-
题名胃癌相关基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建
被引量：5
- 1
-
-
作者
罗远卫
梁敏
石波云
牛秋玲
刘兆宇
周新科
-
机构
广州医科大学附属第五医院
-
出处
《现代医院》
2016年第10期1418-1422,1426,共6页
-
基金
广东省教育厅特色创新类项目(编号:2015KTSC0110)
广东省教育厅青年创新人才类项目(编号:2015KQNCX127)
+1 种基金
广州市科创委2014年科技惠民专项项目(编号:2014Y2-00092)
广州市健康医疗协同创新重大专项二期拟立项项目(编号:201508020262)
-
文摘
目的分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因的功能及其编码蛋白的相互作用,筛选出胃癌相关的关键基因。方法从NCBI(美国国立生物技术信息中心)公共数据平台GEO(Gene Expression Omnibus)下载胃癌基因芯片数据GSE79973,采用R Bioconductor3.2.4软件对数据进行处理和分析,输出差异表达基因,并通过生物信息学工具DAVID、String、Cytoscape对差异表达基因进行生物学功能及其编码蛋白的互作分析。结果通过分析GSE79973芯片数据,一共获得567个表达差异明显的基因,其中表达上调的有384个,表达下调的有183个,这些基因主要富集于细胞外区、细胞外基质、胶原蛋白、基底膜等,主要参与细胞增殖、周期以及粘附等生物学过程,并且在细胞外基质受体、局部粘附以及细胞色素P450代谢等肿瘤相关通路明显富集。初步鉴定了COL4A1、IL6、IL8、COL1A2、ITGA2、THBS1、COL5A1、COL3A1、ITGA1、COL2A1、COL4A2、BIRC5为胃癌相关的关键基因。结论基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因,并筛选出胃癌相关的关键基因,为进一步研究胃癌发病的分子机制提供指导。
-
关键词
胃癌
基因芯片
差异表达基因
生物信息学
-
Keywords
Gastric Cancer
Microarray
Differentially Expressed Genes
Bioinformatics
-
分类号
R735.2
[医药卫生—肿瘤]
R34
[医药卫生—基础医学]
-
-
题名结直肠癌中RCE1的表达及意义
被引量：1
- 2
-
-
作者
周霖
熊勇
梁敏
石波云
-
机构
深圳市光明新区人民医院
广州医科大学附属第五医院
-
出处
《现代医院》
2018年第10期1494-1497,1502,共5页
-
基金
广东省卫计委项目基金资助(编号:C2016060)
广州市科创委科技计划项目基金资助(编号:201508020262)
广州医科大学青年项目资助(编号:2016A22)
-
文摘
目的探讨Rce1在结直肠癌组织中的表达差异及意义。方法采用免疫组化方法(IHC)检测237例结直肠癌患者癌组织及其匹配癌旁组织中Rce1的表达情况;进一步分析Rce1的表达情况与患者临床因素及预后的关系。结果 Rce1主要表达于细胞浆中,结直肠癌中Rce1表达率为54. 9%(130/237),明显低于癌旁组织78. 9%(187/237)(P <0. 05)。Rce1低表达与血液中癌胚抗原(CEA)表达水平、肿瘤浸润深度、有无淋巴结转移、肿瘤分期明显相关,差异具有统计学意义(P <0. 05);低表达Rce1的患者总体生存率及无瘤生存率均下降,对II和III期患者的进一步分析也表明,低表达Rce1的患者预后较差。Cox多因素分析结果显示Rce1是影响结直肠癌预后的独立危险因素(P <0. 05)。结论 Rce1在结直肠癌组织中表达缺失,且分析显示其表达缺失与结直肠癌侵袭性明显相关,低表达Rce1是患者预后不良的独立危险因素。
-
关键词
Rce1
结直肠癌
免疫组化
预后
-
Keywords
Colorectal Cancer （CRC）
hnmunohistochemistry （IHC）
Prognosis
-
分类号
R735.35
[医药卫生—肿瘤]
-
