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萱草根茎低温胁迫转录组分析
被引量：
5
1
作者
黄长兵
程培蕾
+3 位作者
杨绍宗
张焕朝
姜正之
金立敏
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2021年第8期1445-1460,共16页
低温胁迫是萱草育种和生产中最严重的非生物胁迫之一。该研究以耐冷型和冷敏感型萱草低温处理前后的根茎为材料,利用转录组测序(RNA-seq)技术,比较了耐冷型和冷敏感型萱草在低温胁迫下的基因表达差异。结果表明,4个样品获得的高质量clea...
低温胁迫是萱草育种和生产中最严重的非生物胁迫之一。该研究以耐冷型和冷敏感型萱草低温处理前后的根茎为材料,利用转录组测序(RNA-seq)技术,比较了耐冷型和冷敏感型萱草在低温胁迫下的基因表达差异。结果表明,4个样品获得的高质量clean reads均大于35880734条;低温处理后,耐冷型萱草差异表达基因数量多于冷敏感型,差异表达基因主要富集于次级代谢产物等相关途径,Ca^(2+)信号通路基因、MAPKs信号通路基因、转录因子和热激蛋白基因表达在2种萱草中表现出不同的变化,可能导致2种萱草在低温胁迫中的不同反应。qRT-PCR验证结果显示,差异基因的表达变化趋势与RNA-seq结果一致。该研究表明Ca2+信号通路基因、MAPKs信号通路基因在萱草响应低温胁迫过程中发挥着重要作用。
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关键词
萱草
转录组
差异表达基因
低温胁迫
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职称材料
题名
萱草根茎低温胁迫转录组分析
被引量：
5
1
作者
黄长兵
程培蕾
杨绍宗
张焕朝
姜正之
金立敏
机构
南京林业大学南方现代林业协同创新中心/林学院
苏州农业职业技术学院园艺科技学院
苏州市华冠园创园艺科技有限公司
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2021年第8期1445-1460,共16页
基金
江苏省高等学校自然科学研究(19KJB210017)
苏州市科技计划(SNG2018053)
江苏现代农业产业技术体系(JATS〔2018〕232)。
文摘
低温胁迫是萱草育种和生产中最严重的非生物胁迫之一。该研究以耐冷型和冷敏感型萱草低温处理前后的根茎为材料,利用转录组测序(RNA-seq)技术,比较了耐冷型和冷敏感型萱草在低温胁迫下的基因表达差异。结果表明,4个样品获得的高质量clean reads均大于35880734条;低温处理后,耐冷型萱草差异表达基因数量多于冷敏感型,差异表达基因主要富集于次级代谢产物等相关途径,Ca^(2+)信号通路基因、MAPKs信号通路基因、转录因子和热激蛋白基因表达在2种萱草中表现出不同的变化,可能导致2种萱草在低温胁迫中的不同反应。qRT-PCR验证结果显示,差异基因的表达变化趋势与RNA-seq结果一致。该研究表明Ca2+信号通路基因、MAPKs信号通路基因在萱草响应低温胁迫过程中发挥着重要作用。
关键词
萱草
转录组
差异表达基因
低温胁迫
Keywords
Hemerocallis fulva
transcriptome
differentially expressed genes
low temperature stress
分类号
S682.19 [农业科学—观赏园艺]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
萱草根茎低温胁迫转录组分析
黄长兵
程培蕾
杨绍宗
张焕朝
姜正之
金立敏
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2021
5
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