武定鸡群体遗传变异的微卫星标记分析 被引量：11

1

作者 钱林东 陈涛 +4 位作者 霍金龙 田应华 杨有昌 杨泽宇 苗永旺 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第5期651-656,共6页

武定鸡是一个能适应高寒和冷凉气候的地方鸡种,以其肥育性能好,沉积脂肪能力强,肉质鲜嫩等特性而著称。为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构状况,筛选了分别位于家鸡22条染色体上的25对微卫星引物,对武定鸡53个个体进行了检测分析... 武定鸡是一个能适应高寒和冷凉气候的地方鸡种,以其肥育性能好,沉积脂肪能力强,肉质鲜嫩等特性而著称。为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构状况,筛选了分别位于家鸡22条染色体上的25对微卫星引物,对武定鸡53个个体进行了检测分析。共检测到107个等位基因片段,每个座位等位基因数目从2到6个不等,平均等位基因数为4.28,该鸡群体平均杂合度(H)和多态信息含量(PIC)分别为0.695 7,0.638 2。所得结果表明:武定鸡群体内存在较为丰富的遗传变异,具有较高的选择潜力。 展开更多

关键词 武定鸡 微卫星标记 遗传变异 多态信息含量 杂合度

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利用微卫星DNA标记进行黄牛的亲子鉴定 被引量：13

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作者 钱林东 张自芳 +3 位作者 田应华 袁峰 钱坤 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期69-74,共6页

亲子鉴定在畜牧业生产中具有重要实际应用价值,常见其用于建立准确的系谱档案和家畜归属的诉讼案件。其中标准的三联体(即在母子关系是已知的情况下,鉴定假设父亲与子畜是否有亲生关系)和单亲[即父子(女)或母子(女)亲生关系的确定]两种... 亲子鉴定在畜牧业生产中具有重要实际应用价值,常见其用于建立准确的系谱档案和家畜归属的诉讼案件。其中标准的三联体(即在母子关系是已知的情况下,鉴定假设父亲与子畜是否有亲生关系)和单亲[即父子(女)或母子(女)亲生关系的确定]两种情况下的亲子鉴定在畜牧生产中具有普遍意义。以云南文山黄牛为试验材料,采用10对常染色体微卫星DNA标记对这两种情况下的亲子关系进行了检测分析。结果表明,常染色体微卫星DNA标记在标准的三联体和单亲两种情况下都能用来进行亲子鉴定,结果较准确,但标准三联体情况下的亲子鉴定更准确。确定的不同模式下亲子鉴定的方法,可为家养动物亲子鉴定标准方法和流程的建立提供依据。 展开更多

关键词 DNA标记 微卫星DNA 亲子鉴定

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云南文山黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量：3

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作者 钱林东 李大林 +4 位作者 张自芳 陆润峰 侬胜虎 田应华 凌军 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期622-625,共4页

为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位... 为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.024 16;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富。聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统。 展开更多

关键词 文山黄牛 线粒体DNA D-LOOP 单倍型 遗传变异

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大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡mtDNA D-loop遗传多样性分析 被引量：12

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作者 欧阳依娜 阮谦 +4 位作者 钱林东 孙利民 张永云 滕晓红 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2017年第1期70-77,共8页

大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡是近年在云南发现的地方鸡遗传资源,具有优良的种质特性,为了阐明其群体遗传背景,采用mtDNA D-loop区序列为遗传标记,对采自3个地方鸡的共257个样品进行了检测分析。结果表明:大围山微型鸡、云龙... 大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡是近年在云南发现的地方鸡遗传资源,具有优良的种质特性,为了阐明其群体遗传背景,采用mtDNA D-loop区序列为遗传标记,对采自3个地方鸡的共257个样品进行了检测分析。结果表明:大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡的单倍型多样度分别为0.083±0.018、0.851±0.029和0.784±0.039;核苷酸多样度分别为0.014 67±0.000 45、0.013 42±0.000 80、0.011 66±0.001 55;群体内遗传距离分别为0.014±0.003、0.014±0.003、0.012±0.003。中介网络分析显示:本研究检测的257个样品分布在A、B、C、D、E、F和G等7个世系中,其中大围山微型鸡包含A、B、C、D、E、F和G等7个世系,B、D世系为其主要世系;云龙矮脚鸡包含A、B、C、E、F和G等6个世系,E世系为其主要世系;拉伯高脚鸡包含A、B、E和G等4个世系,G世系为其主要世系。AMOVA分析表明:3个群体间遗传分化指数(Fst)分别为0.120 84、0.239 46、0.263 68(P<0.01),群体内遗传变异占80.61%,群体间变异为19.39%(P<0.01)。本研究结果揭示3个地方鸡群体遗传多样性较丰富,都含有多个母系血统,支持家鸡多个母系起源的观点,但它们之间存在较大的遗传分化。 展开更多

关键词 大围山微型鸡 云龙矮脚鸡 拉伯高脚鸡 MTDNA D-LOOP 遗传多样性 遗传分化

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滇东南水牛线粒体DNA控制区遗传多样性分析 被引量：5

5

作者 张自芳 刘丽仙 +5 位作者 钱林东 李卓然 陆润峰 侬胜虎 李大林 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期49-54,共6页

为了从母系遗传角度阐明滇东南水牛的群体遗传特征,本文采用PCR产物直接测序的方法对随机采集的35头滇东南水牛样品的线粒体DNA控制区序列进行了检测,并结合已发表的数据对所得序列进行了群体遗传和系统发育分析。结果在滇东南水牛中共... 为了从母系遗传角度阐明滇东南水牛的群体遗传特征,本文采用PCR产物直接测序的方法对随机采集的35头滇东南水牛样品的线粒体DNA控制区序列进行了检测,并结合已发表的数据对所得序列进行了群体遗传和系统发育分析。结果在滇东南水牛中共检测到47个核苷酸多态位点,其中单一变异位点8个,简约信息位点39个,共定义了17种单倍型。在所分析的滇东南水牛序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别为28.0%,25.5%,31.7%,14.8%,单倍型多样度为0.815±0.066,核苷酸多样度为0.011 34±0.003 06,序列间平均核苷酸差异数是9.926,群体内遗传距离为0.011±0.002。系统发育和遗传差异分析显示:滇东南水牛与河流型水牛存在较大差异,检测的所有个体均属于沼泽型水牛mtDNA世系,但其由A和B两个支系组成,B支系又可进一步分为B1和B2两个亚支系。结果表明,滇东南水牛mtDNA遗传多样性较低,其存在两个母系血统来源,受河流型水牛基因渗入较小。 展开更多

关键词 滇东南水牛 MTDNA D-LOOP 遗传多态性 遗传分化

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腾冲雪鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量：5

6

作者 王荣琼 张自芳 +3 位作者 黄静 钱林东 滕晓红 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2021年第1期75-81,共7页

【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱... 【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.2%、29.8%、27.3%和12.6%,序列A+T平均含量为57.6%;共检测到33个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的6.35%,其中4个为单一信息位点,29个为简约信息位点,数据突变形式主要为转换。在该群体中共发现21种单倍型,单倍型多样度(H)为0.890±0.011,核苷酸多样度(π值)为0.01641±0.00028,序列间平均核苷酸差异数和整个群体平均遗传多样性分别为8.534和0.017±0.004。系统发育分析显示:腾冲雪鸡包含A、B、E、F和G 5个母系世系,各世系所占的比例分别为25.00%、20.83%、15.28%、30.56%和8.33%。【结论】揭示腾冲雪鸡遗传多样性丰富,在世系组成比例上有别于云南其他地方鸡,且与它们有一定遗传分化。 展开更多

关键词 腾冲雪鸡 mtDNA D-loop 遗传多样性 母系世系 遗传分化

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猪α干扰素基因克隆、进化及表达特性分析 被引量：4

7

作者 霍海龙 陈园园 +6 位作者 王配 刘丽仙 王淑燕 张永云 王锐 钱林东 霍金龙 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期382-388,共7页

为深入研究α干扰素在猪体内的调节和功能,本研究以猪为实验动物,通过RT-PCR扩增得到α干扰素基因全长编码区序列,提交Gen Bank数据库,获得登录号为"JQ839262"。生物信息学分析显示,该基因编码189个氨基酸,预测蛋白分子量为21... 为深入研究α干扰素在猪体内的调节和功能,本研究以猪为实验动物,通过RT-PCR扩增得到α干扰素基因全长编码区序列,提交Gen Bank数据库,获得登录号为"JQ839262"。生物信息学分析显示,该基因编码189个氨基酸,预测蛋白分子量为21.32 ku,等电点为6.37。蛋白质结构分析得出,IFN-α存在1个保守域,无跨膜结构,存在信号肽。疏水性分析显示其N端疏水,C端亲水。亚细胞定位显示,该蛋白分泌到细胞周质的概率为92.2%。系统进化分析表明,猪与牛、山羊的亲缘关系较近。同时通过荧光定量PCR法检测了α干扰素基因mRNA在猪13个组织中的表达量,发现在皮肤、肺、肌肉、心、脾中表达量较高。本研究为进一步研究猪α干扰素基因的表达调控奠定研究基础。 展开更多

关键词 α干扰素基因 荧光定量PCR 序列分析 组织表达

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恩诺沙星微囊的制备及急性毒性试验 被引量：3

8

作者 卢素云 钱林东 +3 位作者 王文梅 繆金素 董伟 孙志良 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2014年第12期99-103,共5页

采用乳剂制备技术与微囊制备技术相结合的方法,以甲基纤维素和可溶性淀粉为囊材,制备了恩诺沙星微囊。结果表明,制备的恩诺沙星微囊分散状态良好,平均粒径为47.6μm,粒径分布在20μm^70μm范围内的微囊占88%,载药量为12.5%±0.40%,... 采用乳剂制备技术与微囊制备技术相结合的方法,以甲基纤维素和可溶性淀粉为囊材,制备了恩诺沙星微囊。结果表明,制备的恩诺沙星微囊分散状态良好,平均粒径为47.6μm,粒径分布在20μm^70μm范围内的微囊占88%,载药量为12.5%±0.40%,具有一定的缓释作用。急性毒性试验结果显示恩诺沙星微囊的LD50为5 968.81mg/kg,95%可信限为5 164.06mg/kg^6 978.86mg/kg,表明恩诺沙星微囊毒性很低,可以进行药效学试验研究。 展开更多

关键词 恩诺沙星 乳剂 微囊 稳定性 急性毒性

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大额牛群体遗传多样性的微卫星标记分析 被引量：2

9

作者 田应华 霍金龙 +7 位作者 李石友 霍海龙 钱林东 徐英 凌军 杨有昌 法林荣 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期41-47,共7页

利用26对黄牛微卫星引物,对分别来自云南省泸水县凤凰山大额牛保种区和贡山县独龙野牛种源保护基地的2个大额牛群体进行遗传变异分析,研究其群体内的遗传变异和群体间的遗传分化。结果共检测到105个等位基因,每个座位的等位基因数从2～... 利用26对黄牛微卫星引物,对分别来自云南省泸水县凤凰山大额牛保种区和贡山县独龙野牛种源保护基地的2个大额牛群体进行遗传变异分析,研究其群体内的遗传变异和群体间的遗传分化。结果共检测到105个等位基因,每个座位的等位基因数从2～6不等,所有座位平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.038 5±0.999 9,3.139 3±0.950 7,0.649 0±0.124 6和0.590 4±0.133 4,表明大额牛群遗传多样性比较丰富。F统计量、基因流、Nei氏遗传距离和遗传相似系数等值反映出两个群体遗传差异较小,遗传分化不明显,遗传一致性较大。 展开更多

关键词 大额牛 微卫星标记 遗传多样性 遗传分化

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牛科物种FEZF2基因分子特征、功能预测及进化分析 被引量：1

10

作者 保志鹏 涂兴调 +4 位作者 张自芳 谷丽娇 范新阳 钱林东 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期574-586,共13页

【目的】揭示牛科物种FEZF2基因的功能及其差异。【方法】从NCBI和Ensembl数据库下载牛科主要家畜FEZF2基因序列及用于比较的非牛科物种的同源序列,采用生物信息学和比较基因组学方法对牛科家畜FEZF2基因的结构、编码蛋白的理化特征、... 【目的】揭示牛科物种FEZF2基因的功能及其差异。【方法】从NCBI和Ensembl数据库下载牛科主要家畜FEZF2基因序列及用于比较的非牛科物种的同源序列,采用生物信息学和比较基因组学方法对牛科家畜FEZF2基因的结构、编码蛋白的理化特征、氨基酸组成、基序和保守结构域、高级结构、参与的生物学路径、分子功能及进化关系进行比较分析。【结果】牛科动物间FEZF2基因转录区的结构存在差异,表现为非翻译区和内含子的序列长度不一致,但它们的编码序列(coding sequence,CDS)结构模式一致,与非牛科动物的CDS结构具有共线性关系。牛科动物FEZF2蛋白都是在核内发挥生物学功能的亲水性蛋白,无信号肽序列及跨膜结构域,都含有1个COG5048保守的锌指结构域。预测显示:FEZF2蛋白参与的生物学过程主要与神经元发育调节有关,分子功能主要是与染色质结合、转录激活或抑制有关。牛科与非牛科哺乳动物的FEZF2序列都存在1个连续的甘氨酸序列重复区,水牛、牦牛、绵羊和山羊均为13G型,但普通牛和瘤牛存在12G和13G两个等位基因。各牛科物种FEZF2蛋白在氨基酸组成、序列一致性、理化特征、基序、结构域和高级结构上存在相似性,但在牛科的不同属间存在一定差异。系统发育分析显示:牛科同属动物的FEZF2蛋白遗传关系较近。【结论】本研究揭示牛科家畜间FEZF2基因CDS的结构模式高度一致;FEZF2作为核内功能蛋白可能参与了牛科物种的神经元发育和机体免疫等过程的基因表达调控。 展开更多

关键词 牛科物种 FEZF2基因 分子特征 基因功能 生物信息学与比较基因组学分析

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我国牛肉质量控制的关键措施 被引量：1

11

作者 张自芳 施忠芬 +2 位作者 张怀辉 钱林东 彭洁 《食品界》 2019年第4期38-38,共1页

牛肉是中国人重要的食物来源,如何才能保证牛肉质量和安全性一直以来都是我们关注的问题,在实际工作中,牛肉质量控制的各个环节都存在不足之处,因而本课题的研究具有一定的现实意义。

关键词 牛肉质量 质量控制 食物来源 中国人 安全性

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大额牛和牦牛胃型LYZ c基因多态性及其对消化功能的适应性分析

12

作者 范新阳 张自芳 +4 位作者 邱立华 钱林东 刘丽仙 张永云 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2018年第5期858-866,共9页

【目的】为了阐明大额牛和牦牛胃型LYZ c基因的多态性及其对消化功能的适应。【方法】采用PCR产物直接测序技术,对35头大额牛和33头牦牛样品胃型LYZ c基因完整编码区序列进行了变异检测,并结合已发表的牛科物种同源序列进行了其对消化... 【目的】为了阐明大额牛和牦牛胃型LYZ c基因的多态性及其对消化功能的适应。【方法】采用PCR产物直接测序技术,对35头大额牛和33头牦牛样品胃型LYZ c基因完整编码区序列进行了变异检测,并结合已发表的牛科物种同源序列进行了其对消化功能的适应性分析。【结果】在大额牛群体内共发现6个SNP位点,分别为c.196G>A、c.267T>C、c.270C>T、c.396C>T、c.423C>T和c.438C>G。在牦牛群体内共发现10个SNP位点,其中6个与大额牛共享,非共享的SNP位点分别为c.336G>C、c.348T>G、c.351T>C和c.375A>C。SNP196和SNP348为异义替换,引起p.G66S和p.H116Q氨基酸替换,但它们对大额牛和牦牛LYZ c的功能没有影响。在大额牛LYZ c基因中,共定义6种单倍型,确定了2种LYZ c蛋白变异体(Gayal 1和Gayal 2);而在牦牛LYZ c基因中,共定义12种单倍型,确定了3种LYZ c变异体(Yak 1～Yak 3);变异体Gayal 1与Yak 3、Gayal 2与Yak 1相同,而变异体Yak 2为牦牛独有。大额牛、牦牛和普通牛胃型LYZ c变异体之间在氨基酸组成、理化特性与结构上基本一致,但大额牛和牦牛变异体LYZ c等电点比普通牛S3型LYZ c更低。【结论】大额牛和牦牛胃型LYZ c蛋白可能更适合胃中的酸性环境,具有分解胃中微生物的功能。 展开更多

关键词 大额牛和牦牛 胃型LYZ C基因 消化酶 序列分析 适应性分析

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槟榔江水牛ACVR1基因分离鉴定及表达谱分析

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作者 杨云 张自芳 +4 位作者 江明星 钱林东 胡瑀 哈福 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2019年第2期247-254,共8页

【目的】ACVR1作为一些TGF-β超家族成员信号通路的I型受体之一,在器官形成和细胞分化及卵泡形成等调控事件中扮演重要角色。迄今,有关ACVR1基因的研究主要集中在人上,有关水牛ACVR1基因的研究尚未见报道。【方法】采用RT-PCR测序法对... 【目的】ACVR1作为一些TGF-β超家族成员信号通路的I型受体之一,在器官形成和细胞分化及卵泡形成等调控事件中扮演重要角色。迄今,有关ACVR1基因的研究主要集中在人上,有关水牛ACVR1基因的研究尚未见报道。【方法】采用RT-PCR测序法对槟榔江水牛ACVR1基因的编码区序列进行了分离鉴定,进一步对之进行了功能生物信息学和表达谱分析。【结果】水牛ACVR1基因编码区全长1 530 bp,编码1个由509个氨基酸残基构成的多肽。水牛ACVR1为弱亲水性蛋白,含有1个信号肽和跨膜区,定位在质膜上;该蛋白含有Activin_recp、TGF_beta_GS和STKc_ACVR1_ALK1三个保守结构域,其二级结构、三维结构与人的ACVR1极为相似。水牛的ACVR1与普通牛、野牦牛、人和猪等8个物种的ACVR1氨基酸序列间一致性99%。在所检测的水牛9个组织中,ACVR1基因在肝脏、脾脏、肾、瘤胃、卵巢、子宫和睾丸中均表达,其中在卵巢和子宫中表达水平最高。【结论】水牛的ACVR1与其他物种的ACVR1具有相近的氨基酸组成和结构特征,其作为BMP、AMH信号通路的I型共享受体,可能参与了水牛的细胞分化及卵泡形成等调控事件。 展开更多

关键词 槟榔江水牛 ACVR1基因 理化特性 生物信息学分析 基因表达谱

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利用微卫星标记分析迪庆黄牛的遗传多样性

14

作者 田应华 钱林东 +4 位作者 凌军 霍金龙 祁宏 刘丽仙 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期842-845,共4页

采用分布在黄牛基因组15条染色体上的15个微卫星标记对迪庆黄牛60个样品进行了群体遗传变异检测分析。共检测到63个等位基因,每个座位的等位基因数从2～6不等,有效等位基因数在2.0000～4.0000之间,平均每个座位等位基因数（4.2000±... 采用分布在黄牛基因组15条染色体上的15个微卫星标记对迪庆黄牛60个样品进行了群体遗传变异检测分析。共检测到63个等位基因,每个座位的等位基因数从2～6不等,有效等位基因数在2.0000～4.0000之间,平均每个座位等位基因数（4.2000±0.8619）个,有效等位基因数（3.5529±0.5312）个,群体平均表观杂合度、期望杂合度及平均多态信息含量分别为0.9958±0.0161,0.7098±0.0637和0.6573±0.0851。结果表明,迪庆黄牛群体遗传变异丰富。 展开更多

关键词 迪庆黄牛 微卫星标记 杂合度 多态信息含量

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猪硒缺乏病的诊治与体会

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作者 张自芳 钱林东 《中国畜禽种业》 2011年第2期81-82,共2页

猪硒缺乏病是由微量元素硒缺乏而引起的猪的一种营养代谢障碍性疾病,俗称＂白肌病＂。临床上以发病、死亡猪的骨骼肌、心肌、肝脏的变性和坏死及渗出性素质为特征。硒缺乏病已是世界范围的一种动物病,我国黑龙江、吉林、辽宁、内蒙、华... 猪硒缺乏病是由微量元素硒缺乏而引起的猪的一种营养代谢障碍性疾病,俗称＂白肌病＂。临床上以发病、死亡猪的骨骼肌、心肌、肝脏的变性和坏死及渗出性素质为特征。硒缺乏病已是世界范围的一种动物病,我国黑龙江、吉林、辽宁、内蒙、华北、西北、西南都有本病发生。猪日粮中含硒低于0.02ug/㎏或0.06ug/㎏,而日粮中同时缺乏VE时,即可发生硒缺乏病。 展开更多

关键词 硒缺乏病 猪日粮 诊治 营养代谢障碍 渗出性素质 微量元素 世界范围 白肌病

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河流型与沼泽型水牛STAT5A基因序列多态性分析 被引量：2

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作者 卢武洲 钱林东 +4 位作者 欧阳依娜 毕润 张慧芳 袁峰 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期210-218,共9页

信号转导与转录激活因子家族(STATs)是一组介导靶细胞内多种肽类激素和细胞因子活性的转录因子。因此,STAT5A基因近年被确定为一个与普通奶牛泌乳性状相关的候选基因,但目前在水牛中该基因的研究报道还比较少。本研究采用PCR产物直接测... 信号转导与转录激活因子家族(STATs)是一组介导靶细胞内多种肽类激素和细胞因子活性的转录因子。因此,STAT5A基因近年被确定为一个与普通奶牛泌乳性状相关的候选基因,但目前在水牛中该基因的研究报道还比较少。本研究采用PCR产物直接测序技术对60头河流型水牛和300头沼泽型水牛样品的STAT5A基因外显子7,8,9,13和16序列及内含子8序列、内含子16部分序列进行了群体变异检测,并对检测结果进行了群体遗传和比较基因组学分析。在水牛STAT5A基因中共检测到12个SNP位点,其中在外显子中检测到4个SNP位点,内含子中检测到8个SNP位点。在外显子8和外显子13中各检测到2个SNP位点,在外显子8中为c.924C>T和c.975C>T替换,在外显子13中为c.1485A>G和c.1551C>T替换。它们均为同义替换,只存在于河流型水牛中。在内含子8中检测到7个SNP位点,在内含子16中检测到1个SNP位点。在内含子中检测到的SNP位点全部存在于河流型水牛中,在沼泽型水牛中只存在其中的2个SNP位点(c.989+144G>T,c.989+177A>G)。本文结果揭示河流型与沼泽型水牛STAT5A基因SNP位点群体遗传组成不同,在河流型水牛中检测到的SNP位点大多在沼泽型水牛中已纯合。比较基因组学分析显示,水牛与普通牛、牦牛和绵羊的STAT5A基因序列差异较大,水牛具有不同的SNP位点分布模式,但水牛与普通牛和牦牛在氨基酸序列水平上差异较小。 展开更多

关键词 水牛 STAT5A基因 多态性 比较基因组学分析

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雉鸡微卫星DNA标记筛选及孔雀绿雉鸡群体遗传变异分析 被引量：2

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作者 高姗姗 付琳 +8 位作者 袁峰 欧阳依娜 唐正红 普丽萍 田应华 钱林东 赵跃 李石友 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期677-683,共7页

利用33个家鸡微卫星DNA标记对孔雀绿雉鸡基因组DNA进行种间扩增,筛选可用于雉鸡群体分析的遗传标记.共筛选出能扩增出特异性条带的7对引物,具有较丰富的多态性,分别是MCW0294,MCW0285,MCW0328,MCW0134,MCW0330,MCW0097,LEI0075.利用这7... 利用33个家鸡微卫星DNA标记对孔雀绿雉鸡基因组DNA进行种间扩增,筛选可用于雉鸡群体分析的遗传标记.共筛选出能扩增出特异性条带的7对引物,具有较丰富的多态性,分别是MCW0294,MCW0285,MCW0328,MCW0134,MCW0330,MCW0097,LEI0075.利用这7个遗传标记对孔雀绿雉鸡选育的母本群体（P）——美国七彩山鸡及其F3和F8群体进行群体变异检测.结果表明：各基因座位的等位基因数为2～4个;P,F3和F8群体平均期望杂合度分别为0.52,0.59,0.53,平均多态信息含量分别为0.438 8,0.505 2,0.461 2;F8与P群体Nei氏遗传距离为0.015 8,与F3群体之间Nei氏遗传距离为0.123 4.结果显示孔雀绿雉鸡F8群体与美国七彩山鸡亲缘关系更近,血统较纯,说明选育有一定效果. 展开更多

关键词 雉鸡 微卫星DNA 遗传变异 遗传多样性

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