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两种嗜盐古菌中circRNA的鉴定与特征分析
1
作者
雒雯琦
王小林
+2 位作者
杨彦
单革
陈亮
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第4期457-466,共10页
环形RNA(circRNA)是一类特殊的闭合环状RNA,主要由5’末端和3’末端通过反向剪接的方式共价结合形成.在多细胞动物中,circRNA具有一定的进化保守性和组织特异性.古菌作为生物三大领域之一,大多生活在高温、高盐、低氧等极端环境中.对古...
环形RNA(circRNA)是一类特殊的闭合环状RNA,主要由5’末端和3’末端通过反向剪接的方式共价结合形成.在多细胞动物中,circRNA具有一定的进化保守性和组织特异性.古菌作为生物三大领域之一,大多生活在高温、高盐、低氧等极端环境中.对古菌的研究是认知生命进化不可缺少的一环.目前对于古菌circRNA鉴定及特征并没有系统性的研究.选取了地中海富盐菌和西班牙盐盒菌两种嗜盐古菌为研究对象,利用RNA测序(RNA-seq)技术和生物信息学手段,鉴定出两种古菌中circRNA的存在,并深入分析了circRNA的特点;最后以分子生物学手段,对两种嗜盐古菌中部分circRNAs进行验证.在地中海富盐菌中,检测到67个circRNAs;在西班牙盐盒菌中,检测到133个circRNAs.在这两种嗜盐古菌中,circRNA主要源于16S rRNA、23S rRNA、16S rRNA-23S rRNA和蛋白编码基因序列.
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关键词
地中海富盐菌
西班牙盐盒菌
环形RNA
RNA测序
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职称材料
题名
两种嗜盐古菌中circRNA的鉴定与特征分析
1
作者
雒雯琦
王小林
杨彦
单革
陈亮
机构
中国科学技术大学生命科学与医学部
出处
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第4期457-466,共10页
基金
国家杰出青年科学基金(31725016)
国家自然科学基金青年基金(31600657)资助.
文摘
环形RNA(circRNA)是一类特殊的闭合环状RNA,主要由5’末端和3’末端通过反向剪接的方式共价结合形成.在多细胞动物中,circRNA具有一定的进化保守性和组织特异性.古菌作为生物三大领域之一,大多生活在高温、高盐、低氧等极端环境中.对古菌的研究是认知生命进化不可缺少的一环.目前对于古菌circRNA鉴定及特征并没有系统性的研究.选取了地中海富盐菌和西班牙盐盒菌两种嗜盐古菌为研究对象,利用RNA测序(RNA-seq)技术和生物信息学手段,鉴定出两种古菌中circRNA的存在,并深入分析了circRNA的特点;最后以分子生物学手段,对两种嗜盐古菌中部分circRNAs进行验证.在地中海富盐菌中,检测到67个circRNAs;在西班牙盐盒菌中,检测到133个circRNAs.在这两种嗜盐古菌中,circRNA主要源于16S rRNA、23S rRNA、16S rRNA-23S rRNA和蛋白编码基因序列.
关键词
地中海富盐菌
西班牙盐盒菌
环形RNA
RNA测序
Keywords
Haloferax mediterranei
Haloarcula hispanica
circRNA
RNA-seq
分类号
Q522.6 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
两种嗜盐古菌中circRNA的鉴定与特征分析
雒雯琦
王小林
杨彦
单革
陈亮
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
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