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鸡APOC3蛋白生物信息学分析及其对鸡肌内前体脂肪细胞分化的影响
1
作者
邢雨欣
管宏波
+8 位作者
马乘霖
申颖
申家宁
卢镕镕
田亚东
李转见
田卫华
刘小军
李红
《中国家禽》
北大核心
2025年第6期19-28,共10页
研究旨在对鸡APOC3蛋白进行生物信息学分析及构建APOC3基因组织表达谱,并探究其对肌内前体脂肪细胞分化的影响。试验从NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)数据库下载APOC3蛋白氨基酸序列并进行生物信息学分析;利用PCR技术扩增APOC3基...
研究旨在对鸡APOC3蛋白进行生物信息学分析及构建APOC3基因组织表达谱,并探究其对肌内前体脂肪细胞分化的影响。试验从NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)数据库下载APOC3蛋白氨基酸序列并进行生物信息学分析;利用PCR技术扩增APOC3基因CDS序列,采用同源重组方法构建APOC3基因过表达载体;利用qPCR检测APOC3基因在鸡不同组织中的表达量,分析APOC3基因表达规律;利用差速贴壁法分离14日龄AA肉鸡胸肌原代肌内前脂肪细胞;在肌内前脂肪细胞中过表达APOC3基因,利用qPCR、检测甘油三酯(Triglyceride,TG)含量、油红O染色评估APOC3基因对肌内前体脂肪细胞分化成脂的影响。生物信息学分析结果显示,同源基因APOC3在鸡与火鸡之间序列保守度较高,与小鼠保守度最低;APOC3蛋白是定位于细胞外、无跨膜结构域的分泌型蛋白。组织表达分析结果显示,APOC3基因在肝脏中特异性表达。体外试验结果分析显示,与对照组相比,试验组APOC3 mRNA表达水平升高了60倍,甘油三酯含量显著增加(P<0.05),细胞内脂滴含量极显著增多(P<0.01),脂肪细胞分化相关标志基因过氧化物增殖物激活受体γ(Peroxisome proliferator-activated receptor gamma,PPARγ)、脂肪酸结合蛋白4(Fatty acid binding protein 4,FABP4)、脂肪酸结合蛋白5(Fatty acid binding protein 5,FABP5)、CCAAT/增强子结合蛋白α(CCAAT/enhancer binding protein alpha,C/EBPα)、脂蛋白脂肪酶(Lipoprotein lipase,LPL)mRNA的表达水平显著上升(P<0.05);APOC3蛋白与载脂蛋白A1(APOA1)、异质核核糖核蛋白A/B(HNRNPAB)、高温需求因子A3(HTRA3)、肿瘤坏死因子受体超家族成员6B(TNFRSF6B)、载脂蛋白D(APOD)存在相互作用。研究表明,鸡APOC3蛋白属于分泌型蛋白,其编码基因在肝脏中特异性表达且与火鸡之间保守序列相似度较高;鸡APOC3基因过表达能够促进鸡肌内前体脂肪细胞分化与脂质积累。
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关键词
鸡
APOC3基因
肌内脂肪
生物信息学分析
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职称材料
鸡FGF6基因生物学特性及其多态性与经济性状的关联分析
2
作者
曹玉珠
邢雨欣
+7 位作者
马乘霖
管宏波
贾其辉
康相涛
田亚东
李转见
刘小军
李红
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期1536-1550,共15页
旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物...
旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物信息学分析;基于768只固始鸡-安卡鸡F_2资源群的GBS数据及相关经济性状表型数据对FGF6基因包含启动子2 kb区域SNP位点进行筛选,并进行连锁不平衡和关联分析,探究FGF6基因SNP和单倍型与鸡经济性状的相关性。生物信息学分析结果显示,鸡FGF6氨基酸序列与火鸡同源性为91.26%;系统进化分析表明,鸡FGF6与火鸡亲缘关系最近,其次是绿海龟,与斑马鱼遗传距离最远;保守性分析显示不同物种间FGF6保守性较高。鸡FGF6蛋白为亲水性蛋白、存在1个跨膜区,主要定位于细胞质;其二级、三级结构相符。鸡FGF6蛋白被22个磷酸化位点和1个N-糖基化位点修饰;与其受体家族FGFR1~4和EGF存在互作关系。鸡FGF6基因启动子区域筛选到6个SNPs位点,均位于1号内含子上;多态性分析显示6个SNPs位点存在高多态性,其中5个处于哈代-温伯格平衡,呈强连锁状态(D′=1,r^(2)=1)。关联分析结果显示,rs73399071位点与F_2资源群不同阶段体重(BW)、胫长(SL)、胫围(SG)、体斜长(BSL)等17个生长性状指标显著相关(P<0.05),与全净膛重(EW)、半净膛重(SEW)、屠体重(CW)、胸肌重(BMW)等10个屠体性状指标显著相关(P<0.05),与肉质性状的关联未达到显著水平(P>0.05),与高密度脂蛋白(HDL)和胆碱酯酶(ChE)显著相关(P<0.05),CC基因型个体的大部分性状表型均值高于GG基因型个体;单倍型组合分析显示不同阶段CCTTCCTTCC组合个体的体重均高于其他单倍型组合个体。本研究结果为进一步探究鸡FGF6基因的功能提供理论参考,筛选到FGF6基因存在5个与固始鸡-安卡鸡F_2资源群体重、体尺、屠体性状和血液生化指标显著关联的SNPs位点,为鸡育种提供候选的分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。
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关键词
鸡
FGF6基因
生物信息学分析
连锁不平衡分析
单倍型
经济性状
关联分析
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职称材料
题名
鸡APOC3蛋白生物信息学分析及其对鸡肌内前体脂肪细胞分化的影响
1
作者
邢雨欣
管宏波
马乘霖
申颖
申家宁
卢镕镕
田亚东
李转见
田卫华
刘小军
李红
机构
河南农业大学动物科技学院
河南农业大学
河南农业大学河南省鸡种质资源创新与利用重点实验室
出处
《中国家禽》
北大核心
2025年第6期19-28,共10页
基金
河南省高等学校重点科研项目(No.24A230012)。
文摘
研究旨在对鸡APOC3蛋白进行生物信息学分析及构建APOC3基因组织表达谱,并探究其对肌内前体脂肪细胞分化的影响。试验从NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)数据库下载APOC3蛋白氨基酸序列并进行生物信息学分析;利用PCR技术扩增APOC3基因CDS序列,采用同源重组方法构建APOC3基因过表达载体;利用qPCR检测APOC3基因在鸡不同组织中的表达量,分析APOC3基因表达规律;利用差速贴壁法分离14日龄AA肉鸡胸肌原代肌内前脂肪细胞;在肌内前脂肪细胞中过表达APOC3基因,利用qPCR、检测甘油三酯(Triglyceride,TG)含量、油红O染色评估APOC3基因对肌内前体脂肪细胞分化成脂的影响。生物信息学分析结果显示,同源基因APOC3在鸡与火鸡之间序列保守度较高,与小鼠保守度最低;APOC3蛋白是定位于细胞外、无跨膜结构域的分泌型蛋白。组织表达分析结果显示,APOC3基因在肝脏中特异性表达。体外试验结果分析显示,与对照组相比,试验组APOC3 mRNA表达水平升高了60倍,甘油三酯含量显著增加(P<0.05),细胞内脂滴含量极显著增多(P<0.01),脂肪细胞分化相关标志基因过氧化物增殖物激活受体γ(Peroxisome proliferator-activated receptor gamma,PPARγ)、脂肪酸结合蛋白4(Fatty acid binding protein 4,FABP4)、脂肪酸结合蛋白5(Fatty acid binding protein 5,FABP5)、CCAAT/增强子结合蛋白α(CCAAT/enhancer binding protein alpha,C/EBPα)、脂蛋白脂肪酶(Lipoprotein lipase,LPL)mRNA的表达水平显著上升(P<0.05);APOC3蛋白与载脂蛋白A1(APOA1)、异质核核糖核蛋白A/B(HNRNPAB)、高温需求因子A3(HTRA3)、肿瘤坏死因子受体超家族成员6B(TNFRSF6B)、载脂蛋白D(APOD)存在相互作用。研究表明,鸡APOC3蛋白属于分泌型蛋白,其编码基因在肝脏中特异性表达且与火鸡之间保守序列相似度较高;鸡APOC3基因过表达能够促进鸡肌内前体脂肪细胞分化与脂质积累。
关键词
鸡
APOC3基因
肌内脂肪
生物信息学分析
Keywords
chicken
APOC3 gene
intramuscular fat
bioinformatics analysis
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
在线阅读
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职称材料
题名
鸡FGF6基因生物学特性及其多态性与经济性状的关联分析
2
作者
曹玉珠
邢雨欣
马乘霖
管宏波
贾其辉
康相涛
田亚东
李转见
刘小军
李红
机构
河南农业大学动物科技学院
河南省家禽育种国际联合实验室
河南省鸡种质资源创新与利用重点实验室
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期1536-1550,共15页
基金
河南省重大科技专项(221100110200)
中原学者首席科学家工作室(30601985)。
文摘
旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物信息学分析;基于768只固始鸡-安卡鸡F_2资源群的GBS数据及相关经济性状表型数据对FGF6基因包含启动子2 kb区域SNP位点进行筛选,并进行连锁不平衡和关联分析,探究FGF6基因SNP和单倍型与鸡经济性状的相关性。生物信息学分析结果显示,鸡FGF6氨基酸序列与火鸡同源性为91.26%;系统进化分析表明,鸡FGF6与火鸡亲缘关系最近,其次是绿海龟,与斑马鱼遗传距离最远;保守性分析显示不同物种间FGF6保守性较高。鸡FGF6蛋白为亲水性蛋白、存在1个跨膜区,主要定位于细胞质;其二级、三级结构相符。鸡FGF6蛋白被22个磷酸化位点和1个N-糖基化位点修饰;与其受体家族FGFR1~4和EGF存在互作关系。鸡FGF6基因启动子区域筛选到6个SNPs位点,均位于1号内含子上;多态性分析显示6个SNPs位点存在高多态性,其中5个处于哈代-温伯格平衡,呈强连锁状态(D′=1,r^(2)=1)。关联分析结果显示,rs73399071位点与F_2资源群不同阶段体重(BW)、胫长(SL)、胫围(SG)、体斜长(BSL)等17个生长性状指标显著相关(P<0.05),与全净膛重(EW)、半净膛重(SEW)、屠体重(CW)、胸肌重(BMW)等10个屠体性状指标显著相关(P<0.05),与肉质性状的关联未达到显著水平(P>0.05),与高密度脂蛋白(HDL)和胆碱酯酶(ChE)显著相关(P<0.05),CC基因型个体的大部分性状表型均值高于GG基因型个体;单倍型组合分析显示不同阶段CCTTCCTTCC组合个体的体重均高于其他单倍型组合个体。本研究结果为进一步探究鸡FGF6基因的功能提供理论参考,筛选到FGF6基因存在5个与固始鸡-安卡鸡F_2资源群体重、体尺、屠体性状和血液生化指标显著关联的SNPs位点,为鸡育种提供候选的分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。
关键词
鸡
FGF6基因
生物信息学分析
连锁不平衡分析
单倍型
经济性状
关联分析
Keywords
chicken
FGF 6 gene
bioinformatics analysis
linkage disequilibrium analysis
haplotype
economic traits
association analysis
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
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被引量
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1
鸡APOC3蛋白生物信息学分析及其对鸡肌内前体脂肪细胞分化的影响
邢雨欣
管宏波
马乘霖
申颖
申家宁
卢镕镕
田亚东
李转见
田卫华
刘小军
李红
《中国家禽》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
鸡FGF6基因生物学特性及其多态性与经济性状的关联分析
曹玉珠
邢雨欣
马乘霖
管宏波
贾其辉
康相涛
田亚东
李转见
刘小军
李红
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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