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梁山慈竹叶绿体基因组密码子偏好性分析
被引量:
1
1
作者
魏亚楠
龚明贵
+2 位作者
白娜
苏佳杰
姜霞
《浙江农林大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期696-705,共10页
【目的】探究梁山慈竹Dendrocalamus farinosus叶绿体基因组密码子偏好性使用形式,分析影响梁山慈竹密码子使用偏好性的主要原因,并确定最优密码子,为竹亚科Bambusoideae植物叶绿体基因组学研究提供参考依据。【方法】根据GenBank登录号...
【目的】探究梁山慈竹Dendrocalamus farinosus叶绿体基因组密码子偏好性使用形式,分析影响梁山慈竹密码子使用偏好性的主要原因,并确定最优密码子,为竹亚科Bambusoideae植物叶绿体基因组学研究提供参考依据。【方法】根据GenBank登录号MZ681865.156从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中下载85条梁山慈竹叶绿体基因序列,利用CodonW、CUSP及R语言软件分析有效密码子数(ENC)、适应指数(CAI)和同义密码子相对使用度(RSCU)等指标,对RSCU进行对应性分析,并根据ENC和RSCU对密码子进行排序。【结果】梁山慈竹叶绿体基因组密码子的鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)所占的比率(GC比率)平均为39.48%,且GC1(47.69%)>GC2(39.70%)>GC3(31.05%),密码子末位碱基偏好以A/U结尾;ENC多数在35以上,CAI为16.6%,其密码子偏好性较弱;中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析表明:影响梁山慈竹叶绿体基因组密码子偏好性的主要原因是自然选择。共有GCA、GCU、UUC及GGU等18个密码子被鉴定为梁山慈竹叶绿体基因组的最优密码子。【结论】自然选择是梁山慈竹叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素,并筛选出梁山慈竹叶绿体基因组有GCU、GAU以及GGU等18个最优密码子。
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关键词
梁山慈竹
密码子偏好性
叶绿体基因组
最优密码子
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职称材料
基于深度双线性转换注意力机制网络的林业有害生物识别方法
被引量:
1
2
作者
苏佳杰
张哲宇
+3 位作者
徐嘉俊
李彬
吕军
姚青
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期121-128,共8页
【目的】针对林业有害生物种类多,不少物种之间相似度高,视觉差异小,不易区分,导致林业防控人员无法快速准确识别有害生物种类的问题,本文提出基于深度双线性转换注意力机制网络(DBTANet)的林业有害生物细粒度图像识别方法。【方法】以...
【目的】针对林业有害生物种类多,不少物种之间相似度高,视觉差异小,不易区分,导致林业防控人员无法快速准确识别有害生物种类的问题,本文提出基于深度双线性转换注意力机制网络(DBTANet)的林业有害生物细粒度图像识别方法。【方法】以自然状态下拍摄的60种林业害虫和14种林业有害植物图像作为研究对象,利用水平镜像、亮度调节、高斯模糊和高斯噪声等方法对图像数据集进行增强,按6∶2∶2比例划分为训练集、验证集和测试集;采用双线性插值法将每幅图像缩放至统一尺寸;改进ResNet网络中残差模块,加入深度双线性转换模块和注意力机制模块,建立DBTANet-101网络进行特征提取与分类;利用平均准确率、平均召回率和平均F1值3个指标评价不同模型对林业有害生物的识别结果。【结果】VGGNet-19、ResNet-50、ResNet-101、改进残差模块的ResNet-50和ResNet-101共5个模型对74种林业有害生物平均准确率分别为78.6%、74.9%、76.3%、79.7%和81.1%;在改进残差模块的ResNet-101基础上,增加深度双线性转换模块和注意力机制模块后,74种林业有害生物的平均准确率和召回率分别提高了10.2%和12.1%,22种相似的有害生物细粒度图像平均准确率提高了15.7%。【结论】基于深度双线性转换注意力机制网络(DBTANet)的林业有害生物细粒度图像识别方法,对74种林业有害生物和22种相似有害生物细粒度图像的平均准确率分别为91.3%和85.1%;双线性转换模块和注意力机制可以有效提高林业有害生物识别模型的准确率。
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关键词
林业有害生物
细粒度图像识别
深度双线性转换
注意力机制
ResNet
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职称材料
Modbus通讯协议在PKS系统集成中的应用
被引量:
2
3
作者
苏佳杰
卫志刚
杨玉强
《科学技术创新》
2020年第12期90-91,共2页
浮式生产储油轮友谊号04年投产,由于当时的技术限制中控系统无法对现场关键设备进行监控。通过对关键设备PLC功能的统计和分析,最终通过使用Modbus通讯协议和RS485总线以及新型的通讯模块和串口服务器,实现了现场关键设备PLC与中控PKS...
浮式生产储油轮友谊号04年投产,由于当时的技术限制中控系统无法对现场关键设备进行监控。通过对关键设备PLC功能的统计和分析,最终通过使用Modbus通讯协议和RS485总线以及新型的通讯模块和串口服务器,实现了现场关键设备PLC与中控PKS系统的集成,有效的提高了中控对现场关键设备的监控水平,保证了现场设备稳定和良好的运行。
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关键词
MODBUS
RS485
PKS系统
PLC
串口服务器
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职称材料
饲料安全的主要影响因素与防控措施
4
作者
杨靖
苏佳杰
《农技服务》
2016年第8期111-111,共1页
饲料安全是畜禽产品安全的前提和保障,关系着人类健康和社会稳定,也越来越引起各级政府的关注。饲料中存在的不安全或具有安全隐患的因素很多,关注和解决安全问题刻不容缓。本文就影响饲料安全的主要因素进行了总结,并提出防控措施。
关键词
饲料
安全
影响因素
防控
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职称材料
敲除mig1基因对马克斯克鲁维酵母利用葡萄糖和木糖的影响
5
作者
李俊毅
王大红
+2 位作者
苏佳杰
姬翔
李阳
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第14期51-56,共6页
马克斯克鲁维酵母因其具有代谢木糖的能力而受到广泛关注。该文以具有完整木糖代谢通路的马克斯克鲁维酵母LJ0作为出发菌株,采用同源重组法敲除mig1基因,经筛选获得了敲除菌株LJ37。通过摇瓶发酵实验评价了敲除菌株的葡萄糖和木糖发酵能...
马克斯克鲁维酵母因其具有代谢木糖的能力而受到广泛关注。该文以具有完整木糖代谢通路的马克斯克鲁维酵母LJ0作为出发菌株,采用同源重组法敲除mig1基因,经筛选获得了敲除菌株LJ37。通过摇瓶发酵实验评价了敲除菌株的葡萄糖和木糖发酵能力,并通过RT-qPCR技术检测mig1基因的敲除对木糖代谢途径中3种关键基因表达量的影响。实验结果表明,mig1基因的敲除有效提高了菌株葡萄糖和木糖的代谢能力。以葡萄糖为底物时,敲除菌株生长量提升为野生型菌株的1.24倍,且具有利用葡萄糖进行高密度发酵的潜力。以木糖为唯一碳源时,敲除菌株的生长量提升了1.19倍;最大木糖利用速率提高到2.44 g/(L·h),为野生型的1.6倍;关键酶基因xyl1、xdh、xks1的相对表达量分别提升为野生型的2.25、2.43、2.00倍。
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关键词
马克斯克鲁维酵母
葡萄糖效应
mig1
基因敲除
木糖
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职称材料
海上石油平台关断阀可靠性与适用性提升研究
被引量:
3
6
作者
司军辉
苏佳杰
+1 位作者
杨博文
张思宇
《石化技术》
CAS
2021年第11期189-190,共2页
针对海上平台的多发生的关断阀故障,从关断阀阀芯材质、开关类型、运行工况、所处环境等多角度分析关断阀不动作的原因,并依据分析结果提出处理措施及改进意见,以期降低故障率,提高关断阀可靠性与适用性。
关键词
关断阀
材质
类型
故障率
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职称材料
题名
梁山慈竹叶绿体基因组密码子偏好性分析
被引量:
1
1
作者
魏亚楠
龚明贵
白娜
苏佳杰
姜霞
机构
河南科技大学食品与生物工程学院
贵州省林业科学研究院
出处
《浙江农林大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期696-705,共10页
基金
贵州省林业局资助项目(黔林科合[2019]06号)
国家自然科学基金资助项目(31860178)。
文摘
【目的】探究梁山慈竹Dendrocalamus farinosus叶绿体基因组密码子偏好性使用形式,分析影响梁山慈竹密码子使用偏好性的主要原因,并确定最优密码子,为竹亚科Bambusoideae植物叶绿体基因组学研究提供参考依据。【方法】根据GenBank登录号MZ681865.156从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中下载85条梁山慈竹叶绿体基因序列,利用CodonW、CUSP及R语言软件分析有效密码子数(ENC)、适应指数(CAI)和同义密码子相对使用度(RSCU)等指标,对RSCU进行对应性分析,并根据ENC和RSCU对密码子进行排序。【结果】梁山慈竹叶绿体基因组密码子的鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)所占的比率(GC比率)平均为39.48%,且GC1(47.69%)>GC2(39.70%)>GC3(31.05%),密码子末位碱基偏好以A/U结尾;ENC多数在35以上,CAI为16.6%,其密码子偏好性较弱;中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析表明:影响梁山慈竹叶绿体基因组密码子偏好性的主要原因是自然选择。共有GCA、GCU、UUC及GGU等18个密码子被鉴定为梁山慈竹叶绿体基因组的最优密码子。【结论】自然选择是梁山慈竹叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素,并筛选出梁山慈竹叶绿体基因组有GCU、GAU以及GGU等18个最优密码子。
关键词
梁山慈竹
密码子偏好性
叶绿体基因组
最优密码子
Keywords
Dendrocalamus farinosus
codon preference
chloroplast genome
optimal codons
分类号
S795.5 [农业科学—林木遗传育种]
S722 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
基于深度双线性转换注意力机制网络的林业有害生物识别方法
被引量:
1
2
作者
苏佳杰
张哲宇
徐嘉俊
李彬
吕军
姚青
机构
浙江理工大学信息学院
浙江省托普云农科技股份有限公司
出处
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期121-128,共8页
基金
浙江省自然科学基金项目(LY20C140008)。
文摘
【目的】针对林业有害生物种类多,不少物种之间相似度高,视觉差异小,不易区分,导致林业防控人员无法快速准确识别有害生物种类的问题,本文提出基于深度双线性转换注意力机制网络(DBTANet)的林业有害生物细粒度图像识别方法。【方法】以自然状态下拍摄的60种林业害虫和14种林业有害植物图像作为研究对象,利用水平镜像、亮度调节、高斯模糊和高斯噪声等方法对图像数据集进行增强,按6∶2∶2比例划分为训练集、验证集和测试集;采用双线性插值法将每幅图像缩放至统一尺寸;改进ResNet网络中残差模块,加入深度双线性转换模块和注意力机制模块,建立DBTANet-101网络进行特征提取与分类;利用平均准确率、平均召回率和平均F1值3个指标评价不同模型对林业有害生物的识别结果。【结果】VGGNet-19、ResNet-50、ResNet-101、改进残差模块的ResNet-50和ResNet-101共5个模型对74种林业有害生物平均准确率分别为78.6%、74.9%、76.3%、79.7%和81.1%;在改进残差模块的ResNet-101基础上,增加深度双线性转换模块和注意力机制模块后,74种林业有害生物的平均准确率和召回率分别提高了10.2%和12.1%,22种相似的有害生物细粒度图像平均准确率提高了15.7%。【结论】基于深度双线性转换注意力机制网络(DBTANet)的林业有害生物细粒度图像识别方法,对74种林业有害生物和22种相似有害生物细粒度图像的平均准确率分别为91.3%和85.1%;双线性转换模块和注意力机制可以有效提高林业有害生物识别模型的准确率。
关键词
林业有害生物
细粒度图像识别
深度双线性转换
注意力机制
ResNet
Keywords
forest pests
fine-grained image recognition
deep bilinear transformation
attention mechanism
ResNet
分类号
S763.3 [农业科学—森林保护学]
TP391.4 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
Modbus通讯协议在PKS系统集成中的应用
被引量:
2
3
作者
苏佳杰
卫志刚
杨玉强
机构
中海石油(中国)有限公司天津分公司
出处
《科学技术创新》
2020年第12期90-91,共2页
文摘
浮式生产储油轮友谊号04年投产,由于当时的技术限制中控系统无法对现场关键设备进行监控。通过对关键设备PLC功能的统计和分析,最终通过使用Modbus通讯协议和RS485总线以及新型的通讯模块和串口服务器,实现了现场关键设备PLC与中控PKS系统的集成,有效的提高了中控对现场关键设备的监控水平,保证了现场设备稳定和良好的运行。
关键词
MODBUS
RS485
PKS系统
PLC
串口服务器
分类号
TN914 [电子电信—通信与信息系统]
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职称材料
题名
饲料安全的主要影响因素与防控措施
4
作者
杨靖
苏佳杰
机构
廊坊市农业局
出处
《农技服务》
2016年第8期111-111,共1页
文摘
饲料安全是畜禽产品安全的前提和保障,关系着人类健康和社会稳定,也越来越引起各级政府的关注。饲料中存在的不安全或具有安全隐患的因素很多,关注和解决安全问题刻不容缓。本文就影响饲料安全的主要因素进行了总结,并提出防控措施。
关键词
饲料
安全
影响因素
防控
分类号
S816 [农业科学—饲料科学]
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职称材料
题名
敲除mig1基因对马克斯克鲁维酵母利用葡萄糖和木糖的影响
5
作者
李俊毅
王大红
苏佳杰
姬翔
李阳
机构
河南科技大学食品与生物工程学院
河南省食品微生物工程技术研究中心
河南科技大学
出处
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第14期51-56,共6页
基金
河南省重点攻关项目(182102210282)。
文摘
马克斯克鲁维酵母因其具有代谢木糖的能力而受到广泛关注。该文以具有完整木糖代谢通路的马克斯克鲁维酵母LJ0作为出发菌株,采用同源重组法敲除mig1基因,经筛选获得了敲除菌株LJ37。通过摇瓶发酵实验评价了敲除菌株的葡萄糖和木糖发酵能力,并通过RT-qPCR技术检测mig1基因的敲除对木糖代谢途径中3种关键基因表达量的影响。实验结果表明,mig1基因的敲除有效提高了菌株葡萄糖和木糖的代谢能力。以葡萄糖为底物时,敲除菌株生长量提升为野生型菌株的1.24倍,且具有利用葡萄糖进行高密度发酵的潜力。以木糖为唯一碳源时,敲除菌株的生长量提升了1.19倍;最大木糖利用速率提高到2.44 g/(L·h),为野生型的1.6倍;关键酶基因xyl1、xdh、xks1的相对表达量分别提升为野生型的2.25、2.43、2.00倍。
关键词
马克斯克鲁维酵母
葡萄糖效应
mig1
基因敲除
木糖
Keywords
Kluyveromyces marxianus
glucose effect
mig1
gene knockout
xylose
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
海上石油平台关断阀可靠性与适用性提升研究
被引量:
3
6
作者
司军辉
苏佳杰
杨博文
张思宇
机构
中海油(中国)有限公司天津分公司
出处
《石化技术》
CAS
2021年第11期189-190,共2页
文摘
针对海上平台的多发生的关断阀故障,从关断阀阀芯材质、开关类型、运行工况、所处环境等多角度分析关断阀不动作的原因,并依据分析结果提出处理措施及改进意见,以期降低故障率,提高关断阀可靠性与适用性。
关键词
关断阀
材质
类型
故障率
分类号
TE95 [石油与天然气工程—石油机械设备]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
梁山慈竹叶绿体基因组密码子偏好性分析
魏亚楠
龚明贵
白娜
苏佳杰
姜霞
《浙江农林大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
在线阅读
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职称材料
2
基于深度双线性转换注意力机制网络的林业有害生物识别方法
苏佳杰
张哲宇
徐嘉俊
李彬
吕军
姚青
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
在线阅读
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职称材料
3
Modbus通讯协议在PKS系统集成中的应用
苏佳杰
卫志刚
杨玉强
《科学技术创新》
2020
2
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职称材料
4
饲料安全的主要影响因素与防控措施
杨靖
苏佳杰
《农技服务》
2016
0
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职称材料
5
敲除mig1基因对马克斯克鲁维酵母利用葡萄糖和木糖的影响
李俊毅
王大红
苏佳杰
姬翔
李阳
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2021
0
在线阅读
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职称材料
6
海上石油平台关断阀可靠性与适用性提升研究
司军辉
苏佳杰
杨博文
张思宇
《石化技术》
CAS
2021
3
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职称材料
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