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题名转录组分析低氧胁迫对鲫鳃组织基因表达影响
被引量：1
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作者
侯智广
陈力
邢梦超
常瑞泽
吴成宾
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机构
河北农业大学海洋学院
河北省海洋与水产科学研究院
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出处
《河北渔业》
2024年第10期20-23,29,F0002,共6页
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基金
国家自然科学基金项目(32303030)
河北省自然科学基金(C2021204089,V1654588161890,236Z6701G)
+1 种基金
河北农业大学人才引进科研基金(YJ2020032)
河北省现代农业产业技术体系淡水养殖创新团队名优特种类繁育及绿色高效养殖(HBCT2023230205)。
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文摘
为探究鲫(Carassius auratus)鳃组织对低氧的适应性变化,使用RNA-seq技术对低氧(溶解氧0.6 mg/L±0.2 mg/L,水温16℃±0.5℃)处理0 h和96 h的鲫的鳃组织进行转录组测序,共获得40.22 Gbp Clean Base,每个样本93%~96%的碱基质量值大于Q30。差异分析共获得7142个差异基因(|log 2FoldChange|≥1且FDR<0.05)。GO功能富集分析表明,差异表达基因主要在DNA复制启动、MCM复合体等功能显著富集。KEGG通路富集分析表明,差异基因主要在DNA复制、VEGF信号通路、坏死型凋亡等通路中被显著富集。综上所述,vegf、vegfb、hba、hbb、mcm2—mcm6、ripk3等基因是鲫96 h低氧适应的关键基因。
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关键词
鲫(Carassius
auratus)
低氧胁迫
转录组
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Keywords
Carassius auratus
hypoxic
RNA-seq
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分类号
S917.4
[农业科学—水产科学]
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