染色体免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing,ChIP-seq)是研究DNA-蛋白质互作的有力工具,被广泛用于RNA聚合酶、转录因子和组蛋白修饰等在基因组上的精确定位。近年来,在ChIP-seq技术的基础上,科学家...染色体免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing,ChIP-seq)是研究DNA-蛋白质互作的有力工具,被广泛用于RNA聚合酶、转录因子和组蛋白修饰等在基因组上的精确定位。近年来,在ChIP-seq技术的基础上,科学家提出了一系列研究DNA-蛋白质互作的技术方法,提高了测序分辨率,降低了实验成本,极大推动了表观基因组学的发展。本文综述了多种DNA-蛋白质互作研究技术的原理及其应用场景,介绍了在单细胞水平上研究DNA-蛋白质互作的实现方法,并展望其未来发展的方向。展开更多
本研究根据公开发表的烟草K326基因组和烟草430K SNP固相芯片检测数据,以7份种质两两组合之间每条染色体上20个多态标记为目标,基于多重PCR扩增的精准定位测序分型技术(mGPS,Genotyping by Pinpoint Sequencing of multiplex PCR produc...本研究根据公开发表的烟草K326基因组和烟草430K SNP固相芯片检测数据,以7份种质两两组合之间每条染色体上20个多态标记为目标,基于多重PCR扩增的精准定位测序分型技术(mGPS,Genotyping by Pinpoint Sequencing of multiplex PCR products)开发出烟草1.8K育种液相芯片(YT1.8K.1)。利用该芯片对上述7份种质两两之间杂交的21个杂交组合进行基因分型检测,每个杂交组合之间的平均差异位点数为650个,能同时满足每个组合定向改良筛选高遗传背景回复率单株的需要。利用该芯片对23个烟草品种进行基因型分型检测和聚类分析,聚类分类结果与品种系谱基本吻合;利用该芯片从367个BC2F1群体中筛选出5个背景回复率高于94.96%的单株,高于理论均值87.5%,表明该育种芯片可应用于烟草种质资源聚类分析、定向改良育种的遗传背景筛选。展开更多
文摘染色体免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing,ChIP-seq)是研究DNA-蛋白质互作的有力工具,被广泛用于RNA聚合酶、转录因子和组蛋白修饰等在基因组上的精确定位。近年来,在ChIP-seq技术的基础上,科学家提出了一系列研究DNA-蛋白质互作的技术方法,提高了测序分辨率,降低了实验成本,极大推动了表观基因组学的发展。本文综述了多种DNA-蛋白质互作研究技术的原理及其应用场景,介绍了在单细胞水平上研究DNA-蛋白质互作的实现方法,并展望其未来发展的方向。
文摘本研究根据公开发表的烟草K326基因组和烟草430K SNP固相芯片检测数据,以7份种质两两组合之间每条染色体上20个多态标记为目标,基于多重PCR扩增的精准定位测序分型技术(mGPS,Genotyping by Pinpoint Sequencing of multiplex PCR products)开发出烟草1.8K育种液相芯片(YT1.8K.1)。利用该芯片对上述7份种质两两之间杂交的21个杂交组合进行基因分型检测,每个杂交组合之间的平均差异位点数为650个,能同时满足每个组合定向改良筛选高遗传背景回复率单株的需要。利用该芯片对23个烟草品种进行基因型分型检测和聚类分析,聚类分类结果与品种系谱基本吻合;利用该芯片从367个BC2F1群体中筛选出5个背景回复率高于94.96%的单株,高于理论均值87.5%,表明该育种芯片可应用于烟草种质资源聚类分析、定向改良育种的遗传背景筛选。
