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牙鲆耐寒相关基因CIRP、HMGB1的克隆及表达特征分析
被引量:
7
1
作者
胡金伟
尤锋
+3 位作者
王倩
王丽娟
翁申达
辛梦娇
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期29-38,共10页
为鲆鲽鱼耐低温标记辅助育种研究和应用提供候选基因,并了解耐寒相关基因在低温下的表达图示,作者通过同源克隆以及5¢/3¢RACE 的方法扩增得到了牙鲆(Paralichthys olivaceus)CIRP 和HMGB1基因。组织表达谱分析显示,这两个基因在...
为鲆鲽鱼耐低温标记辅助育种研究和应用提供候选基因,并了解耐寒相关基因在低温下的表达图示,作者通过同源克隆以及5¢/3¢RACE 的方法扩增得到了牙鲆(Paralichthys olivaceus)CIRP 和HMGB1基因。组织表达谱分析显示,这两个基因在脑、鳃、心脏、肌肉、肝脏、肠等组织均有表达,但HMGB1基因在鳃中表达较弱。低温胁迫后,两基因随着胁迫时间的延长其表达量在肌肉中都出现先上升后下降的趋势:在0~12 h逐渐上升并达到最大值,然后下降恢复至最初水平。但在肝脏和脑组织中的变化趋势却不同,低温胁迫后0~2 h HMGB1基因在脑中的表达量上升至最高,然后下降至最初水平,在肝脏中变化不大。而CIRP基因在低温胁迫后0~2 h在肝脏中表达量处于上升趋势,然后下降至初始水平,在脑中变化不大。由此推测,这两个基因在低温条件下都参与了机体对外界的抵抗,特别是在抵抗外界寒冷的主要组织—肌肉中发挥作用,可能共同参与了机体的免疫反应,对低温胁迫环境下的鱼体进行保护,可以作为鱼类耐低温标记筛选的候选基因。
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关键词
牙鲆(Paralichthys
olivaceus)
低温胁迫
CIRP和HMGB1
克隆
RT-PCR
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职称材料
斑马鱼GSTM单核苷酸多态性与低温耐受性的相关分析
被引量:
5
2
作者
王倩
尤锋
+2 位作者
辛梦娇
胡金伟
谭训刚
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期1-7,共7页
为分析谷胱甘肽硫-转移酶M基因(glutathione S-transferases M,GSTM)与鱼类低温耐受性的相关性,本实验运用PCR-SSCP技术研究了130尾斑马鱼(Danio rerio)GSTM基因5?UTR、3?UTR和第一内含子序列的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymo...
为分析谷胱甘肽硫-转移酶M基因(glutathione S-transferases M,GSTM)与鱼类低温耐受性的相关性,本实验运用PCR-SSCP技术研究了130尾斑马鱼(Danio rerio)GSTM基因5?UTR、3?UTR和第一内含子序列的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs),同时分析了筛选到的基因型与其低温耐受性状的关联性。结果显示,在其5UTR区域检测到AB、BC、AC 3种基因型个体,共A、B、C 3个等位基因,其观测杂合度和期望杂合度分别是1.000和0.570,多态信息含量为0.472,所检测群体在该座位偏离了Hardy-Weinberg平衡;第1内含子中检测到DD、DE和EE 3种基因型个体,共D、E两个等位基因,其观测杂合度和期望杂合度分别为0.408和0.477,多态信息含量为0.362,群体在该座位符合Hardy-Weinberg平衡。3'UTR区域中没有发现多态性。上述2个SNP座位与斑马鱼低温耐受性状的关联分析结果表明,5'UTR区3种基因型与低温耐受性状均没有显著相关性(χ2=4.029,P>0.05)。而第1内含子3种基因型与低温耐受性状显著相关(χ2=8.498,P<0.05):DD基因型在耐低温群体中占优势(50.00%),并表现为对受低温胁迫斑马鱼的保护性因素(OR=0.520,95%CI=0.255–1.061),而DE基因型在不耐低温群体中占优势(51.31%),表现为低温胁迫下斑马鱼的危险因素(OR=3.012,95%CI=1.413–6.419)。研究结果为GSTM基因SNPs位点与斑马鱼低温耐受性能关联分析提供了依据,也将为海水经济鱼类抗寒标记筛选育种提供参考。
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关键词
斑马鱼(Danio
rerio)
GSTM
PCR—SSCP
SNPS
低温耐受相关
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职称材料
荣成湾孔鳐群体线粒体DNA cytb部分序列的遗传多样性分析
被引量:
1
3
作者
刘梦侠
王丽娟
+5 位作者
孔令怡
刘洪军
吴志昊
辛梦娇
张伟
尤锋
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第10期85-91,共7页
对2009年和2011年采自荣成湾的孔鳐(Raja porosa)群体共54尾鱼的线粒体DNA细胞色素b基因(cytb)部分序列进行测定,以分析其遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在所获得的782 bp序列中,共检测到11个单倍型、15个多态位点,其单倍型多样...
对2009年和2011年采自荣成湾的孔鳐(Raja porosa)群体共54尾鱼的线粒体DNA细胞色素b基因(cytb)部分序列进行测定,以分析其遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在所获得的782 bp序列中,共检测到11个单倍型、15个多态位点,其单倍型多样性指数(H)为0.498±0.081,核苷酸多样性指数(π)为0.0018±0.0005,遗传多样性水平较低。其中,2009年样品检测到3种单倍型、4个单一变异位点,其H和π值分别为0.378±0.181和0.0010±0.0006;2011年样品检测到9种单倍型、6个单一变异位点和6个简约信息位点,其H和π值分别为0.352±0.086和0.0020±0.0006。分子方差分析(AMOVA)分析显示它们的遗传变异主要集中在同年度个体间(98.22%),而不同年度个体间的遗传变异远远小于同年度内个体间的变异。Kimura’s 2-parameter模型分析得到的2009,2011年度孔鳐间的遗传距离为0.0013,遗传分化系数为0.01778,也表明2009年和2011年孔鳐的遗传分化程度低,没有明显的遗传变异。中性检验表明,荣成湾孔鳐群体可能发生过种群扩张。
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关键词
孔鳐(Rajaporosa)
荣成湾
细胞色素b基因(cytb)部分序列
群体遗传多样性
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职称材料
题名
牙鲆耐寒相关基因CIRP、HMGB1的克隆及表达特征分析
被引量:
7
1
作者
胡金伟
尤锋
王倩
王丽娟
翁申达
辛梦娇
机构
中国科学院海洋研究所中国科学院实验海洋生物学重点实验室
中国科学院大学
出处
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期29-38,共10页
基金
国家863计划资助项目(2012AA10A408
2012AA092203)
+1 种基金
国家973计划资助项目(2010CB126304)
国家科技基础条件平台建设运行项目(2006DKA30470017)
文摘
为鲆鲽鱼耐低温标记辅助育种研究和应用提供候选基因,并了解耐寒相关基因在低温下的表达图示,作者通过同源克隆以及5¢/3¢RACE 的方法扩增得到了牙鲆(Paralichthys olivaceus)CIRP 和HMGB1基因。组织表达谱分析显示,这两个基因在脑、鳃、心脏、肌肉、肝脏、肠等组织均有表达,但HMGB1基因在鳃中表达较弱。低温胁迫后,两基因随着胁迫时间的延长其表达量在肌肉中都出现先上升后下降的趋势:在0~12 h逐渐上升并达到最大值,然后下降恢复至最初水平。但在肝脏和脑组织中的变化趋势却不同,低温胁迫后0~2 h HMGB1基因在脑中的表达量上升至最高,然后下降至最初水平,在肝脏中变化不大。而CIRP基因在低温胁迫后0~2 h在肝脏中表达量处于上升趋势,然后下降至初始水平,在脑中变化不大。由此推测,这两个基因在低温条件下都参与了机体对外界的抵抗,特别是在抵抗外界寒冷的主要组织—肌肉中发挥作用,可能共同参与了机体的免疫反应,对低温胁迫环境下的鱼体进行保护,可以作为鱼类耐低温标记筛选的候选基因。
关键词
牙鲆(Paralichthys
olivaceus)
低温胁迫
CIRP和HMGB1
克隆
RT-PCR
Keywords
Paralichthys olivaceus
cold treatment
CIRP and HMGB1
RT-PCR
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
斑马鱼GSTM单核苷酸多态性与低温耐受性的相关分析
被引量:
5
2
作者
王倩
尤锋
辛梦娇
胡金伟
谭训刚
机构
中国科学院海洋研究所
中国科学院大学
出处
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期1-7,共7页
基金
国家973计划资助项目(2010CB126304)
国家863计划资助项目(2012AA10A408
+1 种基金
2012AA092203)
国家科技基础条件平台建设运行项目-水产种质资源平台运行服务(2006DKA30470017)
文摘
为分析谷胱甘肽硫-转移酶M基因(glutathione S-transferases M,GSTM)与鱼类低温耐受性的相关性,本实验运用PCR-SSCP技术研究了130尾斑马鱼(Danio rerio)GSTM基因5?UTR、3?UTR和第一内含子序列的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs),同时分析了筛选到的基因型与其低温耐受性状的关联性。结果显示,在其5UTR区域检测到AB、BC、AC 3种基因型个体,共A、B、C 3个等位基因,其观测杂合度和期望杂合度分别是1.000和0.570,多态信息含量为0.472,所检测群体在该座位偏离了Hardy-Weinberg平衡;第1内含子中检测到DD、DE和EE 3种基因型个体,共D、E两个等位基因,其观测杂合度和期望杂合度分别为0.408和0.477,多态信息含量为0.362,群体在该座位符合Hardy-Weinberg平衡。3'UTR区域中没有发现多态性。上述2个SNP座位与斑马鱼低温耐受性状的关联分析结果表明,5'UTR区3种基因型与低温耐受性状均没有显著相关性(χ2=4.029,P>0.05)。而第1内含子3种基因型与低温耐受性状显著相关(χ2=8.498,P<0.05):DD基因型在耐低温群体中占优势(50.00%),并表现为对受低温胁迫斑马鱼的保护性因素(OR=0.520,95%CI=0.255–1.061),而DE基因型在不耐低温群体中占优势(51.31%),表现为低温胁迫下斑马鱼的危险因素(OR=3.012,95%CI=1.413–6.419)。研究结果为GSTM基因SNPs位点与斑马鱼低温耐受性能关联分析提供了依据,也将为海水经济鱼类抗寒标记筛选育种提供参考。
关键词
斑马鱼(Danio
rerio)
GSTM
PCR—SSCP
SNPS
低温耐受相关
Keywords
Danio rerio
GSTM
PCR-SSCP
SNPs
association to cold tolerance
分类号
Q347 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
荣成湾孔鳐群体线粒体DNA cytb部分序列的遗传多样性分析
被引量:
1
3
作者
刘梦侠
王丽娟
孔令怡
刘洪军
吴志昊
辛梦娇
张伟
尤锋
机构
山东海水养殖研究所
中国科学院海洋研究所
中国海洋大学海洋生命学院
出处
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第10期85-91,共7页
基金
国家海洋公益性行业科研专项(200805069)
文摘
对2009年和2011年采自荣成湾的孔鳐(Raja porosa)群体共54尾鱼的线粒体DNA细胞色素b基因(cytb)部分序列进行测定,以分析其遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在所获得的782 bp序列中,共检测到11个单倍型、15个多态位点,其单倍型多样性指数(H)为0.498±0.081,核苷酸多样性指数(π)为0.0018±0.0005,遗传多样性水平较低。其中,2009年样品检测到3种单倍型、4个单一变异位点,其H和π值分别为0.378±0.181和0.0010±0.0006;2011年样品检测到9种单倍型、6个单一变异位点和6个简约信息位点,其H和π值分别为0.352±0.086和0.0020±0.0006。分子方差分析(AMOVA)分析显示它们的遗传变异主要集中在同年度个体间(98.22%),而不同年度个体间的遗传变异远远小于同年度内个体间的变异。Kimura’s 2-parameter模型分析得到的2009,2011年度孔鳐间的遗传距离为0.0013,遗传分化系数为0.01778,也表明2009年和2011年孔鳐的遗传分化程度低,没有明显的遗传变异。中性检验表明,荣成湾孔鳐群体可能发生过种群扩张。
关键词
孔鳐(Rajaporosa)
荣成湾
细胞色素b基因(cytb)部分序列
群体遗传多样性
Keywords
Rajaporosa
the Rongcheng Bay
cytochrome b gene (cytb) partial sequence
population genetic diversity
分类号
Q347 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牙鲆耐寒相关基因CIRP、HMGB1的克隆及表达特征分析
胡金伟
尤锋
王倩
王丽娟
翁申达
辛梦娇
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2015
7
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职称材料
2
斑马鱼GSTM单核苷酸多态性与低温耐受性的相关分析
王倩
尤锋
辛梦娇
胡金伟
谭训刚
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2015
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
荣成湾孔鳐群体线粒体DNA cytb部分序列的遗传多样性分析
刘梦侠
王丽娟
孔令怡
刘洪军
吴志昊
辛梦娇
张伟
尤锋
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012
1
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职称材料
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