期刊文献+
共找到6篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
基于宏基因组学分析构建诊断大肠癌的肠道菌群标签 被引量:5
1
作者 张昕雨 张璟 +2 位作者 朱小强 曹颖颖 陈豪燕 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1019-1026,1019,共8页
目的·根据粪便样本宏基因组学数据建立肠道菌群标签,探索用于筛查与诊断大肠癌的非侵入性方法。方法·共纳入285例样本,根据随机森林分类算法筛选出与大肠癌发生密切相关的特征细菌;利用6种机器学习分类模型建立大肠癌的诊断模... 目的·根据粪便样本宏基因组学数据建立肠道菌群标签,探索用于筛查与诊断大肠癌的非侵入性方法。方法·共纳入285例样本,根据随机森林分类算法筛选出与大肠癌发生密切相关的特征细菌;利用6种机器学习分类模型建立大肠癌的诊断模型,并进行内部和外部验证。结果·首先筛选出了9种与大肠癌发生密切相关的特征细菌,利用这9种细菌建立了6种诊断模型。其中随机森林模型准确率最高(达0.847 7),其在内部验证集和外部验证集中的准确率分别为0.815 8和0.734 4,在全集中受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)为0.894。结论·根据粪便样本的宏基因组学数据,利用随机森林算法建立了由9种细菌组成的诊断大肠癌的菌群标签,能够有效对健康者与大肠癌患者进行区分。 展开更多
关键词 大肠癌 诊断 肠道菌群 机器学习 随机森林
在线阅读 下载PDF
基于单细胞RNA测序的结直肠癌预后预测模型的建立和验证 被引量:2
2
作者 季林华 +6 位作者 童天颖 严宇青 沈超琴 张昕雨 曹颖颖 洪洁 陈豪燕 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期159-165,共7页
目的·基于单细胞RNA测序(single cell RNA sequence,scRNA-seq)技术构建结直肠癌预后预测模型。方法·利用GEO(Gene Expression Omnibus)数据库获取结直肠癌样本的scRNA-seq数据集,筛选与结直肠癌转移相关的差异基因作为预测... 目的·基于单细胞RNA测序(single cell RNA sequence,scRNA-seq)技术构建结直肠癌预后预测模型。方法·利用GEO(Gene Expression Omnibus)数据库获取结直肠癌样本的scRNA-seq数据集,筛选与结直肠癌转移相关的差异基因作为预测模型的候选基因,运用套索回归算法(LASSO)、Logistic回归和Kaplan-Meier生存分析进一步在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中筛选及验证与结直肠癌预后相关的基因集,并建立结直肠癌预后预测模型。通过决策曲线分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估预测模型在临床应用中的价值。结果·利用GEO数据库获取的scRNA-seq数据筛选出30个差异表达基因,进一步在TCGA数据库中利用LASSO回归得到9个关键基因,并以此对每例患者的关键基因表达进行评分。分别在训练集和验证集中对复发和未复发患者的评分进行比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。采用Logistic回归分析将肿瘤原发灶分级(T stage)和是否发生远处转移(M stage)2个独立的临床变量纳入评分-临床变量整合模型。对评分-临床变量整合模型的实际预测价值进行评估,ROC曲线在训练集和验证集的曲线下面积分别为0.775和0.705。结论·基于scRNA-seq结果,构建了较为稳定的结直肠癌预后预测模型,可供临床评估患者预后参考。 展开更多
关键词 单细胞RNA测序 结直肠癌 预后 生物信息学
在线阅读 下载PDF
lnc-MTBP-5在结直肠癌中的表达及其对细胞侵袭能力的影响 被引量:2
3
作者 严宇青 沈超琴 +2 位作者 陈豪燕 洪洁 王震华 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1193-1201,共9页
目的·分析lnc-MTBP-5在结直肠癌中的表达,并探讨其对结直肠癌细胞侵袭能力的影响及可能的作用机制。方法·从SRA(Sequence ReadArchive)数据库提取PRJNA218851和PRJNA376161数据集的生物信息学资料,筛选与结直肠癌转移相关的ln... 目的·分析lnc-MTBP-5在结直肠癌中的表达,并探讨其对结直肠癌细胞侵袭能力的影响及可能的作用机制。方法·从SRA(Sequence ReadArchive)数据库提取PRJNA218851和PRJNA376161数据集的生物信息学资料,筛选与结直肠癌转移相关的lncRNA。在癌症基因组图谱(TCGA)中分析lnc-MTBP-5在结直肠癌和正常组织中的表达差异,与患者预后的关系,及与转移相关因子的相关性。采用实时荧光定量PCR检测lnc-MTBP-5在正常肠上皮细胞和结直肠癌细胞、53例患者的结直肠癌组织及癌旁组织中的表达量。在结直肠癌细胞中下调lnc-MTBP-5后,行CCK-8实验、克隆形成实验和侵袭实验,观察lnc-MTBP-5对结直肠癌细胞增殖和侵袭功能的影响。结果·lnc-MTBP-5和结直肠癌转移相关,且lnc-MTBP-5在5种结直肠癌细胞和结直肠癌组织中均呈高表达。与低表达患者相比,高表达lnc-MTBP-5的结直肠癌患者年龄小、美国癌症联合委员会(AJCC)分期高,且易发生转移。lnc-MTBP-5与结肠癌转移相关因子1(metastasis associated in colon cancer 1,MACC1)、间质上皮转换因子(mesenchymal to epithelial transition factor,MET)、钙黏着蛋白关联蛋白呈正相关。下调lnc-MTBP-5后,结直肠癌细胞的侵袭能力减弱。结论·lnc-MTBP-5在结直肠癌细胞系及结直肠癌组织中表达显著增高,且与患者预后呈负相关。lnc-MTBP-5增强结直肠癌细胞的侵袭能力,该功能可能与MACC1-HGF(hepatocyte growth factor,肝细胞生长因子)/MET通路有关。 展开更多
关键词 lnc-MTBP-5 结直肠癌 细胞侵袭 细胞增殖
在线阅读 下载PDF
SPARC在结直肠癌中的表达及其对细胞侵袭能力影响的机制 被引量:1
4
作者 沈超琴 严婷婷 +2 位作者 陈豪燕 房静远 洪洁 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1127-1134,共8页
目的·分析富含半胱氨酸的酸性蛋白(SPARC)在结直肠癌中的表达,并探讨其对结直肠癌细胞侵袭能力的影响及机制。方法·从GEO数据库中提取GSE9348数据集的生物信息学资料,分析SPARC在结直肠癌和正常结直肠组织中的表达差异。在CE... 目的·分析富含半胱氨酸的酸性蛋白(SPARC)在结直肠癌中的表达,并探讨其对结直肠癌细胞侵袭能力的影响及机制。方法·从GEO数据库中提取GSE9348数据集的生物信息学资料,分析SPARC在结直肠癌和正常结直肠组织中的表达差异。在CEO数据库中提取具有患者临床信息及预后资料的GSE12945数据集,分析SPARC表达水平与结直肠癌患者生存期的关系,并对影响患者预后的危险因素进行单因素Cox生存分析。运用GSEA分析探讨SPARC与结直肠癌进程中生物学通路的关系。运用侵袭实验观察在结直肠癌细胞HT29中下调SPARC后,细胞侵袭能力的改变。采用real-time PCR、Western blotting检测在HT29、HCT116细胞中下调SPARC后上皮间质转化(EMT)相关基因的表达水平。结果·SPARC在结直肠癌组织中的表达显著高于正常结直肠组织(P=0.000)。SPARC高表达患者生存期显著短于低表达患者(P=0.029)。淋巴结转移、远处转移、低分化程度、肿瘤复发以及SPARC高表达是结直肠癌患者生存期的危险因素。GSEA分析显示结直肠癌细胞迁移和创伤愈合通路相关基因在SPARC高表达患者中富集。结直肠癌细胞中下调SPARC能降低细胞侵袭能力并能抑制N-cadherin、TWIST1、SNAIL2等表达。结论·SPARC在结直肠癌中表达增高,且与患者预后呈负相关。SPARC能增强结直肠癌细胞的侵袭能力,可能与SPARC参与细胞间质化改变有关。 展开更多
关键词 结直肠癌 富含半胱氨酸的酸性蛋白 细胞侵袭 细胞迁移 细胞间质化改变
在线阅读 下载PDF
基于非负矩阵分解模型构建胃癌分子分型及预后评估的案例分析 被引量:1
5
作者 曹颖颖 朱小强 陈豪燕 《上海交通大学学报(医学版)》 CSCD 北大核心 2017年第9期1187-1194,共8页
目的·探究基于非负矩阵分解(NMF)模型构建胃癌分子分型对预后评估的作用。方法·从GEO下载胃癌样本转录组芯片数据集分别作为探索集和验证集,挖掘lnc RNA数据集,利用Consensus Cluster Plus软件包构建NMF分子分型模型。评估各... 目的·探究基于非负矩阵分解(NMF)模型构建胃癌分子分型对预后评估的作用。方法·从GEO下载胃癌样本转录组芯片数据集分别作为探索集和验证集,挖掘lnc RNA数据集,利用Consensus Cluster Plus软件包构建NMF分子分型模型。评估各亚组与患者预后及各项临床指标的相关性。结果·基于NMF模型将所有样本分为高危、中危和低危3个亚组。结合临床病理信息,发现复发时间、淋巴结转移阳性率、Lauren分型、TNM分期、发病年龄在3个亚组间的分布差异具有统计学意义。在GSE62254和GSE15459中生存分析提示高危组复发时间更短,多因素Cox风险比例回归分析提示基于NMF模型的分子分型是胃癌预后的独立预测因子。基因集差异分析(GSVA)和基因集富集分析(GSEA)发现高危组富集多个与肿瘤发生相关的通路。结论·基于NMF模型构建的胃癌分子分型对胃癌患者预后评估具有一定的指导意义。 展开更多
关键词 胃癌 分子分型 预后 生物信息学
在线阅读 下载PDF
结直肠癌组织T细胞受体组库多样性与患者临床特征和具核梭形杆菌丰度的关联分析
6
作者 胡慕妮 季林华 +3 位作者 张昕雨 沈超琴 洪洁 陈豪燕 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1045-1052,共8页
目的·探究结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织T细胞受体(T cell receptor,TCR)组库多样性与患者临床特征以及具核梭形杆菌(Fusobacterium nucleatum,Fn)丰度之间的关系。方法·收集63例上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠... 目的·探究结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织T细胞受体(T cell receptor,TCR)组库多样性与患者临床特征以及具核梭形杆菌(Fusobacterium nucleatum,Fn)丰度之间的关系。方法·收集63例上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠外科收治的CRC患者的肿瘤组织及匹配的癌周正常黏膜组织,运用Illumina HiSeq 4000测序平台对符合质量标准的53对组织样本进行深度RNA测序,测序方案为双末端测序(pair-end 150 bp,PE150)。对原始测序数据进行质量控制和基因组注释,并利用TRUST4算法从RNA测序结果中提取肿瘤组织及癌周正常黏膜组织的TCR组库信息。同时对该53对样本16S rDNA的特定序列进行高通量测序分析,通过对测序数据进行质量控制及聚类,获得操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)信息,并基于rdp_16s_v16.fa分类学数据库对OTU进行分类学注释以获取细菌的丰度信息,尤其是Fn的丰度信息。利用immunarch R包分析肿瘤组织及癌周正常黏膜组织TCR组库克隆型和多样性的特点。TCR组库多样性采用Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值曲线等指标评价。根据患者性别、年龄、肿瘤位置、TNM分期等临床特征和Fn丰度因素进行分组,使用Wilcoxon检验比较不同临床特征以及Fn丰度下TCR组库多样性的差异。结果·CRC患者肿瘤组织TCR克隆型的数目低于癌周正常黏膜组织(P=0.000),肿瘤组织Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值显著小于癌周正常黏膜组织(P=0.000)。不同性别、年龄(≥65岁vs<65岁)、TNM分期(Ⅰ/Ⅱ期vsⅢ/Ⅳ期)分组下CRC肿瘤组织Chao1指数以及逆Simpson指数差异无统计学意义(均P>0.05)。发生于直肠部肿瘤的TCR克隆型数目较非直肠部位肿瘤更高(P=0.040)。Fn高负荷的CRC患者TCR组库Chao1指数显著低于Fn低负荷患者(P=0.030)。结论·TCR组库多样性与CRC患者多项临床特征以及Fn的丰度有关,提示其在CRC的发生和发展中具有重要意义。 展开更多
关键词 结直肠癌 T细胞受体 RNA测序 16S rDNA测序 具核梭形杆菌
在线阅读 下载PDF
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部