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玉米KCS家族的全基因组鉴定与胁迫响应分析
1
作者
皮博艺
聂治
+3 位作者
杜文平
余桂容
甘雨
宋军
《西南农业学报》
北大核心
2025年第1期1-11,共11页
【目的】鉴定玉米β-酮酰辅酶A合成酶(KCS)家族基因,并对其进行生物信息学和胁迫应答分析,为玉米的遗传改良提供优异的基因参考。【方法】根据拟南芥KCS家族序列,在玉米基因组中筛选鉴定KCS家族成员,采用生物信息学技术对ZmKCS家族成员...
【目的】鉴定玉米β-酮酰辅酶A合成酶(KCS)家族基因,并对其进行生物信息学和胁迫应答分析,为玉米的遗传改良提供优异的基因参考。【方法】根据拟南芥KCS家族序列,在玉米基因组中筛选鉴定KCS家族成员,采用生物信息学技术对ZmKCS家族成员进行聚类分析、染色体定位、倍增基因分析、基因与蛋白结构分析,并进一步预测KCS家族基因上游顺式作用元件的类型和数目,结合干旱和盐胁迫下ZmKCS家族的表达水平,鉴定兼具抗旱抗盐的优异基因资源。【结果】在玉米基因组数据库中鉴定出39个ZmKCS蛋白,分布在玉米基因组的9条染色体上,聚类于同一亚族的基因具有相似的基因结构和蛋白结构,进化相对保守,同时在玉米KCS家族中发现基因复制现象,揭示KCS家族基因之间可能存在功能冗余;ZmKCS基因上游存在着大量与干旱胁迫应激相关的顺式作用元件,表明ZmKCS基因可能在干旱胁迫等非生物胁迫中发挥重要功能,ζ亚族中ZmKCS1、ZmKCS7、ZmKCS8和ZmKCS10经PEG和NaCl诱导后上调倍数较高,这几个基因可能更具有耐干旱和盐胁迫的潜力。【结论】玉米KCS家族基因具有抗旱抗盐的潜力,通过生物信息学分析以及PEG和NaCl诱导下的玉米KCS基因的表达模式,鉴定出4个最具潜力的基因资源可用于玉米耐旱耐盐品种的遗传改良。
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关键词
玉米
β-酮酰辅酶A合成酶
生物信息学
胁迫响应
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职称材料
白菜型油菜BrBBX家族的鉴定与BrBBX46和BrBBX53基因的胁迫响应分析
被引量：
1
2
作者
皮博艺
聂治
+3 位作者
杜文平
余桂容
甘雨
宋军
《寒旱农业科学》
2024年第1期26-36,共11页
BBX是一类重要的锌指蛋白转录因子家族,包含1~2个高度保守位于蛋白质序列N端的BBX结构域,在调控植物的生长发育和响应环境胁迫中发挥着重要作用。利用生物信息学分析手段,在白菜型油菜中鉴定出59个Br BBX家族成员,对它们的染色体定位、...
BBX是一类重要的锌指蛋白转录因子家族,包含1~2个高度保守位于蛋白质序列N端的BBX结构域,在调控植物的生长发育和响应环境胁迫中发挥着重要作用。利用生物信息学分析手段,在白菜型油菜中鉴定出59个Br BBX家族成员,对它们的染色体定位、基因结构、蛋白保守结构域,以及BrBBX46和BrBBX53基因的启动子进行了分析,并用qRT-PCR技术鉴定了BrBBX46和BrBBX53基因在模拟干旱和盐胁迫下的表达水平。结果显示,59个BrBBXs不均匀地分布于白菜型油菜基因组的10条染色体。通过对系统进化、基因结构、蛋白保守结构域的分析,59个BrBBXs被分为5个亚族,每个亚族的基因结构、蛋白结构域和保守基序均相对保守,同一亚族的成员具有相似的基因结构和保守结构域。对启动子的分析结果显示,BrBBX46和BrBBX53基因的启动子中均含有大量的胁迫相关响应元件,尤其是干旱胁迫响应元件,二者均有14个;在40%PEG和120mmol/L NaCl处理下,二者的表达水平均显著上升,说明BrBBX46和BrBBX53基因能够响应干旱和盐胁迫的诱导,可能在干旱和盐胁迫下发挥着重要功能。以上结果为进一步了解和利用BrBBX家族成员改良白菜型油菜耐旱耐盐新品种提供了良好的基因资源。
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关键词
白菜型油菜
BBX家族
BrBBX46
BrBBX53
生物信息学
胁迫响应
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职称材料
题名
玉米KCS家族的全基因组鉴定与胁迫响应分析
1
作者
皮博艺
聂治
杜文平
余桂容
甘雨
宋军
机构
四川省农业科学院生物技术核技术研究所
出处
《西南农业学报》
北大核心
2025年第1期1-11,共11页
基金
四川省农业科学院高层次人才引进培养专项(NKYRCZX2024023)
“十四五”四川省农作物及畜禽育种攻关项目(2021YFYZ0017)
+1 种基金
国防科工局核能开发科研项目
四川省科技计划项目(2021YFY0027)。
文摘
【目的】鉴定玉米β-酮酰辅酶A合成酶(KCS)家族基因,并对其进行生物信息学和胁迫应答分析,为玉米的遗传改良提供优异的基因参考。【方法】根据拟南芥KCS家族序列,在玉米基因组中筛选鉴定KCS家族成员,采用生物信息学技术对ZmKCS家族成员进行聚类分析、染色体定位、倍增基因分析、基因与蛋白结构分析,并进一步预测KCS家族基因上游顺式作用元件的类型和数目,结合干旱和盐胁迫下ZmKCS家族的表达水平,鉴定兼具抗旱抗盐的优异基因资源。【结果】在玉米基因组数据库中鉴定出39个ZmKCS蛋白,分布在玉米基因组的9条染色体上,聚类于同一亚族的基因具有相似的基因结构和蛋白结构,进化相对保守,同时在玉米KCS家族中发现基因复制现象,揭示KCS家族基因之间可能存在功能冗余;ZmKCS基因上游存在着大量与干旱胁迫应激相关的顺式作用元件,表明ZmKCS基因可能在干旱胁迫等非生物胁迫中发挥重要功能,ζ亚族中ZmKCS1、ZmKCS7、ZmKCS8和ZmKCS10经PEG和NaCl诱导后上调倍数较高,这几个基因可能更具有耐干旱和盐胁迫的潜力。【结论】玉米KCS家族基因具有抗旱抗盐的潜力,通过生物信息学分析以及PEG和NaCl诱导下的玉米KCS基因的表达模式,鉴定出4个最具潜力的基因资源可用于玉米耐旱耐盐品种的遗传改良。
关键词
玉米
β-酮酰辅酶A合成酶
生物信息学
胁迫响应
Keywords
Zea mays
β-Ketoacyl-CoA synthase
Bioinformatics
Stress response
分类号
S513 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
白菜型油菜BrBBX家族的鉴定与BrBBX46和BrBBX53基因的胁迫响应分析
被引量：
1
2
作者
皮博艺
聂治
杜文平
余桂容
甘雨
宋军
机构
四川省农业科学院生物技术核技术研究所
出处
《寒旱农业科学》
2024年第1期26-36,共11页
基金
四川省财政自主创新专项(2022ZZCX028)。
文摘
BBX是一类重要的锌指蛋白转录因子家族,包含1~2个高度保守位于蛋白质序列N端的BBX结构域,在调控植物的生长发育和响应环境胁迫中发挥着重要作用。利用生物信息学分析手段,在白菜型油菜中鉴定出59个Br BBX家族成员,对它们的染色体定位、基因结构、蛋白保守结构域,以及BrBBX46和BrBBX53基因的启动子进行了分析,并用qRT-PCR技术鉴定了BrBBX46和BrBBX53基因在模拟干旱和盐胁迫下的表达水平。结果显示,59个BrBBXs不均匀地分布于白菜型油菜基因组的10条染色体。通过对系统进化、基因结构、蛋白保守结构域的分析,59个BrBBXs被分为5个亚族,每个亚族的基因结构、蛋白结构域和保守基序均相对保守,同一亚族的成员具有相似的基因结构和保守结构域。对启动子的分析结果显示,BrBBX46和BrBBX53基因的启动子中均含有大量的胁迫相关响应元件,尤其是干旱胁迫响应元件,二者均有14个;在40%PEG和120mmol/L NaCl处理下,二者的表达水平均显著上升,说明BrBBX46和BrBBX53基因能够响应干旱和盐胁迫的诱导,可能在干旱和盐胁迫下发挥着重要功能。以上结果为进一步了解和利用BrBBX家族成员改良白菜型油菜耐旱耐盐新品种提供了良好的基因资源。
关键词
白菜型油菜
BBX家族
BrBBX46
BrBBX53
生物信息学
胁迫响应
Keywords
B.rapa
BBX family
Identification
BrBBX46
BrBBX53
Bioinformation
Stress response
分类号
S565.4 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
玉米KCS家族的全基因组鉴定与胁迫响应分析
皮博艺
聂治
杜文平
余桂容
甘雨
宋军
《西南农业学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
白菜型油菜BrBBX家族的鉴定与BrBBX46和BrBBX53基因的胁迫响应分析
皮博艺
聂治
杜文平
余桂容
甘雨
宋军
《寒旱农业科学》
2024
1
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职称材料
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