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片段长度差异等位基因特异性PCR—一种改良的SNP分型新方法 被引量:18
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作者 黄代新 杨庆恩 赵贵森 《法医学杂志》 CAS CSCD 2005年第1期11-14,共4页
目的建立一种基于等位基因特异性PCR原理的改良SNP分型新方法:片段长度差异等位基因特异性PCR,并考察特异性引物的3'端第3位、第4位碱基错配对特异性延伸的影响。方法以SNP位点rs759117和rs760887为例,设计两条长度不同、3'末... 目的建立一种基于等位基因特异性PCR原理的改良SNP分型新方法:片段长度差异等位基因特异性PCR,并考察特异性引物的3'端第3位、第4位碱基错配对特异性延伸的影响。方法以SNP位点rs759117和rs760887为例,设计两条长度不同、3'末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时在两个等位基因特异性引物3'端第3或第4位碱基引入错配以增加特异性,下游为公用引物。PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带后确定样本的基因型。结果不同SNP纯合子为长度不同的单一谱带,杂合子则为两条带,其结果与直接测序完全一致。两条特异性上游引物3'端第3或第4位碱基引入错配后非特异性延伸显著减少,且对PCR反应条件的严格性要求明显降低。结论片段长度差异等位基因特异性PCR是一种简单快速而有效的SNP分型新方法;两条特异性引物3'端第3。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 片段长度差异等位基因特异性pcr 碱基错配 法医物证检验学
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一种大豆SNP分型新方法 被引量:8
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作者 袁翠平 李英慧 +3 位作者 刘章雄 关荣霞 常汝镇 邱丽娟 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期447-453,459,共8页
单核苷酸多态性(SNP)在大豆基因组中分布广泛,SNP分型是大豆SNP遗传作图,关联分析、分子标记辅助选择等研究的重要技术。本文以Rhg4基因开发的5个SNP为例,介绍了一种大豆SNP分型的新方法-片段长度差异等位基因特异性PCR(FLDAS-PCR)。采... 单核苷酸多态性(SNP)在大豆基因组中分布广泛,SNP分型是大豆SNP遗传作图,关联分析、分子标记辅助选择等研究的重要技术。本文以Rhg4基因开发的5个SNP为例,介绍了一种大豆SNP分型的新方法-片段长度差异等位基因特异性PCR(FLDAS-PCR)。采用AS-PCR原理,针对某个SNP位点设计2条相差4-5bp的特异引物和1个公用引物,PCR产物约100bp或150bp,2种等位基因型PCR产物相差4-5bp,在2个特异引物3′端第3和4碱基位置分别人为引入错配碱基来提高PCR特异性,通过6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳可将纯合和杂合基因型检测出来。探讨了特异引物浓度和退火温度对Rhg4-1592扩增效果的影响,研究表明,可通过调整特异引物浓度和退火温度优化扩增效果。FLDAS-PCR对18份种质分型结果与PCR产物克隆测序法一致,表明本研究建立的FLDAS-PCR法是一种简便、快捷、新型的大豆SNP分型方法。 展开更多
关键词 大豆 SNP 分型 片段长度差异等位基因特异性pcr
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药物代谢酶CYP3A在中国肾移植人群的遗传多态性 被引量:8
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作者 储小曼 闵佩清 +2 位作者 张静 孔诚 蔡卫民 《医学研究生学报》 CAS 2005年第2期107-111,共5页
目的:建立药物代谢酶CYP3A4、CYP3A5的多个等位基因分型方法,为进一步从基因水平研究CYP3A与机 体对药物反应的个体差异本质及其与药物代谢的相关性提供分子生物学实验方法;探讨药物代谢酶CYP3A在中 国肾移植人群的遗传多态性。 方... 目的:建立药物代谢酶CYP3A4、CYP3A5的多个等位基因分型方法,为进一步从基因水平研究CYP3A与机 体对药物反应的个体差异本质及其与药物代谢的相关性提供分子生物学实验方法;探讨药物代谢酶CYP3A在中 国肾移植人群的遗传多态性。 方法:用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性(PCR RFLP)法及特异性等位基因 扩增(PCR ASA)法分别建立了CYP3A的CYP3A4亚型三个新突变点(CYP3A4 4、 5、 6)及CYP3A5亚型的 CYP3A5 3基因分型方法,并对中国肾移植人群进行基因分型。 结果:CYP3A4 4、 5、 6、CYP3A5 3在中 国肾移植人群的基因频率分别为0.75%、0.76%、0.75%和27.83%;个体突变率分别为2/133、3/197、3/200和 55/115。 结论:研究结果提示,中国肾移植人群中CYP3A4 4、 5、 6、CYP3A5 3的存在可能使其表达的药 物代谢酶活性改变,从而影响药物在体内的代谢过程。 展开更多
关键词 CYP3A 基因多态性 药物代谢 特异性等位基因扩增法 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性
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罗非鱼下脚料酶解液特定腐败菌的分离和鉴定 被引量:1
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作者 沈志华 崔春 潘子强 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期199-202,共4页
采用PCR-DGGE和PCR-RFLP技术研究了罗非鱼下脚料酶解液冷藏过程中的特定腐败菌。结果表明:酶解液在冷藏条件下,在20 d左右腐败,细菌总数在0~12 d里逐渐增加(8.71×102~8.13×107cfu/g),12 d之后趋向稳定。16S r RNA的PCR-RFL... 采用PCR-DGGE和PCR-RFLP技术研究了罗非鱼下脚料酶解液冷藏过程中的特定腐败菌。结果表明:酶解液在冷藏条件下,在20 d左右腐败,细菌总数在0~12 d里逐渐增加(8.71×102~8.13×107cfu/g),12 d之后趋向稳定。16S r RNA的PCR-RFLP及序列比对分析结果显示,随机挑取的18株细菌分成三个分型,其中分型1占61%,与Genbank核酸数据库的假单胞菌(Pseudomonas sp.)有最大相似性;PCR-DGGE图谱显示酶解液的细菌菌相随时间的延长而逐渐减少,腐败终点菌相单一。DGGE主要条带测序结果表明,酶解液存在三个类群的细菌,分别是假单胞菌属、气单胞菌属(Aeromonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),其中在酶解液腐败终点,荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)占绝对优势,与RFLP结果相符。 展开更多
关键词 罗非鱼下脚料 酶解液 特定腐败菌 RFLP pcr-DGGE
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上海地区汉族人HLA-DQA1启动子多态性以及QAP、DQA1单元型连锁分析
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作者 马政文 陆佩华 +1 位作者 黄立东 林琳 《中国免疫学杂志》 CSCD 北大核心 2000年第7期364-368,共5页
目的:分析上海地区汉族人HLA-DQA1启动子(QAP)多态性,以及QAP与DQA1的连锁关系。方法:采用PCR-RFLP分析DQA1等位基因多态性;采用PCR-SSO检测QAP多态性。结果:在96个个体中检测到9种DQA1启动子(QA)等位基因。QAP与DQA1之间有3... 目的:分析上海地区汉族人HLA-DQA1启动子(QAP)多态性,以及QAP与DQA1的连锁关系。方法:采用PCR-RFLP分析DQA1等位基因多态性;采用PCR-SSO检测QAP多态性。结果:在96个个体中检测到9种DQA1启动子(QA)等位基因。QAP与DQA1之间有3种连锁格局:①QAP与DQA1存在一对一关系;②一种QAP可与不同的DQA1组成多种单元型;③一种DQA1等位基因可受到多种类型的QAP调控。与意大利、德国人群比较发现QAP和QAP-DQA1单倍型频率在不同人群中存在差异。结论:上海汉族人中未发现新的QAP等位基因,但QAP等位基因的频率以及与DQA1的连锁格局和白种人相比有明显差异。 展开更多
关键词 汉族 HLA-DQA1启动子 基因多态性 QAP DQA1
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长牡蛎(Crassostrea gigas)17个EST-SNP标记的开发 被引量:7
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作者 王绍宗 李莉 +1 位作者 亓海刚 张国范 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期274-281,共8页
利用长牡蛎已有的EST序列数据库,筛选得到候选SNP位点共计1140个。根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测... 利用长牡蛎已有的EST序列数据库,筛选得到候选SNP位点共计1140个。根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测和验证,结果共有17个SNP候选位点显示多态性。研究结果表明,通过基于EST数据库的SNP开发,可以有效弥补某些海洋生物因基因组学滞后影响SNP标记开发的现状。 展开更多
关键词 长牡蛎 单核苷酸多态性 表达序列标签 片段长度差异等位基因特异性pcr
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