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几个中国地方猪群体遗传结构和产仔数性状选择信号分析
被引量：
7
1
作者
路玉洁
莫家远
+6 位作者
綦文晶
朱思燃
杨丽丽
刘巧玲
卜亚歌
兰干球
梁晶
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期360-369,共10页
旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因。本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、1...
旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因。本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、16头五指山猪在内的低产仔数组和包括11头姜曲海猪、20头蓝塘猪、20头梅山猪在内的高产仔数组,经质控和基因型填充后,使用软件进行亲缘关系分析、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析、进化树构建和选择信号分析,并对受选择位点进行基因定位和功能富集分析。对数据进行质控和基因型填充后共获得33285个SNPs位点,6个中国地方猪品种间个体的亲缘关系较远,品种内个体亲缘关系较近;6个群体的LD衰减速度都非常快,依次为梅山猪<蓝塘猪<姜曲海猪<明光小耳猪<五指山猪或迪庆藏猪;梅山猪群体内存在3个亲缘关系较高的小群体,明光小耳猪有部分个体与迪庆藏猪聚集在一起,各个猪种在进化树的距离与其地理距离较为一致。选择信号分析共筛选到176个受选择的SNPs位点,在其上、下游12.68 kb范围内共检测到66个候选基因,富集到6条信号通路。通过文献查阅发现5个可能与繁殖性状相关的基因,其中CHD7与生长发育迟缓和生殖器异常相关,FBXO43与繁殖力相关并且影响呈圆周运动的精子数量,RUNX1控制雌激素、雄激素和前列腺素的分泌,STRBP与卵巢发育有关,TEDDM1在附睾中特异性表达。CHD7、FBXO43、RUNX1、STRBP和TEDDM1基因可能作为中国地方猪产仔数性状的候选基因。
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关键词
群体遗传结构
产仔数
选择信号
SNP位点
候选基因
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职称材料
高脂高糖饮食对小型猪肠道微生物的影响
被引量：
7
2
作者
田威龙
司景磊
+11 位作者
刘笑笑
綦文晶
陈奎蓉
程锋
李月月
吕冬玲
梁靓
高九昱
奉玲丽
莫家远
兰干球
梁晶
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期1143-1153,共11页
高能饮食是肥胖发生的重要诱因之一,肠道微生物在其中发挥重要作用。为探究高脂高糖饮食过程中肠道微生物组成的动态变化并筛选与肥胖发展密切相关的肠道微生物,本研究以广西巴马小型猪为动物模型,随机分为普通饮食组(CN组)和高脂高糖...
高能饮食是肥胖发生的重要诱因之一,肠道微生物在其中发挥重要作用。为探究高脂高糖饮食过程中肠道微生物组成的动态变化并筛选与肥胖发展密切相关的肠道微生物,本研究以广西巴马小型猪为动物模型,随机分为普通饮食组(CN组)和高脂高糖饮食组(HFD组),进行为期30 d的饮食干预,分别在干预0、7、15和30 d时收集粪便样品,利用16S rRNA基因测序技术分析高脂高糖饮食对广西巴马小型猪肠道微生物组成、结构和功能的影响。结果显示:HFD组个体肠道微生物的多样性普遍低于CN组,高脂高糖饮食改变了小型猪肠道微生物的结构;随着高脂高糖饮食干预时间的增加,观察到了肠道微生物组的总体变化趋势:在门水平,HFD组个体肠道微生物中Firmicutes丰度增加而Bacteroidetes丰度逐渐下降;在属水平,HFD组中Lactobacillus丰度逐渐减少而Ruminococcus丰度则不断升高;CN组和HFD组之间存在一些显著差异的肠道微生物,其中g__Lactobacillus、g__norank_f__p_251_o5和g__unclassified_c__Bacilli等12个菌群在CN组显著富集,g__Peptococcus、g__Collinsella和g__Senegalimassilia等8个菌群在HFD组显著富集,可能是与肥胖发生相关的潜在微生物;微生物功能预测分析发现,两组之间微生物功能无显著性差异,均主要富集在氨基酸的生物合成、淀粉与蔗糖的代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢以及糖酵解和糖异生等方面。本研究发现,高脂高糖饮食降低了肠道微生物的多样性,使微生物结构发生了改变,存在一定菌群失调的现象,发现了与肥胖发展密切相关的潜在微生物。
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关键词
小型猪
肥胖
高脂高糖饮食
肠道微生物
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职称材料
题名
几个中国地方猪群体遗传结构和产仔数性状选择信号分析
被引量：
7
1
作者
路玉洁
莫家远
綦文晶
朱思燃
杨丽丽
刘巧玲
卜亚歌
兰干球
梁晶
机构
广西大学动物科学技术学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期360-369,共10页
基金
国家现代农业产业技术体系(nycytxgxcxtd-15-01)
广西创新驱动发展专项(桂科AA17204029)
广西科技重大专项(桂科AA17292002)。
文摘
旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因。本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、16头五指山猪在内的低产仔数组和包括11头姜曲海猪、20头蓝塘猪、20头梅山猪在内的高产仔数组,经质控和基因型填充后,使用软件进行亲缘关系分析、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析、进化树构建和选择信号分析,并对受选择位点进行基因定位和功能富集分析。对数据进行质控和基因型填充后共获得33285个SNPs位点,6个中国地方猪品种间个体的亲缘关系较远,品种内个体亲缘关系较近;6个群体的LD衰减速度都非常快,依次为梅山猪<蓝塘猪<姜曲海猪<明光小耳猪<五指山猪或迪庆藏猪;梅山猪群体内存在3个亲缘关系较高的小群体,明光小耳猪有部分个体与迪庆藏猪聚集在一起,各个猪种在进化树的距离与其地理距离较为一致。选择信号分析共筛选到176个受选择的SNPs位点,在其上、下游12.68 kb范围内共检测到66个候选基因,富集到6条信号通路。通过文献查阅发现5个可能与繁殖性状相关的基因,其中CHD7与生长发育迟缓和生殖器异常相关,FBXO43与繁殖力相关并且影响呈圆周运动的精子数量,RUNX1控制雌激素、雄激素和前列腺素的分泌,STRBP与卵巢发育有关,TEDDM1在附睾中特异性表达。CHD7、FBXO43、RUNX1、STRBP和TEDDM1基因可能作为中国地方猪产仔数性状的候选基因。
关键词
群体遗传结构
产仔数
选择信号
SNP位点
候选基因
Keywords
population genetic structure
litter size
selection signal
SNP locus
candidate gene
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
高脂高糖饮食对小型猪肠道微生物的影响
被引量：
7
2
作者
田威龙
司景磊
刘笑笑
綦文晶
陈奎蓉
程锋
李月月
吕冬玲
梁靓
高九昱
奉玲丽
莫家远
兰干球
梁晶
机构
广西大学动物科学技术学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期1143-1153,共11页
基金
广西自然科学基金(2018GXNSFAA294038,2017GXNSFBA198157)
国家自然科学基金(81860150)
广西研究生教育创新计划资助项目(YCSW2020006)。
文摘
高能饮食是肥胖发生的重要诱因之一,肠道微生物在其中发挥重要作用。为探究高脂高糖饮食过程中肠道微生物组成的动态变化并筛选与肥胖发展密切相关的肠道微生物,本研究以广西巴马小型猪为动物模型,随机分为普通饮食组(CN组)和高脂高糖饮食组(HFD组),进行为期30 d的饮食干预,分别在干预0、7、15和30 d时收集粪便样品,利用16S rRNA基因测序技术分析高脂高糖饮食对广西巴马小型猪肠道微生物组成、结构和功能的影响。结果显示:HFD组个体肠道微生物的多样性普遍低于CN组,高脂高糖饮食改变了小型猪肠道微生物的结构;随着高脂高糖饮食干预时间的增加,观察到了肠道微生物组的总体变化趋势:在门水平,HFD组个体肠道微生物中Firmicutes丰度增加而Bacteroidetes丰度逐渐下降;在属水平,HFD组中Lactobacillus丰度逐渐减少而Ruminococcus丰度则不断升高;CN组和HFD组之间存在一些显著差异的肠道微生物,其中g__Lactobacillus、g__norank_f__p_251_o5和g__unclassified_c__Bacilli等12个菌群在CN组显著富集,g__Peptococcus、g__Collinsella和g__Senegalimassilia等8个菌群在HFD组显著富集,可能是与肥胖发生相关的潜在微生物;微生物功能预测分析发现,两组之间微生物功能无显著性差异,均主要富集在氨基酸的生物合成、淀粉与蔗糖的代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢以及糖酵解和糖异生等方面。本研究发现,高脂高糖饮食降低了肠道微生物的多样性,使微生物结构发生了改变,存在一定菌群失调的现象,发现了与肥胖发展密切相关的潜在微生物。
关键词
小型猪
肥胖
高脂高糖饮食
肠道微生物
Keywords
mini-pig
obesity
high-fat and high-sugar diet
intestinal microbiota
分类号
S828.5 [农业科学—畜牧学]
Q938.15 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
几个中国地方猪群体遗传结构和产仔数性状选择信号分析
路玉洁
莫家远
綦文晶
朱思燃
杨丽丽
刘巧玲
卜亚歌
兰干球
梁晶
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
高脂高糖饮食对小型猪肠道微生物的影响
田威龙
司景磊
刘笑笑
綦文晶
陈奎蓉
程锋
李月月
吕冬玲
梁靓
高九昱
奉玲丽
莫家远
兰干球
梁晶
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
7
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