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基于高通量测序技术探究糖尿病足与健康人组织DNA中的5-羟甲基胞嘧啶变化
被引量：
1
1
作者
马睿瑶
赵景会
+3 位作者
储金林
铁璐
李念东
李琳琳
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2022年第12期1268-1273,共6页
目的 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)作为表观遗传物质被广泛研究,但在糖尿病足的研究中较少。文中旨在研究糖尿病足患者(DFU)和健康志愿者组织基因组DNA中的5hmC的差异变化。方法 收集2021年1~12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者组织6...
目的 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)作为表观遗传物质被广泛研究,但在糖尿病足的研究中较少。文中旨在研究糖尿病足患者(DFU)和健康志愿者组织基因组DNA中的5hmC的差异变化。方法 收集2021年1~12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者组织6例(DFU组)和Normal组织3例(对照组)。提取组织DNA,使用5hmC-Seal技术建立文库和Illumina高通量测序技术测序,筛选差异羟甲基化修饰基因(DhMGs)。采用STRING数据库构建蛋白互作网络,通过Cytoscape3.9.0软件绘制DhMGs的调控网络,并通过CytoHubba功能筛选出关键枢纽基因(Hub基因),采用DAVID数据库对Hub基因进行GO及KEGG富集分析,最后使用qRT-PCR和免疫组化进行验证。结果 共有166个上调基因和262个下调基因,其中包括NDUFB6、GALR1、GDAP1等已知的与糖尿病并发症相关的基因。DhMGs主要分布在内含子、基因间和启动子区域。通过CytoHubba分析可得到10个Hub DhMGs,分别是MAPK14、MAPK11、CDC42、MAP3K1、NCOA1、RAP1B、AGO4、RUNX1、HIF1A、PHC3。对10个Hub基因进行富集分析,在生物过程中涉及到VEGFR信号通路、Ras蛋白信号转导、肌细胞分化的正向调节以及与免疫相关的白细胞介素12分泌的正向调节等;在细胞成分中主要与细胞质、胞液等相关;在分子功能中主要有细分化调控、血管内皮生长因子受体信号通路、髓样细胞分化调控等功能。KEGG分析显示Hub基因主要富集于白细胞跨内皮细胞迁移、有丝分裂原活化蛋白激酶信号通路等。最后通过qRT-PCR和免疫组化实验得出MAPK11和CDC42在DFU组织中的表达水平均明显升高(P<0.05)。结论 糖尿病足和健康人组织DNA的5hmC修饰具有差异,MAPK11和CDC42可能成为DFU潜在的治疗靶点。
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关键词
糖尿病足
5-羟甲基胞嘧啶
有丝分裂原活化蛋白激酶14
有丝分裂原活化蛋白激酶11
细胞分裂周期因子42
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职称材料
糖尿病肾病患者血浆细胞游离DNA中羟甲基化修饰lncRNA的筛选及其ceRNA调控网络构建
2
作者
储金林
马睿瑶
+1 位作者
铁璐
李琳琳
《山东医药》
CAS
2022年第26期1-5,共5页
目的筛选糖尿病肾病(DKD)患者血浆细胞游离DNA(cfDNA)中5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)修饰的关键ln⁃cRNA,并构建其ceRNA调控网络。方法收集14例糖尿病患者和17例DKD患者的血浆样本,利用5hmC-Seal技术对cfDNA进行全基因组5hmC富集,通过加权基因...
目的筛选糖尿病肾病(DKD)患者血浆细胞游离DNA(cfDNA)中5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)修饰的关键ln⁃cRNA,并构建其ceRNA调控网络。方法收集14例糖尿病患者和17例DKD患者的血浆样本,利用5hmC-Seal技术对cfDNA进行全基因组5hmC富集,通过加权基因共表达网络(WGCNA)方法筛选差异关键lncRNA,然后使用Star⁃base预测lncRNA的靶向miRNA,经PCR法验证糖尿病肾病模型小鼠肾组织中可预测出靶向miRNA的相关lncRNA mRNA的表达水平,再通过TargetScan、miRDB预测miRNA的靶向mRNA,使用Metascape对mRNA进行富集分析,运用Cytoscape进行构建内源竞争RNA调控网络。结果DKD组与糖尿病组的差异羟甲基化基因共1644个,WGCNA分析得到关键差异lncRNA 15个。通过数据库预测出下游靶向miRNA的lncRNA有2个,分别为LINC00863和LINC00641,对于DKD的诊断准确性均较高(AUC≥0.8),在DKD小鼠肾组织中验证lncRNA的表达水平与预测结果一致。将预测得到的靶向miRNA的下游mRNA与DKD组织转录组差异基因验证分析得到246个靶mRNA,并成功构建DKD的lncRNA-miRNA-mRNA调节网络。结论从DKD患者血浆cfDNA中筛选得到5hmC修饰的关键差异lncRNA 15个,并对其中有下游靶向miRNA的LINC00863和LINC00641成功构建其ceRNA调控网络;LINC00863和LINC00641可能成为DKD诊断标志物和治疗靶点。
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关键词
糖尿病肾病
5-羟甲基胞嘧啶
长链非编码RNA
加权基因共表达网络分析
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职称材料
题名
基于高通量测序技术探究糖尿病足与健康人组织DNA中的5-羟甲基胞嘧啶变化
被引量：
1
1
作者
马睿瑶
赵景会
储金林
铁璐
李念东
李琳琳
机构
新疆医科大学药学院
北京大学第三附属医院伤口治疗中心
北京大学基础医学院
新疆医科大学医学工程学院
出处
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2022年第12期1268-1273,共6页
基金
新疆维吾尔自治区高校科研计划(XJEDU2021I017)。
文摘
目的 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)作为表观遗传物质被广泛研究,但在糖尿病足的研究中较少。文中旨在研究糖尿病足患者(DFU)和健康志愿者组织基因组DNA中的5hmC的差异变化。方法 收集2021年1~12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者组织6例(DFU组)和Normal组织3例(对照组)。提取组织DNA,使用5hmC-Seal技术建立文库和Illumina高通量测序技术测序,筛选差异羟甲基化修饰基因(DhMGs)。采用STRING数据库构建蛋白互作网络,通过Cytoscape3.9.0软件绘制DhMGs的调控网络,并通过CytoHubba功能筛选出关键枢纽基因(Hub基因),采用DAVID数据库对Hub基因进行GO及KEGG富集分析,最后使用qRT-PCR和免疫组化进行验证。结果 共有166个上调基因和262个下调基因,其中包括NDUFB6、GALR1、GDAP1等已知的与糖尿病并发症相关的基因。DhMGs主要分布在内含子、基因间和启动子区域。通过CytoHubba分析可得到10个Hub DhMGs,分别是MAPK14、MAPK11、CDC42、MAP3K1、NCOA1、RAP1B、AGO4、RUNX1、HIF1A、PHC3。对10个Hub基因进行富集分析,在生物过程中涉及到VEGFR信号通路、Ras蛋白信号转导、肌细胞分化的正向调节以及与免疫相关的白细胞介素12分泌的正向调节等;在细胞成分中主要与细胞质、胞液等相关;在分子功能中主要有细分化调控、血管内皮生长因子受体信号通路、髓样细胞分化调控等功能。KEGG分析显示Hub基因主要富集于白细胞跨内皮细胞迁移、有丝分裂原活化蛋白激酶信号通路等。最后通过qRT-PCR和免疫组化实验得出MAPK11和CDC42在DFU组织中的表达水平均明显升高(P<0.05)。结论 糖尿病足和健康人组织DNA的5hmC修饰具有差异,MAPK11和CDC42可能成为DFU潜在的治疗靶点。
关键词
糖尿病足
5-羟甲基胞嘧啶
有丝分裂原活化蛋白激酶14
有丝分裂原活化蛋白激酶11
细胞分裂周期因子42
Keywords
Diabetic foot
5-hydroxymethylcytosine
MAPK14
MAPK11
CDC42
分类号
R587.1 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
糖尿病肾病患者血浆细胞游离DNA中羟甲基化修饰lncRNA的筛选及其ceRNA调控网络构建
2
作者
储金林
马睿瑶
铁璐
李琳琳
机构
新疆医科大学药学院
北京大学基础医学院药理学系
出处
《山东医药》
CAS
2022年第26期1-5,共5页
基金
北京市科协金桥工程种子资金C类项目(ZZ16019)。
文摘
目的筛选糖尿病肾病(DKD)患者血浆细胞游离DNA(cfDNA)中5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)修饰的关键ln⁃cRNA,并构建其ceRNA调控网络。方法收集14例糖尿病患者和17例DKD患者的血浆样本,利用5hmC-Seal技术对cfDNA进行全基因组5hmC富集,通过加权基因共表达网络(WGCNA)方法筛选差异关键lncRNA,然后使用Star⁃base预测lncRNA的靶向miRNA,经PCR法验证糖尿病肾病模型小鼠肾组织中可预测出靶向miRNA的相关lncRNA mRNA的表达水平,再通过TargetScan、miRDB预测miRNA的靶向mRNA,使用Metascape对mRNA进行富集分析,运用Cytoscape进行构建内源竞争RNA调控网络。结果DKD组与糖尿病组的差异羟甲基化基因共1644个,WGCNA分析得到关键差异lncRNA 15个。通过数据库预测出下游靶向miRNA的lncRNA有2个,分别为LINC00863和LINC00641,对于DKD的诊断准确性均较高(AUC≥0.8),在DKD小鼠肾组织中验证lncRNA的表达水平与预测结果一致。将预测得到的靶向miRNA的下游mRNA与DKD组织转录组差异基因验证分析得到246个靶mRNA,并成功构建DKD的lncRNA-miRNA-mRNA调节网络。结论从DKD患者血浆cfDNA中筛选得到5hmC修饰的关键差异lncRNA 15个,并对其中有下游靶向miRNA的LINC00863和LINC00641成功构建其ceRNA调控网络;LINC00863和LINC00641可能成为DKD诊断标志物和治疗靶点。
关键词
糖尿病肾病
5-羟甲基胞嘧啶
长链非编码RNA
加权基因共表达网络分析
Keywords
diabetic kidney disease
5-hydroxymethylcytosine
long non-coding RNA
weighted gene co-expres⁃sion network analysis
分类号
R915 [医药卫生—微生物与生化药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于高通量测序技术探究糖尿病足与健康人组织DNA中的5-羟甲基胞嘧啶变化
马睿瑶
赵景会
储金林
铁璐
李念东
李琳琳
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2022
1
在线阅读
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职称材料
2
糖尿病肾病患者血浆细胞游离DNA中羟甲基化修饰lncRNA的筛选及其ceRNA调控网络构建
储金林
马睿瑶
铁璐
李琳琳
《山东医药》
CAS
2022
0
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