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题名苋菜LAC基因家族成员全基因组鉴定与表达分析
被引量：1
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作者
姚文
刘苗苗
陈沫池
刘生财
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机构
泉州市农业科学研究所
福建农林大学园艺植物生物工程研究所
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出处
《中国蔬菜》
北大核心
2024年第11期48-56,共9页
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基金
福建省自然科学基金项目(2023J01449)
福建农林大学创新基金项目(KFB23039A)
+1 种基金
福建农林大学乡村振兴社会服务团队项目(11899170125)
泉州市种业创新专项。
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文摘
漆酶作为生物体内一类重要的铜蓝蛋白,起着调控植物生长、抵抗逆境的作用。基于苋菜基因组及转录组数据,对苋菜漆酶基因家族成员(AtrLAC)进行鉴定,利用在线软件进行生物信息学分析,并根据转录组TPM值进行家族成员相对表达分析。结果表明,在苋菜基因组中共筛选获得19个LAC基因;AtrLAC家族蛋白长度范围在118~1191 aa之间,分子量为13.05~135.10 kD;理论等电点范围为6.49~9.85,多数为亲水呈碱性稳定的蛋白;亚细胞定位预测显示多数在细胞膜外或质膜上。系统进化树分析将苋菜19个LAC成员和拟南芥的17个LAC成员聚为6个类群。TPM值分析显示,AtrLACs在不同处理下的表达量存在差异,其中AtrLAC7基因可能在甜菜色素合成、响应激素调控及光条件下发挥重要作用。
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关键词
苋菜
漆酶
基因家族
生物信息学分析
TPM值
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Keywords
Amaranthus tricolor L.
laccase
gene family
bioinformatics analysis
TPM
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分类号
S636.4
[农业科学—蔬菜学]
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