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基于RNA-Seq技术分析在金属矿上部生长的芒萁的差异表达基因 被引量:2
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作者 邹承武 宋玮 +1 位作者 宋慈安 雷良奇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期1-9,共9页
以生长于广西大厂锡多金属矿上部(重金属胁迫区)和未受矿化或污染影响的矿区外围(对照区)的芒萁[Dicranopteris pedata(Houtt.)Nakaike]为实验材料,对芒萁叶片进行转录组高通量测序,并对组装得到的unigenes经NCBI官方非冗余蛋白质序列... 以生长于广西大厂锡多金属矿上部(重金属胁迫区)和未受矿化或污染影响的矿区外围(对照区)的芒萁[Dicranopteris pedata(Houtt.)Nakaike]为实验材料,对芒萁叶片进行转录组高通量测序,并对组装得到的unigenes经NCBI官方非冗余蛋白质序列数据库(Nr)、NCBI官方非冗余核苷酸序列数据库(Nt)、KEGG直系同源数据库(KO)、Swiss-Prot数据库(Swiss-Prot)、蛋白质家族数据库(Pfam)、基因功能分类体系数据库(GO)和真核生物直系同源序列数据库(KOG)进行注释,同时分析重金属胁迫区和对照区芒萁叶片间的差异表达unigenes。结果显示:测序获得19.56 Gb clean data,其中,重金属胁迫区和对照区芒萁叶片分别含10.14和9.42 Gb clean data。组装得到的250 582个unigenes中有120 097个unigenes得到注释,占unigenes总数的47.93%。与对照区相比较,重金属胁迫区芒萁叶片中上调和下调差异表达unigenes分别有208和620个,其中120个上调差异表达unigenes注释为代谢过程,占所有上调差异表达unigenes的57.69%;285个下调差异表达unigenes注释为催化活性,占所有下调差异表达unigenes的45.97%。重金属胁迫区芒萁叶片中15个unigenes与重金属转运和耐受相关,其中c44988_g1和c84121_g1的相对表达量分别极显著和显著高于对照区。研究结果显示:芒萁响应自然金属矿化或矿山重金属污染的基因可以用于生物地球化学找矿和土壤重金属污染检测。 展开更多
关键词 芒萁 RNA-SEQ 重金属胁迫 差异表达基因
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基于UPLC-Q-TOF-MS的马蹄地上茎化学成分分析 被引量:4
2
作者 魏佩 陈思 +6 位作者 高紫珊 敬思群 萧雅泳 谢镇蔚 刘根梅 华军利 刘桂枝 《中国果菜》 2023年第11期38-44,共7页
以马蹄地上茎为原料,采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF-MS)分析其化学成分。使用ACQUITY UPLC HSS T3液相色谱柱(2.1 mm×100 mm,1.8μm),以0.1%甲酸水(A)-0.1%甲酸乙腈(B)为流动相进行梯度洗脱;采用电喷... 以马蹄地上茎为原料,采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF-MS)分析其化学成分。使用ACQUITY UPLC HSS T3液相色谱柱(2.1 mm×100 mm,1.8μm),以0.1%甲酸水(A)-0.1%甲酸乙腈(B)为流动相进行梯度洗脱;采用电喷雾电离源(electron spray ionization,ESI),正负离子模式扫描。通过保留时间、精确相对分子质量和二级质谱裂解碎片,对所得成分的主要色谱峰进行鉴定。结果共鉴定出66个化学成分,包括30个黄酮类、4个生物碱类、15个有机酸类、7个酯类、2个蒽醌类、4个醛类、2个醇类、1个苯丙素类,为进一步阐释其药效物质及作用机制提供依据。 展开更多
关键词 马蹄地上茎 UPLC-Q-TOF-MS 化学成分 正负离子模式
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交变磁场耦合钙离子处理发芽糙米的γ-氨基丁酸富集研究
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作者 宣峰 常丁鑫 +3 位作者 尉凡 刘金桃 袁朝辉 李书国 《中国粮油学报》 北大核心 2025年第10期101-107,共7页
研究氯化钙溶液和交变磁场联合作用对发芽糙米富集γ-氨基丁酸(γ-amino butyric acid,GABA)的效果,并通过优化条件提升GABA富集水平。通过控制变量法研究糙米浸泡时间、发芽时间与温度、磁感应强度和处理时间及盐的种类及溶液浓度等因... 研究氯化钙溶液和交变磁场联合作用对发芽糙米富集γ-氨基丁酸(γ-amino butyric acid,GABA)的效果,并通过优化条件提升GABA富集水平。通过控制变量法研究糙米浸泡时间、发芽时间与温度、磁感应强度和处理时间及盐的种类及溶液浓度等因素对发芽糙米GABA含量的影响。在此基础上,采用响应面法对主要影响因素进行优化,最佳条件为:交变磁感应强度2.8 mT、磁场作用时间68 min、盐浓度1.0 mmol/L、发芽时间37 h。在此条件下,发芽糙米中GABA含量可达190.58 mg/100 g,GABA含量与未优化的发芽糙米和未发芽的糙米相比分别增长了127%和569%。因此氯化钙溶液与交变磁场联合作用可有效促进发芽糙米对GABA的富集。 展开更多
关键词 发芽糙米 Γ-氨基丁酸 交变磁场 氯化钙 富集
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生姜不同有机溶剂提取物的GC-MS分析 被引量:10
4
作者 何文珊 李琳 +2 位作者 李炎 郭祀远 郭宝江 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期154-158,共5页
用GC-MS方法从生姜的甲醇、乙酸乙酯和正己烷提取物中分别鉴定了35、36和44个成分。显示三种有机溶剂提取物主要成分均为萜类化合物,但萜类含量各不相同:总萜类及倍半萜类成分的含量随提取溶剂极性增大而增多,单萜类成分... 用GC-MS方法从生姜的甲醇、乙酸乙酯和正己烷提取物中分别鉴定了35、36和44个成分。显示三种有机溶剂提取物主要成分均为萜类化合物,但萜类含量各不相同:总萜类及倍半萜类成分的含量随提取溶剂极性增大而增多,单萜类成分则随提取溶剂极性增大而减少;具抗氧化活性的不饱和倍半萜成分随提取溶剂极性增大而增多,说明了生姜有机溶剂提取物的抗氧化活性随提取溶剂极性增大而增强的原因。 展开更多
关键词 生姜 化学成分 气质联用分析 有机溶剂 提取
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基于psbA-trnH分析的何首乌野生居群遗传多样性 被引量:10
5
作者 白明明 孙小芹 +2 位作者 郭建林 李密密 杭悦宇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期36-44,共9页
对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH... 对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH序列长度为384 bp;其中,变异位点为167 bp,简约信息位点为53 bp,分别占序列总长度的43.5%和13.8%。变异类型主要为碱基缺失和替换;变异位点主要集中在235~281 bp区域,根据位点变异情况可将17个居群大体分为3类。各居群间的遗传距离为0.000~0.172,其中,贵州居群与其他16个居群间的遗传距离为0.167~0.172,而其他16个居群间的遗传距离为0.000~0.017。17个居群间的核苷酸多样性指数(Pi)、遗传分化系数(Nst)和基因流(Nm)分别为0.028 56、0.918 68和0.04;除贵州居群外其他16个居群的Pi、Nst和Nm分别为0.015 68、0.837 19和0.10;贵州居群与其周边省区(四川、云南、广西、湖南和湖北)居群的Pi、Nst和Nm分别为0.047 99、0.937 62和0.03。在NJ系统树上,17个居群可聚为4支,且大部分居群的供试单株聚在同一分支中;仅贵州居群单独聚为一支,与序列分析的划分结果基本一致。由研究结果可见:野生何首乌居群总遗传变异的91.868%来自居群间,8.132%来自居群内,居群间的基因交流较少;除贵州居群外其余16个居群的整体遗传多样性水平偏低,说明何首乌居群整体多样性水平在很大程度上受贵州居群的影响。 展开更多
关键词 何首乌 居群 psbA—trnH序列 遗传多样性 NJ系统树
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RP-HPLC法测定长期盐胁迫下盐爪爪和盐穗木中的甜菜碱(英文) 被引量:9
6
作者 王俊华 曾幼玲 +1 位作者 杨洁 张富春 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期515-520,共6页
通过对影响甜菜碱提取和测定的各种因素进行研究,建立了一种准确、快速的测定长期盐胁迫下盐爪爪和盐穗木中甜菜碱的HPLC方法.样品采用超声波甲醇提取,并依次通过强阴阳离子交换树脂(Dowex 50×8和Dowex 50×2)进行纯化,得到... 通过对影响甜菜碱提取和测定的各种因素进行研究,建立了一种准确、快速的测定长期盐胁迫下盐爪爪和盐穗木中甜菜碱的HPLC方法.样品采用超声波甲醇提取,并依次通过强阴阳离子交换树脂(Dowex 50×8和Dowex 50×2)进行纯化,得到的样品采用反相C18柱进行分离,色谱条件:流动相为50 mmol/L、pH 4.5的KH2PO4溶液;波长200 nm下紫外测定,流速0.7 mL/min;此方法的检出限为0.02μg/mL,平均回收率为97.2%.通过对0~500 mmol/L NaCl胁迫下的盐爪爪和盐穗木中甜菜碱进行测定,甜菜碱的含量均呈现先增加后减少的趋势,盐爪爪在NaCl浓度为200 mmol/L时达到最大,而盐穗木在NaCl浓度为300 mmol/L时达到最大. 展开更多
关键词 甜菜碱 盐爪爪 盐穗木 RP—HPLC
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GC-MS法分析曼陀罗挥发油的化学成分 被引量:8
7
作者 金振国 苏智魁 +1 位作者 任有良 李宝林 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1905-1908,共4页
用水蒸气蒸馏法从曼陀罗中提取挥发油,并用气相色谱/质谱联用技术(GC-MS)对挥发油的化学成分进行分离鉴定,用气相色谱峰面积归一化法确定各组分的相对含量.结果从曼陀罗挥发油中鉴定出58种化合物,占总挥发油量的92.37%.其中主要成分为5... 用水蒸气蒸馏法从曼陀罗中提取挥发油,并用气相色谱/质谱联用技术(GC-MS)对挥发油的化学成分进行分离鉴定,用气相色谱峰面积归一化法确定各组分的相对含量.结果从曼陀罗挥发油中鉴定出58种化合物,占总挥发油量的92.37%.其中主要成分为5,6-二氢-6-戊基-2H-吡喃-2-酮(44.29%)、二苯胺(12.50%)、四十四烷(10.41%)、二十烷(4.19%)、(E)-3-己烯-1-醇(2.38%)、3,7,11,15-四甲基-2-十六碳烯-1-醇(2.28%)等. 展开更多
关键词 曼陀罗 挥发油 气相色谱/质谱法
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牡丹ISSR-PCR反应体系正交优化设计 被引量:18
8
作者 王佳 胡永红 张启翔 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2006年第24期6465-6466,6484,共3页
以“凤丹(”Paeonia ostii)基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,研究牡丹ISSR反应体系的影响因素,建立了适合牡丹的ISSR反应体系及程序。10 lμ反应体系为:1×反应缓冲液,2.5 mmo1/LMg2+,0.4 mmo1/LdNTPs,1.0 UTaq聚合酶,0.75μm... 以“凤丹(”Paeonia ostii)基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,研究牡丹ISSR反应体系的影响因素,建立了适合牡丹的ISSR反应体系及程序。10 lμ反应体系为:1×反应缓冲液,2.5 mmo1/LMg2+,0.4 mmo1/LdNTPs,1.0 UTaq聚合酶,0.75μmol/L引物,10~20 ng模板DNA。反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性45 s,45~60(℃不同引物退火温度各异)复性45 s,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸7 min;4℃保存。通过梯度退火试验,确定不同引物的退火温度。 展开更多
关键词 牡丹 ISSR-PCR 正交设计 反应体系
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不同浓度6-BA保鲜剂对切花菊的保鲜效应 被引量:6
9
作者 刘丹洲 潘佑找 +4 位作者 秦萍 龙艳 谢芳 孟杨 洪河 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2006年第17期4287-4287,4289,共2页
研究了6种不同浓度的6-BA保鲜剂对切花菊瓶插期间生理状况及瓶插寿命的影响。结果表明:1 mg/L 6-BA保鲜剂效果最好,花、叶瓶插寿命比对照分别延长3.8和4.4 d;0.5mg/L 6-BA保鲜剂效果较好,花、叶瓶插寿命比对照分别延长3.2和4.0 d。
关键词 切花菊 6-BA 保鲜剂 可溶性蛋白质 过氧化物酶
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正交优化法建立沙打旺ISSR-PCR最佳反应体系 被引量:5
10
作者 陈志宏 黄琳凯 +1 位作者 张新全 王志刚 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2006年第13期2980-2982,共3页
根据正交试验设计的原理,设计了探索性正交试验和细调性正交试验来确定沙打旺ISSR-PCR体系中各成分的浓度。得到既稳定又能扩出最多条带的适合沙打旺的ISSR-PCR最佳反应体系,即20μl的反应体系中含有1×buffer,dNTP 0.2 mmol/L,Taq... 根据正交试验设计的原理,设计了探索性正交试验和细调性正交试验来确定沙打旺ISSR-PCR体系中各成分的浓度。得到既稳定又能扩出最多条带的适合沙打旺的ISSR-PCR最佳反应体系,即20μl的反应体系中含有1×buffer,dNTP 0.2 mmol/L,Taq酶1.0 U,引物0.3μmol/L,Mg2+2.5 mmol/L,DNA模板2.5 ng/μl。然后对沙打旺ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,得到这条引物的最佳退火温度为54.1℃。这一最佳体系的建立为今后利用ISSR标记技术,研究沙打旺的遗传多样性提供了标准化程序。 展开更多
关键词 沙打旺 ISSR 正交优化 反应体系
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紫外诱变耐糖选育D-核糖高产菌株 被引量:4
11
作者 王慕华 孙文敬 +3 位作者 赵峰梅 杨庆文 郭金权 杨林娥 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2007年第1期95-98,共4页
以D-核糖产生菌枯草芽胞杆菌B2502为出发菌株,经紫外诱变、耐糖选育,得到1株可在D-核糖浓度达6%的肉汤液体培养基中生长的菌株B2502-2。其D-核糖产量提高37%,菌体生长达到对数期的时间缩短3 h,耐糖性比出发菌株提高了50%。
关键词 D-核糖 枯草芽胞杆菌 紫外诱变
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葛属植物ISSR-PCR扩增条件的正交优化 被引量:7
12
作者 陈元生 彭建宗 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期120-123,共4页
利用正交试验设计法L9(34),从引物浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度和dNTP浓度4种因素3个水平,对葛资源ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对PCR反应的退火温度进行梯度筛选。结果表明,25μL最佳的葛资源ISSR-PCR反应体系是:1&... 利用正交试验设计法L9(34),从引物浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度和dNTP浓度4种因素3个水平,对葛资源ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对PCR反应的退火温度进行梯度筛选。结果表明,25μL最佳的葛资源ISSR-PCR反应体系是:1×PCR buffer、0.20 mmol/L dNTP、0.4μmol/L引物、2.5 mmol/L Mg2+和0.5 U TaqDNA聚合酶,引物UBC809的最佳退火温度为57.9℃。 展开更多
关键词 野葛 粉葛 ISSR—PCR 正交优化
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甘遂中激活NF-κB信号通路的化学成分 被引量:1
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作者 陈晓珍 张婷婷 +3 位作者 李国友 方冬梅 张国林 罗应刚 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期151-155,共5页
采用95%乙醇对甘遂进行提取,溶剂回收后得总浸膏;然后采用不同极性的有机溶剂进行萃取得萃取物;将总浸膏和各萃取物进行激活NF-κB信号通路活性检测;选取激活作用最强的氯仿萃取物进行硅胶柱层析,TLC检测合并;将得到的各部位进行进一步... 采用95%乙醇对甘遂进行提取,溶剂回收后得总浸膏;然后采用不同极性的有机溶剂进行萃取得萃取物;将总浸膏和各萃取物进行激活NF-κB信号通路活性检测;选取激活作用最强的氯仿萃取物进行硅胶柱层析,TLC检测合并;将得到的各部位进行进一步的激活NF-κB信号通路测试;结果表明激活作用最强的部位为非极性部位,因此我们采用GC-MS技术分离并鉴定了56个化合物,占总量的99.72%,主要成分为脂肪酸及其衍生物、长链烷烃及其衍生物,还有单萜、倍半萜类、芳香族类和脂肪醛等。在激活NF-κB信号通路的指导下,我们从甘遂非极性部位分析并鉴定了其中的促炎成分如(Z)-7-Hexadecenal和7,11-Hexadecadienal等,这些成分激活NF-κB信号通路的表达,从而引起炎症因子的释放,导致炎症,从上述非极性部位中还分析了部分毒性物质,为阐明甘遂的毒效物质基础提供了参考。 展开更多
关键词 甘遂 NF-ΚB信号通路 活性 GC-MS
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新疆野苹果基因组提取优化及模板浓度对ISSR-PCR影响
14
作者 张云秀 杨美玲 +4 位作者 于玮玮 李芳 刘彬 龙鸿 阎国荣 《天津农学院学报》 CAS 2017年第1期15-18,共4页
以新疆野苹果干燥叶片为材料,比较分析了CTAB法和4种改良CTAB法提取基因组DNA效果,及ISSR-PCR扩增所需最佳模板浓度。结果表明:5种方法提取的DNA在纯度和量上有很大差别,研磨时加入PVP,可有效去除多酚物质;第一次提取上清液中加入1/10体... 以新疆野苹果干燥叶片为材料,比较分析了CTAB法和4种改良CTAB法提取基因组DNA效果,及ISSR-PCR扩增所需最佳模板浓度。结果表明:5种方法提取的DNA在纯度和量上有很大差别,研磨时加入PVP,可有效去除多酚物质;第一次提取上清液中加入1/10体积CTAB裂解液(0.7 mol/L Na Cl、10%CTAB),可以有效去除多糖;异丙醇沉淀时加入1/9体积的乙酸钠,可加速得到白色沉淀。新疆野苹果ISSR扩增体系研究中,发现DNA模板浓度处于400~1 000 ng/μL时,ISSR-PCR扩增结果最佳。DNA提取优化及模板浓度优化为后续的分子生物学研究提供理论依据。 展开更多
关键词 新疆野苹果 DNA提取 模板浓度 优化
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百里香属植物ISSR-PCR和SRAP-PCR体系的确立及优化 被引量:16
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作者 权俊萍 袁菊红 +3 位作者 穆红梅 张明霞 李乃伟 夏冰 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2008年第2期1-8,共8页
通过对PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、dNTPs和引物浓度的单因子实验,分别建立了适合百里香属(ThymusL.)植物总DNA的ISSR-PCR及SRAP-PCR优化反应体系。ISSR-PCR优化反应体系为:反应总体积20μL,含模板DNA 30 ng、Mg2+3.75 mmol.L-1、... 通过对PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、dNTPs和引物浓度的单因子实验,分别建立了适合百里香属(ThymusL.)植物总DNA的ISSR-PCR及SRAP-PCR优化反应体系。ISSR-PCR优化反应体系为:反应总体积20μL,含模板DNA 30 ng、Mg2+3.75 mmol.L-1、dNTPs 0.20 mmol.L-1、引物0.3 mmol.L-1和TaqDNA聚合酶1 U。SRAP-PCR优化反应体系为:反应总体积20μL,含模板DNA 30 ng、Mg2+2.50 mmol.L-1、dNTPs 0.10mmol.L-1、引物0.4 mmol.L-1和TaqDNA聚合酶1 U。运用优化的反应体系对百里香属植物地椒(T.quinque-costatusCelak.)、地椒的亚洲变种〔T.quinquecostatusvar.asiaticus(K itagawa)C.Y.W u etY.C.Huang〕和百里香(T.m ongolicusRonn.)15个居群的总DNA进行了ISSR和SRAP初步分析,获得了较好的扩增结果。 展开更多
关键词 百里香属 ISSR—PCR SRAP—PCR 优化反应体系
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桂花SRAP-PCR体系的确立及验证 被引量:15
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作者 李梅 侯喜林 郝日明 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2009年第2期15-21,共7页
以桂花〔Osmanthus fragrans(Thunb.)Lour.〕品种‘早银桂’的总DNA为模板,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、dNTPs和引物浓度以及TaqDNA聚合酶用量进行单因子实验,确立了适合桂花总DNA的SRAP-PCR反应体系:反应体系总体积10μL... 以桂花〔Osmanthus fragrans(Thunb.)Lour.〕品种‘早银桂’的总DNA为模板,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、dNTPs和引物浓度以及TaqDNA聚合酶用量进行单因子实验,确立了适合桂花总DNA的SRAP-PCR反应体系:反应体系总体积10μL,包括30 ng模板DNA、2.5 mmol.L-1Mg2+、0.20 mmol.L-1dNTPs、0.4μmol.L-1上下游引物和0.75 UTaqDNA聚合酶及1×PCR buffer。采用SRAP引物组合pm21-em8,以78个桂花品种的总DNA为样品,对优化的SRAP-PCR反应体系进行初步验证,共扩增出632条带,多态性条带百分率75.32%;扩增位点15个,多态性位点百分率为86.67%。运用优化的SRAP-PCR体系,使用筛选出的18对SRAP引物组合对88个桂花品种、1个桂花野生种以及2个外类群〔柊树O.heterophyllus(G.Don)P.S.Green和华东木犀O.cooperiHemsl.〕的总DNA进行扩增,共扩增出296个位点,其中多态性位点248个,多态性位点百分率为83.78%。实验结果显示,运用优化的SRAP-PCR反应体系获得的DNA条带清晰、扩增结果稳定、多态性较丰富;SRAP分子标记可用于桂花遗传多样性、品种资源鉴定、亲缘关系以及系统进化等方面的研究。 展开更多
关键词 桂花 SRAP—PCR 扩增体系 优化 验证 遗传多样性
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铁线莲属植物ISSR-PCR反应体系优化及遗传多样性分析 被引量:15
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作者 余伟军 姚红 +4 位作者 孙瑞琦 王桂青 钟淮钦 黄敏玲 曾黎辉 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期42-48,共7页
对铁线莲属(Clematis Linn.)植物基因组DNA的ISSR-PCR反应体系进行了优化,并采用ISSR分子标记对32个铁线莲属植物(包括8个野生种、1个变种和23个品种)及2个近缘属植物的遗传多样性进行研究。结果显示:铁线莲属植物基因组DNA ISSR-PCR最... 对铁线莲属(Clematis Linn.)植物基因组DNA的ISSR-PCR反应体系进行了优化,并采用ISSR分子标记对32个铁线莲属植物(包括8个野生种、1个变种和23个品种)及2个近缘属植物的遗传多样性进行研究。结果显示:铁线莲属植物基因组DNA ISSR-PCR最佳反应体系的总体积为25.0μL,包括40 ng·μL^-1模板DNA 1.0μL、0.4μmol·L^-1引物1.0μL、0.15 mmol·L^-1dNTPs 2.0μL、10×Ex Taq Buffer(Mg2+ Plus) 2.0μL、TaKaRa Ex Taq酶0.2μL和ddH2O 18.8μL。对32个铁线莲属植物及2个近缘属植物基因组DNA的ISSR-PCR分析结果显示:共扩增出172个条带(位点),平均每条引物扩增出13.2个位点,其中,多态性位点168个,平均每条引物扩增出12.9个多态性位点,平均多态性位点百分率为98.2%。聚类分析结果显示:32个铁线莲属植物及2个近缘属植物的遗传距离在0.22~1.21之间。在遗传距离1.02处,将32个铁线莲属植物分为3个大组,‘杰出’(‘Superba’)单独聚为1个大组,‘斯托尔韦克’(‘Stolwijk Gold’)和‘柠檬之梦’(‘Lemon Dream’)聚为1个大组,其余植物聚为第3大组;在遗传距离0.92处,将第3大组进一步划分为3个亚组,第1亚组包括‘阿迪森’(‘Addisonii’)、‘帕斯卡’(‘Pascal’)和‘樱桃唇’(‘Cherry Lip’),第2亚组包括短柱铁线莲(C.cadmia Buch.-Ham. ex Wall.)、灰叶铁线莲[C.canescens(Turcz.) W. T. Wang et M. C. Chang]、毛蕊铁线莲(C.lasiandra Maxim.)、曲柄铁线莲(C.repens Finet et Gagnep.)、‘铃儿响叮当’(‘Jingle Bells’)和‘雀斑’(‘Freckles’),第3亚组包括吴兴铁线莲(C.huchouensis Tamura)等20个铁线莲属植物;在遗传距离0.77处,将第3亚组划分为7个小组。研究结果表明:ISSR分子标记能够应用于铁线莲属植物的遗传多样性分析。 展开更多
关键词 铁线莲属 ISSR-PCR 反应体系优化 遗传多样性
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乳白石蒜rDNA-ITS序列分析及种内系统发育研究 被引量:7
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作者 陈妍 高燕会 +1 位作者 廖望仪 童再康 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2009年第3期25-31,共7页
对来源于不同产地的11个乳白石蒜(Lycoris albiflora Koidz.)种源的rDNA-ITS序列进行了扩增、纯化、克隆、酶切和测序,并对各种源的rDNA-ITS序列长度、G+C含量、碱基差异和遗传距离进行了比较分析,构建了系统发育树。结果表明,乳白石蒜1... 对来源于不同产地的11个乳白石蒜(Lycoris albiflora Koidz.)种源的rDNA-ITS序列进行了扩增、纯化、克隆、酶切和测序,并对各种源的rDNA-ITS序列长度、G+C含量、碱基差异和遗传距离进行了比较分析,构建了系统发育树。结果表明,乳白石蒜11个种源的rDNA-ITS序列具有较高的同源性,但不同种源间的ITS序列长度和碱基变异较大;乳白石蒜rDNA-ITS序列总长度约为700 bp,共有318个变异位点;ITS1、ITS2和5.8S rDNA片段长度分别为222~245、240~252和163 bp;ITS序列中的G+C含量均明显高于A+T含量,ITS1和ITS2片段中的G+C含量分别为53.8%~70.5%和63.4%~73.4%;碱基变异类型多为颠换、转换、插入和缺失。种源间的遗传距离差异较大,其中浙江天目山种源(TM3)与浙江宁波种源(NB2)的遗传距离最小(0.000),其他种源间遗传距离为0.067~0.323。基于ITS序列分析结果可将11个乳白石蒜种源聚为3大类,第1类包括采自浙江天目山(TM1和TM2)和浙江宁波(NB3)的3个种源,花和花丝多为白色;第2类包含来源于不同产地的7个种源,花多为乳白色或乳黄色;第3类仅有采自浙江兰溪(LX)的1个种源,花色变异较大。研究结果表明,乳白石蒜种内有丰富的遗传变异,种源间的ITS序列差异与花的特征变化一致,但与地理分布并不相关;rDNA-ITS序列分析可用于乳白石蒜的亲缘关系、物种鉴别和遗传多样性研究。 展开更多
关键词 乳白石蒜 rDNA-ITS序列 G+C含量 遗传距离 系统发育
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基于EST-SSR标记的青榨槭天然种群遗传多样性分析 被引量:6
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作者 穆莹 张梦璐 +3 位作者 白云海 张睿鹂 郑健 窦德泉 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期57-63,共7页
采用28对EST-SSR引物对北京、河南、陕西、广东和浙江的青榨槭(Acer davidii Franch.)8个天然种群231株样株的基因组DNA进行扩增,在此基础上对供试种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明:8个天然种群的观测等位基因数和有效等... 采用28对EST-SSR引物对北京、河南、陕西、广东和浙江的青榨槭(Acer davidii Franch.)8个天然种群231株样株的基因组DNA进行扩增,在此基础上对供试种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明:8个天然种群的观测等位基因数和有效等位基因数较为接近,均值分别为3.2和1.6;Shannon’s多样性指数、观测杂合度、期望杂合度、Nei’s基因多样性指数和多态性信息含量均值分别为0.5127、0.2379、0.2769、0.2719和0.2436。总体来看,8个天然种群中,广东南岭国家森林公园(P7)种群的遗传多样性最高,河南嵩山地质公园(P5)种群的遗传多样性最低,且8个天然种群的观测杂合度小于期望杂合度。8个天然种群间的遗传分化系数为0.3345,基因流为0.5088,种群内和种群间的遗传变异贡献率分别为66.55%和33.45%。供试种群中,P7种群和浙江西天目山森林公园(P8)种群与其余6个种群间的遗传相似系数相对较小,而遗传距离却相对较大。Mantel检验结果显示:青榨槭种群间的遗传距离和地理距离存在极显著正相关(R^(2)=0.5686,P=0.002)。UPGMA聚类分析和STRUCTURE分析结果均表明:供试青榨槭8个天然种群被分成2个集群,其中,P7种群和P8种群为一个集群,其余6个种群为另一个集群。综合上述研究结果:青榨槭天然种群的遗传多样性水平较高,其遗传分化主要存在于种群内,种群间的基因交流较少。供试种群内均存在一定程度的自交或近交现象,种群容易衰退,故应加强对青榨槭天然种群的保护力度。 展开更多
关键词 青榨槭 EST-SSR标记 遗传多样性 遗传结构 聚类分析
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基于AOX1和MCM5基因水芹地方品种的遗传关系分析及‘玉祁红芹’ISSR-SCAR标记建立 被引量:3
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作者 王月 刘佳 +4 位作者 陈闽 张艳梅 孙小芹 杭悦宇 周广灿 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期50-59,共10页
基于低拷贝核基因AOX1和MCM5的扩增结果,对采自南京的水芹〔Oenanthe javanica(Bl.)DC.〕野生种和太湖流域6个地方品种进行了遗传多样性分析,并基于ISSR标记开发了两步法鉴定‘玉祁红芹’(‘Yuqihongqin’)的SCAR标记。结果显示:水芹6... 基于低拷贝核基因AOX1和MCM5的扩增结果,对采自南京的水芹〔Oenanthe javanica(Bl.)DC.〕野生种和太湖流域6个地方品种进行了遗传多样性分析,并基于ISSR标记开发了两步法鉴定‘玉祁红芹’(‘Yuqihongqin’)的SCAR标记。结果显示:水芹6个地方品种的AOX1基因中检测到22个SNP位点和7个InDel位点;MCM5基因中检测到33个SNP位点,其中3个位于编码区且均为同义突变,还有1个位于非编码区的InDel位点。与MCM5基因相比,AOX1基因提供的信息位点更多,基于AOX1基因构建的水芹野生种和6个地方品种的ML遗传关系树的支持率相对较高;其中‘玉祁红芹’、‘苏州圆叶芹’(‘Suzhouyuanyeqin’)和‘梅南水芹’(‘Meinanshuiqin’)的遗传关系较近,而‘常熟白芹’(‘Changshubaiqin’)、‘溧阳白芹’(‘Liyangbaiqin’)和‘江阴青芹’(‘Jiangyinqingqin’)的遗传关系较近。基于ISSR-880引物扩增得到‘溧阳白芹’的特异性片段,设计的第1对SCAR引物鉴定出‘玉祁红芹’和‘溧阳白芹’2个地方品种,再利用ISSR-836引物扩增得到‘玉祁红芹’特异性片段,设计的第2对SCAR引物在‘玉祁红芹’所有单株中扩增出特异性条带,而在‘溧阳白芹’所有单株中均未出现此条带。本研究开发的两步法鉴别‘玉祁红芹’的ISSR-SCAR标记可为水芹其他地方品种的鉴定、保存和利用提供参考。 展开更多
关键词 水芹 ‘玉祁红芹’ AOX1基因 MCM5基因 遗传关系 ISSR-SCAR标记
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