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2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析
被引量：
1
1
作者
阮嘉雯
胡鹏威
+6 位作者
蒋潘虹
鞠长燕
刘楚云
袁梦
段永翔
陈辉
俞慕华
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期35-41,共7页
目的了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异。方法对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析。结果获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷...
目的了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异。方法对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析。结果获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷酸(氨基酸)同源性为99.80%~99.98%(99.64%~99.93%),在进化树上处于同一分支,与广州2018年肺炎病人中获得的MK334046.1毒株距离最近。氨基酸变异分析表明结构蛋白中S、M蛋白变异性较大。与B基因型参考株对比发现,S蛋白中发现2处氨基酸位点变异:位于散发疫情毒株S1蛋白NTR区L196F和位于聚集性疫情毒株S2蛋白A946S。N-糖基化位点预测发现S蛋白N-糖基化位点有10个,M蛋白N-糖基化位点有2个。结论本研究中的4株冠状病毒源自广州毒株的可能性大,在一定程度上可为HCoV-NL63防控工作提供生物学溯源依据。
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关键词
呼吸道感染
HCOV-NL63
全基因组测序
系统进化分析
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职称材料
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异的研究进展
被引量：
10
2
作者
蒋潘虹
阮嘉雯
+1 位作者
俞慕华
卢次勇
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期157-164,共8页
2019年12月底,湖北省武汉市暴发了由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的肺炎疫情。迄今为止,该病毒引起的疫情仍在全球流行,累计感染人数超1.8亿。随着SARS-CoV-2在人群间的不断传播,其基因组不断发生变异,从SARS-CoV-2首次出现S蛋白D614G...
2019年12月底,湖北省武汉市暴发了由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的肺炎疫情。迄今为止,该病毒引起的疫情仍在全球流行,累计感染人数超1.8亿。随着SARS-CoV-2在人群间的不断传播,其基因组不断发生变异,从SARS-CoV-2首次出现S蛋白D614G突变到被世界卫生组织列为关切的Alpha、Beta、Gamma、Delta突变株以及其他一些受关注的突变株。新变异株的不断出现,引起大众广泛的关注。因此本文将从SARS-CoV-2的基因组结构及功能、国际上主要流行的变异株的一些特点、SARS-CoV-2疫苗对变异株保护结果以及应对SARS-CoV-2变异的疫苗策略等方面进行简要概述。
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关键词
新型冠状病毒肺炎
新型冠状病毒
突变
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职称材料
题名
2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析
被引量：
1
1
作者
阮嘉雯
胡鹏威
蒋潘虹
鞠长燕
刘楚云
袁梦
段永翔
陈辉
俞慕华
机构
深圳市南山区疾病预防控制中心
中山大学公共卫生学院
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期35-41,共7页
基金
深圳市“医疗卫生三名工程”引进高层次医学团队项目(No.SZSM201803081)
深圳市南山区2020年科技计划项目(医疗卫生类)(No.2020013)
深圳市南山区医学重点学科项目(病原生物学)联合资助。
文摘
目的了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异。方法对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析。结果获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷酸(氨基酸)同源性为99.80%~99.98%(99.64%~99.93%),在进化树上处于同一分支,与广州2018年肺炎病人中获得的MK334046.1毒株距离最近。氨基酸变异分析表明结构蛋白中S、M蛋白变异性较大。与B基因型参考株对比发现,S蛋白中发现2处氨基酸位点变异:位于散发疫情毒株S1蛋白NTR区L196F和位于聚集性疫情毒株S2蛋白A946S。N-糖基化位点预测发现S蛋白N-糖基化位点有10个,M蛋白N-糖基化位点有2个。结论本研究中的4株冠状病毒源自广州毒株的可能性大,在一定程度上可为HCoV-NL63防控工作提供生物学溯源依据。
关键词
呼吸道感染
HCOV-NL63
全基因组测序
系统进化分析
Keywords
respiratory infection
HCoV-NL63
whole genome sequence
phylogenetic analysis
分类号
R373.19 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异的研究进展
被引量：
10
2
作者
蒋潘虹
阮嘉雯
俞慕华
卢次勇
机构
中山大学公共卫生学院
深圳市南山区疾病预防控制中心
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期157-164,共8页
基金
深圳市“医疗卫生三名工程”引进高层次医学团队项目(No.SZSM201803081)
深圳市南山区2020年科技计划项目(医疗卫生类)
深圳市南山区医学重点学科项目(病原生物学)联合资助。
文摘
2019年12月底,湖北省武汉市暴发了由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的肺炎疫情。迄今为止,该病毒引起的疫情仍在全球流行,累计感染人数超1.8亿。随着SARS-CoV-2在人群间的不断传播,其基因组不断发生变异,从SARS-CoV-2首次出现S蛋白D614G突变到被世界卫生组织列为关切的Alpha、Beta、Gamma、Delta突变株以及其他一些受关注的突变株。新变异株的不断出现,引起大众广泛的关注。因此本文将从SARS-CoV-2的基因组结构及功能、国际上主要流行的变异株的一些特点、SARS-CoV-2疫苗对变异株保护结果以及应对SARS-CoV-2变异的疫苗策略等方面进行简要概述。
关键词
新型冠状病毒肺炎
新型冠状病毒
突变
Keywords
COVID-19
SARS-CoV-2
mutation
分类号
R373.1 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析
阮嘉雯
胡鹏威
蒋潘虹
鞠长燕
刘楚云
袁梦
段永翔
陈辉
俞慕华
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异的研究进展
蒋潘虹
阮嘉雯
俞慕华
卢次勇
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
10
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