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柽柳根际土壤链霉菌Streptomyces sp.TRM76323基因簇分析及代谢产物分离
1
作者
陈乙煌
任佳
+3 位作者
杨浩杰
李缘卓
王建明
罗晓霞
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期1281-1288,共8页
目的利用链霉菌Streptomyces sp.TRM76323的基因组序列信息,分析其次级代谢产物生物合成基因簇并预测其代谢产物,为发现潜在新抗生素奠定基础。方法采用Illumina Novaseq对TRM76323菌株进行全基因组测序,结合antiSMASH、CARD、OrthoFin...
目的利用链霉菌Streptomyces sp.TRM76323的基因组序列信息,分析其次级代谢产物生物合成基因簇并预测其代谢产物,为发现潜在新抗生素奠定基础。方法采用Illumina Novaseq对TRM76323菌株进行全基因组测序,结合antiSMASH、CARD、OrthoFinder、Peppan软件进行基因组分析,进行代谢潜力、抗性基因和基因组差异预测,为指导新的微生物来源的天然产物的发现提供重要的理论指导,并利用现代分离技术获得代谢产物。结果TRM76323菌株的基因组序列由7,338,911 bp组成,G+C含量为72.1%,共31个生物合成基因簇,有糖肽类耐药等抗性基因、分离获得化合物β-羰基-1H-吲哚-3-丙醛、环二肽和邻苯二甲酸二丁酯。结论柽柳根际土壤链霉菌Streptomyces sp.TRM76323有丰富的次级代谢产物生物合成基因簇,能产生多种次级代谢产物,具有进一步发掘新抗生素的价值。
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关键词
柽柳根际
链霉菌
全基因组测序
次级代谢产物
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职称材料
柽柳根际土壤放线菌的分离及拮抗活性筛选
被引量：
1
2
作者
陈乙煌
邢利
+3 位作者
东珍珍
马小梅
黄建军
罗晓霞
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期1790-1797,共8页
【目的】分析柽柳根际土壤放线菌物种多样性,研究其抗菌活性,为新疆主要农牧业病害的防控奠定菌种基础。【方法】选择新疆南疆地区10种柽柳根际土壤的放线菌资源,采用四种培养基,通过菌株16SrDNA测序,采用平板对峙法筛选抗菌活性。【结...
【目的】分析柽柳根际土壤放线菌物种多样性,研究其抗菌活性,为新疆主要农牧业病害的防控奠定菌种基础。【方法】选择新疆南疆地区10种柽柳根际土壤的放线菌资源,采用四种培养基,通过菌株16SrDNA测序,采用平板对峙法筛选抗菌活性。【结果】分离出294株菌株,鉴定的150株,分属于7个纲12个目16科24个属,另有9个潜在新种,以金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、解淀粉欧文氏菌、伤寒沙门氏菌、白色念珠菌、链格孢菌、棉花黄萎病菌、棉花枯萎病菌为靶标菌。【结论】筛选出68株活性放线菌。柽柳根际土壤放线菌的分离丰富了微生物资源及菌种的储备。
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关键词
柽柳根际土壤
放线菌
物种多样性
抗菌活性
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职称材料
黄色链霉菌TRM45540遗传转化系统的构建
3
作者
夏影影
张巧燕
+3 位作者
邢利
陈乙煌
黄建军
罗晓霞
《塔里木大学学报》
2021年第3期33-38,共6页
黄色链霉菌(Streptomycesluteus)TRM45540是分离自新疆罗布泊土壤的高产放线菌素D的链霉菌新物种,为了深入挖掘其基因功能和代谢活性,需要建立该菌株的遗传转化系统。本研究以整合型载体pSET152和自杀型载体pKC1139为出发质粒,ET12567(p...
黄色链霉菌(Streptomycesluteus)TRM45540是分离自新疆罗布泊土壤的高产放线菌素D的链霉菌新物种,为了深入挖掘其基因功能和代谢活性,需要建立该菌株的遗传转化系统。本研究以整合型载体pSET152和自杀型载体pKC1139为出发质粒,ET12567(pUZ8002)为供体菌,TRM45540为受体菌,通过大肠杆菌-链霉菌属间接合转移方法建立TRM45540遗传转化系统。MS培养基为最适产孢培养基和接合子最适生长培养基,TRM45540菌株对安普霉素(APR)、硫链丝菌素(THIO)和卡那霉素(KAN)敏感;TSB培养基为大肠杆菌-黄色链霉菌属间接合转移最适培养基;最适萌发时间为4 h。结果表明:TRM45540菌株接合转移系统通过MS培养基培养收集孢子,将收集的孢子于TSB培养基中50℃热激10 min,37℃萌发4 h后,与供体菌ET12567(pUZ8002)在MS培养基上进行接合转移,接合转移的抗性筛选标记可以采用APR抗性、THIO抗性和KAN抗性。本研究成功构建TRM45540菌株的遗传转化系统,为后期进行遗传转化研究奠定了基础。
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关键词
黄色链霉菌
接合转移
遗传转化
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职称材料
题名
柽柳根际土壤链霉菌Streptomyces sp.TRM76323基因簇分析及代谢产物分离
1
作者
陈乙煌
任佳
杨浩杰
李缘卓
王建明
罗晓霞
机构
塔里木大学生命科学与技术学院
塔里木盆地生物资源保护利用省部共建国家重点实验室
出处
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期1281-1288,共8页
基金
国家自然科学基金项目(No.32360009)
“西部之光”青年学者项目(No.2022-XBQNXZ-019)
+2 种基金
产膦酸类组分生防菌剂的制备与应用(No.TDZKZD202202)
塔里木大学博创项目(No.TDBSCX202302)
大学生创新创业项目(No.202210757017)。
文摘
目的利用链霉菌Streptomyces sp.TRM76323的基因组序列信息,分析其次级代谢产物生物合成基因簇并预测其代谢产物,为发现潜在新抗生素奠定基础。方法采用Illumina Novaseq对TRM76323菌株进行全基因组测序,结合antiSMASH、CARD、OrthoFinder、Peppan软件进行基因组分析,进行代谢潜力、抗性基因和基因组差异预测,为指导新的微生物来源的天然产物的发现提供重要的理论指导,并利用现代分离技术获得代谢产物。结果TRM76323菌株的基因组序列由7,338,911 bp组成,G+C含量为72.1%,共31个生物合成基因簇,有糖肽类耐药等抗性基因、分离获得化合物β-羰基-1H-吲哚-3-丙醛、环二肽和邻苯二甲酸二丁酯。结论柽柳根际土壤链霉菌Streptomyces sp.TRM76323有丰富的次级代谢产物生物合成基因簇,能产生多种次级代谢产物,具有进一步发掘新抗生素的价值。
关键词
柽柳根际
链霉菌
全基因组测序
次级代谢产物
Keywords
Rhizosphere of Tamarix chinensis
Streptomyces
Whole genome sequencing
Secondary metabolites
分类号
R978.1 [医药卫生—药品]
Q939.1 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
柽柳根际土壤放线菌的分离及拮抗活性筛选
被引量：
1
2
作者
陈乙煌
邢利
东珍珍
马小梅
黄建军
罗晓霞
机构
塔里木大学生命科学学院
新疆阿拉尔市十三团农业发展服务中心
出处
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期1790-1797,共8页
基金
新疆生产建设兵团中青年领军人才项目(2019CB030)
区域创新引导计划(2021BB007)。
文摘
【目的】分析柽柳根际土壤放线菌物种多样性,研究其抗菌活性,为新疆主要农牧业病害的防控奠定菌种基础。【方法】选择新疆南疆地区10种柽柳根际土壤的放线菌资源,采用四种培养基,通过菌株16SrDNA测序,采用平板对峙法筛选抗菌活性。【结果】分离出294株菌株,鉴定的150株,分属于7个纲12个目16科24个属,另有9个潜在新种,以金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、解淀粉欧文氏菌、伤寒沙门氏菌、白色念珠菌、链格孢菌、棉花黄萎病菌、棉花枯萎病菌为靶标菌。【结论】筛选出68株活性放线菌。柽柳根际土壤放线菌的分离丰富了微生物资源及菌种的储备。
关键词
柽柳根际土壤
放线菌
物种多样性
抗菌活性
Keywords
rhizosphere soil of Tamarix
actinomycetes
species diversity
antibacterial activity
分类号
Q939.96 [生物学—微生物学]
S482.7 [农业科学—农药学]
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职称材料
题名
黄色链霉菌TRM45540遗传转化系统的构建
3
作者
夏影影
张巧燕
邢利
陈乙煌
黄建军
罗晓霞
机构
塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室
塔里木大学生命科学学院
新疆阿拉尔市十三团农业发展服务中心
出处
《塔里木大学学报》
2021年第3期33-38,共6页
基金
新疆生产建设兵团科技人才计划项目“特殊生境放线菌沉默基因簇的激活”(2019CB030)
国家大学生创新创业训练计划项目“糖霉菌CRISPR/Cas系统的功能验证”(201810757016)。
文摘
黄色链霉菌(Streptomycesluteus)TRM45540是分离自新疆罗布泊土壤的高产放线菌素D的链霉菌新物种,为了深入挖掘其基因功能和代谢活性,需要建立该菌株的遗传转化系统。本研究以整合型载体pSET152和自杀型载体pKC1139为出发质粒,ET12567(pUZ8002)为供体菌,TRM45540为受体菌,通过大肠杆菌-链霉菌属间接合转移方法建立TRM45540遗传转化系统。MS培养基为最适产孢培养基和接合子最适生长培养基,TRM45540菌株对安普霉素(APR)、硫链丝菌素(THIO)和卡那霉素(KAN)敏感;TSB培养基为大肠杆菌-黄色链霉菌属间接合转移最适培养基;最适萌发时间为4 h。结果表明:TRM45540菌株接合转移系统通过MS培养基培养收集孢子,将收集的孢子于TSB培养基中50℃热激10 min,37℃萌发4 h后,与供体菌ET12567(pUZ8002)在MS培养基上进行接合转移,接合转移的抗性筛选标记可以采用APR抗性、THIO抗性和KAN抗性。本研究成功构建TRM45540菌株的遗传转化系统,为后期进行遗传转化研究奠定了基础。
关键词
黄色链霉菌
接合转移
遗传转化
Keywords
Streptomyces luteus
conjugal transfer
genetic transformation
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
柽柳根际土壤链霉菌Streptomyces sp.TRM76323基因簇分析及代谢产物分离
陈乙煌
任佳
杨浩杰
李缘卓
王建明
罗晓霞
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
柽柳根际土壤放线菌的分离及拮抗活性筛选
陈乙煌
邢利
东珍珍
马小梅
黄建军
罗晓霞
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
黄色链霉菌TRM45540遗传转化系统的构建
夏影影
张巧燕
邢利
陈乙煌
黄建军
罗晓霞
《塔里木大学学报》
2021
0
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