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新型聚酮合酶基因簇的分离与部分鉴定
被引量：
4
1
作者
焦豫良
王梁华
+6 位作者
董晓毅
宗英
高云
任娜
郭爱芸
张兴群
焦炳华
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期134-139,共6页
目的从海洋沉积物中分离新型聚酮合酶(PKS)基因簇,并解析其基因结构,为研究PKS的组合生物合成提供新组件。方法采集中国东海沉积物样本,并提取宏基因组DNA,以其为模板,通过简并PCR扩增新型PKS片段,用地高辛标记正确的扩增片段作为探针,...
目的从海洋沉积物中分离新型聚酮合酶(PKS)基因簇,并解析其基因结构,为研究PKS的组合生物合成提供新组件。方法采集中国东海沉积物样本,并提取宏基因组DNA,以其为模板,通过简并PCR扩增新型PKS片段,用地高辛标记正确的扩增片段作为探针,然后从本研究中构建的海洋沉积物样本Fosmid宏基因组文库中筛选完整基因簇,测序、结构分析。结果(1)所分离得到的海洋沉积物宏基因组DNA可直接作为PCR模板,简并PCR扩增得到26个新型KS编码片段,并成功提交GenBank;(2)所得DNA构建成滴度约5×108cfu/ml的Fosmid文库,插入片段平均长度约为40kb;(3)将其中的一个KS片段(GenBank登录号DQ942531)用地高辛标记并筛选部分文库,得到4个克隆,测序得到7981bp的序列(GenBank登录号EF568935),结构分析发现含典型的I型PKS组件,如酮缩酶(KS)、酰基转移酶(AT)、酰基载体蛋白(ACP)等。结论简并引物扩增、宏基因组文库筛选、测序、结构分析,在本研究中被证明是有效的分离新PKS基因簇的途径;通过系统进化树分析得出26条新KS片段属于Ⅰ型KS片断和杂合PKS/NRPS基因簇,主要来自放线菌门、δ变形菌门、蓝藻门和β变形菌门的微生物。
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关键词
海洋沉积物
聚酮合酶
酮缩酶
基因簇
组合生物合成
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职称材料
新型酰基转移酶AT-EF080951的重组表达及底物结合分析
2
作者
焦豫良
王梁华
+6 位作者
董晓毅
宗英
高云
任娜
郭爱芸
张兴群
焦炳华
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期140-144,共5页
目的研究新型聚酮合酶(PKS)基因簇EF568935(GenBank登录号)中酰基转移酶(AT)EF080951(GenBank登录号)底物特异性,为PKS的功能研究及组合生物合成研究提供新组件。方法从酰基转移酶AT-EF080951结构域两端的连接肽区设计引物,通过PCR克隆...
目的研究新型聚酮合酶(PKS)基因簇EF568935(GenBank登录号)中酰基转移酶(AT)EF080951(GenBank登录号)底物特异性,为PKS的功能研究及组合生物合成研究提供新组件。方法从酰基转移酶AT-EF080951结构域两端的连接肽区设计引物,通过PCR克隆其结构域基因at-EF080951;连接入原核表达载体pMAL-c2X,与麦芽糖结合蛋白(MBP)融合表达;直链淀粉树脂柱亲和层析纯化MBP-AT-EF080951;融合蛋白用Xa因子切除MBP,得到AT-EF080951单体;以MBP、小牛血清白蛋白(BSA)为对照蛋白,用紫外分光光度法测定MBP-AT-EF080951与AT-EF080951对底物的结合能力,计算结合常数(Ka,μmol/L),分析其结合底物的特异性。结果(1)MBP-AT-EF080951与底物的结合常数为:甲基丙二酰辅酶A,0.0049±0.001;丙二酰辅酶A,0.0049±0.003;乙酰辅酶A,0.107±0.002;辅酶A,0.005±0.003。(2)AT-EF080951与底物的结合常数为:甲基丙二酰辅酶A,0.005±0.002;丙二酰辅酶A,0.0041±0.002;乙酰辅酶A,0.120±0.001;辅酶A,0.0042±0.003。结论MBP-AT-EF080951和AT-EF080951都特异性结合乙酰辅酶A,AT-EF080951可能是乙酰转移酶。
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关键词
聚酮合酶
酰基转移酶
乙酰基转移酶
结合常数
组合生物合成
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职称材料
题名
新型聚酮合酶基因簇的分离与部分鉴定
被引量：
4
1
作者
焦豫良
王梁华
董晓毅
宗英
高云
任娜
郭爱芸
张兴群
焦炳华
机构
第二军医大学基础医学部
出处
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期134-139,共6页
基金
国家自然科学基金项目(30670043)
863计划海洋技术领域专题项目(2006AA09Z434)资助
文摘
目的从海洋沉积物中分离新型聚酮合酶(PKS)基因簇,并解析其基因结构,为研究PKS的组合生物合成提供新组件。方法采集中国东海沉积物样本,并提取宏基因组DNA,以其为模板,通过简并PCR扩增新型PKS片段,用地高辛标记正确的扩增片段作为探针,然后从本研究中构建的海洋沉积物样本Fosmid宏基因组文库中筛选完整基因簇,测序、结构分析。结果(1)所分离得到的海洋沉积物宏基因组DNA可直接作为PCR模板,简并PCR扩增得到26个新型KS编码片段,并成功提交GenBank;(2)所得DNA构建成滴度约5×108cfu/ml的Fosmid文库,插入片段平均长度约为40kb;(3)将其中的一个KS片段(GenBank登录号DQ942531)用地高辛标记并筛选部分文库,得到4个克隆,测序得到7981bp的序列(GenBank登录号EF568935),结构分析发现含典型的I型PKS组件,如酮缩酶(KS)、酰基转移酶(AT)、酰基载体蛋白(ACP)等。结论简并引物扩增、宏基因组文库筛选、测序、结构分析,在本研究中被证明是有效的分离新PKS基因簇的途径;通过系统进化树分析得出26条新KS片段属于Ⅰ型KS片断和杂合PKS/NRPS基因簇,主要来自放线菌门、δ变形菌门、蓝藻门和β变形菌门的微生物。
关键词
海洋沉积物
聚酮合酶
酮缩酶
基因簇
组合生物合成
Keywords
Marine sediments
Polyketide synthase
Ketoacyl synthase
Gene clusters
Combinatorial biosynthesis
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
在线阅读
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职称材料
题名
新型酰基转移酶AT-EF080951的重组表达及底物结合分析
2
作者
焦豫良
王梁华
董晓毅
宗英
高云
任娜
郭爱芸
张兴群
焦炳华
机构
第二军医大学基础医学部
出处
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期140-144,共5页
基金
国家自然科学基金项目30670043
863计划海洋技术领域专题项目2006AA09Z434资助
文摘
目的研究新型聚酮合酶(PKS)基因簇EF568935(GenBank登录号)中酰基转移酶(AT)EF080951(GenBank登录号)底物特异性,为PKS的功能研究及组合生物合成研究提供新组件。方法从酰基转移酶AT-EF080951结构域两端的连接肽区设计引物,通过PCR克隆其结构域基因at-EF080951;连接入原核表达载体pMAL-c2X,与麦芽糖结合蛋白(MBP)融合表达;直链淀粉树脂柱亲和层析纯化MBP-AT-EF080951;融合蛋白用Xa因子切除MBP,得到AT-EF080951单体;以MBP、小牛血清白蛋白(BSA)为对照蛋白,用紫外分光光度法测定MBP-AT-EF080951与AT-EF080951对底物的结合能力,计算结合常数(Ka,μmol/L),分析其结合底物的特异性。结果(1)MBP-AT-EF080951与底物的结合常数为:甲基丙二酰辅酶A,0.0049±0.001;丙二酰辅酶A,0.0049±0.003;乙酰辅酶A,0.107±0.002;辅酶A,0.005±0.003。(2)AT-EF080951与底物的结合常数为:甲基丙二酰辅酶A,0.005±0.002;丙二酰辅酶A,0.0041±0.002;乙酰辅酶A,0.120±0.001;辅酶A,0.0042±0.003。结论MBP-AT-EF080951和AT-EF080951都特异性结合乙酰辅酶A,AT-EF080951可能是乙酰转移酶。
关键词
聚酮合酶
酰基转移酶
乙酰基转移酶
结合常数
组合生物合成
Keywords
biosynthesis Polyketide synthase
Acyhraferase
Acetyltransferase
Binding constant
Combinatorial
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
新型聚酮合酶基因簇的分离与部分鉴定
焦豫良
王梁华
董晓毅
宗英
高云
任娜
郭爱芸
张兴群
焦炳华
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2008
4
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职称材料
2
新型酰基转移酶AT-EF080951的重组表达及底物结合分析
焦豫良
王梁华
董晓毅
宗英
高云
任娜
郭爱芸
张兴群
焦炳华
《中国抗生素杂志》
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