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整合转录组测序数据鉴定影响猪肉质性状的差异表达基因
1
作者
田祚宁
邢凯
+2 位作者
张银花
包帅
曹永春
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1947-1957,共11页
【目的】整合中国地方猪和瘦肉型猪的转录组测序数据,鉴定中国地方猪和瘦肉型猪背最长肌组织中的差异表达基因(DEGs),找出导致二者肉质性状差异的潜在候选基因,以期为猪肉品质研究提供参考。【方法】整合自测数据以及NCBI-SRA数据库下...
【目的】整合中国地方猪和瘦肉型猪的转录组测序数据,鉴定中国地方猪和瘦肉型猪背最长肌组织中的差异表达基因(DEGs),找出导致二者肉质性状差异的潜在候选基因,以期为猪肉品质研究提供参考。【方法】整合自测数据以及NCBI-SRA数据库下载的中国地方猪和瘦肉型猪的原始测序数据,包括8个中国地方猪品种的32个样本和2个瘦肉型猪品种的14个样本,对数据进行过滤、质控、比对、统计后使用R语言DEseq2包筛选差异表达基因,并进行基因富集及蛋白互作(PPI)分析。【结果】通过差异表达分析共鉴定出191个差异表达基因,其中中国地方猪相较于瘦肉型猪有149个基因表达上调,42个基因表达下调。通过基因富集分析得到9条显著富集通路,差异表达基因可能通过调控脂肪沉积和代谢、糖代谢、胰岛素生成、能量代谢、色素沉积等过程影响肉质性状。通过PPI分析鉴定出21个在调控网络中发挥重要作用的基因,其中FABP3、SLC38A4、KIT、LDHB基因处于PPI网络的核心位置。【结论】试验鉴定出FABP3、CTSL、PLIN5、SLC38A4、KIT、APPL1、IDNK、LDHB、ND6、SLC39A8、GPR27、KCNJ13等基因与中国地方猪和瘦肉型猪肉质性状差异有关,直接或间接地调控了肉质性状。研究结果为新基因的挖掘及调控猪肉质性状基因的探究提供了理论依据。
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关键词
猪
转录组
差异表达基因
基因富集
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职称材料
题名
整合转录组测序数据鉴定影响猪肉质性状的差异表达基因
1
作者
田祚宁
邢凯
张银花
包帅
曹永春
机构
北京农学院动物科学技术学院
中国农业大学动物科学技术学院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1947-1957,共11页
基金
科技创新2030-重大项目:优质猪新品种设计与培育(2023ZD04046)。
文摘
【目的】整合中国地方猪和瘦肉型猪的转录组测序数据,鉴定中国地方猪和瘦肉型猪背最长肌组织中的差异表达基因(DEGs),找出导致二者肉质性状差异的潜在候选基因,以期为猪肉品质研究提供参考。【方法】整合自测数据以及NCBI-SRA数据库下载的中国地方猪和瘦肉型猪的原始测序数据,包括8个中国地方猪品种的32个样本和2个瘦肉型猪品种的14个样本,对数据进行过滤、质控、比对、统计后使用R语言DEseq2包筛选差异表达基因,并进行基因富集及蛋白互作(PPI)分析。【结果】通过差异表达分析共鉴定出191个差异表达基因,其中中国地方猪相较于瘦肉型猪有149个基因表达上调,42个基因表达下调。通过基因富集分析得到9条显著富集通路,差异表达基因可能通过调控脂肪沉积和代谢、糖代谢、胰岛素生成、能量代谢、色素沉积等过程影响肉质性状。通过PPI分析鉴定出21个在调控网络中发挥重要作用的基因,其中FABP3、SLC38A4、KIT、LDHB基因处于PPI网络的核心位置。【结论】试验鉴定出FABP3、CTSL、PLIN5、SLC38A4、KIT、APPL1、IDNK、LDHB、ND6、SLC39A8、GPR27、KCNJ13等基因与中国地方猪和瘦肉型猪肉质性状差异有关,直接或间接地调控了肉质性状。研究结果为新基因的挖掘及调控猪肉质性状基因的探究提供了理论依据。
关键词
猪
转录组
差异表达基因
基因富集
Keywords
pigs
transcriptome
differentially expressed genes
gene enrichment
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
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1
整合转录组测序数据鉴定影响猪肉质性状的差异表达基因
田祚宁
邢凯
张银花
包帅
曹永春
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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