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青海省海西州鼠疫自然疫源地分离鼠疫菌株CRISPR基因分型研究
被引量：
1
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作者
张琪
代瑞霞
+7 位作者
何建
靳娟
李胜
王兴斌
施昊旻
艾丽孜热·艾尼瓦尔
廖星豪
张雪飞
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期665-669,共5页
目的利用DNA规律聚集簇间隔短回文重复序列(Clustered regularlyinter-spaced short palindromic repeats CRISPR)分型方法,全面探索海西地区分离鼠疫菌株是否存在新的基因型,为鼠疫菌溯源鉴定及流行病学分析提供理论依据。方法分离培...
目的利用DNA规律聚集簇间隔短回文重复序列(Clustered regularlyinter-spaced short palindromic repeats CRISPR)分型方法,全面探索海西地区分离鼠疫菌株是否存在新的基因型,为鼠疫菌溯源鉴定及流行病学分析提供理论依据。方法分离培养海西地区1961-2009年间取自鼠疫患者、媒介昆虫及中间宿主的50株鼠疫菌后提取其DNA,利用PCR技术,对鼠疫菌CRISPR分型中的YPa、YPb、YPc 3个位点进行扩增,测定其扩增产物核酸序列并进行分析,将测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和NCBI数据库进行比对,找出新的CRISPR spacer阵列,基因型别,分析其进化关系,最终确定青海省海西州喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌株的CRISPR基因库。结果50株鼠疫菌在3个CRISPR位点上共有24种spacer,其中YPa位点上有13种、YPb位点8种、YPc位点3种,b51是新发现的spacer。50株鼠疫菌可被分为16个基因型,共归为6大CRISPR类群。Ca35′是该地区主要流行类群;Ca7是流行最为广泛的类群;Cb4和Cb4′仅存在于格尔木唐古拉地区。结论青海省海西州地区鼠疫菌种群结构复杂,Ca35′、Ca7、Cb4′是流行最普遍的种群,G26-a1′型、G22型、G9型、G26-a1′a4-为主要基因型,呈现显著的地区分布特征,今后可以利用CRISPR基因分型技术加强该地区鼠疫溯源检测和防控工作。
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关键词
规律聚集簇间隔短回文重复序列
鼠疫菌
基因分型
青海省海西州
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职称材料
题名
青海省海西州鼠疫自然疫源地分离鼠疫菌株CRISPR基因分型研究
被引量：
1
1
作者
张琪
代瑞霞
何建
靳娟
李胜
王兴斌
施昊旻
艾丽孜热·艾尼瓦尔
廖星豪
张雪飞
机构
青海大学医学部公共卫生系
青海省地方病预防控制所鼠疫菌专业实验室
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期665-669,共5页
基金
国家自然科学基金(No.81660349)
国家重点研发计划(No.2021YFC1200204)联合资助。
文摘
目的利用DNA规律聚集簇间隔短回文重复序列(Clustered regularlyinter-spaced short palindromic repeats CRISPR)分型方法,全面探索海西地区分离鼠疫菌株是否存在新的基因型,为鼠疫菌溯源鉴定及流行病学分析提供理论依据。方法分离培养海西地区1961-2009年间取自鼠疫患者、媒介昆虫及中间宿主的50株鼠疫菌后提取其DNA,利用PCR技术,对鼠疫菌CRISPR分型中的YPa、YPb、YPc 3个位点进行扩增,测定其扩增产物核酸序列并进行分析,将测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和NCBI数据库进行比对,找出新的CRISPR spacer阵列,基因型别,分析其进化关系,最终确定青海省海西州喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌株的CRISPR基因库。结果50株鼠疫菌在3个CRISPR位点上共有24种spacer,其中YPa位点上有13种、YPb位点8种、YPc位点3种,b51是新发现的spacer。50株鼠疫菌可被分为16个基因型,共归为6大CRISPR类群。Ca35′是该地区主要流行类群;Ca7是流行最为广泛的类群;Cb4和Cb4′仅存在于格尔木唐古拉地区。结论青海省海西州地区鼠疫菌种群结构复杂,Ca35′、Ca7、Cb4′是流行最普遍的种群,G26-a1′型、G22型、G9型、G26-a1′a4-为主要基因型,呈现显著的地区分布特征,今后可以利用CRISPR基因分型技术加强该地区鼠疫溯源检测和防控工作。
关键词
规律聚集簇间隔短回文重复序列
鼠疫菌
基因分型
青海省海西州
Keywords
clustered regularly interspaced short palindromic repeat
Yersinia pestis genetic typing
Haixi Qinghai Province
分类号
R378.6 [医药卫生—病原生物学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
青海省海西州鼠疫自然疫源地分离鼠疫菌株CRISPR基因分型研究
张琪
代瑞霞
何建
靳娟
李胜
王兴斌
施昊旻
艾丽孜热·艾尼瓦尔
廖星豪
张雪飞
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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