旨在探究影响猪达100 kg体重日龄(age at 100 kg,AGE)和达100 kg体重平均日增重(average daily gain at 100 kg,ADG)的候选基因。本研究采集了来自大白、长白和杜洛克3个品种的共计4593头健康成年猪的耳组织作为试验材料,其中公猪2563头...旨在探究影响猪达100 kg体重日龄(age at 100 kg,AGE)和达100 kg体重平均日增重(average daily gain at 100 kg,ADG)的候选基因。本研究采集了来自大白、长白和杜洛克3个品种的共计4593头健康成年猪的耳组织作为试验材料,其中公猪2563头,母猪2030头。通过记录猪只的日龄和体重,计算校正AGE和ADG。通过酚氯仿法提取样品DNA,利用“中芯一号”50K SNP芯片对样本进行基因分型,并对质控后的SNPs进行基因型填充,将SNPs位点数从4万填充至800万。随后,利用GEMMA混合线性模型对AGE和ADG性状进行填充前后的全基因组关联分析,使用BEDTools在显著位点上、下游1 Mb范围查找候选基因。同时,结合PigGTEx中的34个组织的表达量数量性状位点数据,使用R软件进行共定位分析,挖掘与GWAS信号共享同一因果变异的基因,通过GWAS和共定位分析,确定AGE和ADG性状的候选基因。GWAS分析结果显示,AGE与ADG性状的显著SNP为1号染色体上的1_270827213。在该位点上、下游1 Mb范围内,共鉴定到32个基因。共定位分析结果显示,对于AGE性状,有10个基因的eQTL信号与GWAS信号共定位。对于ADG性状,有11个基因的eQTL信号与GWAS信号共定位。最终,确定了CRAT、GPR 107和USP 20这3个基因作为AGE的候选基因,确定了CRAT、GPR107、USP20、FNBP1、PTGES和HMCN 2这6个基因作为ADG的候选基因。本研究为猪品种改良提供了分子标记,对猪生长相关性状功能基因挖掘奠定基础。展开更多
旨在检测豫农黑猪全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs),鉴定豫农黑猪生长相关性状候选基因。本研究收集了豫农黑猪2~5世代种群的生长相关性状数据(包括体长、体高、胸围、管围、腿臀围、背膘厚和眼肌深度),共807头猪(母猪...旨在检测豫农黑猪全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs),鉴定豫农黑猪生长相关性状候选基因。本研究收集了豫农黑猪2~5世代种群的生长相关性状数据(包括体长、体高、胸围、管围、腿臀围、背膘厚和眼肌深度),共807头猪(母猪738头,公猪69头),体重范围为95~105 kg。随后采集该试验群体耳组织样本利用中芯一号50K SNP芯片进行基因分型,并使用PennCNV软件对基因型数据进行CNV检测,通过重叠CNV融合法构建拷贝数变异区域(copy number variable regions,CNVRs)图谱。而后使用Plink软件对生长相关性状进行CNV的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果,在18条常染色体上共鉴定到1432个CNVs,合并为232个CNVRs,其中CNV大小范围为2.7 kb至2.2 Mb,CNVR大小范围为4.5 kb至2.2 Mb,共覆盖56.4 Mb,占常染色体基因组的2.50%。通过GWAS分析,发现1个CNV在全基因组水平上与胸围性状显著相关,7个CNV在染色体水平上分别与胸围、管围和背膘厚性状显著相关,胸围性状中显著性最高的CNV也与管围性状显著相关。其中,位于17号染色体上的CLDN 23基因与背膘厚显著相关,推测其可能在肌肉发育或脂肪沉积中起重要调控作用。本研究结果为豫农黑猪基因组CNV的功能提供新见解,并为进一步分子标记辅助选择在豫农黑猪新品种培育中提供了重要的理论支持。展开更多
分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR...分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR)验证DEGs水平。结果表明:ND60 vs ND1、ND120 vs ND60、ND180 vs ND120、ND240 vs ND180、ND300 vs ND240、ND360 vs ND300、ND180 vs ND1、ND360 vs ND180和ND360 vs ND1这9个比较组中分别鉴定出1982、245、131、311、26、84、2257、1377和2654个DEGs。GO分析结果表明,DEGs主要参与肌肉收缩、骨骼肌组织发育和钙离子结合过程;KEGG通路分析结果表明,DEGs主要富集于糖异生/糖酵解、PI3K–Akt、MAPK等信号通路;对DEGs进行qRT–PCR验证,qRT–PCR结果与测序结果一致;转录组测序和试验验证结果发现,THBS3在ND180 vs ND1和ND360 vs ND1比较组中均下调,THBS4分别在ND180 vs ND1和ND360 vs ND180中显著下调和上调,这表明THBS3和THBS4的表达方式与猪生长发育规律相反,推测它们可能负向调控骨骼肌的生长发育。展开更多
旨在建立一种基于重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)和成簇规律间隔短回文重复序列/CRISPR相关蛋白12a(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 12a,CRIS...旨在建立一种基于重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)和成簇规律间隔短回文重复序列/CRISPR相关蛋白12a(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 12a,CRISPR/Cas12a)系统的MSTN基因编辑猪检测方法,以满足基因编辑动物研发、育种等过程中核酸检测以及基因型鉴定的需求。本研究构建含有猪MSTN基因突变序列和野生型序列的标准质粒并设计靶向标准质粒的crRNA,基于RPA和CRISPR/Cas12a技术建立荧光报告和胶体金试纸条检测体系,筛选特异性识别标准质粒的crRNA、优化其反应条件并评价其检测灵敏度,最后通过检测猪耳组织样品评价本方法的准确性和稳定性。研究结果表明,该方法能够特异性识别MSTN基因2 bp碱基缺失序列和MSTN基因野生型序列。荧光报告体系最低可检测到4.1×10^(1)copies·μL^(-1)的标准质粒,胶体金试纸条体系最低可检测到4.1×10^(3)copies·μL^(-1)的标准质粒。通过对猪耳组织样本的检测,证明了该检测体系的准确性和可靠性。综上所述,本研究建立的MSTN基因编辑猪RPA-CRISPR/Cas12a检测方法具有操作简便、特异性和灵敏度高的特点,为MSTN基因编辑猪检测提供了重要技术支撑,具有广阔的应用前景。展开更多
文摘分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR)验证DEGs水平。结果表明:ND60 vs ND1、ND120 vs ND60、ND180 vs ND120、ND240 vs ND180、ND300 vs ND240、ND360 vs ND300、ND180 vs ND1、ND360 vs ND180和ND360 vs ND1这9个比较组中分别鉴定出1982、245、131、311、26、84、2257、1377和2654个DEGs。GO分析结果表明,DEGs主要参与肌肉收缩、骨骼肌组织发育和钙离子结合过程;KEGG通路分析结果表明,DEGs主要富集于糖异生/糖酵解、PI3K–Akt、MAPK等信号通路;对DEGs进行qRT–PCR验证,qRT–PCR结果与测序结果一致;转录组测序和试验验证结果发现,THBS3在ND180 vs ND1和ND360 vs ND1比较组中均下调,THBS4分别在ND180 vs ND1和ND360 vs ND180中显著下调和上调,这表明THBS3和THBS4的表达方式与猪生长发育规律相反,推测它们可能负向调控骨骼肌的生长发育。
