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基于肝脏转录组测序对不同海拔喜马拉雅旱獭的低氧适应性研究
被引量：
1
1
作者
赵坤钰
李优
+1 位作者
南新营
李耀东
《野生动物学报》
北大核心
2024年第2期305-313,共9页
为探究低、中、高3个不同海拔梯度下喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)基因表达是否存在差异,筛选该物种与高原低氧及强紫外辐射环境适应的相关候选基因,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台对喜马拉雅旱獭肝脏组织进行无参转录组学...
为探究低、中、高3个不同海拔梯度下喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)基因表达是否存在差异,筛选该物种与高原低氧及强紫外辐射环境适应的相关候选基因,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台对喜马拉雅旱獭肝脏组织进行无参转录组学分析,通过对质控后测序数据与参考基因组的比较分析,筛选差异表达基因后进行GO功能注释和KEGG富集分析。结果显示:乐都样品(低海拔组,LD)、玉树样品(高海拔组,YS)喜马拉雅旱獭肝脏组织中差异表达基因差异较大,刚察样品(中海拔组,GC)与其他两组间均具有较小的基因表达差异模式。上调表达基因在19个GO Terms和6个KEGG通路上有显著富集,氧化磷酸化相关基因(HiF-1α、MPKA3)、矿物质吸收及脂质代谢相关基因(PPARs)在高海拔组中呈现上调表达,推测这些基因可能直接或间接在喜马拉雅旱獭适应高海拔低氧等极端环境中,通过调整细胞代谢、提高氧化还原能力以及增强免疫反应来维持自身的生理功能和生存能力,为后续深入研究高原野生动物基因多样性以及喜马拉雅旱獭低氧适应性提供基因组学数据。
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关键词
喜马拉雅旱獭
低氧适应性
转录组学
肝脏
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职称材料
基于简化基因组测序技术的喜马拉雅旱獭遗传多样性分析
被引量：
2
2
作者
李优
南新营
+1 位作者
赵坤钰
李耀东
《野生动物学报》
北大核心
2023年第1期68-75,共8页
为揭示喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的遗传进化机制,基于双酶切RAD(dd-RAD)测序技术,对青海省3个地区(乐都、玉树、黄南)44例喜马拉雅旱獭简化基因组测序分析,通过SNP位点刻画其遗传特性,构建系统进化树,分析种群结构特征,从基因...
为揭示喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的遗传进化机制,基于双酶切RAD(dd-RAD)测序技术,对青海省3个地区(乐都、玉树、黄南)44例喜马拉雅旱獭简化基因组测序分析,通过SNP位点刻画其遗传特性,构建系统进化树,分析种群结构特征,从基因水平分析不同地区个体之间的遗传进化关系。结果显示:3个地区喜马拉雅旱獭共获得19 279 845个SNP位点,具有丰富的遗传多样性,各地区喜马拉雅旱獭的观测杂合度(Ho)为0.236~0.269,期望杂合度(He)为0.232~0.254。3个地区中,乐都和玉树的喜马拉雅旱獭杂合过度(He>He),黄南地区的多态信息量最大、有效等位基因数更接近等位基因数,表明其基因纯化程度和多态性高、等位基因分布较均匀;系统发育树将黄南样品分为2个遗传分支,乐都和玉树聚为1支。研究结果可为研究喜马拉雅旱獭比较基因组学和旱獭属动物的资源合理利用提供参考依据。
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关键词
喜马拉雅旱獭
简化基因组测序
SNP
遗传多样性分析
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职称材料
题名
基于肝脏转录组测序对不同海拔喜马拉雅旱獭的低氧适应性研究
被引量：
1
1
作者
赵坤钰
李优
南新营
李耀东
机构
青海大学基础医学院
出处
《野生动物学报》
北大核心
2024年第2期305-313,共9页
基金
青海省科技计划项目(2018-ZJ-775)。
文摘
为探究低、中、高3个不同海拔梯度下喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)基因表达是否存在差异,筛选该物种与高原低氧及强紫外辐射环境适应的相关候选基因,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台对喜马拉雅旱獭肝脏组织进行无参转录组学分析,通过对质控后测序数据与参考基因组的比较分析,筛选差异表达基因后进行GO功能注释和KEGG富集分析。结果显示:乐都样品(低海拔组,LD)、玉树样品(高海拔组,YS)喜马拉雅旱獭肝脏组织中差异表达基因差异较大,刚察样品(中海拔组,GC)与其他两组间均具有较小的基因表达差异模式。上调表达基因在19个GO Terms和6个KEGG通路上有显著富集,氧化磷酸化相关基因(HiF-1α、MPKA3)、矿物质吸收及脂质代谢相关基因(PPARs)在高海拔组中呈现上调表达,推测这些基因可能直接或间接在喜马拉雅旱獭适应高海拔低氧等极端环境中,通过调整细胞代谢、提高氧化还原能力以及增强免疫反应来维持自身的生理功能和生存能力,为后续深入研究高原野生动物基因多样性以及喜马拉雅旱獭低氧适应性提供基因组学数据。
关键词
喜马拉雅旱獭
低氧适应性
转录组学
肝脏
Keywords
Himalayan marmot(Marmota himalayana)
Hypoxia adaptation
Transcriptomics
Liver
分类号
Q953 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
基于简化基因组测序技术的喜马拉雅旱獭遗传多样性分析
被引量：
2
2
作者
李优
南新营
赵坤钰
李耀东
机构
青海大学
出处
《野生动物学报》
北大核心
2023年第1期68-75,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31260259)
青海省自然科学基金项目(2018-ZJ-775)。
文摘
为揭示喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的遗传进化机制,基于双酶切RAD(dd-RAD)测序技术,对青海省3个地区(乐都、玉树、黄南)44例喜马拉雅旱獭简化基因组测序分析,通过SNP位点刻画其遗传特性,构建系统进化树,分析种群结构特征,从基因水平分析不同地区个体之间的遗传进化关系。结果显示:3个地区喜马拉雅旱獭共获得19 279 845个SNP位点,具有丰富的遗传多样性,各地区喜马拉雅旱獭的观测杂合度(Ho)为0.236~0.269,期望杂合度(He)为0.232~0.254。3个地区中,乐都和玉树的喜马拉雅旱獭杂合过度(He>He),黄南地区的多态信息量最大、有效等位基因数更接近等位基因数,表明其基因纯化程度和多态性高、等位基因分布较均匀;系统发育树将黄南样品分为2个遗传分支,乐都和玉树聚为1支。研究结果可为研究喜马拉雅旱獭比较基因组学和旱獭属动物的资源合理利用提供参考依据。
关键词
喜马拉雅旱獭
简化基因组测序
SNP
遗传多样性分析
Keywords
Himalayan marmot(Marmota himalayana)
Simplify genome sequencing
SNP
Genetic diversity analysis
分类号
Q953 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于肝脏转录组测序对不同海拔喜马拉雅旱獭的低氧适应性研究
赵坤钰
李优
南新营
李耀东
《野生动物学报》
北大核心
2024
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于简化基因组测序技术的喜马拉雅旱獭遗传多样性分析
李优
南新营
赵坤钰
李耀东
《野生动物学报》
北大核心
2023
2
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