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生物胁迫下黄瓜酵母双杂交cDNA文库构建与鉴定
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作者 刘东 潘春清 张艳菊 《安徽农业科学》 2025年第2期93-96,108,共5页
以黄瓜抗病高代自交系D9320为试验材料,采用Gateway技术构建了黄瓜霜霉病和棒孢叶斑病菌胁迫下黄瓜酵母双杂交cDNA文库。结果表明:酵母文库克隆数为350个,文库滴度为3.5×10^(7)CFU/mL,重组率达到100%,插入片段长度在750~2000bp,平... 以黄瓜抗病高代自交系D9320为试验材料,采用Gateway技术构建了黄瓜霜霉病和棒孢叶斑病菌胁迫下黄瓜酵母双杂交cDNA文库。结果表明:酵母文库克隆数为350个,文库滴度为3.5×10^(7)CFU/mL,重组率达到100%,插入片段长度在750~2000bp,平均片段长度超过1000bp。文库容量和重组率及插入片段大小均说明霜霉病菌和棒孢叶斑病菌胁迫下黄瓜酵母双杂交cDNA文库构建成功,可用于黄瓜双抗机制互作蛋白的筛选。 展开更多
关键词 黄瓜霜霉病 黄瓜棒孢叶斑病 cdna文库 酵母双杂交
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优质小麦品种郑麦158不同发育时期籽粒的酵母双杂交cDNA文库构建
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作者 王沙沙 何宁 +3 位作者 晁岳恩 王刚 李艳 张伊欣 《山东农业科学》 北大核心 2025年第4期40-45,共6页
高质量的酵母双杂交文库是筛选基因互作蛋白、研究基因调控机制的基础。本研究以优质小麦品种郑麦158为材料,取其扬花后7、14、21、28、35、42 d的籽粒等量混合,利用Gateway法构建酵母双杂交cDNA文库。结果显示,初级文库的库容量为8.0&#... 高质量的酵母双杂交文库是筛选基因互作蛋白、研究基因调控机制的基础。本研究以优质小麦品种郑麦158为材料,取其扬花后7、14、21、28、35、42 d的籽粒等量混合,利用Gateway法构建酵母双杂交cDNA文库。结果显示,初级文库的库容量为8.0×10^(6) CFU,酵母双杂交文库的库容量为9.4×10^(6) CFU。随机挑取24个克隆进行菌液PCR检测,结果表明所有克隆均带有插入片段,插入片段的长度大多在700~2000 bp之间,重组率均达到100%,插入片段符合预期大小。综上,本研究构建的郑麦158酵母双杂交cDNA文库质量较高,能够满足高效筛选互作蛋白的要求,可为筛选小麦品质相关基因的互作蛋白以及解析其调控机制奠定基础。 展开更多
关键词 郑麦158 优质小麦 酵母双杂交 cdna文库
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西伯利亚杏花芽酵母cDNA文库构建及质量评价
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作者 陈俊兴 包文泉 +5 位作者 敖敦 蔺悦 陈一潇 伊茹 徐宛玉 王淋 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2025年第2期131-138,共8页
【目的】西伯利亚杏Prunussibirica是我国重要的生态兼木本粮油树种,由于其花期早,易受春季“倒春寒”影响,导致其产量不稳,严重制约其产业的发展。本研究利用西伯利亚杏花芽为材料构建酵母杂交cDNA文库,该文库可用于西伯利亚杏花芽分... 【目的】西伯利亚杏Prunussibirica是我国重要的生态兼木本粮油树种,由于其花期早,易受春季“倒春寒”影响,导致其产量不稳,严重制约其产业的发展。本研究利用西伯利亚杏花芽为材料构建酵母杂交cDNA文库,该文库可用于西伯利亚杏花芽分化及休眠的转录因子和互作蛋白的筛选,为今后西伯利亚杏花芽分化及休眠分子调控机制研究提供技术支撑。【方法】以西伯利亚杏花芽分化及休眠过程中15个时期的花芽为材料,进行总RNA提取以及mRNA的分离与纯化,并利用SMART同源重组技术构建cDNA文库。将cDNA文库转化至酵母感受态细胞中,即得到cDNA酵母文库。【结果】鉴定结果表明,cDNA文库库容为5.24×10^(7)CFU/mL,插入片段长度主要分布在750~2000 bp,且平均插入长度在1000 bp以上,重组率为95.83%,24个阳性克隆经测序比对后,成功检测到20个功能注释基因,其中有3个序列(钙结合蛋白CML31、组蛋白H3.3、转录调节因子ADA2)与植物休眠及低温胁迫相关。【结论】西伯利亚杏花芽分化及休眠过程的酵母杂交cDNA文库构建质量较高,具有完整的基因信息,且符合酵母文库的筛选标准。该文库的构建能够为解析西伯利亚杏花芽分化及休眠相关的分子调控网络机制奠定基础。 展开更多
关键词 西伯利亚杏 花芽 酵母杂交 cdna文库
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冬枣cDNA三框表达文库构建及ZjRWD40基因上游调控因子的筛选
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作者 王嘉琪 王惠冉 +6 位作者 王佳伟 周军 任玉锋 徐文娣 张琨 乔帅 张智凯 《广西植物》 北大核心 2025年第7期1336-1347,共12页
冬枣是重要的以食代药鲜食水果,RWD40通过调节DNA甲基化水平影响下游基因表达和调控果实发育,进而影响果实风味品质。RWD40蛋白是参与甲基化调控途径的关键蛋白,为了揭示冬枣中何种上游蛋白调控RWD40基因的表达,该研究利用酵母单杂交技... 冬枣是重要的以食代药鲜食水果,RWD40通过调节DNA甲基化水平影响下游基因表达和调控果实发育,进而影响果实风味品质。RWD40蛋白是参与甲基化调控途径的关键蛋白,为了揭示冬枣中何种上游蛋白调控RWD40基因的表达,该研究利用酵母单杂交技术初步筛选冬枣ZjRWD40基因的上游候选调控因子。结果表明:(1)冬枣cDNA三框表达文库的滴度为4×10^(9)CFU·mL^(-1),重组率为100%。(2)从冬枣ZjRWD40基因家族启动子区筛选了应激防御元件ABRE、MBS和TGACG-motif,分别以其诱饵序列构建诱饵载体,命名为Bait1-ABRE、Bait2-MBS和Bait3-TGACG-motif。(3)酵母单杂交筛选上游调控因子的结果显示,Bait1-ABRE具有自激活现象,Bait2-MBS和Bait3-TGACG-motif诱饵载体初步调取11条基因序列,其中5条与植物抗逆反应直接相关,它们可能通过与MBS元件和TGACG-motif元件互作来调控冬枣ZjRWD40基因的表达,进而调控冬枣的DNA甲基化水平。该研究结果为揭示ZjRWD40基因调控冬枣果实发育分子网络机制提供一定的参考,同时为冬枣抗逆育种奠定理论基础。 展开更多
关键词 冬枣 RWD40 基因 cdna文库 酵母单杂交 顺式作用元件
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玉米大斑病菌cDNA文库的构建及转录因子StMR1互作蛋白的筛选 被引量:3
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作者 王秋月 段鹏亮 +3 位作者 李海笑 刘宁 曹志艳 董金皋 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期281-289,共9页
【目的】筛选玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)转录因子的互作蛋白,解析黑色素调控转录因子StMR1调控玉米大斑病菌致病性的分子机制。为解析玉米大斑病菌侵染过程中转录因子的调控网络,阐明病菌的致病机理提供参考。【方法】收集玉... 【目的】筛选玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)转录因子的互作蛋白,解析黑色素调控转录因子StMR1调控玉米大斑病菌致病性的分子机制。为解析玉米大斑病菌侵染过程中转录因子的调控网络,阐明病菌的致病机理提供参考。【方法】收集玉米大斑病菌菌丝和孢子不同萌发阶段作为试验材料,采用Gateway方法构建玉米大斑病菌cDNA文库,使用同源重组的方法构建转录因子StMR1的诱饵载体,采用酵母双杂交技术筛选其互作蛋白并进行一对一验证。【结果】构建的玉米大斑病菌文库插入的平均片段长度大于1000 bp,初级文库及次级文库的库容量为1.2×107和1.04×107CFU,重组率为100%,可以用于酵母双杂交筛选。成功构建可以用于筛库的诱饵载体pGBKT7-StMR1,经初筛与复筛得到3个互作蛋白,一对一验证短链脱氢酶、糖基转移酶、富含亮氨酸重复序列蛋白均与转录因子StMR1存在互作。【结论】成功构建了丰富度高且质量好的玉米大斑病菌cDNA文库并筛选到了与转录因子StMR1互作的蛋白。 展开更多
关键词 玉米大斑病菌 cdna文库 转录因子 酵母双杂交 互作蛋白
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白菜种子cDNA酵母文库的构建及BrTTG1互作蛋白的筛选及分析 被引量:1
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作者 任延靖 张鲁刚 +2 位作者 赵孟良 李江 邵登魁 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期223-232,共10页
【目的】通过构建白菜种子的cDNA文库,筛选WDR 40蛋白TRANSPARENT TESTA GLABRA 1(TTG1)的互作蛋白,探究TTG1参与MBW三元复合体调控种皮原花青素形成的分子机制。【方法】以棕籽白菜自交系‘B147’的种子为材料,提取总RNA并建立cDNA文库... 【目的】通过构建白菜种子的cDNA文库,筛选WDR 40蛋白TRANSPARENT TESTA GLABRA 1(TTG1)的互作蛋白,探究TTG1参与MBW三元复合体调控种皮原花青素形成的分子机制。【方法】以棕籽白菜自交系‘B147’的种子为材料,提取总RNA并建立cDNA文库,通过gateway技术构建诱饵载体pGBKT7-TTG1并进行酵母双杂交筛库。【结果】酵母文库库容为1.2×10^(7)CFU,文库滴度是5.0×10^(7)CFU/mL,插入片段平均长度大于1000 bp,诱饵载体在酵母中无自激活活性。通过构建的诱饵载体pGBKT7-TTG1与构建的cDNA文库杂交,共获得了38个阳性互作蛋白,功能预测显示其中一个蛋白注释为MYB转录因子,注释为MYB73,序列分析结果显示该基因含有R2R3-MYB型抑制子保守基序C1和C2,推测该基因为白菜中参与种皮颜色形成的R2R3-MYB型抑制子,暗示着白菜中可能存在不同MYB转录因子参与的调控网络,影响着原花青素的形成。【结论】本研究构建了白菜种子组织的酵母双杂交cDNA文库,获得了38个TTG1阳性互作蛋白,首次挖掘到了可能影响白菜种皮颜色原花青素形成的R2R3-MYB型抑制子MYB73,为后期探究白菜种皮原花青素的调控网络奠定良好的基础。 展开更多
关键词 白菜种皮颜色 cdna文库 酵母双杂交 互作蛋白 MYB73 基因克隆 表达分析
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橡胶树棒孢霉落叶病菌酵母单杂交cDNA文库及CcCas5启动子诱饵载体的构建 被引量:1
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作者 胡国豪 杨子平 +2 位作者 刘铜 张荣意 侯巨梅 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期205-212,共8页
为了筛选出与CcCas5启动子结合的转录因子,本研究构建了橡胶树棒孢霉落叶病菌的酵母单杂交cDNA表达文库和CcCas5启动子诱饵载体,并对3-氨基-1,2,4-三唑(3-amino-1,2,4-triazole,3-AT)的最佳抑制浓度进行了筛选。结果显示,构建的酵母单杂... 为了筛选出与CcCas5启动子结合的转录因子,本研究构建了橡胶树棒孢霉落叶病菌的酵母单杂交cDNA表达文库和CcCas5启动子诱饵载体,并对3-氨基-1,2,4-三唑(3-amino-1,2,4-triazole,3-AT)的最佳抑制浓度进行了筛选。结果显示,构建的酵母单杂交cDNA表达文库总容量为3.49×10^(6)cfu,插入片段主要分布于750~2000 bp之间,重组率为95.8%;克隆了CcCas 5基因2600 bp的启动子序列,预测获得真菌主要的10大类转录因子的结合位点165个;构建了分别携带1500 bp和1000 bp启动子序列的酵母单杂交启动子诱饵载体,10 mmol/L的3-AT能抑制pHis2.1-pCcCas5-1000和pHis2.1-pCcCas5-1500的背景表达。试验结果为通过酵母单杂交筛选与CcCas5启动子结合的转录因子和进一步研究转录因子对CcCas5表达的调控作用奠定基础。 展开更多
关键词 橡胶树 多主棒孢 CcCas5 启动子 酵母单杂交 cdna文库
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灰霉菌胁迫下番茄叶片cDNA文库构建及SlbZIP1互作蛋白筛选鉴定 被引量:1
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作者 马燕 韩玉龙 +3 位作者 吴兴兴 李爽 丁小雨 杨玉婷 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第18期35-41,共7页
为筛选番茄在灰霉菌侵染下与bZIP转录因子SlbZIP1(Solyc01g008730.2.1)互作的蛋白,以感病番茄Moneymaker为材料,提取接种灰霉菌胁迫处理后0、24、48、72、96 h的番茄叶片的总RNA,通过三框法构建cDNA酵母文库,计算文库库容量、重组效率... 为筛选番茄在灰霉菌侵染下与bZIP转录因子SlbZIP1(Solyc01g008730.2.1)互作的蛋白,以感病番茄Moneymaker为材料,提取接种灰霉菌胁迫处理后0、24、48、72、96 h的番茄叶片的总RNA,通过三框法构建cDNA酵母文库,计算文库库容量、重组效率。同时,以SlbZIP1为诱饵,利用构建的文库探索其在灰霉菌侵染过程中的互作蛋白,并对其中可能参与病原菌防御反应的潜在蛋白在酵母中进行互作验证。结果表明,酵母文库库容达到1.5×10^(6)CFU,重组效率为98%。酵母双杂交共计筛选到14个与SlbZIP1互作的潜在蛋白。进一步互作验证表明,SlbZIP1与谷氧还蛋白SlGRXC9、SlGRXC6、bZIP转录因子SlTGA2.2及钙调蛋白SlCaM1均存在互作。上述结果可为进一步阐明SlbZIP1对腐生型真菌病害的抗病分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 番茄 灰霉菌 cdna文库 bZIP转录因子 互作蛋白
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矢车菊不同颜色花瓣酵母cDNA文库的构建
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作者 邓成燕 王佳颖 戴思兰 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期115-122,共8页
【目的】矢车菊花瓣的蓝色呈色和品种间花色变异的分子调控机制尚不明晰。本研究采用Gateway技术构建了矢车菊6个不同花色品种花瓣的酵母cDNA文库,以期进一步通过酵母单杂交或双杂交技术筛选参与调控花瓣呈色的关键互作蛋白。【方法】... 【目的】矢车菊花瓣的蓝色呈色和品种间花色变异的分子调控机制尚不明晰。本研究采用Gateway技术构建了矢车菊6个不同花色品种花瓣的酵母cDNA文库,以期进一步通过酵母单杂交或双杂交技术筛选参与调控花瓣呈色的关键互作蛋白。【方法】本研究以白色、粉色、红色、蓝色、紫色和墨色矢车菊花瓣为材料,提取总RNA后分离和纯化mRNA,合成双链cDNA后依次进行BP重组反应和LR重组反应,分别获得初级和次级文库。最后将次级文库质粒转化酵母Y187,获得矢车菊不同颜色花瓣的酵母cDNA文库。【结果】质量鉴定结果显示:初级文库的库容量为1.3×10^(7) CFU,重组率为100%,且插入片段长度均在1000 bp以上;次级文库的库容量为1.6×10^(7) CFU,重组率为100%,且插入片段长度均在1000 bp以上。酵母文库的滴度为3.5×10^(7) CFU/mL,随机挑选的24个单克隆经PCR检测后均扩增出明亮条带,重组率为100%,插入片段长度均大于1000 bp。【结论】本研究构建的矢车菊不同颜色花瓣酵母cDNA文库的质量较高,能满足酵母文库筛选的试验要求,为后续探究矢车菊花瓣的蓝色呈色和品种间花色变异的分子调控机制提供了材料基础。 展开更多
关键词 矢车菊 花色 酵母 cdna文库 GATEWAY技术
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麦根腐平脐蠕孢cDNA文库的构建及BsTup1互作蛋白筛选 被引量:1
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作者 李长水 耿月华 +5 位作者 姚萌 赵炳森 谢顺培 徐超 马庆周 张猛 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期218-227,共10页
【目的】深入探究麦根腐平脐蠕孢(Bipolaris sorokiniana)生长发育及致病力的分子作用机制,并鉴定BsTup1的互作蛋白。【方法】利用麦根腐平脐蠕孢(B.sorokiniana)孢子和不同时期的菌丝体为材料,构建酵母双杂交cDNA文库,以BsTup1基因为... 【目的】深入探究麦根腐平脐蠕孢(Bipolaris sorokiniana)生长发育及致病力的分子作用机制,并鉴定BsTup1的互作蛋白。【方法】利用麦根腐平脐蠕孢(B.sorokiniana)孢子和不同时期的菌丝体为材料,构建酵母双杂交cDNA文库,以BsTup1基因为诱饵来筛选酵母双杂交文库,确定与BsTup1相互作用的蛋白。【结果】1)利用SMART(switching mechanism at 5′end of the RNA transcript)技术首次成功构建了麦根腐平脐蠕孢(B.sorokini-ana)分生孢子和菌丝体的混合cDNA文库。文库鉴定结果表明,构建的cDNA文库库容为4.8×10^(7) cfu·mL^(-1),文库插入片段重组率达100%且平均大小为1000 bp。2)构建了pGBKT7-BsTup1诱饵载体,无自激活活性。3)使用诱饵蛋白载体pGBKT7-BsTup1对麦根腐平脐蠕孢(B.sorokiniana)酵母双杂交cDNA文库进行筛选,经测序、序列比对和酵母回转验证,获得38个与BsTup1相互作用的候选蛋白。【结论】成功构建了麦根腐平脐蠕孢(B.sorokiniana)的cDNA文库,并鉴定出38个与BsTup1相互作用的候选蛋白。 展开更多
关键词 麦根腐平脐蠕孢 SMART技术 cdna文库 酵母双杂 BsTup1
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cDNA文库的构建及其在兽医研究中的应用
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作者 孙浩 李文龙 +3 位作者 杨靖卿 迟雪 孙佳音 刘东旭 《现代畜牧科技》 2024年第10期139-141,共3页
cDNA文库是一个包含特定组织或细胞类型全套基因表达信息的克隆集合,是进行基因表达分析和功能研究的重要工具。构建高质量的cDNA文库对于捕获全面的转录信息至关重要,这涉及样本的选择、处理、cDNA的合成和文库的构建等一系列步骤的优... cDNA文库是一个包含特定组织或细胞类型全套基因表达信息的克隆集合,是进行基因表达分析和功能研究的重要工具。构建高质量的cDNA文库对于捕获全面的转录信息至关重要,这涉及样本的选择、处理、cDNA的合成和文库的构建等一系列步骤的优化。该文介绍了cDNA文库的概念、构建技术及其在兽医学中的应用,并对技术进展和未来的研究方向进行了展望。 展开更多
关键词 cdna文库 兽医学 疾病诊断 应用研究
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硼毒害柑橘酵母单杂交文库构建及MIR397上游调控因子筛选
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作者 黄镜浩 林雄杰 +4 位作者 陈木兰 饶文华 和静怡 高芳銮 范国成 《福建农业学报》 北大核心 2025年第3期225-233,共9页
【目的】以柑橘硼毒害响应关键基因MIR397为切入点筛选上游调控因子,以期为柑橘响应硼毒害的分子网络研究和定向品种改良提供理论参考。【方法】以雪柑(Citrus sinensis)和酸柚(C. grandis)为材料,采用SMART技术构建硼毒害处理叶片的均... 【目的】以柑橘硼毒害响应关键基因MIR397为切入点筛选上游调控因子,以期为柑橘响应硼毒害的分子网络研究和定向品种改良提供理论参考。【方法】以雪柑(Citrus sinensis)和酸柚(C. grandis)为材料,采用SMART技术构建硼毒害处理叶片的均一化酵母单杂交三框cDNA文库,以硼毒害响应关键基因MIR397启动子中的脱落酸响应元件(Abscisic Acid Response Element, ABRE)、胚乳发育元件(General Control Non-repressed Protein 4,GCN4)、 BoxII-like元件(BoxII-likeCis-actingElement,BoxII-like)和乙烯响应元件(EthyleneResponseElement,ERE)为诱饵筛选上游的调控因子。【结果】所建三框文库容量分别为1.5×10^(6)、1.5×10^(6)、1.6×10^(6) CFU,外源基因插入片段长度为500~4 000 bp,重组率为100%,初级文库96克隆测序冗余率为0%;cDNA三框表达文库滴度4×10^(9) CFU·mL^(-1),满足酵母单杂交cDNA文库构建要求。单杂交文库筛选结果获得23条表达序列标签(expressed sequence tag, EST),其中ABRE元件11条、GCN4元件3条、ERE元件9条;60.87%的EST序列与植物的生长发育、逆境响应、信号转导及转录调控相关,17.39%的EST与蛋白质翻译相关,其余被注释的EST为蛋白酶。Y1H点对点验证HAP3、BBX和EIN3与ERE元件存在互作。【结论】本研究通过酵母单杂交文库筛选得到3个与硼毒害响应关键基因MIR397启动子ERE元件存在互作的转录因子,为进一步研究柑橘响应硼毒害的分子网络奠定基础。 展开更多
关键词 柑橘 硼毒害 cdna三框文库 启动子 调控因子
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葡萄脱落酸受体VvPYL4互作蛋白的筛选及互作蛋白基因表达
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作者 刘丽 王辉 +2 位作者 关天舒 李柏宏 于舒怡 《生物技术通报》 北大核心 2025年第4期188-197,共10页
【目的】ABA受体PYRl/PYLs/RCARs在ABA信号转导通路中起着重要作用。通过酵母双杂交技术筛选葡萄VvPYL4的互作蛋白,探究VvPYL4在葡萄应答霜霉病菌胁迫信号通路中的作用。【方法】以霜霉病菌侵染‘贝达’葡萄叶片为材料,构建cDNA文库;构... 【目的】ABA受体PYRl/PYLs/RCARs在ABA信号转导通路中起着重要作用。通过酵母双杂交技术筛选葡萄VvPYL4的互作蛋白,探究VvPYL4在葡萄应答霜霉病菌胁迫信号通路中的作用。【方法】以霜霉病菌侵染‘贝达’葡萄叶片为材料,构建cDNA文库;构建诱饵表达载体pGBKT7-VvPYL4,通过酵母双杂交技术从cDNA文库中筛选与VvPYL4相互作用的蛋白;通过实时荧光定量PCR分析候选互作蛋白基因在葡萄霜霉病菌诱导下的表达模式,并通过双分子荧光互补技术进行互作蛋白的验证。【结果】构建的酵母双杂交cDNA文库库容为7.16×107 CFU/mL,重组率100%,插入片段大小在1000 bp左右。成功构建诱饵表达载体pGBKT7-VvPYL4,且在酵母细胞中无自激活活性。诱饵载体与酵母双杂交文库共转酵母AH109菌株后,经多次筛库、测序、BLAST比对和回转验证,最终获得53个候选互作蛋白,这些蛋白涉及信号转导、植物生长发育及环境胁迫响应等多个方面。基于实时荧光定量PCR分析,编码4个蛋白的基因均受葡萄霜霉病菌诱导表达。通过双分子荧光互补试验发现,在共转pSPYCEPP2C24和pSPYNE-PYL4表达载体的本氏烟草叶片中可观察到强烈的黄色荧光信号,表明PYL4与PP2C24蛋白之间能够发生相互作用。【结论】成功构建霜霉病菌侵染葡萄叶片的cDNA文库,并筛选出53个与VvPYL4相互作用的候选蛋白,其中4个编码蛋白的基因均响应葡萄霜霉病菌的胁迫诱导,验证了VvPYL4与PP2C24蛋白之间存在相互作用关系。 展开更多
关键词 葡萄霜霉病 脱落酸受体PYL4 cdna文库筛选 酵母双杂交系统 双分子荧光互补 互作蛋白 蛋白磷酸酶2C
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cDNA文库构建策略及其分析研究进展 被引量:81
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作者 晏慧君 黄兴奇 程在全 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第1期1-6,共6页
cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从... cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具。从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。经典cDNA文库存在克隆的片段短等缺点,而全长cDNA文库则能提供完整的mRNA信息,从而克隆cDNA全长;对文库进行均一化处理即均一化cDNA文库,可以增加克隆低丰度mRNA的机会;差减cDNA文库在研究生物体某一时期基因差异表达上具有重要的意义;改进的固相cDNA很大程度上提高了建库的效率和质量。本文以阐述基本原理为主,介绍几种近年来常用的cDNA构建的方法及其优缺点。 展开更多
关键词 cdna文库 cdna全长 基因克隆 均一化cdna文库 差减cdna文库 固相cdna文库 快速扩增cdna末端(RACE)
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应用cDNA微矩阵基因芯片筛选运动性心肌肥大相关基因的初步研究 被引量:23
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作者 田振军 张志琪 +2 位作者 唐量 郭进 刘健 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期122-126,共5页
目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按... 目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按微矩阵 (12× 12点× 16亚矩阵 ,点间距离 375 μm)点制于硅烷化玻片上 ,制备成cDNA芯片。将等量抽提纯化的运动组和对照组小鼠心肌组织mRNA ,分别与掺入的荧光分子Cy3和Cy5经逆转录合成cDNA荧光探针 ,混合后再与cD NA芯片杂交 ,通过芯片扫描仪对荧光信号图像进行扫描 ,经计算机分析比较运动组和安静对照组心肌组织中基因表达谱的变化。结果 :在 2 2 0 1条待研究基因中 ,两组小鼠心肌组织间存在差异表达的基因。具有显著表达差异的基因有 71条 ,其中上调基因有 37条 ,下调基因有 34条。结果显示 :cDNA芯片技术筛选运动性心肌肥大相关基因具有高通量、高敏度、高效率、大规模和并行性等优点。 展开更多
关键词 cdna芯片 cdna微矩阵基因芯片 基因 差异表达 运动性心肌肥大
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一步法扩增IBDV上海株全长基因组cDNA 被引量:2
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作者 孙建和 陆苹 +1 位作者 赵渝 李晖 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期194-197,共4页
为了研究鸡传染性法氏囊病病毒 (IBDV)上海株的全部核苷酸序列 ,应用蛋白酶K消化、割胶纯化获得了高纯度的dsRNA ,应用随机引物合成了cDNA的第一链。参照基因库中相关IBDV毒株的基因序列 ,设计合成了两对引物 ,一步扩增出IBDV上海株全... 为了研究鸡传染性法氏囊病病毒 (IBDV)上海株的全部核苷酸序列 ,应用蛋白酶K消化、割胶纯化获得了高纯度的dsRNA ,应用随机引物合成了cDNA的第一链。参照基因库中相关IBDV毒株的基因序列 ,设计合成了两对引物 ,一步扩增出IBDV上海株全长基因组cDNA的A片段和B片段。为了验证获得的A片段和B片段的正确性 ,以扩增出的A片段为模板 ,成功扩增出IBDV的VP2 基因 ,并应用T载体进行了克隆和测序 ,测序结果显示 ,其与国内外数株IBDV毒株的同源性很高 ,表明本文建立的扩增IBDV全长基因组cDNA的一步法正确。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 全长基因组 cdna VP2基因 基因克隆 一步法扩增 IBDVD上海株
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凋亡相关新基因 TFAR19 的 cDNA 克隆、表达和功能研究 被引量:26
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作者 刘红涛 王玉刚 +5 位作者 张颍妹 宋泉声 狄春晖 陈光慧 汤建 马大龙 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 1998年第5期6-10,共5页
利用RDA技术从人白血病细胞TF-1中克隆成功一个与凋亡相关的新基因TFAR19。序列分析表明,TFAR19cDNA全长559bp,其中25—399bp编码125个氨基酸的蛋白质。mRNA斑点杂交分析表明TFAR19... 利用RDA技术从人白血病细胞TF-1中克隆成功一个与凋亡相关的新基因TFAR19。序列分析表明,TFAR19cDNA全长559bp,其中25—399bp编码125个氨基酸的蛋白质。mRNA斑点杂交分析表明TFAR19在50种组织中均有不同程度的表达。在大肠杆菌中表达并纯化了重组TFAR19蛋白质,制备了多克隆抗体,WesternBlot发现TFAR19蛋白在凋亡的TF-1细胞中高表达。瞬时转染TFAR19正义基因后,TF-1细胞去细胞因子后凋亡速度增加。研究表明它能抑制胃癌细胞株803细胞和Hela细胞的生长,促进它们的去血清所致的凋亡。 展开更多
关键词 TF-1细胞 凋亡 cdna 免疫学
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利用SMART技术构建锯缘青蟹精巢和卵巢的cDNA文库 被引量:19
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作者 贾锡伟 王艺磊 +1 位作者 张子平 李少菁 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期547-550,共4页
采用RDP试剂(改进自ChomczynskiandSacchi1987)提取锯缘青蟹精巢和卵巢的总RNA,经oligotex试剂盒纯化得到mRNA.利用SMART(switchingmechanismat5'endofRNAtranscript)技术,构建成精巢和卵巢的全长cDNA文库.在构建好的文库中,精巢的... 采用RDP试剂(改进自ChomczynskiandSacchi1987)提取锯缘青蟹精巢和卵巢的总RNA,经oligotex试剂盒纯化得到mRNA.利用SMART(switchingmechanismat5'endofRNAtranscript)技术,构建成精巢和卵巢的全长cDNA文库.在构建好的文库中,精巢的文库含有约1.45×106的重组子,卵巢的文库含有约为1.75×106的重组子.插入cDNA长度为500bp~3kb,说明两文库均具有良好的质量,为进一步筛选、克隆精巢与卵巢特异表达基因奠定了基础. 展开更多
关键词 SMART技术 精巢 卵巢 cdna文库 锯缘青蟹 养殖
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草鱼肠道cDNA文库构建及部分ESTs分析 被引量:18
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作者 张学俊 屈刚 +6 位作者 朱文漓 张黎 王娟 吴江 刘汉元 陈放 徐恒 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期251-258,共8页
本项研究以雌性草鱼肠道为实验材料,采用非均一化的Oligo-dT引物定向克隆技术构建了草鱼肠道组织的cDNA文库,对文库质量的分析结果表明:cDNA文库的库容量至少为2.3×105,重组率达95%,平均插入片断长度大于1000bp。挑取cDNA克隆进行... 本项研究以雌性草鱼肠道为实验材料,采用非均一化的Oligo-dT引物定向克隆技术构建了草鱼肠道组织的cDNA文库,对文库质量的分析结果表明:cDNA文库的库容量至少为2.3×105,重组率达95%,平均插入片断长度大于1000bp。挑取cDNA克隆进行5’端测序,总共进行了1571个成功反应,其中1411条ESTs长度大于100bp,初步拼接得到939个单基因簇(Unigene),其中包括188个重叠群(Contigs),751个单拷贝EST(Singletons)。使用BLAST软件将这些序列同GenBank等数据库进行比对、查询和注释,结果显示418条序列有相关同源性,其他的521(55.5%)条序列没有明显的同源性(E-valu 1.00E-10),但是也同时揭示出在这些ESTs中能够发现新功能基因的相当可能性。本研究结果对草鱼以及其他鲤科鱼类的消化系统功能基因的筛选和发现具有指导意义。此外,草鱼肠道cDNA文库的构建和EST测序工作将为草鱼基因组计划的实施奠定基础。 展开更多
关键词 草鱼 肠道 cdna文库 EST 测序
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水杨酸诱导湖北海棠全长cDNA文库的构建及应用 被引量:20
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作者 张计育 渠慎春 +3 位作者 董畅 高志红 乔玉山 章镇 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1527-1533,共7页
以湖北海棠为材料,经水杨酸处理后,用改良CTAB法提取总RNA,纯化后构建全长cDNA文库,并进行PGIP基因的克隆.结果表明:(1)提取的总RNA无降解,无污染;mRNA弥散带主要集中在500~2 000 bp左右,没有rRNA残留.(2)ds cDNA弥散带主要分布于... 以湖北海棠为材料,经水杨酸处理后,用改良CTAB法提取总RNA,纯化后构建全长cDNA文库,并进行PGIP基因的克隆.结果表明:(1)提取的总RNA无降解,无污染;mRNA弥散带主要集中在500~2 000 bp左右,没有rRNA残留.(2)ds cDNA弥散带主要分布于300~2 000 bp之间,PCR验证后片段大小分布于200~2 000bp之间,说明合成ds cDNA质量较好,成功地构建了全长cDNA文库.(3)通过PCR从该cDNA文库中克隆了PGIP基因,命名为MhPGIP,GenBank登录号为FJ449708;其核苷酸序列及推导氨基酸序列与苹果的一致性分别为98%和97%,该序列含有两个串联的亮氨酸重复序列.综上所述,构建的全长cDNA文库质量很好,该文库的建成可以用于今后抗病新基因的挖掘、克隆和利用,为苹果抗病机理的研究奠定基础. 展开更多
关键词 湖北海棠 水杨酸 cdna文库 MhPGIP
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