线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolata)具有典型性别生长二态性,雄鱼生长优势显著,doublesex and mab-3 related transcription factor(DMRT)家族是一个与性别决定相关的转录因子家族。基于线纹尖塘鳢性腺转录组数据,共获得2个dmrt基因的c...线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolata)具有典型性别生长二态性,雄鱼生长优势显著,doublesex and mab-3 related transcription factor(DMRT)家族是一个与性别决定相关的转录因子家族。基于线纹尖塘鳢性腺转录组数据,共获得2个dmrt基因的cDNA序列,分别命名为Oxldmrt1和Oxldmrt3,并采用PCR技术扩增验证2个基因的cDNA序列。运用生物信息学方法分析2个基因序列结构特征,结果显示,Oxldmrt1和Oxldmrt3开放阅读框分别为903 bp和1363 bp,分别编码300个氨基酸和453个氨基酸;OxlDMRT1属于碱性蛋白,而OxlDMRT3属于酸性蛋白;2个基因均含有高度保守的DM结构域,OxlDMRT3还存在DMA结构域。氨基酸聚类分析显示,脊椎动物不同DMRT家族都是独立聚类,OxlDMRT1属于DMRT1家族,OxlDMRT3属于DMRT3家族,DMRT1家族最先聚类,再和DMRT3家族聚类。利用实时荧光定量PCR技术(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)分析2个dmrt基因在雌鱼和雄鱼8个组织的表达水平,结果显示,2个基因在精巢中的表达量均显著高于其他组织(P<0.01),Oxldmrt3在脑中也有少量表达;利用RT-qPCR分析2个dmrt基因在早期不同发育时期的表达谱,显示2个基因在受精卵中的表达量均最高,Oxldmrt1在眼囊期的表达量最低,而Oxldmrt3在出膜7 d时的表达量最低。利用荧光原位杂交(fluorescencein situhybridization,FISH)对2个基因在精巢中的表达进行定位,显示2个基因在精巢中表达部位一致,均在精原细胞中有较强的表达信号。综上所述,Oxldmrt1和Oxldmrt3均在线纹尖塘鳢性腺胚胎发育阶段和精巢发育过程中起调节作用,而Oxldmrt1还可能参与胚胎后期性别决定和性别分化调控过程,Oxldmrt3还可能参与神经系统发育。本研究为线纹尖塘鳢性别决定与性别分化相关的分子机制研究提供了参考。展开更多
旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(sing...旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)。秦岭北坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.177、0.200和0.145,而秦岭南坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.261、0.291和0.212。种群结构分析结果表明,秦岭南北坡两个多鳞白甲鱼地理种群的遗传多样性存在明显差异。展开更多
为掌握江苏湖泊鳙群体的遗传资源状况,利用COⅠ基因序列研究了6个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖)鳙群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,在分析的630 bp COⅠ基因片段中,碱基A+T含量(55.3%)高于C+G含量(44.7%)。22...为掌握江苏湖泊鳙群体的遗传资源状况,利用COⅠ基因序列研究了6个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖)鳙群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,在分析的630 bp COⅠ基因片段中,碱基A+T含量(55.3%)高于C+G含量(44.7%)。223条COⅠ序列检测出14个变异位点,定义9个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.494~0.665,核苷酸多样性为0.0009~0.0019,总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.576和0.0012,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,表明6个湖泊鳙群体遗传多样性较低。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自于群体内(99.39%),总遗传分化指数为0.0061,群体间遗传分化指数为-0.0228~0.0445,遗传距离为0.0012~0.0027,表明群体间没有明显的遗传分化。单倍型系统发育树和网络结构图显示,单倍型在6个群体中混杂分布,未形成特定的湖泊分支。中性检验和歧点分布分析表明,整个鳙群体经历过显著的种群扩张。结果表明,江苏湖泊鳙群体的遗传多样性较低,遗传结构趋于同质化,需要采取措施提高鳙的遗传多样性。展开更多
文摘为掌握江苏湖泊鳙群体的遗传资源状况,利用COⅠ基因序列研究了6个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖)鳙群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,在分析的630 bp COⅠ基因片段中,碱基A+T含量(55.3%)高于C+G含量(44.7%)。223条COⅠ序列检测出14个变异位点,定义9个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.494~0.665,核苷酸多样性为0.0009~0.0019,总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.576和0.0012,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,表明6个湖泊鳙群体遗传多样性较低。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自于群体内(99.39%),总遗传分化指数为0.0061,群体间遗传分化指数为-0.0228~0.0445,遗传距离为0.0012~0.0027,表明群体间没有明显的遗传分化。单倍型系统发育树和网络结构图显示,单倍型在6个群体中混杂分布,未形成特定的湖泊分支。中性检验和歧点分布分析表明,整个鳙群体经历过显著的种群扩张。结果表明,江苏湖泊鳙群体的遗传多样性较低,遗传结构趋于同质化,需要采取措施提高鳙的遗传多样性。
