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鲸偶蹄目RNase11和RNase12的分子进化研究
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作者 郎大田 李高银 +1 位作者 张毅 刘松菊 《安徽大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第1期72-84,共13页
脊椎动物特有的RNaseA超家族因频繁发生基因重复和功能分化,一直被认为是分子进化研究的经典模型.过去研究主要聚焦于RNaseA超家族中与食性相关的典型成员RNase1,而非典型成员的研究非常有限.笔者以鲸偶蹄目4个亚目21科92个物种为研究对... 脊椎动物特有的RNaseA超家族因频繁发生基因重复和功能分化,一直被认为是分子进化研究的经典模型.过去研究主要聚焦于RNaseA超家族中与食性相关的典型成员RNase1,而非典型成员的研究非常有限.笔者以鲸偶蹄目4个亚目21科92个物种为研究对象,基于系统发育树、等电点、选择压力分析、蛋白质结构等方法深入开展RNaseA超家族非典型成员RNase11和RNase12的分子进化研究,共获得69条RNase11和88条RNase12序列,其中RNase11在水生的河马形亚目27个物种中发生假基因化或基因丢失.RNase11和RNase12的平均等电点分别为8.58,8.25,揭示RNase11和RNase12在鲸偶蹄目中可能拥有与生殖相关的抗菌功能.系统发育树显示鲸偶蹄目的胼足亚目和猪形亚目形成姐妹群最先发生分歧,其次是河马形亚目,最后是反刍亚目.此外,选择压力分析揭示RNase11和RNase12在进化过程中分别有7个和9个位点受到正选择,揭示RNase11和RNase12生物学功能可能发生了改变.总之,通过系统开展鲸偶蹄目RNase11和RNase12的分子进化研究,为进一步认识RNaseA超家族非典型成员和鲸偶蹄目的进化奠定了一定的基础,丰富了RNaseA超家族分子进化研究的多样性. 展开更多
关键词 鲸偶蹄目 RNase11 RNase12 正选择 分子进化
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核糖核酸酶基因超家族分子进化 被引量:6
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作者 郎大田 张亚平 于黎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期316-326,共11页
核糖核酸酶基因(Ribonuclease A,RNASE A)超家族是进化生物学中研究新基因起源及新功能演变的重要模式系统之一。RNASE A超家族中的很多成员表现出基因复制的进化模式,而且在适应性(正)选择的驱动下,发生了功能分化。文章综述了RNASE A... 核糖核酸酶基因(Ribonuclease A,RNASE A)超家族是进化生物学中研究新基因起源及新功能演变的重要模式系统之一。RNASE A超家族中的很多成员表现出基因复制的进化模式,而且在适应性(正)选择的驱动下,发生了功能分化。文章综述了RNASE A超家族成员在不同动物类群中进化模式的研究进展,包括近年来越来越多在基因组水平上开展的相关研究,显示该基因超家族可能具有比人们以往认识的更为复杂的基因进化模式。随着越来越多动物基因组数据的产生,对更多动物代表类群进行RNASE A超家族研究,将有望揭示新的进化机制和功能分化,为系统认识动物适应进化的遗传机制奠定基础。 展开更多
关键词 核糖核酸酶基因超家族 适应性进化 基因复制 功能分化 基因组
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奇蹄目核糖核酸酶基因超家族(RNASE A)的分子进化研究
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作者 郎大田 刘松菊 启雄 《安徽大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2019年第1期94-102,共9页
为深入认识核糖核酸酶基因超家族(RNASEA),以奇蹄目的家马、驴、野马和白犀牛为研究对象,分析RNAsE A序列、鉴定真假基因、预测等电点及构建系统发育树.结果揭示每个物种的RNASE A序列数并不相同,RNnse4在该研究物种分歧之前发生1次基... 为深入认识核糖核酸酶基因超家族(RNASEA),以奇蹄目的家马、驴、野马和白犀牛为研究对象,分析RNAsE A序列、鉴定真假基因、预测等电点及构建系统发育树.结果揭示每个物种的RNASE A序列数并不相同,RNnse4在该研究物种分歧之前发生1次基因复制,其中1个拷贝保留功能,另外1个拷贝发生假基因化并在不同物种中有不同程度的保留或丢失,而RNnse2/3和RNnse7/8经历“基因分拣”进化模式.另外,典型的RNASE A序列特征在RNase9—13中发生变异,揭示RNase9—13可能丢失核糖核酸酶活性而具有其他新功能.总之,该研究系统探讨了奇蹄目RNASE A的分子进化,增加了该基因超家族研究的多样性,为更加深入开展RNASE A研究提供了基础. 展开更多
关键词 奇蹄目 RNASE A 等电点 系统发育树 基因分拣 新功能
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非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族的分子进化研究
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作者 郎大田 刘松菊 +1 位作者 柯曾杰 刘娜 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第5期867-876,共10页
【目的】追溯和揭示非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族(RNASE A)的分子进化。【方法】以Blastn与tBlastn方法分析鉴定7个非洲兽总目物种RNASE A成员;利用ClustalX和MEGA 7.0软件比对翻译RNASE A功能基因的氨基酸序列;基于http://isoelectr... 【目的】追溯和揭示非洲兽总目核糖核酸酶基因超家族(RNASE A)的分子进化。【方法】以Blastn与tBlastn方法分析鉴定7个非洲兽总目物种RNASE A成员;利用ClustalX和MEGA 7.0软件比对翻译RNASE A功能基因的氨基酸序列;基于http://isoelectric.ovh.org在线预测功能基因等电点;利用MrBayes v3.1.2.构建BI系统发育树。【结果】分析鉴定获得82条RNASE A序列,包含64条功能基因和18条假基因;RNASE A序列长度377~654 bp,典型RNASE A序列特征在RNase1~8中相对保守,而在非典型的成员RNase9~13变异位点多;各物种基因的等电点在5.03~9.17之间;长鼻目大象(Loxodonta africana) RNase1、RNase6和管齿目土豚(Orycteropus afer) RNase4发生基因复制,大象RNase1经历了"生与灭"的进化模式。【结论】首次深入开展非洲兽总目RNASE A分子进化研究,增加对该基因超家族的认识,为后续研究奠定了基础。 展开更多
关键词 非洲兽总目 核糖核酸酶基因超家族 基因复制 等电点 分子进化
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