目的:采用psbA-trnH序列对竹茹、天竺黄及其近缘物种进行DNA条形码鉴定研究,保障临床用药准确、安全。方法:收集竹茹、天竺黄及其近缘物种共71份材料,提取基因组DNA、PCR扩增并双向测序,经Codon Code Aligner V 4.2拼接获得序列,应用MEG...目的:采用psbA-trnH序列对竹茹、天竺黄及其近缘物种进行DNA条形码鉴定研究,保障临床用药准确、安全。方法:收集竹茹、天竺黄及其近缘物种共71份材料,提取基因组DNA、PCR扩增并双向测序,经Codon Code Aligner V 4.2拼接获得序列,应用MEGA5.0比对分析,计算种内及种间Kimura-2-Parameter(K2P)遗传距离并构建系统发育树。结果:竹茹、天竺黄各基原及其近缘物种基于psbA-trnH序列的种内最大K2P遗传距离均小于其与近缘物种的种间最小K2P遗传距离;NJ树图结合MEGA比对结果显示,基原植物青杆竹与青皮竹之间无法区分,而竹茹、天竺黄及其他基原物种之间均可较好地区分并呈现明显的单系性。结论:基于psbA-trnH序列可以准确地鉴定多基原药材竹茹、天竺黄及其近缘物种。展开更多
文摘目的:采用psbA-trnH序列对竹茹、天竺黄及其近缘物种进行DNA条形码鉴定研究,保障临床用药准确、安全。方法:收集竹茹、天竺黄及其近缘物种共71份材料,提取基因组DNA、PCR扩增并双向测序,经Codon Code Aligner V 4.2拼接获得序列,应用MEGA5.0比对分析,计算种内及种间Kimura-2-Parameter(K2P)遗传距离并构建系统发育树。结果:竹茹、天竺黄各基原及其近缘物种基于psbA-trnH序列的种内最大K2P遗传距离均小于其与近缘物种的种间最小K2P遗传距离;NJ树图结合MEGA比对结果显示,基原植物青杆竹与青皮竹之间无法区分,而竹茹、天竺黄及其他基原物种之间均可较好地区分并呈现明显的单系性。结论:基于psbA-trnH序列可以准确地鉴定多基原药材竹茹、天竺黄及其近缘物种。
文摘采用PCR直接测序法对伞形科（ Apiaceae）前胡族（ Trib. Peucedaneae）种类川明参（ Chuanminshen violaceum Sheh et Shan）、泰山前胡〔Peucedanum wawrae （ H. Wolff） Su〕和华中前胡（ P. medicum Dunn）以及美味芹族（ Trib. Smyrnieae）种类明党参（Changium smyrnioides H. Wolff）、宝兴棱子芹（Pleurospermum davidii Franch.）、丽江棱子芹（ P. foetens Franch.）和鸡冠棱子芹（ P. cristatum de Boiss.）的叶绿体基因组psbA-trnH片段进行了扩增测序,获得的序列已提交至GenBank,登录号为KF557756-KF557762。结合引自GenBank的前胡族阿魏属（ Ferula Linn.）1种、大瓣芹属（ Semenovia Regel et Herder）1种、当归属（ Angelica Linn.）2种和美味芹族的舟瓣芹属（ Sinolimprichtia H. Wolff）1种、羌活属（ Notopterygium de Boiss.）1种、瘤果芹属（ Trachydium Lindl.）1种以及针果芹族（ Trib. Scandicineae）刺果芹〔Turgenia latifolia （ Linn.） Hoffm.〕的psbA-trnH片段序列,对各种类的psbA-trnH片段信息进行分析；并以刺果芹为外类群构建了MP、ML和BI系统发育树。结果表明：川明参和明党参的psbA-trnH片段长度均为258 bp、GC含量均为23％,而其他种类的psbA-trnH片段长度为228~405 bp、GC含量为26％~35％；排序后psbA-trnH 序列总长度为553 bp（包括空位）,其中变异位点237个、信息位点178个。川明参与明党参间的相对遗传距离最小（仅为0.02）,而川明参与其他种类间的相对遗传距离为0.10~1.34,且总体上川明参与美味芹族种类的相对遗传距离较小,表明川明参与明党参及美味芹族种类的亲缘关系较近。在3类系统树上,川明参与明党参均聚在一起,并与美味芹族的属种聚为一大支,而远离由前胡族属种构成的另一大支。结合外部形态和果实解剖结构特征,建议将川明参属（ Chuanminshen Sheh et Shan ）从前胡族中分出并置于美味芹族中,与明党参属（ Changium H. Wolff）为姐妹类群。
