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基于高通量测序分析骨肉瘤发生和转移的分子特征 被引量:2
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作者 许明贤 李瑞希 +2 位作者 郭伟堂 程鸣哲 邹昌业 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期985-994,共10页
【目的】本研究通过第二代高通量测序(NGS)检测配对骨肉瘤转移灶和原发灶标本,分析骨肉瘤原发灶与转移灶的基因图谱差异,以期发现促进骨肉瘤发生和转移的相关分子及可能机制。【方法】12例转移患者的原发灶与转移病灶肿瘤组织样本,使用... 【目的】本研究通过第二代高通量测序(NGS)检测配对骨肉瘤转移灶和原发灶标本,分析骨肉瘤原发灶与转移灶的基因图谱差异,以期发现促进骨肉瘤发生和转移的相关分子及可能机制。【方法】12例转移患者的原发灶与转移病灶肿瘤组织样本,使用第二代高通量测序(NGS)进行检测,其中9对panel检测(678个基因)以及3对全外显子检测(WES),分析比较骨肉瘤原发灶与转移灶的基因图谱差异:基因拷贝数变异通过EXCAVATOR检测;DNA层面的融合突变通过Lumpy检测;RNA层面的融合突变通过Defuse+STAR-Fusion,并通过Circos图显示突变的分布;Metascape用于分析差异基因的GO和KEGG信号通路富集;使用Pyclone+Citup/LICHEE进行克隆进化分析。【结果】骨肉瘤基因总体突变模式主要以基因扩增为主,主要包括FLCN(37.5%),GID4(37.5%),TP53(33.3%),ATRX(25%),CALR(25%),CCND3(25%),CCNE1(25%),NOCR1(25%),TFEB(25%),VEGFA(25%)等基因。GO聚类结果提示细胞周期通路突变频率最高。KT1、PLCG2、EGFR这3个基因在转移灶显著富集的信号通路中多次出现,可能与骨肉瘤的转移密切相关。转移灶肿瘤负荷突变(TMB)频率显著高于原发灶(P=0.013)。3例进行WES检测的转移患者均呈现线性克隆进化,提示骨肉瘤转移基因的突变可能呈次序性累积。同时我们确定了可能在骨肉瘤进展中发挥作用的新候选基因,包括PLCG2、MYO15A与PEX6。【结论】骨肉瘤发生与转移的基因突变模式主要以基因扩增为主,骨肉瘤患者肿瘤负荷突变频率在转移灶中显著高于原发灶,转移患者存在相互关联的线性基因克隆进化。本研究发现了可能在骨肉瘤进展中发挥作用的3个新基因PLCG2、MYO15A和PEX6。 展开更多
关键词 骨肉瘤 肺转移 第二代高通量测序 基因图谱 基因突变
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基于质心自适应选取的密度万有引力聚类算法 被引量:1
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作者 陈金鹏 李睿熙 +1 位作者 杨然 安俊秀 《计算机工程与设计》 北大核心 2022年第12期3396-3405,共10页
为解决典型的K-means算法中存在的k值、初始簇中心难以确定等问题,提出一种基于质心自适应选取的密度万有引力聚类算法CASG-means算法。通过质心自适应选取策略对初始簇中心进行选择,将数据集中的点划分为离群点和非离群点,将非离群点... 为解决典型的K-means算法中存在的k值、初始簇中心难以确定等问题,提出一种基于质心自适应选取的密度万有引力聚类算法CASG-means算法。通过质心自适应选取策略对初始簇中心进行选择,将数据集中的点划分为离群点和非离群点,将非离群点按照改进密度万有引力吸引的方式进行分配,删除空簇,自适应得到k个簇和离群点。用该算法解决K-means算法中的参数难以确定问题,将仿真结果与其它算法进行比较,验证了该算法的迭代次数、耗时和自适应聚类效果优于其它改进算法。 展开更多
关键词 聚类 密度 质心 自适应 万有引力 选取策略 簇中心
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BCG感染小鼠模型中产IL-35单核细胞的检测及其意义 被引量:4
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作者 陈晨 张俊爱 +5 位作者 刘雨晴 徐欢 罗厚龙 李瑞曦 郑碧英 徐军发 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期172-176,共5页
目的:检测BCG感染小鼠模型外周血和肺组织中产IL-35单核细胞,分析其在结核病免疫机制及病理、病程中发挥的作用,探讨其临床意义。方法:用BCG感染C57BL/6小鼠,于不同时间处死小鼠取肺组织进行载菌量和组织病理学分析,取外周血与肺组织,... 目的:检测BCG感染小鼠模型外周血和肺组织中产IL-35单核细胞,分析其在结核病免疫机制及病理、病程中发挥的作用,探讨其临床意义。方法:用BCG感染C57BL/6小鼠,于不同时间处死小鼠取肺组织进行载菌量和组织病理学分析,取外周血与肺组织,并采用流式细胞术检测IL-35两个亚基P35与EBI3在单核细胞中的表达,分析IL-35与小鼠载菌量的相关性。结果:BCG感染小鼠外周血和肺组织中不同时间点单核细胞P35、EBI3表达量明显高于对照组,且实验组外周血在感染4周时显著增加,肺组织表达EBI3在4、8周有显著升高趋势,且P35与EBI3的表达呈正相关,肺组织IL-35的表达与荷菌量呈负相关。外周血和肺部IL-35表达水平在2、4周均有显著增加,而第8周时仅肺部升高明显。结论:BCG感染小鼠单核细胞中IL-35高表达,可能参与抗结核免疫调节作用。 展开更多
关键词 结核病 小鼠模型 BCG IL-35
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环状RNA在感染性疾病中的研究进展 被引量:3
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作者 黄纪(综述) 李瑞曦 徐军发(审校) 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2020年第12期1320-1325,共6页
随着基因测序技术和生物信息分析技术的快速发展,被忽略近20年的环状RNA(circRNA)再度成为研究热点。circRNA在生物体内广泛表达,具有高度的稳定性、特异性和保守性等特性,其生物学功能包括竞争性结合miRNA、调控基因表达、与RNA结合蛋... 随着基因测序技术和生物信息分析技术的快速发展,被忽略近20年的环状RNA(circRNA)再度成为研究热点。circRNA在生物体内广泛表达,具有高度的稳定性、特异性和保守性等特性,其生物学功能包括竞争性结合miRNA、调控基因表达、与RNA结合蛋白互作、编码蛋白等,在疾病的诊断和治疗方面应用潜力巨大。文章总结circRNA在肺结核、病毒性肝炎、艾滋病等感染性疾病中的研究,为circRNA在感染性疾病的基础研究临床应用等方面提供理论依据。 展开更多
关键词 环状RNA 感染性疾病 肺结核 病毒性肝炎 艾滋病
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Adenosine A2A receptor-expressing neurons in the striatum regulate sleep behaviors
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作者 YUAN Xiang-shan WANG Lu +3 位作者 DONG Hui QU Wei-min li rui-xi HUANG Zhi-li 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1025-1026,共2页
OBJECTIVE The high prevalence of sleep disturbance has been found in patients with striatum-related neurodegenerative disorders.In the striatum,there are abundant adenosine A2A receptors(A2ARs)whichhavebeen reported t... OBJECTIVE The high prevalence of sleep disturbance has been found in patients with striatum-related neurodegenerative disorders.In the striatum,there are abundant adenosine A2A receptors(A2ARs)whichhavebeen reported to mediatesleepbehavior for adenosine.We hypothesized that the A2AR-expressing neurons in the striatum are involved in sleep-wake regulation.METHODS We employed a chemogenetic technique,designer receptor exclusively activated by designer drug(DREADD),to specifically and non-invasively manipulate the neuron activity based on the principle of Cre/Lox P recombination,EEG/electromyogram recording for sleep-wake behaviors,the neural tracing approach toselectively visualize the perikarya of A2AR-expressing neurons and their axons by adeno-associated virus(AAV)encoding humanized Renilla green fluorescent(hr GFP)as a tracerin A2AR-Cre mice.In addition,we used immunoelectron microscopy,patch-clamp technique,and optogenetics in A2AR-Cre mice to selectively characterize the synapse and functional connectivity between the A2AR-expressing neurons and the neuron of their downstream targets in vitro.RESULTS The activation of A2AR-expressing neurons in rostral,centromedial and centrolateral striatum increased non-rapid eye movement(non-REM,NREM)sleep,concomitant with a reduction in wakefulness,whereas the activation of A2AR-expressing neurons in caudal striatum didn′t alter sleep-wake profiles at all.Topographical projections in the sagittal section showed that the axons of A2ARexpressing neurons from rostral striatum distributed in the rostral external globuspallidus(GPe)with a discoidal region paralleled to the striato-pallidal border,while the axons of the A2AR-expressing neurons from the central striatum not only distributed in the rostral GPe,but also in the caudal GPe with a similar distributing pattern as did in rostral neurons.However,the axons of A2ARexpressing neurons from caudal striatum just scattered in the caudal GPe.Based on our anatomical findings and patch-clamp technique combining with optogenetics,we found that A2AR neurons in the rostral striatum preferentially formed inhibitory synapses with parvalbumin(PV)-positive neurons in the rostral GPe,while A2AR neurons in the caudal striatum preferentially formed inhibitory synapses with PV-negative neurons in the caudal GPe.CONCLUSION The present results indicated that the A2AR-expressing neurons in rostral and central striatum are involved in sleep-wake regulation,probably via innervating PV-positive neurons in the GPe. 展开更多
关键词 STRIATUM A2AR neuron SLEEP topographical projection DREADD
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