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基于16S rDNA扩增子分析柑橘黄龙病植株叶片中脉内生细菌菌群
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作者 张利平 刘顺民 +2 位作者 蒲占湑 朱莉 吕佳 《浙江农业科学》 2025年第2期440-444,共5页
文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组... 文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组有54种OTU,HLB组只有38种OTU,其中HC组注释到属水平的有38个属,HLB组有30个属,在HLB组中,黄龙病菌(Candidatus Liberibacter)是优势菌群,平均占比达到81.35%,而在HC组中并未发现黄龙病菌。通过t-test分析发现,发病组和健康组中的Cadidatus Liberibacter和Roseburia2个微生物的占比在属水平上具有显著差异;根据Spearman秩相关性分析发现黄龙病菌与拟杆菌属(Bacteroides)、梭形杆菌属(Fusobacterium)及罗氏菌属(Roseburia)3个属呈正相关,与鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、放线菌属(Amnibacterium)、甲基杆菌属(Methylobacterium)及Beijerinckiaceae 1174-901-12这4个属呈负相关。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 16s rdna 内生细菌
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基于16S rDNA测序的硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征分析
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作者 杨思思 唐小翠 +2 位作者 赵晓航 王娜 姚武 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期158-161,共4页
目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、... 目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、α-SMA、COL1A1和TGF-βmRNA的表达,采用Western blot法检测肺组织中α-SMA蛋白的表达;收集肺泡灌洗液和粪便样本,采用16S rDNA测序方法检测肺部和肠道菌群的丰度和α多样性。结果:与对照组相比,SiO_(2)组小鼠肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、COL1A1、TGF-β、α-SMA mRNA表达水平和α-SMA蛋白表达水平均升高(P<0.05)。两组小鼠肺部和肠道菌群存在共同的差异菌群且变化相反,α多样性指标比较差异无统计学意义(P>0.05)。SiO_(2)组小鼠疣微菌门、阿克曼菌属和阿克曼菌等在肠道减少而在肺部增加(P<0.05)。结论:硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群发生变化并影响硅沉着病的发生发展。 展开更多
关键词 硅沉着病 肺纤维化 肺部菌群 肠道菌群 16s rdna测序 小鼠
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基于16S rDNA高通量测序探讨弓形虫对鸡肠道微生物的影响
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作者 邓晓瑛 石佳佳 +2 位作者 杨成昊 鲁超 陈小庆 《生物灾害科学》 2025年第2期235-244,共10页
【目的】研究旨在探讨弓形虫感染对鸡肠道菌群的影响,为阐明弓形虫与肠道菌群的相互作用机制,并为防治弓形虫病提供新思路。【方法】选取20只7日龄和10只28日龄的健康鸡,分为感染组和对照组,通过16S rDNA高通量测序分析了感染后第11天... 【目的】研究旨在探讨弓形虫感染对鸡肠道菌群的影响,为阐明弓形虫与肠道菌群的相互作用机制,并为防治弓形虫病提供新思路。【方法】选取20只7日龄和10只28日龄的健康鸡,分为感染组和对照组,通过16S rDNA高通量测序分析了感染后第11天的盲肠微生物组成。【结果】感染组与对照组相比,在微生物多样性上存在差异。相比7日龄对照组,7日龄感染组中,厚壁菌门的丰度显著升高(P<0.05),而放线菌门显著降低(P<0.05)。属水平上,乳酸杆菌属、双歧杆菌属极显著减少(P<0.01),拟杆菌属显著增加(P<0.05)。28日龄感染组中,拟杆菌门丰度显著升高(P<0.05),属水平上,乳酸杆菌属极显著减少(P<0.01),拟杆菌属极显著增加(P<0.01)。此外,7日龄感染组的乳酸杆菌属相对丰度占比高于28日龄感染组,而拟杆菌属则相反。【结论】弓形虫感染可能改变鸡肠道微生物组成,尤其对雏鸡的影响更为严重,可能导致更高的死亡率。 展开更多
关键词 弓形虫 肉鸡 16s rdna 肠道微生物
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16S rDNA技术在刺参养殖池塘水质生态调控中的应用
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作者 刘双连 刘永兴 +3 位作者 宋晓阳 李林晗 方珍 段盛文 《中国水产》 2025年第6期35-36,共2页
微生物检测法有利于改善水环境,也能在一定程度上增强刺参机体免疫力。在刺参养殖池塘中构建微生态系统,最基本的工作条件就是对池塘水体环境和底质环境中的微生物检测与监测。当前,传统的微生物检测方法已无法满足快速检测需要,16S rDN... 微生物检测法有利于改善水环境,也能在一定程度上增强刺参机体免疫力。在刺参养殖池塘中构建微生态系统,最基本的工作条件就是对池塘水体环境和底质环境中的微生物检测与监测。当前,传统的微生物检测方法已无法满足快速检测需要,16S rDNA基因测序技术较一代、二代等传统基因测序技术来说在微生物生态学、农业等多个领域的应用日益广泛。本文介绍了16S rDNA基因测序技术在刺参养殖池塘水质生态调控中的应用,以期为其将来在水产养殖细菌生态系统构建与水质控制领域的应用提供参考借鉴。 展开更多
关键词 刺参养殖 16s rdna技术 水质生态调控
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基于16S rDNA测序分析中药复方石苦秦散对腹泻小鼠盲肠的影响
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作者 姜玲玲 许浩翔 +4 位作者 周景瑞 雷露 李婷 张亚楠 余波 《贵州农业科学》 CAS 2024年第3期86-96,共11页
【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药... 【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药预防组和番泻叶中药治疗组,按试验设计进行灌胃处理后,观察各组小鼠腹泻情况,针对不同药物腹泻模型采集十二指肠、盲肠观察肠道病理变化,最后采集各组盲肠内容物进行16S rDNA测序。【结果】腹泻指数显示,灌胃1 h番泻叶中药预防组和中药治疗组均极显著(P<0.01)低于番泻叶模型组;蓖麻油模型灌胃2 h与正常对照组差异极显著。肠道病理变化主要为制造腹泻模型后黏膜下层有少量炎性细胞浸润,除正常对照组外其他组肌层和浆膜变薄。盲肠Alpha测序显示,蓖麻油造模后,中药预防组能显著提高盲肠菌群丰度和多样性;Beta多样性PCoA分析表明,蓖麻油模型组与其他组样本明显分开;物种分类显示,2种药物腹泻模型处理后中药预防组和治疗组均不同程度提高拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)丰度,降低变形菌门(Proteobacteria)丰度;属水平在正常范围内,降低乳杆菌(Lactobacillus)和大肠杆菌(Escherichia)丰度,提高有益菌Mucispirillum和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)丰度。【结论】蓖麻油和番泻叶小鼠腹泻模型使用中药复方石苦秦散预防和治疗后,可明显改善肠道微生物丰度,特别是炎症反应相关的微生物,说明石苦秦散可通过调整肠道炎症修复发挥止泻作用。 展开更多
关键词 小鼠 腹泻指数 石苦秦散 盲肠菌群 16s rdna测序
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基于16S rDNA分析饲喂唾液乳杆菌XP132对白羽肉种鸡肠道菌群的影响 被引量:1
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作者 何塔娜 胡馨匀 +6 位作者 米洁兰 高立 张艳萍 祁小乐 崔红玉 杨桂连 高玉龙 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期4091-4099,共9页
旨在评估1株替抗专利菌株唾液乳杆菌XP132对健康白羽肉种鸡肠道菌群的影响。选取12只6月龄白羽肉种鸡,随机平均分为试验组和对照组,每组6只。试验组白羽肉种鸡每日饲喂活菌数为1×10^(9)CFU的唾液乳杆菌XP132发酵液,对照组饲喂PBS,... 旨在评估1株替抗专利菌株唾液乳杆菌XP132对健康白羽肉种鸡肠道菌群的影响。选取12只6月龄白羽肉种鸡,随机平均分为试验组和对照组,每组6只。试验组白羽肉种鸡每日饲喂活菌数为1×10^(9)CFU的唾液乳杆菌XP132发酵液,对照组饲喂PBS,连续饲喂4周后,基于16S rDNA测序方法,比较两组鸡肠道菌群发生的相对改变。结果表明,在饲喂唾液乳杆菌XP132后,通过α多样性分析物种丰富度,试验组菌群丰富程度高于对照组。在菌群组成的属水平上,饲喂唾液乳杆菌XP132的肉种鸡肠道菌群中,螺旋体科NK4A136属、梭状芽胞杆菌属、副拟杆菌属、罗氏菌属等有益物种丰度增加;在种水平上,饲喂唾液乳杆菌XP132组的肉种鸡肠道菌群中乳杆菌、拟杆菌、鼠李糖乳杆菌类等有益物种丰度增加。结果提示,本试验条件下,饲喂唾液乳杆菌XP132改变了白羽肉种鸡肠道菌群的丰富度,增加了有益菌菌群的物种丰度。 展开更多
关键词 肠道菌群 唾液乳杆菌 16s rdna 白羽肉种鸡
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陕西太白尾矿废弃地豆科植物根瘤菌16S rDNA PCR-RFLP及全序列分析 被引量:9
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作者 余建福 韦革宏 +1 位作者 丁小平 曹鹏 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期502-508,共7页
应用16S rDNA-RFLP和16S rDNA全序列测定方法,对分离自陕西太白金矿尾矿废弃地的55株根瘤菌和12株参比菌株进行了遗传多样性和系统发育地位研究。采用平均连锁法(UPMGA)对16S rDNA PCR-RFLP聚类,结果显示所有菌株在72%的水平上聚到一起... 应用16S rDNA-RFLP和16S rDNA全序列测定方法,对分离自陕西太白金矿尾矿废弃地的55株根瘤菌和12株参比菌株进行了遗传多样性和系统发育地位研究。采用平均连锁法(UPMGA)对16S rDNA PCR-RFLP聚类,结果显示所有菌株在72%的水平上聚到一起。根据参比菌株的种属关系,将供试菌株初步分成6个遗传发育群。群Ⅰ为根瘤菌属,群Ⅱ为中华根瘤菌属,群Ⅲ是中慢生根瘤菌属,群Ⅳ为土壤杆菌属,群V为一未知群,群Ⅵ为慢生根瘤菌属。分离自天蓝苜蓿的根瘤菌主要分布在群Ⅱ,截叶胡枝子根瘤菌在各个群内均有分布,表现出丰富的遗传多样性。选取群Ⅰ、Ⅱ的代表菌株TB17-1、TB50-1进行16S rDNA全序列测定分析,结果显示TB17-1与Rhizonbium leguminosarumUSDA2370的同源性高达99.7%,TB50-1与Sinorhizobium melilotiLMG6133的同源性为100%。全序列测定结果与RFLP分析结果基本一致。 展开更多
关键词 根瘤菌 16s rdna rflp 系统发育 尾矿废弃地
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红壤荒草地氨氧化细菌富集液16S rDNA文库的RFLP分析 被引量:12
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作者 张丽娜 曹慧 +3 位作者 崔中利 孙波 李大力 李顺鹏 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期635-641,共7页
分析红壤荒草地富集液中氨氧化细菌的种群组成,选取氨氧化细菌16S rDNA特异性引物序列,利用PCR技术对从富集液中抽提的细菌总DNA进行扩增,并建立了氨氧化细菌特异性的16S rDNA文库。用酶HhaⅠ和RsaⅠ对该文库特异性片段进行了限制性酶... 分析红壤荒草地富集液中氨氧化细菌的种群组成,选取氨氧化细菌16S rDNA特异性引物序列,利用PCR技术对从富集液中抽提的细菌总DNA进行扩增,并建立了氨氧化细菌特异性的16S rDNA文库。用酶HhaⅠ和RsaⅠ对该文库特异性片段进行了限制性酶切片断长度多态性分析(Restriction fragment lengthpolymorphism,RFLP),随机挑选的35个特异性克隆片段被分成3个不同的RFLP类型,其中优势型占了所有分析克隆子的94%,另两个型各占3%。从每个RFLP类型中挑取一定的转化子进行测序,测序结果经GenBank检索,发现在该富集液体系文库中存在大量亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)细菌序列,由此推测红壤荒草地中存在氨氧化细菌,Nitrosomonas属细菌能在富集条件下成为优势菌。 展开更多
关键词 氨氧化细菌 16s rdna基因文库 富集液 rflp 红壤
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人参内生可培养细菌16S rDNA-RFLP分析 被引量:10
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作者 姜云 尹望 +1 位作者 陈长卿 倪瑞卿 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期34-39,共6页
以我国吉林省5个不同地区来源的健康人参植株为实验材料,分别从根茎叶不同器官分离获得了152株内生细菌,利用HhaⅠ、HinfⅠ和HaeⅢ3种限制性内切酶对所有供试菌株的16 S rDNA片段进行了RFLP分析。聚类分析结果表明,供试菌株在相似性为83... 以我国吉林省5个不同地区来源的健康人参植株为实验材料,分别从根茎叶不同器官分离获得了152株内生细菌,利用HhaⅠ、HinfⅠ和HaeⅢ3种限制性内切酶对所有供试菌株的16 S rDNA片段进行了RFLP分析。聚类分析结果表明,供试菌株在相似性为83%水平上可分为18个类群,不同地区内生细菌的遗传多样性存在差异,其中抚松县和吉林农业大学的菌株多样性较高;不同器官蕴含的菌株数目也存在差异,茎部和根部蕴含菌株较为丰富。研究结果期望为了解人参内生细菌的种群结构,明确菌株种类奠定基础。 展开更多
关键词 人参 内生细菌 16 s rdnarflp 多样性
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小叶锦鸡儿根瘤菌的分离及其16S rDNA PCR-RFLP分析 被引量:7
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作者 严雪瑞 陈文峰 +3 位作者 陈文新 傅俊范 薛彩云 隋新华 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期141-146,共6页
对辽宁地区与小叶锦鸡儿共生的根瘤菌资源进行了初步调查。采自5个不同地区样品的根瘤,通过分离、纯化、回接验证等试验共获得65株供试根瘤菌菌株。进一步选用4种限制性内切酶对供试根瘤菌进行了16S rDNA PCR-RFLP研究,结果表明其系统... 对辽宁地区与小叶锦鸡儿共生的根瘤菌资源进行了初步调查。采自5个不同地区样品的根瘤,通过分离、纯化、回接验证等试验共获得65株供试根瘤菌菌株。进一步选用4种限制性内切酶对供试根瘤菌进行了16S rDNA PCR-RFLP研究,结果表明其系统发育地位位于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobiumspp.),并在96%相似性水平上分为5个不同的类群,分别由相应的rDNA图谱组合代表。丰富度及频度分析表明,组合15是辽宁省的优势群,组合18丰富度居第二位,但频度最高,也是辽宁省的主要类群。 展开更多
关键词 小叶锦鸡儿 根瘤菌 16s rdna PCR- rflp 辽宁省
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3种水产病原弧菌(Vibrio)的16S—23S rDNA间区(IGSs)的克隆、测序与分析 被引量:9
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作者 邓先余 王智学 +1 位作者 孙成波 何建国 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期162-170,共9页
根据细菌16S rDNA3端和23S rDNA5端的高度保守区设计引物,PCR扩增了5株溶藻弧菌、2株河流弧菌和2株创伤弧菌的16S—23S rDNA间区,克隆到pGEM-T载体上,测序;采用BLAST和DNAstar软件对16S—23S rDNA间区序列及其内的tRNA基因进行比较分析... 根据细菌16S rDNA3端和23S rDNA5端的高度保守区设计引物,PCR扩增了5株溶藻弧菌、2株河流弧菌和2株创伤弧菌的16S—23S rDNA间区,克隆到pGEM-T载体上,测序;采用BLAST和DNAstar软件对16S—23S rDNA间区序列及其内的tRNA基因进行比较分析研究。结果表明,3种弧菌共测出的16S—23S rDNA间区有33条,类型有6种:IGSGLAV、IGSGLV、IGSIA、IGSG、IGSA和IGS0,其中IGSIA和IGSG最为常见,9株弧菌均包含有此两类IGS;在3种弧菌中,大部分IGS序列tRNA基因两端的非编码区具有较高的种内同源性,可以成为设计种特异性引物和探针的靶区。16S—23S rDNA间区结构的差异为建立一类新的弧菌检测方法奠定了基础。溶藻弧菌的16S—23S rDNA间区序列为首次报道。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 河流弧菌 创伤弧菌 16s-23s rdna间区 TRNA基因
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利用16S rDNA序列及tuf-RFLP鉴定蒙古国发酵乳中的乳酸菌 被引量:10
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作者 王宏梅 于洁 +3 位作者 包秋华 吕嫱 孟和毕力格 张和平 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2011年第7期4-7,共4页
运用16S rDNA序列分析和tuf-RFLP技术对采于蒙古国扎布汗省的25份发酵乳样中分离出的110株乳酸菌进行鉴定。首先将分离的110株乳酸菌的16S rRNA基因进行扩增,测序并构建系统发育树,初步鉴定为41株嗜热链球菌,40株瑞士乳杆菌,11株德氏乳... 运用16S rDNA序列分析和tuf-RFLP技术对采于蒙古国扎布汗省的25份发酵乳样中分离出的110株乳酸菌进行鉴定。首先将分离的110株乳酸菌的16S rRNA基因进行扩增,测序并构建系统发育树,初步鉴定为41株嗜热链球菌,40株瑞士乳杆菌,11株德氏乳杆菌保加利亚亚种,2株发酵乳杆菌,1株乳明串珠菌,2株肠膜明串肠膜亚种,1株乳酸乳球乳酸亚种和12株属于干酪族的菌株。由于干酪乳杆菌族的16S rDNA序列差异很小,故采用tuf-RFLP技术对这12株进行了进一步的验证,通过分离菌株与模式菌株tuf-RFLP图谱的比较分析,结果表明这12株菌均为干酪乳杆菌。 展开更多
关键词 乳酸菌 16s rdna序列分析 系统发育树 tuf-rflp
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山羊奇异变形杆菌分离鉴定及其16S-23SrRNAISR序列RFLP分析 被引量:7
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作者 崔国林 钟世勋 +2 位作者 杨世发 左雪梅 朱瑞良 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期919-924,共6页
2012年初,山东菏泽某羊场的羊群发病,从发病羊器官分离到2株病原细菌。对病原细菌进行鉴定,并对其与已知同种异源菌株相似性差异进行分析。从患病山羊内脏器官分离细菌,经形态特征、培养特性、生化试验、血清学试验及致病性试验进行鉴定... 2012年初,山东菏泽某羊场的羊群发病,从发病羊器官分离到2株病原细菌。对病原细菌进行鉴定,并对其与已知同种异源菌株相似性差异进行分析。从患病山羊内脏器官分离细菌,经形态特征、培养特性、生化试验、血清学试验及致病性试验进行鉴定;再通过设计通用引物扩增16S-23SrRNA ISR(intergenic spacer region)序列,将PCR产物经HinfⅠ单酶切获得3条可视条带,同时对扩增条带中的主带测序并进行系统发育分析。结果表明,分离菌株为奇异变形杆菌;分离菌株同本实验室保存的兔源与鸡源奇异变形杆菌PCR-RFLP结果一致;分离菌株PCR产物同GenBank收录的HI4320株奇异变形杆菌及本实验室保存的兔源与鸡源奇异变形杆菌进行序列比较,分离羊源菌株与兔源菌株相似性为94.8%、与鸡源菌株相似性为96.0%~98.2%,与人源HI4320株相似性为96.9%。研究证实发病羊致病病原为奇异变形杆菌,其与鸡源、兔源和人源奇异变形杆菌的亲缘关系较近。 展开更多
关键词 山羊 奇异变形杆菌 16s-23s rRNA IsR PCR-rflp 系统发育分析
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一株嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila的16S-23S rDNA间区序列分析及应用 被引量:4
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作者 邓先余 王智学 +1 位作者 叶巧真 何建国 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期74-78,共5页
根据细菌的16SrDNA3′端和23SrDNA5′端的高度保守区设计引物,扩增了一株中华鳖Trionyxsinensis"红板病"病原菌嗜水气单胞菌的16S-23SrDNA间区,克隆到pGEM_T载体上,测序。用BLAST和DNAstar软件对16S-23SrDNA间区序列以及其内... 根据细菌的16SrDNA3′端和23SrDNA5′端的高度保守区设计引物,扩增了一株中华鳖Trionyxsinensis"红板病"病原菌嗜水气单胞菌的16S-23SrDNA间区,克隆到pGEM_T载体上,测序。用BLAST和DNAstar软件对16S-23SrDNA间区序列以及其内tRNA基因与已发表的嗜水气单胞菌和近缘种的IGSG序列进行比较分析,设计出对嗜水气单胞菌特异的PCR引物,建立了检测嗜水气单胞菌的PCR方法,进行了特异性、灵敏性检测,并用此方法检测了不同的水样。 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌 16s-23s rdna间区 tRNA^Clu基因 特异性 灵敏性
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16S-23S rDNA间隔区在奶牛乳房炎诊断中的应用 被引量:13
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作者 曹随忠 杜立新 赵兴绪 《中国畜牧兽医》 CAS 2005年第2期26-27,共2页
以 16 S- 2 3S r DNA间隔区为扩增靶序列的 PCR技术是近年来发展的细菌分类和鉴定新方法 ,具有快速、敏感和特异性高的优点。作者综述了细菌 16 S- 2 3S r DNA间隔区序列的特性及其在奶牛乳房炎病原诊断中的应用等研究进展。
关键词 16s-23s rdna间隔区 乳房炎 奶牛 PCR
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西北地区天蓝苜蓿根瘤菌16S rDNA RFLP分析 被引量:3
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作者 冯春生 郭军康 +2 位作者 位秀丽 李香香 韦革宏 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期940-945,共6页
利用RFLP和序列测定方法,对分离自西北地区的67株天蓝苜蓿根瘤菌16S rDNA进行了分析研究。结果表明:所有供试菌株分别归属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobac-terium)。以CCNWNX0042-2为代表的大... 利用RFLP和序列测定方法,对分离自西北地区的67株天蓝苜蓿根瘤菌16S rDNA进行了分析研究。结果表明:所有供试菌株分别归属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobac-terium)。以CCNWNX0042-2为代表的大部分天蓝苜蓿根瘤菌属于草木樨中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti),其余菌株在分群上表现出了较为明显的地域特征。 展开更多
关键词 根瘤菌 16s rdna rflp天蓝苜蓿
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以16S和16S—23S rDNA间区为靶区建立副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)PCR快速检测技术 被引量:4
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作者 邓先余 王智学 +1 位作者 陈晓艳 何建国 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期555-562,共8页
提要应用BLAST程序和DNAstar软件,比较分析了5株副溶血弧菌和其他细菌的16S—23S rDNA间区序列,选取IGSIA作为扩增靶区,结合相邻的16S rDNA序列,设计合成了一对特异性引物,通过优化扩增条件,建立了快速检测副溶血弧菌的PCR方法,对其特... 提要应用BLAST程序和DNAstar软件,比较分析了5株副溶血弧菌和其他细菌的16S—23S rDNA间区序列,选取IGSIA作为扩增靶区,结合相邻的16S rDNA序列,设计合成了一对特异性引物,通过优化扩增条件,建立了快速检测副溶血弧菌的PCR方法,对其特异性和敏感性进行了探讨,并初步进行了应用研究。结果表明,新建的PCR方法能特异性地扩增出大小为306bp和552bp的2条带,分别对应于副溶血弧菌的IGS0和IGSIA,检测灵敏度为5.6×102CFU/ml,半个工作日即可得到准确的结果,能有效检测出在杂色鲍、凡纳滨对虾和各种水质中的副溶血弧菌,适用于海洋水产动物副溶血弧菌病的早期快速诊断、水产品的检疫及水质环境的监测。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 16s rdna 16s-23s rdna PCR检测 应用
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幽门螺杆菌16SrDNA指纹图和PCR-RFLP基因分型研究 被引量:4
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作者 李倩 代敏 +2 位作者 段广才 郗园林 范清堂 《中国人兽共患病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期72-75,共4页
目的 探讨我国幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori,Hp)的基因多态性及其与相关疾病之间的关系。 方法 应用PCR掺入法制备 16SrRNA基因探针 ,建立 16SrDNA指纹图技术和尿素酶C(ureC)基因的PCR -RFLP法 ,并结合统计学软件进行聚类分析 ,对... 目的 探讨我国幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori,Hp)的基因多态性及其与相关疾病之间的关系。 方法 应用PCR掺入法制备 16SrRNA基因探针 ,建立 16SrDNA指纹图技术和尿素酶C(ureC)基因的PCR -RFLP法 ,并结合统计学软件进行聚类分析 ,对临床分离的 14株Hp进行基因分型。结果  14株Hp的 16SrDNA指纹图谱显示 10个HaeⅢ杂交带型和 12个HindⅢ杂交带型 ;ureC基因的变异度较小 ,14株Hp中有 12株PCR -RFLP图谱完全一致。通过杂交结果示意图和SPSS10 0软件进行聚类分析 ,HaeⅢ、HindⅢ及两种酶杂交结果的综合 ,均将 14株Hp分为两型。两种方法结果综合进行聚类分析 ,14株Hp在基因水平上分为三型。结论 差异显著的DNA指纹图谱说明了不同Hp菌株间基因组结构的高度变异性。 16SrDNA指纹图谱较ureC基因的PCR -RFLP谱型更敏感地表达Hp各菌株的变异 ,可准确有效地对Hp作出基因分型。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 16s rdna 尿素酶C基因 PCR-rflp 基因分型 聚类分析
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12种寄主来源的茄科雷尔氏菌16S-23S rDNA间隔区序列比较 被引量:3
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作者 佘小漫 何自福 +1 位作者 李华平 虞皓 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期37-41,共5页
应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心茱、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香等12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNA间隔区序列(ITS)。序列分析结果表明,除HZ-1菌株外,其余20个茄科雷尔氏菌菌... 应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心茱、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香等12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNA间隔区序列(ITS)。序列分析结果表明,除HZ-1菌株外,其余20个茄科雷尔氏菌菌株ITS序列长均为503bp,序列间相似性99.2%~100%,序列间差异仅1~4bp;而HZ-1菌株的ITS序列长为498bp,与其他菌株的ITS序列相似性为95.4%~95.6%。这些结果说明,这21株来源于12种不同寄主的茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNAITS序列比较保守。系统进化分析显示,仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌区组2中,其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中。 展开更多
关键词 茄科雷尔氏菌 16s-23s rdna ITs 序列分析
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34株副溶血弧菌16S-23SrDNA间区多态性DGGE分析 被引量:3
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作者 苏婷 罗鹏 +1 位作者 胡超群 任春华 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期55-60,共6页
采用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)分析比较了34株分离于环境和水产养殖动物体内的副溶血弧菌及标准株16S-23S rDNA间区(Intergenic Spacer Region,ISR)的多态性和亲缘关系。结果表明,34株副溶血弧菌的ISR经PCR-DGGE电泳后均能分... 采用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)分析比较了34株分离于环境和水产养殖动物体内的副溶血弧菌及标准株16S-23S rDNA间区(Intergenic Spacer Region,ISR)的多态性和亲缘关系。结果表明,34株副溶血弧菌的ISR经PCR-DGGE电泳后均能分离出4―10条条带,共计产生15个多态性位点。所有菌株聚为H、I、J、K四大簇,株间遗传差异最大为株A18和A25,遗传距离达到0.4。ISR PCR-DGGE方法为副溶血弧菌基因分型提供了一种新的方法。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 16s.23s rdna间区 PCR—DGGE
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