GSH对两种谷胱甘肽过氧化物酶模拟物活性影响的研究 被引量：5

1

作者 郑清川 吕绍武 +3 位作者 赵勇山 牟颖 罗贵民 孙家锺 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2337-2340,共4页

设计并合成了谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)模拟物6A,6A′-二苯胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-AnSeCD).采用双酶偶联法测定GPX的活力结果显示,6A,6A′-二环己胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-CySeCD)催化谷胱甘肽还原H2O2和枯烯H2O2的活... 设计并合成了谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)模拟物6A,6A′-二苯胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-AnSeCD).采用双酶偶联法测定GPX的活力结果显示,6A,6A′-二环己胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-CySeCD)催化谷胱甘肽还原H2O2和枯烯H2O2的活力均比6-AnSeCD的高.为了进一步考察6-CySeCD和6-AnSeCD与GSH之间的相互作用,进行了分子动力学(MD)模拟和分子对接研究.结果表明,与GSH的结合使GPX模拟物的构象发生变化,这种改变可能是影响桥连GPX模拟物催化活性的关键因素. 展开更多

关键词 谷胱甘肽过氧化物酶 模拟物 分子动力学模拟 分子对接

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人类丝氨酸消旋酶的同源模建及其与多肽类抑制剂的分子对接 被引量：7

2

作者 赵勇山 郑清川 +2 位作者 张红星 楚慧郢 孙家钟 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第3期417-422,共6页

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类丝氨酸消旋酶(hSR)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的可靠性.在此基础上用分子对接程序(affinity)将多肽类抑制剂A和B分别与hSR进行对接,获得了其复合物结构的理论模型... 利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类丝氨酸消旋酶(hSR)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的可靠性.在此基础上用分子对接程序(affinity)将多肽类抑制剂A和B分别与hSR进行对接,获得了其复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了此类抑制剂与hSR的具体结合方式,明确了hSR与此类抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基,为基于人类丝氨酸消旋酶三维结构的药物设计提供重要的参考信息. 展开更多

关键词 人类丝氨酸消旋酶 分子动力学模拟 分子对接 同源模建

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苯磺酰胺从碳酸酐酶Ⅱ中脱离过程的分子动力学模拟 被引量：5

3

作者 孙维琦 张继龙 +2 位作者 郑清川 孙志伟 张红星 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第4期843-848,共6页

综合运用分子动力学模拟和自由能计算方法研究了苯磺酰胺分子从碳酸酐酶Ⅱ(CAⅡ)的活性位点脱离过程中底物与酶之间的动态相互作用.脱离过程的平均力势(PMF)显示,底物脱离时存在一个特殊的结合状态.其中,静电相互作用占据了主导地位.轨... 综合运用分子动力学模拟和自由能计算方法研究了苯磺酰胺分子从碳酸酐酶Ⅱ(CAⅡ)的活性位点脱离过程中底物与酶之间的动态相互作用.脱离过程的平均力势(PMF)显示,底物脱离时存在一个特殊的结合状态.其中,静电相互作用占据了主导地位.轨迹分析显示,除了金属离子的配位作用之外,底物脱离路径上的关键残基Leu198、Thr199和Thr200通过与底物磺胺基的氢键作用阻碍了底物从酶中的脱离.当前的研究对于深入认识磺胺类药物与CAⅡ的详细结合过程和相关的药物改良与设计具有重要的指导意义. 展开更多

关键词 分子动力学模拟 自由能 苯磺酰胺 碳酸酐酶Ⅱ 底物结合

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人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(ACMSD)与底物及抑制剂作用模型的理论研究 被引量：5

4

作者 楚慧郢 郑清川 +1 位作者 赵勇山 张红星 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2398-2402,共5页

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)... 利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)和抑制剂喹啉酸(QA)分别与hACMSD进行对接,获得了复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了底物和抑制剂的具体结合方式,明确了hACMSD与底物和抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基. 展开更多

关键词 2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶 分子动力学模拟 分子对接 同源模建

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分子动力学模拟1-丁烯和正丁烷在MCM-22分子筛中的扩散行为 被引量：2

5

作者 张国 郑清川 +3 位作者 周欣 白福全 刘涛 张红星 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1611-1614,共4页

应用分子动力学方法研究了1-丁烯和正丁烷在MCM-22型分子筛(ITQ-1)中的扩散行为.得到了两种物质在ITQ-1分子筛两个独立孔道中的均方位移曲线、自扩散系数和扩散轨迹.计算结果表明,在温度为400 K时,1-丁烯或正丁烷在十元环孔道中的扩散... 应用分子动力学方法研究了1-丁烯和正丁烷在MCM-22型分子筛(ITQ-1)中的扩散行为.得到了两种物质在ITQ-1分子筛两个独立孔道中的均方位移曲线、自扩散系数和扩散轨迹.计算结果表明,在温度为400 K时,1-丁烯或正丁烷在十元环孔道中的扩散明显低于在超笼中的扩散,吸附质在超笼的底部和顶部的扩散明显低于在超笼中心的扩散;1-丁烯和正丁烷在ITQ-1分子筛的超笼中两者扩散速率较为相似,而在十元环中,两者的扩散速率差别较大.可以推测,选择性催化主要发生在十元环中. 展开更多

关键词 ITQ-1分子筛 分子动力学模拟 1-丁烯 正丁烷

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Exendin-4中13号残基的分子动力学模拟 被引量：2

6

作者 王嵩 赵熹 +2 位作者 郑清川 黄旭日 孙家锺 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1641-1644,共4页

Exendin-4作为胰腺GLP-1受体上的一种有效的激活剂,是一种含有39个氨基酸残基的多肽,其第13号氨基酸Gln突变为Tyr,使活性增强.应用分子动力学模拟方法,分别优化了突变前后,Exendin-4与蛋白的复合物结构,并对整体结构的性质、静电势、相... Exendin-4作为胰腺GLP-1受体上的一种有效的激活剂,是一种含有39个氨基酸残基的多肽,其第13号氨基酸Gln突变为Tyr,使活性增强.应用分子动力学模拟方法,分别优化了突变前后,Exendin-4与蛋白的复合物结构,并对整体结构的性质、静电势、相互作用模式及能量进行了分析.阐明了Gln突变为Tyr的活性增强的内在原因,结果表明,突变的Exendin-4能够通过改变自身结构的局部柔性调整与蛋白受体相互作用,从而可以改善Exendin-4与其蛋白受体的结合能力. 展开更多

关键词 EXENDIN-4 分子动力学模拟 复合物 静电作用

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NaCCH自由基低能电子态的理论研究

7

作者 张海丰 李颖 +4 位作者 郑清川 李岚 韩海生 王东方 魏桂丹 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2018年第3期359-364,共6页

采用CASSCF/CASPT2方法研究了NaCCH自由基的低能电子态,在C2v对称性下给出了NaCCH自由基9个低能激发态的几何、组态、CI系数、振子强度、垂直激发能和绝热激发能.研究结果表明,NaCCH自由基的基态X1Σ+几何和转动系数与实验值是一致的;... 采用CASSCF/CASPT2方法研究了NaCCH自由基的低能电子态,在C2v对称性下给出了NaCCH自由基9个低能激发态的几何、组态、CI系数、振子强度、垂直激发能和绝热激发能.研究结果表明,NaCCH自由基的基态X1Σ+几何和转动系数与实验值是一致的;谐振频率与其他理论方法得到的值也符合的很好;HOMO和LUMO轨道的能量间隔为3.80eV,对应着13Σ+的绝热激发能;除13Π外,其它低能激发态均是稳定状态;基态到三重态是自旋禁阻的. 展开更多

关键词 激发态 CASSCF/CASPT2方法 NaCCH自由基 自旋禁阻

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细胞色素p450 2s1(CYP2s1)三维结构模建及其与维甲酸分子的对接研究

8

作者 孙苗 李泽生 +2 位作者 张媛 郑清川 孙家锺 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第4期689-692,共4页

利用同源模建和分子动力学模拟,模建了细胞色素P450(CYP2s1)的三维结构.在模建结构的基础上,分析了活性位点的组成和结构,并进行了与小分子(维甲酸)的分子对接研究.研究结果表明,在由维甲酸和CYP2s1形成的复合物中,非键相互作用较强,其... 利用同源模建和分子动力学模拟,模建了细胞色素P450(CYP2s1)的三维结构.在模建结构的基础上,分析了活性位点的组成和结构,并进行了与小分子(维甲酸)的分子对接研究.研究结果表明,在由维甲酸和CYP2s1形成的复合物中,非键相互作用较强,其中,GLu411和Ala414是与维甲酸相互作用能最强的两个残基,对复合物的结合起重要作用. 展开更多

关键词 同源模建 细胞色素 分子动力学

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CYP2C9酶与Warfarin结合模型的立体选择性理论研究 被引量：7

9

作者 吴云剑 崔颖璐 +1 位作者 郑清川 张红星 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2605-2611,共7页

对CYP2C9酶与S-Warfarin复合物的晶体结构进行分子对接、分子动力学模拟、通道分析及结合自由能计算,发现原晶体结构中的结合模式为'亚稳态',提出了CYP2C9与S-Warfarin结合的可催化模式;比较了CYP2C9与S-和R-Warfarin结合的异同... 对CYP2C9酶与S-Warfarin复合物的晶体结构进行分子对接、分子动力学模拟、通道分析及结合自由能计算,发现原晶体结构中的结合模式为'亚稳态',提出了CYP2C9与S-Warfarin结合的可催化模式;比较了CYP2C9与S-和R-Warfarin结合的异同,确定了在结合过程中起重要作用的锚定氨基酸残基,尤其是位于活性位点区域的苯丙氨酸簇.在结合过程中这些残基通过芳香环的移动对稳定底物的结合模式起到至关重要的作用,阐明了该酶呈现相关底物选择性的原因.对于CYP2C9与底物对接模式及立体选择性的研究有助于在分子层面上理解特异性底物与酶的结合特点,为潜在的药物设计提供了合理可信的理论依据. 展开更多

关键词 分子对接 分子动力学模拟 细胞色素P450 结合自由能分析 CYP2C9酶和S-Warfarin复合物

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吲哚咔唑异构体的电子结构和光学性质 被引量：3

10

作者 王会萍 白福全 +3 位作者 郑清川 赵增霞 赵晓杰 张红星 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第1期115-119,共5页

分别采用密度泛函理论(DFT)和单激发组态相互作用(CIS),在6-31G(d,p)基组水平上优化了5个吲哚咔唑分子的基态和激发态结构.在此结构的基础上,用含时密度泛函理论(TD-DFT)在相同基组水平和极化连续介质模型(PCM)下计算了模型分子的吸收... 分别采用密度泛函理论(DFT)和单激发组态相互作用(CIS),在6-31G(d,p)基组水平上优化了5个吲哚咔唑分子的基态和激发态结构.在此结构的基础上,用含时密度泛函理论(TD-DFT)在相同基组水平和极化连续介质模型(PCM)下计算了模型分子的吸收和发射光谱.这几个吲哚咔唑异构体的发射光谱有明显的差别,如异构体5([3,2-b]型)有较大的振子强度,但是相对于其他异构体,其发射能量最小;异构体4([3,2-a]型)的发射能量最大;异构体2([2,3-b]型)的最大振子强度在250-450 nm范围内,与其他几个分子相比为最小.这主要是由分子的激发态几何变化和轨道能级的不同导致的.本文还考察了这类分子的一阶超极化率,结果显示5个分子极化率在同一水平,但静态第一超极化率(β0)有明显差别,异构体2的β0值最大. 展开更多

关键词 密度泛函理论 含时密度泛函理论 吲哚咔唑 单激发组态相互作用方法 吸收和发射光谱 非线性响应

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人类谷胱甘肽硫转移酶家族等位基因蛋白B与抑制剂作用模型的理论研究 被引量：2

11

作者 徐钰 崔颖璐 +2 位作者 郑清川 张红星 孙家锺 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2013年第5期1226-1232,共7页

采用分子动力学模拟方法系统地研究了谷胱甘肽硫转移酶家族(Glutathione S-transferases,GSTs)的等位基因蛋白B(GSTP1*B)与抑制剂利尿酸(EA)以及EA的谷胱甘肽(GSH)共轭物EAG(I),EAG(O)的具体结合方式.抑制剂及其谷胱甘肽共轭物与蛋白的... 采用分子动力学模拟方法系统地研究了谷胱甘肽硫转移酶家族(Glutathione S-transferases,GSTs)的等位基因蛋白B(GSTP1*B)与抑制剂利尿酸(EA)以及EA的谷胱甘肽(GSH)共轭物EAG(I),EAG(O)的具体结合方式.抑制剂及其谷胱甘肽共轭物与蛋白的相互作用能计算结果及分子动力学轨迹的统计分析结果表明,GSTP1*B与EA的谷胱甘肽共轭物的结合能力优于其与EA的结合能力,Phe8,Arg13,Trp38和Tyr108是作用过程中的关键残基,对稳定抑制剂及其谷胱甘肽共轭物在GSTP1*B的G和H位点的构象具有重要的作用.通过对构象的统计分析发现,残基Phe8和Tyr108与GSTP1*B酶对抑制剂的选择性密切相关. 展开更多

关键词 谷胱甘肽硫转移酶 分子动力学模拟 结合模式 利尿酸 抑制剂

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C6H5N光谱性质的多组态二级微扰理论研究 被引量：2

12

作者 侯春园 郑清川 +1 位作者 赵增霞 张红星 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1448-1451,共4页

采用全活化空间自洽场方法(CASSCF)在C2v对称性和6-31g(d,p)基组水平下,研究了C6H5N自由基及其阴阳离子的基态和低激发态性质.为了进一步考察动态电子相关效应,采用多组态二级微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值.计算得到13A2→13A1... 采用全活化空间自洽场方法(CASSCF)在C2v对称性和6-31g(d,p)基组水平下,研究了C6H5N自由基及其阴阳离子的基态和低激发态性质.为了进一步考察动态电子相关效应,采用多组态二级微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值.计算得到13A2→13A1和13A2→13B2在4303.1和4212.2kJ/mol处的激发可分别归因于π(b1)→ny和π(a2)→ny的跃迁,而13A2→13B1和13A2→11B1在2634.9和2700.4kJ/mol处的激发具有nx→π*(a2)和π(a2)→nx的混合跃迁特征,理论波长与紫外吸收光谱得到的实验数据一致.计算得到的电离能与实验值也非常接近. 展开更多

关键词 苯基氮 多组态自洽场理论 多组态二级微扰理论 光电子能谱

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基质金属蛋白酶的新型抑制剂效能的理论研究 被引量：1

13

作者 李岱霖 郑清川 +3 位作者 张红星 姬海涛 杨金刚 房学迅 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1592-1595,共4页

采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮... 采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮对MMP-7有更好的效能,这与实验测得的活性顺序相符.另外,密度泛函理论的计算结果表明,此类抑制剂能够通过ZBG以单配位的形式与MMPs的Zn2+相互作用.理论计算的结果可能有助于抑制剂的设计及其效能的改善. 展开更多

关键词 基质金属蛋白酶 分子对接 密度泛函理论 焦性没食子酸 杨梅黄酮

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人类细胞色素P450 2E1酶在不同乙醇浓度下构象变化的分子动力学模拟（英文） 被引量：2

14

作者 王衍 郑清川 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2226-2235,共10页

细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用.这类酶与酒精的消耗、糖尿病、肥胖症以及厌食症等密切相关,引起了广泛的研究兴趣.目前尚未见从原子水平上对这种酶在不同乙醇浓... 细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用.这类酶与酒精的消耗、糖尿病、肥胖症以及厌食症等密切相关,引起了广泛的研究兴趣.目前尚未见从原子水平上对这种酶在不同乙醇浓度下构象行为的研究.基于此,本文研究了花生四烯酸(AA)与CYP2E1复合物结构在不同乙醇浓度下构象与能量变化的特点.对于在不同乙醇浓度下AA与CYP2E1的复合物结构,采用分子动力学模拟结合自由能计算的方法进行研究.分子动力学模拟结果表明,His109和Lys243氨基酸残基对AA与CYP2E1的结合起到了至关重要的作用.当体系的乙醇浓度较高时,AA的结合能力有所下降,这种结合能力的下降是由于AA与CYP2E1之间氢键相互作用力的减弱所致.本研究对于AA与CYP2E1复合物结构在不同乙醇浓度下,AA分子与CYP2E1分子结合能力下降以及CYP2E1的构象变化给出了详细的解释.本研究工作得到的结论对于实验和理论研究均有重要意义,可为后续细胞色素P450酶类催化活性的研究提供理论支持. 展开更多

关键词 细胞色素P450 2E1酶 分子动力学模拟 结合自由能计算

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双咔唑间连接方式不同引起的结构和性质变化的理论研究

15

作者 王会萍 白福全 +2 位作者 郑清川 赵增霞 张红星 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第12期2434-2438,共5页

利用密度泛函方法(DFT)和单激发组态相互作用(CIS)方法,在6-31G(d,p)基组水平下优化了咔唑分子和14种双咔唑结构异构体的基态和激发态结构,在此基础上,用含时密度泛函(TD-DFT)方法在相同基组水平下计算了模型分子的吸收和发射波长及电... 利用密度泛函方法(DFT)和单激发组态相互作用(CIS)方法,在6-31G(d,p)基组水平下优化了咔唑分子和14种双咔唑结构异构体的基态和激发态结构,在此基础上,用含时密度泛函(TD-DFT)方法在相同基组水平下计算了模型分子的吸收和发射波长及电荷跃迁性质.讨论了双咔唑构型的变化带来的性质上的变化,与实验值相比得到了精确的计算结果.通过双咔唑的前线轨道能量值、电离能和亲和势及重组能的变化,全面研究了不同构型的应用,为实验上的设计和合成提供了思路. 展开更多

关键词 咔唑 密度泛函理论 含时密度泛函理论 单激发组态相互作用方法 吸收发射光谱 重组能

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融合蛋白表达过程中N末端蛋白对下游蛋白正确折叠的影响 被引量：2

16

作者 侯玥 孙非 +3 位作者 金倞 刘志屹 郑清川 梁重阳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第2期303-308,共6页

将灵芝免疫调节蛋白(LZ-8)与免疫球蛋白G的Fc片段(IgG Fc)进行融合表达,通过Protein A亲和层析结合Superdex 75分子筛层析获得了高纯度LZ8-Fc.凝血活性实验结果表明,LZ-8与Fc融合表达在一定程度上影响了其免疫活性;利用分子动力学和圆... 将灵芝免疫调节蛋白(LZ-8)与免疫球蛋白G的Fc片段(IgG Fc)进行融合表达,通过Protein A亲和层析结合Superdex 75分子筛层析获得了高纯度LZ8-Fc.凝血活性实验结果表明,LZ-8与Fc融合表达在一定程度上影响了其免疫活性;利用分子动力学和圆二色光谱等技术研究了LZ8-Fc的蛋白折叠及组装方式,发现LZ8-Fc的组装方式与LZ-8相同,但是N末端的LZ-8可能影响下游IgG Fc片段的正确折叠,表明在融合蛋白制备过程中,位于N末端的蛋白对下游蛋白的正确折叠起到重要作用,这为融合蛋白制备技术的优化及应用过程中的稳定提供了重要的理论依据. 展开更多

关键词 LZ8-Fc 分子动力学 二聚体

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