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条斑紫菜PyHDAC1的鉴定及互作蛋白筛选
1
作者 张晓倩 钱慧娟 +4 位作者 孙琪然 管晓伟 殷吉强 王欣然 王冬梅 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期162-172,共11页
组蛋白去乙酰化酶(HDAC)通过催化组蛋白上赖氨酸残基的去乙酰化影响基因转录活性,在条斑紫菜(Pyropia yezoensis)中参与调控损伤诱导下单孢子的形成。我们在条斑紫菜中鉴定到一个编码HDAC的基因PyHDAC1。为探究PyHDAC1在损伤诱导单孢子... 组蛋白去乙酰化酶(HDAC)通过催化组蛋白上赖氨酸残基的去乙酰化影响基因转录活性,在条斑紫菜(Pyropia yezoensis)中参与调控损伤诱导下单孢子的形成。我们在条斑紫菜中鉴定到一个编码HDAC的基因PyHDAC1。为探究PyHDAC1在损伤诱导单孢子的形成中的生物学功能,本研究通过生物信息学的方法对PyHDAC1的结构、启动子顺式作用元件、系统发育及损伤诱导后的转录表达水平进行了分析;同时利用酵母双杂交技术筛选了PyHDAC1的互作蛋白并分析互作蛋白在损伤后的转录表达谱。研究显示,PyHDAC1含有保守的HDAC结构域,在红藻类群中具有高度保守性,其启动子上含有多种抗逆相关的顺式作用元件,且在损伤后的转录表达量呈上调趋势;此外,共筛选并验证得到10个PyHDAC1的互作蛋白。本文对PyHDAC1进行了鉴定、转录表达分析及互作蛋白筛选,为进一步探究其在损伤诱导单孢子形成中的调控机制提供重要信息。 展开更多
关键词 条斑紫菜 组蛋白去乙酰化酶 PyHDAC1 互作蛋白 酵母双杂 损伤胁迫
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条斑紫菜SOD基因家族的全基因组分析及温度和失水胁迫下表达研究 被引量：2
2
作者 管晓伟 王冬梅 +1 位作者 陈睿 曲伟华 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期60-68,共9页
为探究超氧化物歧化酶(Superoxide dismutase,SOD)在条斑紫菜响应温度和失水胁迫时发挥的作用,本文利用生物信息学的方法对条斑紫菜SOD基因家族的进化树、染色体定位、基因结构和蛋白结构等方面进行研究分析。在条斑紫菜中共鉴定出12个... 为探究超氧化物歧化酶(Superoxide dismutase,SOD)在条斑紫菜响应温度和失水胁迫时发挥的作用,本文利用生物信息学的方法对条斑紫菜SOD基因家族的进化树、染色体定位、基因结构和蛋白结构等方面进行研究分析。在条斑紫菜中共鉴定出12个SOD基因(PySOD),包括8种Cu/Zn-SOD、3种Mn-SOD和1种Fe-SOD,不均等地分布在3条染色体上,且各含0~2个内含子;SOD基因启动子区域含有不同数目的胁迫响应、生长发育和激素响应元件;Mn-SOD和Fe-SOD二级结构中α螺旋所占比重大,Cu/Zn-SOD中β折叠所占比重大。基于条斑紫菜受到温度和失水胁迫的转录组数据和qPCR结果,PySOD不同胁迫条件下具有不同的表达模式,尤其在失水胁迫时Cu/Zn-SOD表达量呈现不同程度的上调。这种PySOD基因的全基因组分析为了解植物中SOD基因的进化关系提供信息,并且条斑紫菜受温度和失水胁迫时SOD基因的表达分析为改良条斑紫菜育种提供参考。 展开更多
关键词 条斑紫菜 温度胁迫 失水胁迫 超氧化物歧化酶 基因家族
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坛紫菜响应失水胁迫的代谢组学分析 被引量：1
3
作者 陈睿 杜国英 +4 位作者 管晓伟 陈念慈 曹敏 茅云翔 王冬梅 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期76-85,共10页
为探究坛紫菜响应失水胁迫的机制,以坛紫菜(Pyropia haitanensis)为研究对象,采用超高效液相色谱-串联四级杆质谱(UPLC-MS/MS)技术分析了坛紫菜叶状体在失水/复水胁迫下的代谢组学变化。在坛紫菜提取物中检测和鉴定到了大量代谢物(已知... 为探究坛紫菜响应失水胁迫的机制,以坛紫菜(Pyropia haitanensis)为研究对象,采用超高效液相色谱-串联四级杆质谱(UPLC-MS/MS)技术分析了坛紫菜叶状体在失水/复水胁迫下的代谢组学变化。在坛紫菜提取物中检测和鉴定到了大量代谢物(已知的有206种)。利用Analyst 1.6.1软件对原始质谱数据进行采集,通过偏最小二乘判别分析法(PLS-DA)分析主成分,寻找差异代谢物。本研究发现坛紫菜失水组与正常对照组的代谢组间共有58种差异代谢物,失水条件下有38种上调,20种下调,主要包括一些氨基酸类及氨基酸衍生物、苯丙素类、甘油磷脂、核苷酸及其衍生物、黄酮类及类黄酮类、还有植物激素;富集到3条代谢通路,分别是氨酰-tRNA生物合成、嘌呤代谢以及半胱氨酸和蛋氨酸代谢通路。具有抗氧化能力的黄酮类物质、渗透保护因子脯氨酸和甜菜碱在叶状体失水时含量均升高,这表明它们在坛紫菜响应失水逆境中起重要的作用。坛紫菜失水组与复水组组间也存在较大代谢物差异,共筛选出50种差异代谢物,复水后有30种上调,20种下调,主要包括儿茶素及其衍生物、甘油磷脂、黄酮类、脂肪酸、萜类、氨基酸衍生物、苯丙素类以及植物激素类;富集到5条代谢通路,包括:半胱氨酸/蛋氨酸代谢、甘氨酸/丝氨酸/苏氨酸的代谢、D-丙氨酸代谢、氨酰-tRNA生物合成和ABC转运通路。坛紫菜复水组与对照组的组间有42种差异代谢物。与对照组相比,复水组有31种代谢物上调和11种下调,主要包括氨基酸类及氨基酸衍生物、儿茶素衍生物、黄酮类、苯丙素类、萜类和脂肪酸等,仅富集到半胱氨酸和蛋氨酸代谢这一条代谢通路。多种代谢物的变化说明坛紫菜中有多种响应胁迫的策略来使其适应生存环境。 展开更多
关键词 坛紫菜 代谢组 失水胁迫 复水 差异代谢物 代谢通路
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