。通过鳜鱼与其它脊椎动物β-肌动蛋白基因的核苷酸序列构建的进化树显示,脊椎动物β-肌动蛋白聚类成3个分支,鱼类β-肌动蛋白基因形成一个独立的分化群,说明鱼类β-肌动蛋白基因起源于一个共同祖先。克隆得到的鳜鱼β-肌动蛋白基因5'侧翼序列长1399bp,对其进行序列分析,在其起始密码字ATG上游200bp范围内发现含有CAATbox、CC(A/T)6GG(CArGbox)、TATA box对转录调控起重要作用的顺式元件,同时在侧翼区也发现含有GC box、MYOD、YY1、SP1、GATA等多个潜在调控元件。鳜鱼β-肌动蛋白基因5′侧翼序列的克隆成功,为今后转基因鳜鱼的研究工作奠定了基础。 展开更多
关键词 β-肌动蛋白基因 CDNA序列 5′调控区 克隆 鳜鱼
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鹅肌肉生长抑制素基因5′-调控区序列特征和组织表达分析 被引量:9
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作者 顾志良 卢祥云 +1 位作者 朱大海 李辉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1606-1611,共6页
根据鸡的Myostatin基因序列设计引物,从鹅的基因组DNA中扩增到了Myostatin基因的5′-调控区,克隆并测序后获得了1.3 kb片段序列。与其他物种的序列比较发现,鹅Myostatin基因的该调控序列与鸭同源性为94.8%,与鸡同源性为69.2%,而与小鼠仅... 根据鸡的Myostatin基因序列设计引物,从鹅的基因组DNA中扩增到了Myostatin基因的5′-调控区,克隆并测序后获得了1.3 kb片段序列。与其他物种的序列比较发现,鹅Myostatin基因的该调控序列与鸭同源性为94.8%,与鸡同源性为69.2%,而与小鼠仅为14.3%。通过生物信息学方法,分析确定了其启动子和转录起始位点,发现在转录起始位点上游-34 bp处存在1个TATA盒,-77 bp处存在1个CAAT盒。还发现在该片段中包含5个E框、2个MEF2结合位点、1个MSX2盒和1个MTATA盒等肌肉特异性转录因子结合位点。采集鹅肝脏、胸肌、腿肌、心脏、肺、肠、肾和脑等8种组织并提取总RNA,用Northern blot方法检测了Myostatin基因mR-NA在8种组织中的表达情况,发现其只在胸肌和腿肌中表达,而在其他几种组织中没有检测到表达信号。 展开更多
关键词 肌肉生长抑制素 5'-调控区 E框 基因表达
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杜氏盐藻2种碳酸酐酶基因5’上游的克隆与序列分析 被引量:7
5
作者 吕玉民 姜国忠 +3 位作者 牛向丽 谢华 张贵星 薛乐勋 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2004年第1期1-6,共6页
目的 :克隆盐藻 2种碳酸酐酶基因 (DCA1、CA1 ) 5’上游区序列 ,并对其进行测序和序列分析。方法 :利用DraⅠ、EcoRV、PvuⅡ和StuⅠ 4种平端限制内切酶分别酶切盐藻基因组DNA ,并与衔接头连接 ,构建成盐藻步行基因组文库GWL1、GWL2、GWL... 目的 :克隆盐藻 2种碳酸酐酶基因 (DCA1、CA1 ) 5’上游区序列 ,并对其进行测序和序列分析。方法 :利用DraⅠ、EcoRV、PvuⅡ和StuⅠ 4种平端限制内切酶分别酶切盐藻基因组DNA ,并与衔接头连接 ,构建成盐藻步行基因组文库GWL1、GWL2、GWL3和GWL4 ;巢式PCR方法从盐藻步行基因组文库中扩增DCA1和CA1基因 5’上游区序列 ,双脱氧末端终止法测序。结果 :DCA1基因 ,在GWL1、GWL3中分别扩增出约 1 .3kb和 4 .5kb的特异带 ,而CA1基因 ,则在GWL2、GWL4中分别扩增出 1 .7kb和 2 .5kb的特异带 ;序列分析结果表明 ,所得序列的 3’端与已知DCA1、CA1基因cDNA 5’端序列完全一致。该 2序列均有多个与转录调控有关的保守序列 (如TATA -box、CAAT -box)和富含GT的重复序列等许多相似之处。结论 :采用基因组步行方法从已知cDNA周围未知启动子或其他调控区域中克隆得到的DCA1、CA1基因的 5’上游区序列 ,可能是 展开更多
关键词 杜氏盐藻 碳酸酐酶 5’-上游区
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奶牛乳铁蛋白基因5′侧翼区遗传多态性及其与乳腺炎关联性分析 被引量:15
6
作者 王洪梅 孔振兴 +5 位作者 王长法 黄金明 李秋玲 侯明海 李建斌 仲跻峰 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期393-399,共7页
牛乳铁蛋白(Lactoferrin,LF)是保护乳腺组织的防御因子之一,是具有多种功能的糖蛋白。关于牛LF基因的多态性研究的报道较多,但其多态性与奶牛乳腺炎相关性的研究较少。文章采用PCR-RFLP、CRS-PCR对268头中国荷斯坦牛LF基因启动子区的-92... 牛乳铁蛋白(Lactoferrin,LF)是保护乳腺组织的防御因子之一,是具有多种功能的糖蛋白。关于牛LF基因的多态性研究的报道较多,但其多态性与奶牛乳腺炎相关性的研究较少。文章采用PCR-RFLP、CRS-PCR对268头中国荷斯坦牛LF基因启动子区的-926(G/A)、-915(T/G)、-478(/G)、+72(T/C)突变进行基因型分型,应用最小二乘线性模型分析LF基因多态性与体细胞评分(Somaticcellscore,SCS)的相关性。结果表明,新发现+72(T/C)和-478(/G)对SCS有显著影响,而其他两个位点对SCS影响不显著(P>0.05)。+72(T/C)的AB基因型是优良基因型,其个体的SCS值均显著低于AA型(P<0.01)、BB型个体(P<0.05)。-478(/G)位点的C等位基因是优良的等位基因,CC基因型个体的SCS值极显著低于CD、DD基因型个体(P<0.01)。因此,LF基因+72(T/C)的AB基因型和-478(/G)位点的CC基因型均是奶牛乳腺炎抗性的优良基因型,可作为分子标记应用于奶牛乳腺炎抗性筛选。 展开更多
关键词 乳铁蛋白基因5’侧翼区 遗传多态性 乳腺炎 体细胞评分 中国荷斯坦牛
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牛FSHR基因5′端侧翼序列的分析和多态性研究 被引量:35
7
作者 魏伍川 许尚忠 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期417-423,共7页
以中国西门塔尔牛基因组DNA为模板 ,参照绵羊的FSHR基因序列设计和合成引物 ,PCR扩增获得长度为 931bp ,包括 5′端侧翼 797bp和结构基因第一外显子区 134bp的牛FSHR基因片段。将该片段克隆于PUC18载体中 ,作序列分析发现 :牛的FSHR基... 以中国西门塔尔牛基因组DNA为模板 ,参照绵羊的FSHR基因序列设计和合成引物 ,PCR扩增获得长度为 931bp ,包括 5′端侧翼 797bp和结构基因第一外显子区 134bp的牛FSHR基因片段。将该片段克隆于PUC18载体中 ,作序列分析发现 :牛的FSHR基因转录启动子的遗传结构与人和鼠的FSHR基因不同 ,它的基因转录启动区含有TATA盒和类CAAT盒序列。在检索出的转录调节元件、或特征性序列位点 ,牛与绵羊在 5个序列位点有碱基变异 ,这可能与牛和绵羊的产仔率高低不同相关。对 34头份中国西门塔尔牛的扩增产物 ,应用PCR RFLP方法进行多态性分析 ,TaqⅠ酶切出现了多态性 ,酶切产物电泳呈现 3种基因型 ,由 2种等位基因构成。通过对基因频率和基因型频率在种用公牛、双胎母牛和随机牛类群中分布的比较研究结果 ,认为该基因与牛的繁殖性状存在连锁相关。 展开更多
关键词 FSHR基因 5′端区 转录启动调控元件 多态性 促卵泡素 序列分析
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基于系统聚类方法划分中国PM2.5防治区域 被引量:6
8
作者 陈杨 单春艳 +5 位作者 白志鹏 任丽红 孟露露 吴晓璇 赵佳佳 李洋阳 《中国环境监测》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期138-145,共8页
中国各城市细颗粒物(PM_(2.5))环境空气质量差异较大,呈现明显的区域污染特征。合理划分PM_(2.5)污染防治区域、开展区域性大气环境管理,是改善区域空气质量的重要途径。根据2015年全国108个重点城市大气PM_(2.5)的日均浓度数据,使用系... 中国各城市细颗粒物(PM_(2.5))环境空气质量差异较大,呈现明显的区域污染特征。合理划分PM_(2.5)污染防治区域、开展区域性大气环境管理,是改善区域空气质量的重要途径。根据2015年全国108个重点城市大气PM_(2.5)的日均浓度数据,使用系统聚类方法对各城市的PM_(2.5)全年污染变化特征进行分析,从而划分出不同防治区域。依据聚类分析的3项原则,综合比较4种不同聚类方法及结果,最后提出可以划分出8个PM_(2.5)污染防治区域:a赣鄂湘接壤地区(长株潭及周边城市),b成渝及周边地区,c粤桂地区,d闽浙沿海城市群,e东三省地区,f长三角地区,g山东及周边地区,h京津冀、山西中北部、陕西关中城市群。 展开更多
关键词 系统聚类 PM2.5 区域 环境空气质量 中国
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3个黄牛品种的myostatin 5′调控区多态与生长性状的相关分析 被引量:3
9
作者 张润锋 陈宏 +7 位作者 雷初朝 张春雷 张海军 鲍斌 陈付英 王轶敏 牛晖 王新庄 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1273-1278,共6页
用PCR-RFLPs方法对南阳牛、秦川牛、郏县红牛3个品种共411个个体的myostatin5′调控区的单核苷酸多态性(SNPs)进行分析。结果表明,3个品种在myostatin5′调控区T→A突变以等位基因T为主,仅在郏县红牛中发现1个AA型纯合体,郏县红牛品种... 用PCR-RFLPs方法对南阳牛、秦川牛、郏县红牛3个品种共411个个体的myostatin5′调控区的单核苷酸多态性(SNPs)进行分析。结果表明,3个品种在myostatin5′调控区T→A突变以等位基因T为主,仅在郏县红牛中发现1个AA型纯合体,郏县红牛品种显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),其它品种处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。对黄牛myostatin5′调控区T→A突变与南阳牛、秦川牛和郏县红牛生长性状进行相关分析,结果显示,TT型南阳牛6月龄的胸围和胸围指数显著低于TA型个体,TT型南阳牛18月龄的体高显著高于TA型个体(P<0.05),但基因型对秦川牛和郏县红牛生长性状的效应不显著(P>0.05)。提示在南阳牛的育种实践中应该综合考虑南阳牛生长阶段和所要选择的性状。 展开更多
关键词 MYOSTATIN 5′调控区 突变 生长性状 黄牛
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小麦抗逆相关基因TaSAP1的5′非翻译区内含子功能分析 被引量:4
10
作者 常建忠 董春林 +7 位作者 张正 乔麟轶 杨睿 蒋丹 张彦琴 杨丽莉 吴佳洁 景蕊莲 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1311-1318,共8页
逆境相关蛋白(stress associated protein,SAP)是植物中一类具有A20/AN1锌指结构域的蛋白,而A20/AN1锌指蛋白主要参与植物逆境响应。小麦中TaSAP1基因参与植株对各种逆境的响应,其5′非翻译区含有2个内含子(5'untranslated region i... 逆境相关蛋白(stress associated protein,SAP)是植物中一类具有A20/AN1锌指结构域的蛋白,而A20/AN1锌指蛋白主要参与植物逆境响应。小麦中TaSAP1基因参与植株对各种逆境的响应,其5′非翻译区含有2个内含子(5'untranslated region intron,5UI)。本研究利用重叠PCR,构建了TaSAP1的2个5UI缺失突变的表达载体,并转化二穗短柄草(Brachypodium distachyon),通过分析GUS活性,研究TaSAP1启动子及其5UI的生物学功能。结果表明TaSAP1启动子P1可受干旱、低温和外源ABA胁迫上调表达,表达活性分别是对照的10、6和4倍。TaSAP1基因2个5UI对启动子活性至关重要,2个5UI同时突变可致P1失活;Intron-1缺失突变导致P1活性降低约2.7倍(P<0.05),但不影响P1对逆境胁迫的响应;Intron-2缺失突变导致P1失去对干旱、低温和外源ABA的响应能力。本研究结果为深入研究TaSAP1 5UI的生物学功能奠定了基础,也为改善作物抗逆性提供了重要元件。 展开更多
关键词 小麦 5′非翻译区内含子 启动子 GUS定量分析
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鹅催乳素受体基因cDNA5′端序列克隆 被引量:6
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作者 傅泽红 邢光东 +1 位作者 刘铁铮 孔鸽萍 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2007年第3期213-217,共5页
为寻找鹅就巢性相关基因,从洪泽湖性成熟公鹅睾丸组织分离并合成鹅cDNA第一链;利用RACE克隆了鹅催乳素受体基因(gPRLR)5′端序列。所克隆的499 bp 5′端序列可划分为348 bp的5′-UTR、151 bp的以ATG作为起始密码子的阅读开放框。与鸡催... 为寻找鹅就巢性相关基因,从洪泽湖性成熟公鹅睾丸组织分离并合成鹅cDNA第一链;利用RACE克隆了鹅催乳素受体基因(gPRLR)5′端序列。所克隆的499 bp 5′端序列可划分为348 bp的5′-UTR、151 bp的以ATG作为起始密码子的阅读开放框。与鸡催乳素受体基因(cPRLR)cDNA序列作比对,此499 bp序列可划分为238 bp的第1外显子、69 bp的第2外显子、114 bp的第3外显子及81 bp的部分第4外显子,起始密码子位于第3外显子45 bp处。阅读开放框核苷酸序列与cPRLR cDNA同源部位的阅读开放框同源性达到88%,推导的氨基酸序列同源性达到84%。 展开更多
关键词 鹅催乳素受体 5’端序列 克隆
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牙鲆碱性磷酸酶基因5'调控区的克隆及其功能检测 被引量:4
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作者 施志仪 顾一峰 +1 位作者 陈晓武 胡燕林 《生物技术通报》 CAS CSCD 2008年第2期207-213,共7页
通过基因组步移的方法扩增出一段924bp的牙鲆碱性磷酸酶基因5'调控区序列,在线软件分析表明5'调控区内可能含有GKLF、Oct、CREB、E2F、CEBP、GATA-1、Pitx-1、Pit1、RARE/TRE、AP4等转录因子结合位点。采用DNA重组的方法,将克... 通过基因组步移的方法扩增出一段924bp的牙鲆碱性磷酸酶基因5'调控区序列,在线软件分析表明5'调控区内可能含有GKLF、Oct、CREB、E2F、CEBP、GATA-1、Pitx-1、Pit1、RARE/TRE、AP4等转录因子结合位点。采用DNA重组的方法,将克隆得到的5'调控区片段插入启动子缺失的增强型绿色荧光蛋白表达载体pEGFP-1中,构建重组表达载体pEGFP-JFALP。重组载体瞬时转染COS-7细胞,在倒置荧光显微镜下可以检测到绿色荧光信号,且荧光信号随着时间的延长而增强。结果表明本实验克隆的牙鲆碱性磷酸酶基因5'调控区具有一定的启动子活性,为今后进一步研究碱性磷酸酶基因表达调控的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 碱性磷酸酶 基因 5'调控区 克隆 功能
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鲢鱼可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)基因cDNA全序列与5′调控区的克隆与分析 被引量:5
13
作者 廖婉琴 梁旭方 +2 位作者 王琳 雷腊梅 韩博平 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期470-476,共7页
淡水鱼类可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)在微囊藻毒素去毒代谢过程中具有独特的关键作用,因而也称为微囊藻毒素去毒酶.从淡水食毒藻鱼类鲢鱼(Hypophthalmichthysmolitrix)肝脏通过简并引物克隆微囊藻毒素去毒酶基因cDNA核心序列,应用5′R... 淡水鱼类可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)在微囊藻毒素去毒代谢过程中具有独特的关键作用,因而也称为微囊藻毒素去毒酶.从淡水食毒藻鱼类鲢鱼(Hypophthalmichthysmolitrix)肝脏通过简并引物克隆微囊藻毒素去毒酶基因cDNA核心序列,应用5′RACE和3′RACE技术分别扩增该序列的5′末端和3′末端序列,最后通过序列拼接获得鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全序列.序列分析结果表明,鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全长920bp,其中5′-UTR长74bp,3′-UTR长174bp,编码区长672bp,编码223个氨基酸.应用基因组步行法,在鲢鱼克隆得到淡水鱼类微囊藻毒素去毒酶基因5′侧翼区878bp序列.与哺乳动物及海水鱼sGST基因不同,鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因的5′侧翼区,发现存在多个脂多糖反应元件(LPSRE),表明来源于毒藻的脂多糖可能对鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因表达有潜在调控作用. 展开更多
关键词 微囊藻毒素去毒酶基因 CDNA序列 5'调控区 克隆 鲢鱼
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突触分化诱导基因SynDIG1的5′调控区序列的生物信息学分析 被引量:3
14
作者 周雯 蔡望伟 +1 位作者 周代锋 王青松 《海南医学院学报》 CAS 2013年第1期5-8,共4页
目的:研究突触分化诱导基因SynDIG1转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对获得SynDIG1基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Predic... 目的:研究突触分化诱导基因SynDIG1转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对获得SynDIG1基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析SynDIG1基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件CpG Island Searcher分析SynDIG1基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析SynDIG1基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:SynDIG1基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box,没有GC-box和TATA-box;SynDIG1基因可能存在5个启动子位点;CpG岛为516bp区间(1 686~2 201bp);结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有406个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有168个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有72个潜在的转录因子结合位点;评分在99分以上(ScoreThreshold:99.0)时,该区域具有28个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于SynDIG1基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义。 展开更多
关键词 突触分化诱导基因 SynDIG1 5′调控区 生物信息学
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2个尼罗罗非鱼群体GHSR基因5'侧翼序列的多态性及其遗传多样性分析 被引量:3
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作者 王春晓 高风英 +3 位作者 卢迈新 刘志刚 朱华平 叶星 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期18-25,共8页
该试验以快长尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)和普通尼罗罗非鱼2个群体为研究对象,通过PCR扩增与测序,获得GHSR基因5'侧翼区序列77条,片段大小为1 217 bp。共检测出变异位点57个,包括12个插入/缺失位点和45个多态性位点。共发现1... 该试验以快长尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)和普通尼罗罗非鱼2个群体为研究对象,通过PCR扩增与测序,获得GHSR基因5'侧翼区序列77条,片段大小为1 217 bp。共检测出变异位点57个,包括12个插入/缺失位点和45个多态性位点。共发现16种单倍型,其中Hap2可能为原始单倍型。16种单倍型在进化树中聚为A和B 2支,A支中有11种单倍型,在普通群体和快长群体中均有分布,但快长群体中所占比例较高;B支中有5种单倍型,均分布于普通群体中。遗传多样性参数显示普通尼罗罗非鱼群体的核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸差异数(K)都高于快长尼罗罗非鱼群体。AMOVA分析结果显示快长和普通尼罗罗非鱼2个群体之间的Fst为-0.200 0(P>0.1),表明2个群体间遗传分化不明显,且2个群体的遗传差异主要来自群体内(120%)。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 GHSR基因 5'侧翼区 多态性 遗传多样性
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猪肿瘤坏死因子α基因5'侧翼区域多态性分析 被引量:2
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作者 牛步月 邢桂玲 +3 位作者 查安东 高晓雯 狄生伟 王希彪 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期17-23,共7页
利用直接测序法研究猪肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor,TNF-α)基因5'侧翼区域多态性,并作多态位点与仔猪腹泻和生长性状关联分析。发现在TNF-α基因5'侧翼区域存在6个SNPs位点,建立针对SNP:-1048T/C和SNP:-1016A/G的Hha ... 利用直接测序法研究猪肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor,TNF-α)基因5'侧翼区域多态性,并作多态位点与仔猪腹泻和生长性状关联分析。发现在TNF-α基因5'侧翼区域存在6个SNPs位点,建立针对SNP:-1048T/C和SNP:-1016A/G的Hha ⅠPCR-RFLP和Taq Ⅰ PCR-RFLP分型技术。Hha ⅠPCR-RFLP研究发现,在民猪群体中存在TC和CC两种基因型,在长白猪群体中存在TT、TC和CC三种基因型。Taq Ⅰ PCR-RFLP研究发现,在民猪和长白猪群体中仅存在AG和GG两种基因型。性状关联分析结果表明,TC比CC基因型民猪具有较高的35日龄断奶重(P<0.05)和日增重(P<0.05);TT基因型长白猪腹泻指数高于TC基因型个体(P=0.06)和CC个体(P=0.06);TT基因型长白猪出生重显著高于TC和CC基因型长白猪(P<0.05)。结果表明,猪TNF-α基因对仔猪腹泻和生长性状有一定影响,但HhaⅠ位点能否作为新遗传标记有待进一步研究。 展开更多
关键词 TNFA基因 5’侧翼区域 多态性
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5′-非转录区序列改建提高毕赤酵母表达抗菌肽LL-37 被引量:2
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作者 陆建荣 王惠民 +4 位作者 吴萍 黄松平 常秋月 凌勇武 倪晓蓉 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1329-1334,共6页
目的:探讨5′-非转录区(5′-UTR)序列改建对毕赤酵母表达外源蛋白LL-37的影响。方法:去除毕赤酵母分泌表达质粒pPIC9 5′-UTR内GGATCCAA序列,转化E.coli DH5α,构建改良的毕赤酵母分泌表达载体pPIC9-EDIT;PCR鉴定及测序确认后与酵母偏... 目的:探讨5′-非转录区(5′-UTR)序列改建对毕赤酵母表达外源蛋白LL-37的影响。方法:去除毕赤酵母分泌表达质粒pPIC9 5′-UTR内GGATCCAA序列,转化E.coli DH5α,构建改良的毕赤酵母分泌表达载体pPIC9-EDIT;PCR鉴定及测序确认后与酵母偏爱密码子编码的LL-37基因片段连接,构建改良的重组表达载体pPIC9-EDIT-LL-37;原生质球法转化毕赤酵母GS115,PCR扩增鉴定后诱导LL-37表达,筛选最佳表达条件,对表达产物进行凝胶电泳和Western印迹分析;比较转入pPIC9-EDIT-LL-37及pPIC9-LL-37后毕赤酵母表达产物的抑菌活性,间接测定改建前后LL-37蛋白表达量的变化。结果:PCR鉴定及测序证实pPIC9-EDIT改建成功,成功构建重组载体pPIC9-EDIT-LL-37;转化毕赤酵母后表达产物PCR鉴定出LL-37基因,最佳诱导甲醇浓度为0.5%,最佳诱导表达时间为72h,电泳及Western印迹分析证实表达产物为LL-37;改建后LL-37蛋白表达量提高了约35倍。结论:pPIC9 5′-UTR序列的改建能明显提高毕赤酵母表达LL-37蛋白,值得进一步研究以应用于其他外源蛋白表达。 展开更多
关键词 抗菌肽LL-37 毕赤酵母 5'-非转录区
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宁镇及宜溧地区全新世中晚期典型沉积相与5700 a B.P.前后的气候突变事件 被引量:12
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作者 史威 朱诚 +2 位作者 王富葆 田晓四 徐伟峰 《地理科学》 CSCD 北大核心 2007年第4期512-518,共7页
分析宁镇及宜溧地区中晚全新世典型剖面的地层划分与特征,采用R-Q型因子分析方法估算气候变化值,揭示5 700 a B.P.前后发生在本区的干燥降温异常气候突变事件。气候曲线与沉积相序列的对比分析表明,宝华山浅棕黄色砂土夹角砾层洪-坡积... 分析宁镇及宜溧地区中晚全新世典型剖面的地层划分与特征,采用R-Q型因子分析方法估算气候变化值,揭示5 700 a B.P.前后发生在本区的干燥降温异常气候突变事件。气候曲线与沉积相序列的对比分析表明,宝华山浅棕黄色砂土夹角砾层洪-坡积相是该突变事件背景下的产物,且该突变事件还具有全球变化区域响应的征候,林峰桥同期淤泥质层中Fe3+/Fe2+比和粘土百分含量异常值进一步印证了这一论断。 展开更多
关键词 宁镇及宜溧地区 全新世中晚期 典型沉积相 5700aB.P.前后 气候突变事件
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基于SPOT-5进行中国海岛海岸带1:5万基础地理数据更新 被引量:2
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作者 焦红波 王平 +2 位作者 金继业 姜伟男 侯晨 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期488-492,共5页
应用SPOT-5卫星遥感资料,对中国海岛海岸带区域1:5万基础地理数据中的交通运输线、水系、居民地面和海岸线四类要素进行了更新研究和实践工作,详细编制了更新的工作流程、作业方法、技术要点、质量控制和检查验收的内容与流程,使数据的... 应用SPOT-5卫星遥感资料,对中国海岛海岸带区域1:5万基础地理数据中的交通运输线、水系、居民地面和海岸线四类要素进行了更新研究和实践工作,详细编制了更新的工作流程、作业方法、技术要点、质量控制和检查验收的内容与流程,使数据的现势性达到了2004~2006年,为中国近海海洋规划和工程项目实施提供了现势性强的基础资料,也为基础地理数据的更新工作进行了有益的实践,积累了工作经验。 展开更多
关键词 基础地理数据 更新 海岛海岸带 SPOT-5 遥感
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团头鲂促性腺激素GtH Iβ亚基基因5′端启动子区克隆及表达载体构建 被引量:2
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作者 曲宪成 崔严慧 +5 位作者 周正峰 刘颖 金一春 胡萍华 薛婷君 王琼 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期558-567,共10页
本研究利用改进的锚定PCR方法克隆了团头鲂(Megalobrama amblycephala)促性腺激素Iβ(GtH Iβ)亚基基因5′端侧翼序列,并在生物信息学方法分析的基础上构建了荧光素酶质粒表达载体。序列分析结果显示:克隆得到的GtHIβ亚基基因5′端侧... 本研究利用改进的锚定PCR方法克隆了团头鲂(Megalobrama amblycephala)促性腺激素Iβ(GtH Iβ)亚基基因5′端侧翼序列,并在生物信息学方法分析的基础上构建了荧光素酶质粒表达载体。序列分析结果显示:克隆得到的GtHIβ亚基基因5′端侧翼序列长度为479bp,其中包括TATA盒、ARE、PRE、ERE、SF-1、Ptx1等可能对GtH Iβ亚基基因转录调控起重要作用的功能转录因子结合位点。利用PCR方法在基因组中扩增得到了3个缺失片段,并同全长片段一起分别连接至pGL3-Basic报告基因载体,成功构建了团头鲂GtH Iβ亚基基因5′端侧翼序列的表达载体,为进一步研究、分析其转录调控机制提供了基础。 展开更多
关键词 团头鲂 促性腺激素Iβ亚基 5’侧翼序列 启动子 表达载体
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