期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
共找到1篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
马铃薯转录组数据中的病毒序列挖掘
1
作者 陈家茹 杨曼华 +5 位作者 陈汝豪 孟繁烨 余涛 柴婷婷 许彬燕 聂碧华 《中国马铃薯》 2024年第1期1-9,共9页
转录组测序数据中包含寄主所感染的病毒序列信息。为分析和验证马铃薯转录组数据中存在的病毒序列,试验收集了关于马铃薯块茎发育、抗病、抗逆等研究的9个马铃薯转录组测序数据样本,过滤掉来源于马铃薯转录本的读段,组装并与病毒数据库... 转录组测序数据中包含寄主所感染的病毒序列信息。为分析和验证马铃薯转录组数据中存在的病毒序列,试验收集了关于马铃薯块茎发育、抗病、抗逆等研究的9个马铃薯转录组测序数据样本,过滤掉来源于马铃薯转录本的读段,组装并与病毒数据库进行本地比对,获得样本中相关病毒序列的种类和数量信息。病毒来源的读段在各样本中普遍存在,占总读段的0.12%~20.24%。这些读段组装得到10种植物病毒,包括9种RNA病毒和1种DNA病毒。其中来源于马铃薯S病毒(Potato virus S,PVS)的序列最多,组装得到28条近全长序列。进一步系统进化分析表明,这些样品中同时存在PVSA和PVSO两种株系类型。此外,通过RT-PCR对转录组数据原始样本中的马铃薯H病毒(Potato virus H,PVH)、马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV)、马铃薯M病毒(Potato virus M,PVM)、PVS、马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)和马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)6种病毒进行检测,结果显示RT-PCR验证结果与测序数据组装结果基本一致。该研究为马铃薯病毒多样性和进化分析提供一种高通量测序的方法。 展开更多
关键词 马铃薯 病毒 高通量测序 转录组 RT-PCR
在线阅读 下载PDF
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
上一页 1 下一页 到第 页
关于我们 | 版权声明 | 联系我们 | 帮助中心| 意见反馈
主办单位：上海市教育委员会
技术支持：重庆维普资讯有限公司
渝公网安备 50019002500403号
使用帮助 返回顶部