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巨魾线粒体12S rRNA和16S rRNA基因克隆及多态性分析 被引量:3
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作者 杜民 牛宝珍 +2 位作者 贾梦应 刘艳红 艾加林 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期83-89,共7页
运用酚-氯仿方法提取12尾采集于云南省境内河口县的巨魾DNA,利用GenBank中鮡科种类设计特异性引物进行PCR扩增和克隆,利用DNAMAN软件进行序列比对以及采用软件MEGA 4.0来分析巨魾的碱基含量、遗传距离和系统进化树.结果显示:(1)得到954b... 运用酚-氯仿方法提取12尾采集于云南省境内河口县的巨魾DNA,利用GenBank中鮡科种类设计特异性引物进行PCR扩增和克隆,利用DNAMAN软件进行序列比对以及采用软件MEGA 4.0来分析巨魾的碱基含量、遗传距离和系统进化树.结果显示:(1)得到954bp的12S rRNA基因序列和535bp的16S rRNA基因序列各12条;(2)12尾巨魾的12S rRNA基因、16S rRNA基因以及12S rRNA基因和16S rRNA的合并基因序列的相似性分别为99.89%,99.95%,99.89%;(3)12尾巨魾的12S rRNA,16S rRNA均表现出A+T碱基含量高于G+C碱基含量;(4)12尾巨魾的平均遗传距离为0.002,转换比颠换的平均值为3.065;(5)利用Neighbor-Joining(NJ)法构建的系统进化树表明魾属单独成一支,支持率达到99%,这一结果与传统的形态学分类基本相似. 展开更多
关键词 巨魾 12S RRNA基因 16S RRNA基因 系统进化
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九孔鲍MSTN基因cSNP多态性及与生长性状关联分析 被引量:1
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作者 艾加林 栗志民 +1 位作者 刘建勇 申玉春 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期78-85,共8页
九孔鲍(Haliotisdiversicolorsupertexta)是中国南方具有较高经济价值的养殖贝类。肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)是转化生长因子β超家族(TGF-β)中参与动物肌肉生长的重要调控因子,因此MSTN基因是动物遗传改良的重要候选基因。为探... 九孔鲍(Haliotisdiversicolorsupertexta)是中国南方具有较高经济价值的养殖贝类。肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)是转化生长因子β超家族(TGF-β)中参与动物肌肉生长的重要调控因子,因此MSTN基因是动物遗传改良的重要候选基因。为探究九孔鲍MSTN基因的多态性及其生长相关性,实验采用PCR产物直接测序方法对九孔鲍MSTN基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛选,对MSTN基因SNP与体质量、壳长、壳宽进行关联性分析,运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测九孔鲍MSTN基因不同基因型的表达水平。结果显示:在九孔鲍MSTN基因中共筛选出9个SNP位点。SNP位点与生长性状关联分析发现,九孔鲍MSTN基因编码区SNP位点g909C>T发生C/T同义突变与九孔鲍体质量、壳长、壳宽显著相关。TT基因型九孔鲍的体质量显著高于CC基因型和TC基因型个体;TT基因型的壳长、壳宽显著高于CC基因型(p<0.05)。通过qRT-PCR检测显示,在九孔鲍MSTN基因SNP位点g909C>T的3种基因型中, TC和CC基因型的基因表达量显著高于TT基因型(p?0.05)。研究结果表明MSTN基因SNP位点g909C>T可作为九孔鲍标记辅助选择育种重要候选标记。 展开更多
关键词 九孔鲍 MSTN 单核苷酸多态性 生长性状 关联分析
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九孔鲍α-淀粉酶基因克隆、表达分析及与生长性状相关性 被引量:1
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作者 栗志民 钱佳慧 +2 位作者 刘建勇 艾加林 檀克勤 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期14-21,共8页
实验采用cDNA末端快速扩增(RACE)和反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术对九孔鲍(Haliotis diversicolor supertexta)α-淀粉酶基因c DNA进行克隆,并分析该基因的组织表达及其与生长性状的相关性。结果表明,九孔鲍α-淀粉酶基因c DNA全长... 实验采用cDNA末端快速扩增(RACE)和反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术对九孔鲍(Haliotis diversicolor supertexta)α-淀粉酶基因c DNA进行克隆,并分析该基因的组织表达及其与生长性状的相关性。结果表明,九孔鲍α-淀粉酶基因c DNA全长为2 260 bp,其中开放阅读框长度为2 088 bp,共编码695个氨基酸。经Singal P分析,α-淀粉酶多肽链中含有信号肽结构,且长度为18个氨基酸(MWAQYGIVSALLVLSASA),由该多肽链折叠成的三级结构中含有domain A、domain C 2个结构域,并且在domain A第28~第396氨基酸处存在催化中心。该基因在九孔鲍右侧壳肌、肠、肝脏、胃、外套膜、吻、腹足7种组织中均有不同程度表达。其中在胃中表达量最高,表达量高达326.803;而在外套膜中表达量最低,表达量仅为0.35。经ANOVA分析,消化组织与非消化组织间的α-淀粉酶基因表达量存在显著差异(P<0.05)。α-淀粉酶基因mRNA表达量与生长性状呈显著正相关(P<0.05)。 展开更多
关键词 九孔鲍 Α-淀粉酶 基因克隆 基因表达 生长性状
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九孔鲍BMP-2基因cDNA克隆及表达分析
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作者 艾加林 栗志民 +1 位作者 刘建勇 申玉春 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期107-115,共9页
为探究BMP-2基因在九孔鲍(Haliotisdiversicolorsupertexta)中的功能,采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从九孔鲍外套膜中获得了BMP-2基因cDNA全长,并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了BMP-2基因在各组织和发育时期的表达水平。结果表明:... 为探究BMP-2基因在九孔鲍(Haliotisdiversicolorsupertexta)中的功能,采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从九孔鲍外套膜中获得了BMP-2基因cDNA全长,并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了BMP-2基因在各组织和发育时期的表达水平。结果表明:九孔鲍BMP-2基因cDNA全长2572bp,其中5′非编码区(5′UTR)123bp, 3′非编码区(3′UTR)1150bp,开放阅读框(ORF)为1299 bp,编码432个氨基酸,其分子质量为48.59ku,理论等电点(pI)为9.84;具有N端信号肽(1-39 aa)、TGF-β前肽区域(63-294 aa)和TGF-β成熟肽区域(331-432 aa),以及蛋白酶水解位点RLRR (272-275 aa)和7个保守的半胱氨酸残基,符合TGF-β超家族蛋白典型结构特征。系统进化树结果显示九孔鲍BMP-2基因和耳鲍聚为一支。qRT-PCR结果表明BMP-2基因在九孔鲍的6个组织中均有表达,在足、右侧壳肌、外套膜及肝脏中显著高表达;在检测的7个发育时期均表达,其中在受精卵、4细胞、8细胞、原肠胚、稚鲍时期表达量显著高于卵、幼鲍时期。研究表明BMP-2基因可能在九孔鲍贝壳形成中具有重要作用。 展开更多
关键词 九孔鲍 BMP-2 CDNA 基因克隆
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