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基于线粒体COI和18S rRNA基因构建舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库
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作者 冼华琳 汤昌盛 +5 位作者 张杨阳 张晓林 廖智 周钰琴 谢舒烨 严小军 《南方水产科学》 北大核心 2025年第4期85-97,共13页
为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank... 为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank参考数据库获取相关数据,共收集浮游动物线粒体COI基因序列195条和核糖体18S rRNA基因序列134条,初步建立了舟山海域浮游动物条形码数据库。对最优势类群桡足类进行了种间和种内遗传距离的计算分析。结果显示:桡足类COI基因序列种间平均遗传距离为0.3136,是种内平均遗传距离的34.09倍;18S rRNA基因序列的种间平均遗传距离为0.2628,是种内平均遗传距离的26.82倍。COI基因序列的种间和种内遗传距离存在明显的条形码间隔,而18S rRNA基因序列的种间和种内遗传距离存在重叠,没有明显的条形码间隔。基于COI和18S rRNA基因序列构建的系统发育树表明,2种条形码基因在目和科水平上均能有效区分不同的浮游动物类群。舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库的建立,有利于浮游动物种类鉴定及多样性评估,并为该海域海洋生态环境状况评价提供科学依据。 展开更多
关键词 浮游动物 COI基因 18S rRNA基因 DNA条形码数据库 舟山海域
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