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泉生热袍菌结构基因组的选靶研究
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作者 裴剑锋 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第5期499-503,共5页
对泉生热袍菌进行了结构基因组的选靶研究,从泉生热袍菌的蛋白组中挑选了20个蛋白质作为第一批进行结构测定的目标,以发现新的蛋白质折叠模式.选靶研究主要使用了BLAST搜索,PSI-BLAST搜索和ProtoNet数据库搜索等方法.另外,还用PredictPr... 对泉生热袍菌进行了结构基因组的选靶研究,从泉生热袍菌的蛋白组中挑选了20个蛋白质作为第一批进行结构测定的目标,以发现新的蛋白质折叠模式.选靶研究主要使用了BLAST搜索,PSI-BLAST搜索和ProtoNet数据库搜索等方法.另外,还用PredictProtein程序对选中的蛋白质进行了二级结构和外形预测.选中的20个蛋白质中有8个被克隆、表达和纯化,其中2个得到了单晶并收集了X衍射数据.实验结果和最近一些文献报道的结果表明,挑选的一些蛋白质具有新的折叠模式,表明了这种选靶策略的有效性. 展开更多
关键词 泉生热袍菌 结构基因组 选靶 蛋白质结构 BLAST PSI-BLAST ProtoNet
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复方心可舒治疗冠心病多靶点作用的分子对接 被引量:20
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作者 胡衍保 彭静波 +2 位作者 顾硕 裴剑锋 邹忠梅 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1257-1264,共8页
心可舒为治疗冠心病的常用中药复方,临床疗效确切,但是其效应物质基础和作用机制一直没有得到明确的解释.本文以从心可舒中直接鉴定出的51个化学成分和过氧化物酶体增生物激活受体γ(PPAR-γ),血管紧张素I转化酶(ACE),羟甲基戊二酰辅酶... 心可舒为治疗冠心病的常用中药复方,临床疗效确切,但是其效应物质基础和作用机制一直没有得到明确的解释.本文以从心可舒中直接鉴定出的51个化学成分和过氧化物酶体增生物激活受体γ(PPAR-γ),血管紧张素I转化酶(ACE),羟甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR),环氧合酶2(COX-2)以及凝血酶(thrombin)等5个冠心病相关靶点为研究对象,采用LibDock和AutoDock2种分子对接程序联合对接的方法对以上化学成分和靶点的相互作用进行探讨.首先用均方根偏差(RMSD)和富集因子(EF)考察了2种程序对于5个靶点受体配体结合体系的适用性,进而发现当2种程序联合使用时,各靶点的富集因子较程序单独使用时有明显的提高,因而最终使用LibDock和AutoDock联合进行筛选.计算结果表明心可舒中的葛根苷A、葛根苷B、丹酚酸A和丹酚酸C4个化合物可能作用于2个或者2个以上的靶点,另外还有8个化合物能够分别作用于5个靶点的其中1个靶点.本研究初步阐释了心可舒多靶点作用的分子机制,为心可舒的后期开发提供了一定的参考. 展开更多
关键词 分子对接 心可舒 中药复方 冠心病 多靶点作用 富集因子
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家蝇与大鼠GABA受体抑制剂的药效团模型及其3D-QSAR研究 被引量:9
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作者 任天瑞 沈斌 +2 位作者 裴剑锋 汪永生 向文胜 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第3期546-549,共4页
采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交... 采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交叉验证相关系数分别为 0 .5 2 6和 0 .679,验证了药效团模型的合理性 。 展开更多
关键词 GABAA受体 药效团模型 三维定量构效关系(3D-QSAR) 比较分子力场分析(CoMFA)
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酪氨酸激酶抑制剂的比较分子场分析 被引量:3
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作者 彭涛 裴剑锋 周家驹 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2003年第6期1076-1079,共4页
采用比较分子场分析 (Co MFA)方法研究了一组嘧啶类衍生物酪氨酸激酶抑制剂活性与结构的关系 .所得模型不仅能够很好地预报训练集中的化合物的活性 ,而且还可以准确地预报预报集中的化合物活性 .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,... 采用比较分子场分析 (Co MFA)方法研究了一组嘧啶类衍生物酪氨酸激酶抑制剂活性与结构的关系 .所得模型不仅能够很好地预报训练集中的化合物的活性 ,而且还可以准确地预报预报集中的化合物活性 .通过分析分子场等值面图在空间的分布 ,可以观察到叠加分子周围的立体和静电特征对化合物活性的影响 . 展开更多
关键词 酪氨酸激酶抑制剂 比较分子场分析 嘧啶类衍生物 活性 结构 三维定量构效关系 药物设计
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酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究 被引量:2
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作者 彭涛 裴剑锋 周家驹 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第2期163-166,共4页
利用柔性原子受体模型(FLARM)方法对一系列的异黄酮和喹诺酮衍生物表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,得到了合理的构效关系模型.FLARM方法的计算结果还给出了虚拟的受体模型,该模型说明了抑制剂与受体之间... 利用柔性原子受体模型(FLARM)方法对一系列的异黄酮和喹诺酮衍生物表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究,得到了合理的构效关系模型.FLARM方法的计算结果还给出了虚拟的受体模型,该模型说明了抑制剂与受体之间可能的相互作用.由该虚拟受体模型得到的受体-配体相互作用与Novartis药效团模型比较类似. 展开更多
关键词 酷氨酸激酶抑制剂 三维定量构效关系 柔性原子受体模型 FLARM
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流通式微生物传感器BOD快速测定仪
6
作者 裴剑锋 陈亚丽 +2 位作者 李炜 张先恩 张治平 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 1999年第5期186-187,共2页
介绍了流通式微生物传感器BOD快速测定仪在测定味精生产废水和石化工业废水中的应用。
关键词 微生物传感器 测定 污水生化治理
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稻壳灰制备硅铁红的工艺研究
7
作者 章慧芳 蔡景清 +2 位作者 蔡新安 刘文茂 裴剑锋 《安徽农业科学》 CAS 2013年第15期6894-6896,共3页
[目的]研究了稻壳灰制备硅铁红的工艺,为拓宽稻壳灰综合利用途径提供参考。[方法]在微波辐射条件下,采用稻壳灰为原料制备水玻璃,而后以此水玻璃为原料,利用溶胶-凝胶法,在微波辅助干燥条件下制备硅铁红颜料。同时考查了硅/铁摩尔比、... [目的]研究了稻壳灰制备硅铁红的工艺,为拓宽稻壳灰综合利用途径提供参考。[方法]在微波辐射条件下,采用稻壳灰为原料制备水玻璃,而后以此水玻璃为原料,利用溶胶-凝胶法,在微波辅助干燥条件下制备硅铁红颜料。同时考查了硅/铁摩尔比、微波辐射功率及时间、煅烧温度等因素对硅铁红包裹率的影响。[结果]研究表明,硅/铁摩尔比为7∶1,微波辐射功率和时间分别为600 W和8min,前驱体煅烧温度和时间分别为750℃和2 h;此条件下制备的Fe2O3/SiO2,其包裹率达到93.1%。[结论]在微波辅助下通过简单的sol-gel工艺,可以将SiO2玻璃包裹于Fe2O3颗粒表面而制备出硅铁红包裹颜料并且所制备的硅铁红包裹率高达93%左右,比市售硅铁红的包裹率要高。该工艺操作简单,适合工业化生产。 展开更多
关键词 微波辐射 SOL-GEL法 FE2O3 SIO2 硅铁红 陶瓷颜料
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