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洋山深水港海域表层海水中古菌多样性特点
被引量：
4
1
作者
孙国伟
肖劲洲
+4 位作者
陈小兵
王洪明
龚超文
潘迎捷
王永杰
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2014年第5期13-20,共8页
利用DGGE、定量PCR以及16S rRNA基因克隆文库技术对洋山深水港海域表层海水中的古菌多样性组成进行了调查和分析.通过Quantity One软件分析不同样品的DGGE图谱,发现洋山深水港3个不同海域（小洋山港口区、大洋山港口区、中间航道）的古...
利用DGGE、定量PCR以及16S rRNA基因克隆文库技术对洋山深水港海域表层海水中的古菌多样性组成进行了调查和分析.通过Quantity One软件分析不同样品的DGGE图谱,发现洋山深水港3个不同海域（小洋山港口区、大洋山港口区、中间航道）的古菌群落多样性组成不存在明显的区别;利用定量PCR的方法对3个不同样品中的古菌16S rRNA基因拷贝进行计数,发现3个不同海域的古菌16S rRNA基因拷贝数的数量关系为：大洋山海域（（1.69±0.19）×106 copies/mL）＜中间航道（（2.17±0.20）×106 copies/mL）＜小洋山港口区（（2.42±0.22）× 106 copies/mL）,这说明洋山深水港3个不同海域的古菌群落组成是一致的,只是在数量上略有差异,为对该海域古菌的更深入调查研究提供了便利和数据基础.洋山深水港海域表层海水的古菌16S rRNA基因文库分析表明,古菌由三大门类组成：广古菌门（Euryarchaeota）、泉古菌门（Crenarchaeota）和奇古菌门（Thaumarchaeota）.广古菌门所占比例约为26.8％,泉古菌门约为33.0％,奇古菌门约为40.2％.广古菌门含有2个类群,分别是Mathanobacteriales（10.3％）和Marine Group Ⅱ（16.5％）;泉古菌门含有1个类群,为Unidentified Crenarchaeotic Group（33.0％）;奇古菌门含有1个类群,为Marine Group Ⅰ （40.2％）.结果显示,Mathanobacteriales类群和Marine Group Ⅱ类群的比例失调,这可能预示着洋山深水港海域存在油污污染及外来微生物物种入侵的风险.
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关键词
洋山深水港
表层海水
16S
RRNA基因
古菌
多样性
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职称材料
题名
洋山深水港海域表层海水中古菌多样性特点
被引量：
4
1
作者
孙国伟
肖劲洲
陈小兵
王洪明
龚超文
潘迎捷
王永杰
机构
上海海洋大学食品学院
上海水产品加工及贮藏工程技术研究中心
农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室(上海)
出处
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2014年第5期13-20,共8页
基金
国家自然科学基金(41376135)
上海高校特聘教授东方学者岗位计划基金(20101222)
+1 种基金
上海市人才发展基金(2011010)
上海市科委工程中心建设(11DZ2280300)
文摘
利用DGGE、定量PCR以及16S rRNA基因克隆文库技术对洋山深水港海域表层海水中的古菌多样性组成进行了调查和分析.通过Quantity One软件分析不同样品的DGGE图谱,发现洋山深水港3个不同海域（小洋山港口区、大洋山港口区、中间航道）的古菌群落多样性组成不存在明显的区别;利用定量PCR的方法对3个不同样品中的古菌16S rRNA基因拷贝进行计数,发现3个不同海域的古菌16S rRNA基因拷贝数的数量关系为：大洋山海域（（1.69±0.19）×106 copies/mL）＜中间航道（（2.17±0.20）×106 copies/mL）＜小洋山港口区（（2.42±0.22）× 106 copies/mL）,这说明洋山深水港3个不同海域的古菌群落组成是一致的,只是在数量上略有差异,为对该海域古菌的更深入调查研究提供了便利和数据基础.洋山深水港海域表层海水的古菌16S rRNA基因文库分析表明,古菌由三大门类组成：广古菌门（Euryarchaeota）、泉古菌门（Crenarchaeota）和奇古菌门（Thaumarchaeota）.广古菌门所占比例约为26.8％,泉古菌门约为33.0％,奇古菌门约为40.2％.广古菌门含有2个类群,分别是Mathanobacteriales（10.3％）和Marine Group Ⅱ（16.5％）;泉古菌门含有1个类群,为Unidentified Crenarchaeotic Group（33.0％）;奇古菌门含有1个类群,为Marine Group Ⅰ （40.2％）.结果显示,Mathanobacteriales类群和Marine Group Ⅱ类群的比例失调,这可能预示着洋山深水港海域存在油污污染及外来微生物物种入侵的风险.
关键词
洋山深水港
表层海水
16S
RRNA基因
古菌
多样性
Keywords
Yangshan deep-water port
surface seawater
16S rRNA gene
archabacteria
diversity
分类号
Q938 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
洋山深水港海域表层海水中古菌多样性特点
孙国伟
肖劲洲
陈小兵
王洪明
龚超文
潘迎捷
王永杰
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2014
4
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