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影响口腔癌发生潜在MicroRNAs的生物信息学分析
1
作者
赵之新
卢轩
+2 位作者
杨铭
赵冰
唐川
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2021年第6期68-73,共6页
为获得口腔癌组织和正常组织之间差异表达的miRNAs,从分子水平研究相关的miRNAs在肿瘤发生发展中的作用,从GEO数据库筛选并下载口腔癌及正常组织的基因芯片,运用GEO2R工具分析筛选口腔癌与正常组织间的差异表达miRNAs.采用FunRich软件...
为获得口腔癌组织和正常组织之间差异表达的miRNAs,从分子水平研究相关的miRNAs在肿瘤发生发展中的作用,从GEO数据库筛选并下载口腔癌及正常组织的基因芯片,运用GEO2R工具分析筛选口腔癌与正常组织间的差异表达miRNAs.采用FunRich软件对将所得差异miRNAs进行GO功能注释、KEGG信号通路分析.通过对GSE124566和GSE113956两个芯片数据进行分析,分别筛选得到109、1079个差异表达miRNAs,分别包括41、673个上调基因和68、406个下调基因,筛选得到共同差异表达miRNAs有30个,其中上调16个,参与的生物过程主要有细胞间通讯等,细胞成分主要有细胞核等,分子功能主要有转录因子活性等;下调14个,参与的生物过程主要有信号转导等,细胞成分主要有细胞质等,分子功能主要有转录因子活性等.通过对口腔癌芯片数据的生物信息学分析,发现30个差异表达miRNAs是口腔癌发生、发展的重要miRNAs,囊泡介导的转运,核苷酸的代谢等过程.最后预测出了13796个靶基因,并通过PPI互作分析筛选出了联系最紧密的10个靶基因.
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关键词
生物信息学
口腔癌
差异表达miRNAs
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职称材料
题名
影响口腔癌发生潜在MicroRNAs的生物信息学分析
1
作者
赵之新
卢轩
杨铭
赵冰
唐川
机构
大连大学生命科学与技术学院
出处
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2021年第6期68-73,共6页
基金
国家自然科学基金项目(21606030)
辽宁省教育厅科学研究经费项目(LJKZ1178)
+1 种基金
大连市高层次人才创新支持计划项目(2019RQ118)
大连大学优秀青年创新创业团队项目(XQN202004)。
文摘
为获得口腔癌组织和正常组织之间差异表达的miRNAs,从分子水平研究相关的miRNAs在肿瘤发生发展中的作用,从GEO数据库筛选并下载口腔癌及正常组织的基因芯片,运用GEO2R工具分析筛选口腔癌与正常组织间的差异表达miRNAs.采用FunRich软件对将所得差异miRNAs进行GO功能注释、KEGG信号通路分析.通过对GSE124566和GSE113956两个芯片数据进行分析,分别筛选得到109、1079个差异表达miRNAs,分别包括41、673个上调基因和68、406个下调基因,筛选得到共同差异表达miRNAs有30个,其中上调16个,参与的生物过程主要有细胞间通讯等,细胞成分主要有细胞核等,分子功能主要有转录因子活性等;下调14个,参与的生物过程主要有信号转导等,细胞成分主要有细胞质等,分子功能主要有转录因子活性等.通过对口腔癌芯片数据的生物信息学分析,发现30个差异表达miRNAs是口腔癌发生、发展的重要miRNAs,囊泡介导的转运,核苷酸的代谢等过程.最后预测出了13796个靶基因,并通过PPI互作分析筛选出了联系最紧密的10个靶基因.
关键词
生物信息学
口腔癌
差异表达miRNAs
Keywords
bioinformation
oral cancer
differentially expressed miRNAs
分类号
R739.85 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
影响口腔癌发生潜在MicroRNAs的生物信息学分析
赵之新
卢轩
杨铭
赵冰
唐川
《华南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2021
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