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题名基于转录组的瑶药半枫荷根和叶的差异分析
被引量：2
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作者
周云
韦玉丹
黄日涛
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机构
广西医科大学药学院
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出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期236-245,共10页
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基金
广西自然科学基金资助项目(2021JJB130122)
大学生创新创业项目(X202310598287,X202310598286)。
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文摘
【目的】瑶药半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)的根和叶均具有祛风通络等功效,但其黄酮类等活性成分存在差异。对半枫荷进行转录组测序,以期获得其根和叶的转录组信息和差异表达基因,对探究半枫荷根和叶的差异表达基因在活性成分合成通路中的表达规律具有重要意义。【方法】利用Illumina对半枫荷根和叶进行转录组测序,并进行生物信息分析以挖掘两者萜类和黄酮类等关键次生代谢产物合成通路的基因表达差异。【结果】59378个差异表达基因归类到GO分类的3个大类中,主要与生物学过程有关(50.59%)。185个差异表达基因注释KOG数据库的24个分类中。81个差异表达基因参与苯丙烷类化合物的生物合成,30个差异表达基因参与黄酮类化合物的生物合成,86个差异表达基因参与萜类化合物的生物合成。【结论】参与黄酮类化合物合成途径的关键酶CHS等均为上调表达,导致根的黄酮类成分多于叶,而CMS、HMGS等关键酶都可能影响半枫荷不同组织中萜类化合物的积累模式。文章获得了半枫荷根和叶的转录组信息特征,为今后半枫荷基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制研究提供依据。
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关键词
半枫荷
转录组
差异表达基因(DEG)
代谢通路
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Keywords
Semiliquidambar cathayensis
transcriptome
differentially expressed genes(DEG)
metabolic pathway
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分类号
R282.12
[医药卫生—中药学]
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